克隆代码技术研究综述

软件系统中克隆代码的检测与管理是软件工程中的基本问题之一,在软件的质量、维护、架构、进化、专利和剽窃等众多领域有着广泛的应用需求。综述了克隆检测的过程、技术及其优缺点、克隆进化方向上的相关研究,以及克隆管理的一些技术,并特别介绍了克隆重构技术。最后概括了该领域所取得的研究成果,并讨论了目前克隆代码研究中所遇到的挑战性问题。

植物基因分离的图位克隆技术

传统的基因功能克隆、表型克隆方法具有基因表达产物不清楚,难以进行相关基因分离等缺点。目前,图位克隆技术日渐成熟,已成为分离基因的有效方法,并在分离不同的植物基因中得到了广泛的应用。本文简要介绍图位克隆技术原理,并详细阐述图位克隆操作的4个重要技术环节:筛选与目的基因紧密连锁的分子标记、目的基因的定位、构建高质量容易操作的大片段基因组文库和目的基因的筛选和鉴定。本文还概述了近年来利用图位克隆技术分离植物基因的研究成果以及最新研究进展,并对图位技术的应用前景作出展望:在不久的将来,在比较基因组学中统一遗传系统理论的指导下,在具有高多态性水平的以PCR为基础的分子标记日趋饱和的背景下,应用图位克隆技术在植物基因克隆研究中必将取得更加辉煌的成果。

面向管理的克隆代码研究综述

软件复用作为一种常见的软件开发手段,会导致大量克隆代码的产生,这无疑增加了软件维护的代价.对克隆代码的维护需求引发了一系列关于克隆代码的研究,如克隆检测、克隆分析、克隆维护等.但是,上述克隆研究无法解决克隆代码维护困难的问题.为了避免克隆代码维护困难,提高软件的可维护性,克隆代码管理势在必行.然而,目前的克隆管理与克隆检测、克隆分析、克隆维护等过程彼此之间是相互独立的,也没有与软件开发过程相结合,无法有效解决克隆代码维护困难的问题.首先,该文分析了克隆代码研究领域的热点和趋势,以及克隆检测、分析和维护的研究进展.其次,该文对克隆管理的研究现状进行了分析,重点对克隆代码研究内容之间的关系以及现有的克隆管理存在的不足和难点问题进行了分析,指出只有将克隆检测、分析和维护等过程与软件开发过程有机地结合为一个整体,才能有效降低克隆维护的代价,但这势必增加了克隆管理的难度.为此,在未来的研究展望中,该文给出了一个面向软件开发过程的克隆管理方法,将克隆检测、克隆分析和克隆维护等与软件开发过程紧密结合,以实现边开发、边维护和边管理克隆代码.最后,该文分析了克隆代码研究领域未来的研究方向和发展趋势.克隆管理为克隆代码研究注入了新的活力,现已引起学术界和工业界的广泛关注,对于提高软件的可维护性、可理解性以及软件质量都具有重要意义.

甲状腺相关眼病治疗中不同单克隆抗体有效性与安全性的系统评价再评价

目的:全面评估甲状腺相关眼病(thyroidassociated ophthalmopathy,TAO)治疗中利妥昔单克隆抗体(rituximab,RTX)、托珠单克隆抗体(tocilizumab,TCZ)、替妥木单克隆抗体(teprotumumab,TMB)的有效性和安全性。方法:采用系统评价再评价方法,系统检索PubMed、Embase、Cochrane Library数据库中关于TAO治疗的系统评价/Meta分析,检索时间均为建库至2024年1月。分别采用PRISMA 2020声明、AMSTAR 2量表和GRADE工具评估纳入研究的报告质量、方法学质量及证据质量。结果:当前关于TAO治疗中3种单克隆抗体的系统评价在报告规范性、方法学质量和证据质量方面仍存在不足。目前仍缺少3种单克隆抗体直接比较的证据,基于间接比较证据,TCZ可能是最好的治疗方法,其次为TMB和RTX。有效性方面,TCZ、TMB可显著降低临床活动性评分、眼球突出度及生活质量,TCZ显著降低复视发生,RTX显著降低疾病应答,RTX及TCZ显著改善疾病失活率,RTX在复视、眼睑裂变化、NOSPECS评分与生活质量方面无显著差异。安全性方面的结论尚不一致,TCZ和TMB可能增加不良事件的发生率,而RTX在安全性方面与糖皮质激素或安慰剂相比无显著差异。结论:本研究为TAO治疗中3种单克隆抗体的选择提供循证依据。尽管TCZ在有效性方面可能具有优势,但考虑到现有证据的限制性,未来仍需更多高质量研究进一步验证和比较不同单克隆抗体在TAO治疗中的有效性和安全性。

