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ERK1/2信号通路基因3'UTR多态性与非小细胞肺癌的相关性
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作者 洪超 向旭东 +6 位作者 李盈甫 曹杨 陈雪雅 李帅 邢安灏 林牧 马千里 《昆明医科大学学报》 CAS 2024年第3期7-17,共11页
目的探究4个ERK1/2信号通路的基因3'UTR区域的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点(MAPK1基因中的rs9340,NRAS基因中的rs14804,KRAS基因中的rs712和rs7973450)与非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC... 目的探究4个ERK1/2信号通路的基因3'UTR区域的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点(MAPK1基因中的rs9340,NRAS基因中的rs14804,KRAS基因中的rs712和rs7973450)与非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)的相关性。方法纳入了478名NSCLC患者及480名健康对照者,利用TaqMan探针法对其进行基因分型检测,并分析上述4个SNP与NSCLC的相关性。结果rs9340位点的等位基因在对照组与非小细胞鳞状细胞癌组(squamous cell carcinoma,SCC)中分布频率的差异具有统计学意义(P=0.009),该结果表明rs9340位点的G等位基因可能是非小细胞肺鳞癌的保护性因素(OR=0.67,95%CI:0.50~0.91)。同时,在<50岁年龄组中,rs9340位点的等位基因在对照组和NSCLC组中的分布频率差异具有统计学意义(P=5.07×10^(-4)),该结果表明rs9340等位基因G可能是NSCLC的保护性因素(OR=0.46,95%CI:0.29~0.72)。结论MAPK1基因SNP位点rs9340可能与NSCLC的发生风险相关。 展开更多
关键词 非小细胞肺癌 ERK1/2信号通路 单核苷酸多态性 3'utr MAPK1
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伊比利亚猪和大白猪睾丸3'UTR组的比较分析
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作者 牟巧 杨雨薇 +2 位作者 陈璐 杜志强 杨彩侠 《湖南畜牧兽医》 2023年第5期23-29,共7页
真核生物信使RNA(message RNA,mRNA)的3'端非翻译区(3'untranslated region,3'UTR)在转录后水平调控转录本的稳定性、运输、亚细胞定位和翻译等。3'UTR序列的变异,可引起基因的异常表达,导致疾病发生。转录组测序(RNA-s... 真核生物信使RNA(message RNA,mRNA)的3'端非翻译区(3'untranslated region,3'UTR)在转录后水平调控转录本的稳定性、运输、亚细胞定位和翻译等。3'UTR序列的变异,可引起基因的异常表达,导致疾病发生。转录组测序(RNA-seq)极大地促进了对基因序列的理解,但缺乏对mRNA 3'UTR进行系统全面的分析。利用公开发表的伊比利亚猪和大白猪睾丸组织RNA-seq数据,通过DaPars软件分析了3'UTR有差异的mRNA并对其参与的信号通路进行了富集,对长度和测序短序列丰度差异大的mRNA 3'UTR进行了可视化分析,对显著差异mRNA 3'UTR中存在的胞质polyA成分(Cytoplasmic polyadenylation element,CPE)、polyA信号(polyadenylation signal,PAS)和microRNA结合位点的位置、个数和种类进行了预测分析。这些分析结果为进一步研究基于3'UTR的转录后基因表达调控提供了有价值的信息。 展开更多
关键词 RNA-SEQ MRNA 3'utr 转录后调控
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5'UTR在基因表达调控中的研究进展 被引量:4
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作者 杜芳芳 马骏杰 +3 位作者 杨泽伟 赵雪莲 刘东宇 杨秀芹 《中国畜牧杂志》 CAS 北大核心 2021年第8期60-67,共8页
5'非翻译区(5'Untranslated Region,5'UTR)在基因表达调控中发挥重要作用,其不仅在翻译水平调控基因表达,还参与真核基因转录、转录后加工、成熟RNA运输等水平的调控。5'UTR介导的基因表达与自身存在的相关调控元件有关... 5'非翻译区(5'Untranslated Region,5'UTR)在基因表达调控中发挥重要作用,其不仅在翻译水平调控基因表达,还参与真核基因转录、转录后加工、成熟RNA运输等水平的调控。5'UTR介导的基因表达与自身存在的相关调控元件有关,主要包括内部核糖体进入位点、5'UTR二级结构、上游开放阅读框、上游起始密码子以及5'UTR内含子等元件,5'UTR异常可引起基因表达异常并引发疾病。本文综述了5'UTR调控基因表达的研究进展,以期为今后5'UTR的作用机制及相关疾病的诊断与治疗提供新的方向和理论依据。 展开更多
关键词 5'utr 内部核糖体进入位点 上游开放阅读框 上游起始密码子 二级结构 5'utr内含子
