本研究旨在探索DHRS7C基因外显子多态性及其与阳原驴体尺性状的相关性。基于课题组前期阳原驴的体尺性状全基因组关联分析(Genome-wide Association Study,GWAS)结果,选择DHRS7C(Dehydrogenase/Reductase Member 7C)为候选基因,通过PCR...本研究旨在探索DHRS7C基因外显子多态性及其与阳原驴体尺性状的相关性。基于课题组前期阳原驴的体尺性状全基因组关联分析(Genome-wide Association Study,GWAS)结果,选择DHRS7C(Dehydrogenase/Reductase Member 7C)为候选基因,通过PCR扩增其外显子区域、Sanger测序、基因分型以及关联分析等方法,寻找与阳原驴体尺性状显著相关的SNP位点。对显著位点突变前后的mRNA二级结构,蛋白质二、三级结构进行预测比对。结果表明:阳原驴DHRS7C基因外显子区域内存在g.12389830 G>A突变,产生GG、GA 2种基因型,不同基因型个体之间的体长、胸围、管围差异不显著,体高差异显著,GA基因型个体体高显著高于GG基因型;该突变造成蛋白质第63位精氨酸变为赖氨酸,形成错义突变,通过在线网站结构预测,突变前后mRNA二级结构,蛋白质二、三级结构均无明显变化;同时,研究发现该基因还存在g.12397240 G>A、g.12397287 G>A、g.12398389 G>A、g.12398466 G>A 4个突变,但在本研究驴群中尚未发现它们与体尺性状存在显著相关性。综上所述,DHRS7C基因外显子3区域中的SNP(g.12389830 G>A)位点可作为阳原驴体高性状的潜在分子标记。展开更多
文摘[目的]研究庆阳驴养殖群体的遗传多样性与母系起源,了解其遗传信息,为保护庆阳驴种质资源、选育和遗传改良工作提供理论依据。[方法]随机选取133头庆阳驴,对其线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)D-loop区序列进行PCR扩增、测序及比对,并探讨庆阳驴的遗传多样性与母系起源。[结果]在获得的520 bp D-loop碱基序列中,AT含量(57.3%)高于GC含量(42.8%),表现出碱基的偏倚性;检测到38个变异位点,包含8个碱基对的转换;其核苷酸多样性(Pi)、单倍型多样性(Hd)、平均核苷酸差异(K)分别为0.01591、0.895和8.274,与欧洲家驴和中国家驴研究的平均值相比较低,说明该驴品种核苷酸变异较为贫乏。庆阳驴mtDNA D-loop区存在35个单倍型,单倍型之间的遗传距离为0.002~0.042。系统进化结果显示,庆阳驴存在2个线粒体支系,表明其具有2个母系起源,且遗传距离表明,庆阳驴与克罗地亚家驴之间的遗传距离较近。[结论]本研究从分子水平初步揭示庆阳驴核苷酸变异比较贫乏,杂交程度高,mtDNA遗传多态性正逐步丧失,应加强庆阳驴品种的遗传资源保护工作。