关于“克隆羊”的哲学反思

自１９９７年２月英国科学家成功地克隆出绵羊“多莉”后，克隆技术研究在全世界引起广泛关注。一些著名科学家称之为“克隆风暴”。如何看待克隆技术的作用及前景，如何评价克隆技术，作者从哲学角度做了反思。１９９７年２月下旬，英国胚胎学家Ｗｉｌｍｕｔ博士报告了以成年绵羊体细胞为核供体，成功克隆出绵羊“多莉”的消息，使全球为之震惊，我国著名遗传学家吴称之为“克隆风暴”。一项科学成果，产生如此巨大的反响是不多见的。这一方面取决于该项成果的特殊性，另一方面也取决于人类科技意识的增强和对自身前途的关注。对“克隆绵羊”

伴单克隆B淋巴细胞和单克隆浆细胞增殖的AITL 1例

血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤(angioimmunoblastic T-cell lymphoma,AITL)是一种预后较差的侵袭性淋巴瘤。本文报道1例伴单克隆B淋巴细胞和单克隆浆细胞增殖AITL患者的诊疗经过,以提高对AITL的认识及诊疗水平,从而减少漏诊和误诊。

基于演化模式特征的克隆代码分类

克隆代码稳定性与它在多版本演化过程中的变化模式相关,综合这些变化模式并构建自动分类模型,实现克隆代码稳定与易变的特征标注,便于开展克隆分类方面的研究。从克隆演变、克隆规模变化与克隆修改3个维度将克隆演化分为12种演化模式,通过版本间克隆的差异分析识别这12种模式,记录变化参数,使用克隆聚类特征模型计算每个克隆实例的特征向量,用聚类算法实现克隆稳定性分类。对两款软件进行实验分析,分析结果表明,基于该方法可以得到关于克隆稳定性的有效分类数据集。

线性克隆系统的数学原理

针对光学电场传感器空间电场测量的问题,提出了克隆传感的概念,构建了线性克隆系统,并建立了相应的理论体系.运用克隆变换方法得到了向量形式的克隆体,所有的克隆向量形成了品性一致、方位正交的克隆向量集;对克隆向量的性质进行了分析,并证明了关于克隆向量取值的正交克隆变换定理;基于标量积运算构建了克隆方程组,将多克隆体组织成线性克隆系统;证明了克隆矩阵非奇异条件定理,该定理为线性克隆系统的可靠应用提供了数学保障.

单克隆抗体与多克隆抗体的混合在胱抑素C测定试剂盒(胶乳免疫比浊法)中的应用

为优化兔抗人胱抑素C多克隆抗体和人胱抑素C单克隆抗体的混合比例,将不同比例混合的抗体制备成胱抑素C(胶乳免疫比浊法)测定试剂盒,对试剂盒的灵敏度进行测定,从而筛选出最适的混合比例,与进口抗体和市面上较为认可的试剂盒进行应用比较。结果表明,兔抗人胱抑素C多克隆抗体和人胱抑素C单克隆抗体最适的混合比例为70%:30%;将国产兔抗人胱抑素C多克隆抗体、进口胱抑素C多克隆抗体与最适混合比例的抗体相同质量投量料同时包被成试剂,分别命名为试剂1、试剂2、试剂3,三种试剂校准后同时进行临床样本测定及相关性分析、线性实验及抗原过剩测定,数据显示,试剂3与试剂1及试剂3与试剂2之间均具有很强的临床相关性,线性实验和抗原过剩测定数据无明显差异,都可以满足应用要求;将试剂3与市场上口碑较好的的胱抑素C试剂盒进行临床样本测定比对,实验数据显示,两者在临床应用上无明显差异;通过胱抑素C单克隆抗体和多克隆抗体混合,减少了交叉反应的可能性,实现了较好的批间和批内一致性,具备更广泛的识别范围,提供了更全面、准确的识别和检测结果。