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沙棘耐盐基因HrNHX1的克隆及3'UTR序列分析 被引量:3
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作者 郭长奎 罗淑萍 +1 位作者 沙依拉 于静 《新疆农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2009年第5期1031-1035,共5页
以沙棘(Hippophae rhamnoides L.)叶片为材料,用改良SDS法提取总RNA,反转录合成第一链cDNA作为模板,根据已公布NHX1家族同源序列保守区设计简并引物,扩增出沙棘中HrNHX1基因的中间序列,然后用快速扩增cDNA末端(rapid amplification of c... 以沙棘(Hippophae rhamnoides L.)叶片为材料,用改良SDS法提取总RNA,反转录合成第一链cDNA作为模板,根据已公布NHX1家族同源序列保守区设计简并引物,扩增出沙棘中HrNHX1基因的中间序列,然后用快速扩增cDNA末端(rapid amplification of cDNA end,RACE)方法,从沙棘中克隆到HrNHX13'cDNA序列。该序列(GenBank登录号:EU718492)长度为1373bp,与已知NHX1序列同源性最大为80%,其编码区1094bp,编码364个氨基酸,3'非翻译区(3'-untranslated region,3'UTR)长度为239 bp。3'UTR序列分析显示沙棘的3'UTR与陆地棉、葡萄柚和小盐芥的同源性分别为43.97%、45.63%和40.64%,明显低于编码区的同源性。结果表明,NHX1基因编码区具有较高的保守性,3'UTR序列的同源性较低,显示了非编码区在环境适应中的重要性,并为进一步研究沙棘对生境的适应分子机制奠定了基础。 展开更多
关键词 沙棘 3'RACE 3'utr HrNHX1基因 耐盐
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奶牛OLR1 3'UTR A223C多态的生物学信息分析 被引量:3
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作者 张传生 耿立英 +3 位作者 尹春光 曹顶国 刘铮铸 付志新 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2011年第1期75-77,共3页
[目的]探索氧化型低密度脂蛋白受体OLR1 3'UTR A223C多态与奶牛乳脂率高低紧密关联的分子机制。[方法]用miRanda(1.0)软件装载牛microRNA数据库,预测OLR1 3'UTR潜在的microRNA。[结果]共预测16个microRNA靶标,OLR1 3'UTR A2... [目的]探索氧化型低密度脂蛋白受体OLR1 3'UTR A223C多态与奶牛乳脂率高低紧密关联的分子机制。[方法]用miRanda(1.0)软件装载牛microRNA数据库,预测OLR1 3'UTR潜在的microRNA。[结果]共预测16个microRNA靶标,OLR1 3'UTR A223C突变定位于bta-miR-370靶标种子序列的互补区。[结论]由于OLR1 3'UTR A→C突变导致bta-miR-370靶标的消失,为OLR1 3'UTR A223C多态与奶牛乳脂率高低紧密关联的分子机制深入研究提供依据。 展开更多
关键词 OLR1 3'utr mir-370 生物信息 MICRORNA
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人Bcl-6 3'UTR区报告质粒及其表达载体的构建和功能检测 被引量:2
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作者 韩白玉 崔瀚之 +4 位作者 燕翔 黄鹏 黄华龙 范忠义 窦京涛 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第10期1451-1456,共6页
目的通过构建bcl-6基因野生型、突变体3'UTR区及其编码序列(CDS),观察miR-127对bcl-6的直接靶向调控作用及bcl-6表达载体回复miR-127抑制细胞周期和细胞生长的功能。方法利用PCR方法扩增bcl-6基因3'UTR区序列及其CDS,分别构建在... 目的通过构建bcl-6基因野生型、突变体3'UTR区及其编码序列(CDS),观察miR-127对bcl-6的直接靶向调控作用及bcl-6表达载体回复miR-127抑制细胞周期和细胞生长的功能。方法利用PCR方法扩增bcl-6基因3'UTR区序列及其CDS,分别构建在pc DNA3.0-Luc和pc DNA3.0-Flag载体上,在bcl-6基因3'UTR质粒基础上应用重组PCR方法构建miR-127结合位点突变的突变体报告基因质粒,应用荧光素酶报告基因系统检测miR-127对bcl-6的直接靶向调控作用,在肝癌细胞Hep G2中检测过表达及敲低miR-127引起bcl-6基因表达抑制后细胞周期和细胞生长的改变,同时应用表达载体回复bcl-6蛋白水平,检测bcl-6在miR-127调控细胞周期和细胞生长中的必要性。结果构建的重组质粒经酶切鉴定和测序证实构建正确,bcl-6 3'UTR野生型和突变体报告质粒与miR-127共转293T细胞和Hep G2细胞后荧光素酶报告基因检测显示miR-127明显降低野生型报告质粒的活性,但对突变体活性没有影响,miR-127可引起Hep G2细胞G2/M期阻滞并抑制细胞生长,bcl-6可以逆转miR-127对细胞周期和细胞生长的影响。结论成功构建bcl-6基因3'UTR区野生型、突变体报告质粒和bcl-6基因的表达载体,荧光素酶报告基因和回复实验证实均具有生物学功能。 展开更多