维生素D联合右佐匹克隆治疗老年慢阻肺合并睡眠障碍疗效及对认知功能的保护作用研究

目的探讨维生素D联合右佐匹克隆治疗老年慢阻肺合并睡眠障碍疗效及对认知功能的保护作用。方法收集140例老年慢阻肺合并睡眠障碍患者作为研究对象,随机分为对照组和研究组,每组70例。对照组给予右佐匹克隆治疗,研究组给予维生素D联合右佐匹克隆治疗。采用匹茨堡睡眠质量指数(PSQI)评估睡眠质量。采用简易精神状态量表(MMSE)和蒙特利尔认知评估量表(MoCA)评估认知功能。比较两组睡眠障碍临床疗效、睡眠监测指标、PSQI评分、认知功能和神经营养因子水平。结果研究组睡眠障碍治疗总有效率高于对照组(92.8%vs 80.0%,P<0.05)。睡眠监测指标显示,研究组治疗后总睡眠时间长于对照组[(371.77±27.22)min vs(334.71±28.80 min)],觉醒时间和觉醒次数少于对照组[(32.51±3.89)min vs(46.88±7.32)min,(1.36±0.51)次vs(3.11±0.77)次,P<0.05]。治疗前、治疗后1月和治疗后3月时,不同时间点PSQI评分差异有统计学意义(P<0.05),研究组与对照组PSQI评分变化趋势差异有统计学意义,研究组降低更明显[(15.78±2.02)分vs(15.67±2.05)分,(9.31±2.01)分vs(11.60±2.04)分,(7.60±0.95)分vs(9.40±1.21)分,P<0.05]。研究组治疗后MMSE评分和MoCA评分高于对照组[(28.24±0.92)分vs(26.24±1.53)分,(27.88±1.23)分vs(25.21±1.02)分],脑源性神经生长因子(BDNF)和神经生长因子(NGF)水平高于对照组[(672.29±66.60)pg/mL vs(626.89±55.46)pg/mL,(31.49±5.62)pg/mL vs(23.75±5.18)pg/mL,P<0.05]。结论维生素D联合右佐匹克隆治疗老年慢阻肺合并睡眠障碍疗效良好,而且对认知功能具有一定程度的保护作用。

灰毡毛忍冬bZIP25基因的克隆及其表达模式分析

目的克隆灰毡毛忍冬bZIP25基因序列全长,并进行生信分析及表达模式分析,以初步探索其在灰毡毛忍冬中的生物学功能。方法通过逆转录PCR技术克隆bZIP25基因的序列全长,采用生物信息学分析方法对bZIP25及其编码的蛋白进行分析。运用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术测定其在茎、叶及七个花期花中的表达水平。结果克隆得到LmbZIP25基因(OR551766),其编码191个氨基酸,具有典型的bZIP家族结构,在bZIP结构域中与其他植物同源性较高。LmbZIP25基因具有组织特异性,在茎中的表达量显著高于花和叶,在七个花期中黄色花蕾期的表达量最高。结论克隆得到LmbZIP25基因全长,分析其在不同器官和不同花期的表达差异,为进一步探索其在灰毡毛忍冬中花发育中的功能奠定了研究基础。

考虑行为克隆的深度强化学习股票交易策略

为提高股票投资的收益并降低风险,将模仿学习中的行为克隆思想引入深度强化学习框架中设计股票交易策略。在策略设计过程中,将对决DQN深度强化学习算法和行为克隆进行结合,使智能体在自主探索的同时模仿事先构造的投资专家的决策。选择不同行业的股票进行数值实验,说明了所设计的交易策略在年化收益率、夏普比率和卡玛比率等收益与风险指标上优于对比策略。研究结果表明:将模仿学习与深度强化学习相结合可以使智能体同时具有探索和模仿能力,从而提高模型的泛化能力和策略的适用性。

CloneIRD:面向代码溯源的克隆代码继承关系判定方法

随着开源软件的广泛使用,代码溯源成为管理软件源代码、降低潜在风险的重要技术手段。基于代码克隆检测的大规模代码溯源分析,从其检测结果中鉴别代码克隆对之间的继承关系,对代码来源追踪、组件依赖关系分析、软件脆弱性分析以及代码缺陷修复等具有重要意义。目前,已有方法在原始代码片段存在微小修改的情况下,会产生许多误判,并且检测克隆对的效率也有待提高。针对上述问题,提出了代码溯源中克隆代码继承关系的判定方法CloneIRD,包括一个基于自研快速分布式克隆检测工具FastDCF的代码溯源分析框架,以及该框架的核心算法——基于代码演化信息的克隆代码继承关系判定算法EIHR。为验证框架和算法的有效性,首先设计并实现了CloneIRD方法,并在Linux内核V4.9和V4.12的开源代码上进行了实验。实验结果表明,CloneIRD方法能够有效判定代码溯源结果中克隆对的继承关系,且基于FastDCF的溯源分析框架能够胜任大规模代码的溯源分析任务。