关键词 BCL-6基因 3'utr 荧光素酶报告基因 细胞周期
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猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒M蛋白/N蛋白间与N蛋白/3'UTR引入重复序列的反向遗传操作
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作者 郑海红 孙竹筠 +3 位作者 丛雁方 张可煜 高飞 童光志 《湖北畜牧兽医》 2019年第3期10-13,共4页
为获得一种经全长cDNA突变体拯救出的、随着传代次数的增多而最终致死的突变病毒,以嵌合感染性克隆p7AX12为骨架,分别在猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)M蛋白与N蛋白间或(和)N... 为获得一种经全长cDNA突变体拯救出的、随着传代次数的增多而最终致死的突变病毒,以嵌合感染性克隆p7AX12为骨架,分别在猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)M蛋白与N蛋白间或(和)N蛋白/3'UTR之间插入32 nt,依次构建4个嵌合突变体pBJ327、pBJ732、pBJD32和pBJD32R,经DNA转染Marc-145细胞后4个嵌合突变体均能拯救出病毒,且拯救病毒中的突变或插入的碱基具有遗传稳定性。突变病毒传代5次,没有最终致死的原因还有待于进一步研究分析。获得的4个突变病毒也为研制PRRSV基因标识疫苗及PRRSV复制转录机制研究奠定了基础。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒(Porcinerep roductive and RESPIRATORY syndrome virus PRRSV) M蛋白/N蛋白 N蛋白/3'utr 反向遗传操作
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法洛四联症患儿NOTCH2基因3'UTR区域突变分析 被引量:1
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作者 冯超 唐宁 +3 位作者 方绍海 徐月娟 李奋 徐让 《上海交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期476-482,共7页
目的筛查法洛四联症(TOF)患儿中NOTCH2基因3'UTR区域存在的基因突变,探讨该区域突变影响NOTCH2基因表达的可能机制。方法选取152例诊断明确的TOF患儿(TOF组)为研究对象,107名健康儿童为对照组(CON组),PCR扩增NOTCH2基因3'UTR区... 目的筛查法洛四联症(TOF)患儿中NOTCH2基因3'UTR区域存在的基因突变,探讨该区域突变影响NOTCH2基因表达的可能机制。方法选取152例诊断明确的TOF患儿(TOF组)为研究对象,107名健康儿童为对照组(CON组),PCR扩增NOTCH2基因3'UTR区域序列,所有扩增片段均进行双向测序。将所测NOTCH2基因3'UTR区序列与Gen Bank中的已知序列(NG_008163.1)通过BLAST程序对比,检出可能存在的基因突变。采用Pic Tar和Target Scan在线预测软件预测可能与NOTCH2基因3'UTR区域结合的微小RNA(miRNA),分析NOTCH2基因3'UTR区域突变对miRNA调控NOTCH2基因表达的影响。结果检测出NOTCH2基因3'UTR区域1个新发突变和5个已报道的单核苷酸多态性(SNP),分别为2 672位(157020T>G)、rs368873082(156595C>T)、rs835576(156691A>G)、rs3795664(156937C>T)、rs699779(156967T>C)和rs699780(156836T>C);5个已报道的SNP在TOF组与CON组中的等位基因频率差异均无统计学意义(P>0.05)。预测结果显示34种miRNA能与NOTCH2基因3'UTR区域结合,该突变并不位于34种miRNA与NOTCH2 3'UTR的结合区域。结论 NOTCH2基因3'UTR区域存在新突变157020T>G,该突变有可能通过空间构象影响miRNA与NOTCH2基因3'UTR区的结合效率,进而影响NOTCH2基因的正常表达;而该区域的5个SNP与TOF易感性无明显关联。 展开更多
关键词 法洛四联症 NOTCH2基因 3'utr 基因突变 微小RNA 单核苷酸多态性
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IL8基因3'UTR SNPs与中国荷斯坦牛泌乳性状的关联分析 被引量:1
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作者 方远洋 宋雪梅 +1 位作者 姜俊芳 蒋永清 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2015年第3期338-342,共5页
为明确白细胞介素8基因(IL8)在浙江省内不同牛种群体间的遗传变异情况,应用PCR-SSCP技术检测了中国荷斯坦牛、温岭高峰牛和温州水牛IL8基因3'UTR的多态性。PCR-SSCP和测序结果表明,中国荷斯坦牛和温岭高峰牛在IL8基因3'非翻译... 为明确白细胞介素8基因(IL8)在浙江省内不同牛种群体间的遗传变异情况,应用PCR-SSCP技术检测了中国荷斯坦牛、温岭高峰牛和温州水牛IL8基因3'UTR的多态性。PCR-SSCP和测序结果表明,中国荷斯坦牛和温岭高峰牛在IL8基因3'非翻译区存在3个完全连锁的SNP(g.2831A/G,g.2904 T/C,g.3030 G/A)构成的单倍域,温州水牛在这些位点均表现为突变纯合型。利用一般线性模型分析IL8基因3'UTR的3个SNPs对中国荷斯坦牛305 d校正产奶量、乳脂量、乳蛋白率及体细胞评分的影响,发现这些SNPs可显著影响中国荷斯坦牛305 d校正产奶量(P<0.01)和乳脂率(P<0.05)。 展开更多