溆浦鹅卵泡抑制素α亚基编码区cDNA克隆及其原核表达

根据GenBank中鸡卵泡抑制素α亚基序列设计引物,对该序列按大肠杆菌嗜好密码子进行优化,在设计的引物两端分别加上限制性内切酶SacⅠ和XhoⅡ的识别位点序列。利用RT PCR技术从溆浦鹅卵泡的颗粒细胞总RNA中扩增出抑制素α亚基成熟区序列,经PCR扩增出354 bp片段,该片段与pMD18 T载体连接,转化JM109感受态细胞,所得阳性克隆进行双酶切鉴定和PCR鉴定,并进行了测序分析,得到的克隆序列与设计的序列基本一致。表明成功地获得了抑制素α亚基编码序列的克隆载体。从阳性细菌中提取质粒,经SacⅠ和XhoⅠ酶切,回收354 bp目的片段,定向克隆到pET28a中,转化DH5α受体菌,提取质粒,再转化到BL21(DE3)中,成功筛选出阳性克隆。阳性菌经IPTG诱导,通过SDS PAGE,检测出溆浦鹅卵泡抑制素α亚基编码区的表达。

抗IgE单克隆抗体联合变应原特异性免疫治疗的应用进展

抗IgE单克隆抗体目前已被批准用于治疗哮喘和慢性荨麻疹,同时抗IgE单克隆抗体联合变应原特异性免疫治疗(AIT)作为过敏性疾病的辅助治疗已引起普遍关注。研究表明,在AIT治疗中或治疗前添加抗IgE单克隆抗体可显著减少AIT不良反应的发生频率和严重程度,明显改善症状评分,缩短达到维持剂量所需的时间。目前仍需要更大规模的高质量对照试验更好地识别抗IgE单克隆抗体联合AIT的获益人群,以及治疗最佳剂量和持续时间,并评估长期效益、进行成本-效益分析。本文就抗IgE单克隆抗体在AIT中作为辅助治疗的应用进展进行综述。

鸡pro-IL-1β表达、多克隆抗体制备与初步应用

为研究禽类疫病病原触发炎症的分子机制,试验克隆和分析鸡源白细胞介素-1β前体(Interleukin-1β precursors,pro-IL-1β)基因,原核表达和纯化pro-IL-1β蛋白,用纯化的pro-IL-1β蛋白免疫小鼠制备pro-IL-1β多克隆抗体,对该抗体进行ELISA效价检测和鉴定,并初步测试了该抗体在间接免疫荧光试验和Western blot试验中的应用效果。结果显示:重组蛋白pro-IL-1β成功表达,分子量约37 ku,能与His标签抗体发生特异性结合反应;获得了ELISA效价高于1∶32 000的鼠抗pro-IL-1β多克隆抗体,该抗体可通过间接免疫荧光试验(IFA)检测到pro-IL-1β真核表达蛋白,也可通过Western blot试验检测到pro-IL-1β原核表达蛋白和真核表达蛋白,还可通过Western blot和IFA检测到传染性法氏囊病病毒(IBDV)诱发的巨噬细胞HD11内源性pro-IL-1β蛋白的表达。研究表明,试验成功制备鸡pro-IL-1β多克隆抗体,为进一步研究禽病病原诱发炎症的分子机制提供了重要工具。

猫传染性腹膜炎病毒N蛋白表达及其多克隆抗体制备

本研究旨在体外原核表达猫传染性腹膜炎病毒(feline infectious peritonitis virus,FIPV)SH2021株核衣壳蛋白(nucleocapsid,N),制备兔源多克隆抗体。根据FIPV SH2021株N基因序列设计引物,构建pCold-I-N重组表达质粒。随后,将重组质粒转化至表达感受态细胞BL21(DE3),在终浓度为1.0 mmol·L^(-1)的IPTG和16℃的诱导条件下进行表达。最后,利用His层析柱进行纯化,纯化后的重组蛋白免疫新西兰大白兔制备多克隆抗体。结果表明,纯化获得重组N蛋白大小约为45 ku,制备的N蛋白兔多克隆抗体效价可达1∶512000,该抗体对N蛋白具有良好的反应原性。本研究成功所制备了FIPV N蛋白兔多克隆抗体,该抗体具有良好的反应原性和特异性,为FIPV抗原抗体检测以及研究N蛋白生物学功能研究提供重要工具。

马铃薯野生种烯酰水合酶超家族基因ScDHNS的克隆与功能分析

【目的】1,4-二氢氧-2-石脑-CoA合成酶(1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase,DHNS)基因是茄科植物糖苷生物碱合成代谢的潜在重要基因,开展马铃薯DHNS基因功能研究与验证,为低糖苷生物碱马铃薯品种(系)的选育提供基因和材料来源。【方法】利用RACE方法克隆得到马铃薯野生种恰柯薯(Solanum chacoense)ScDHNS基因,对其进行生物信息学分析和亚细胞定位,通过构建过表达载体pBWA(V)HS-DHNS转化马铃薯栽培种进行功能验证。【结果】ScDHNS cDNA序列开放阅读框1023 bp,编码340个氨基酸,分子量为37.34 kD,等电点pI为8.592,具有典型的ECH保守结构域,属于烯酰水合酶超家族成员,在二穗短柄草(Brachypodium distachyon)、蒺藜苜蓿(Medicago truncatula)等植物基因组中都有其同源基因,且存在基因扩张和收缩事件。过表达ScDHNS基因后发现转化株ScDHNS和SGT1基因表达量显著上调,且表达量显著高于马铃薯WT植株。且对应转化植株的总糖苷生物碱含量显著高于马铃薯WT植株,最高可达到364.3 mg/kg,是对照的2.4倍。亚细胞定位结果显示ScDHNS定位于过氧化物酶体。【结论】马铃薯ScDHNS基因可能参与调控糖苷生物碱合成关键基因SGT1的表达,通过β-氧化途径和甲羟戊酸通路协同影响糖苷生物碱的合成,该基因与糖苷生物碱在亚细胞水平上的区室化有重要关系,对于培育低糖苷生物碱的马铃薯品种(系)具有重要的应用价值。

软件克隆检测技术研究

软件克隆检测在软件维护、软件结构优化等方面具有重要价值和意义。综述了软件克隆的定义与分类,对软件克隆的检测过程进行了划分和讨论,介绍了软件克隆检测领域最为活跃的代码克隆检测技术和模型克隆检测技术。最后对软件克隆检测的研究现状和急需解决的问题进行了分析,展望了该领域未来的研究方向。

鹅VDR基因克隆及其多克隆抗体制备与鉴定

【目的】维生素D3(vitamin D3,VD3)是一类重要的类固醇激素,参与调控动物体内多种生理活动,具有生物活性的VD3代谢物1,25(OH)2D3通过与维生素D受体(vitamin D receptor,VDR)结合发挥生物学功能。试验旨在克隆鹅VDR基因CDS序列并制备鹅VDR多克隆抗体,为后续开展VDR介导VD3调控鹅体内多种生理活动的分子机制研究提供基础支撑。【方法】通过基因克隆方法获得鹅VDR基因CDS序列,并采用生物信息学方法对其编码蛋白进行结构和功能预测分析。通过基因合成和亚克隆方法构建鹅VDR基因重组表达质粒,转化大肠杆菌BL21(DE3)感受态细胞,经IPTG诱导表达和镍柱纯化后获得鹅VDR重组蛋白。以纯化的鹅VDR重组蛋白作为免疫原,制备兔抗鹅VDR多克隆抗体,采用间接ELISA法检测抗体效价,采用Western blotting检测抗体特异性。【结果】试验成功克隆了鹅VDR基因编码区序列,长度为1356 bp,编码451个氨基酸残基。该编码蛋白与鸡VDR蛋白的相似性高达91.4%,无信号肽和跨膜结构域,N-端含有核定位序列,且含有DNA结合域和配体结合域2个保守结构域,属于类固醇/甲状腺激素受体超家族成员。试验成功构建了pET-30a(+)-VDR重组质粒,并诱导表达鹅VDR重组蛋白。纯化后的重组蛋白纯度高达90%以上,且大小符合预期(52 ku)。试验制备了兔抗鹅VDR多克隆抗体,其抗体效价>1∶1093500;除肝脏组织外,该多克隆抗体在产蛋鹅肾脏、十二指肠、空肠和回肠组织中均能够识别天然VDR蛋白的2种亚型。【结论】试验成功克隆了鹅VDR基因CDS序列,并制备了兔抗鹅VDR多克隆抗体,该多克隆抗体特异性高,可用于后续鹅体内VDR介导的生物学功能研究。