关键词 IL8 3'utr SNPS 中国荷斯坦牛 温岭高峰牛 温州水牛
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牛BBOX1基因3'UTR变异体的克隆及其多态性分析
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作者 宋雨霏 郭彦 +2 位作者 辛友志 崔建伟 周国利 《河南农业科学》 CSCD 北大核心 2017年第2期120-123,共4页
为鉴定牛BBOX1基因选择性多聚腺苷酸化的不同变异体及其3'UTR的多态性,采用3'RACE的方法检测出BBOX1基因3个不同3'UTR全长的APA变异体,短APA变异体3'UTR长度为229 bp,长APA变异体3'UTR长度分别为664 bp和678 bp。利... 为鉴定牛BBOX1基因选择性多聚腺苷酸化的不同变异体及其3'UTR的多态性,采用3'RACE的方法检测出BBOX1基因3个不同3'UTR全长的APA变异体,短APA变异体3'UTR长度为229 bp,长APA变异体3'UTR长度分别为664 bp和678 bp。利用SSCP与测序相结合的方法,在BBOX1基因的3'UTR中检测到10个多态性,其中7个为SNP,分别为c.12T>C、c.100A>G、c.241T>C、c.480T>C、c.557T>C、c.606T>C和c.650T>C;3个为插入或缺失突变,分别为c.28_29ins C、c.434_435del GT和c.512_513ins TGC。SNP c.650T>C定位在Poly(A)加尾信号PAS3中,使加尾信号序列AAUAAA突变成AACAAA,导致3'UTR长度为678 bp的变异体出现。 展开更多
关键词 BBOX1基因 选择性多聚腺苷酸化 多态性 3'utr
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Gene expression profile favoring phenotypic reversion:a clue for mechanism of tumor suppression by NF-IL6 3'UTR 被引量:7
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作者 DINGGANLIU QIUHONGJIANG +3 位作者 YUNYIWEI LISUN BEIBEIFU FUKUNZHAO 《Cell Research》 SCIE CAS CSCD 2003年第6期509-514,共6页
Transfection of cDNA in 3'untranslated region of human nuclear factor for interleukin-6(NF-IL6 3'UTR)induced tumor suppression in a human hepatoma cell line.cDNA array analysis was used to reveal changes in ge... Transfection of cDNA in 3'untranslated region of human nuclear factor for interleukin-6(NF-IL6 3'UTR)induced tumor suppression in a human hepatoma cell line.cDNA array analysis was used to reveal changes in gene expression profile leading to tumor suppression The results indicate that this suppression was not due to activation of dsRNA-dependent protein kinase,nor to inactivation ofoncogenes; rather,all the changes in expression of known genes,induced by NF-IL6 3'UTR cDNA may be ascribed to the suppression of cellular malignancy.Therefore,our results imply that this 3'untranslated region may have played role of a regulator of gene expression profile. 展开更多
关键词 cDNA array NF-IL6 HEPATOMA 3 'utr tumor suppression.
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细胞因子IL-23p19不同长度3'UTR质粒的构建 被引量:1
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作者 王利伟 李文建 +5 位作者 郑颖 仝宇红 赵晓东 赵岚 钱雪松 闫金成 《河北医药》 CAS 2013年第9期1288-1291,共4页
目的构建真核表达IL-23p193'UTR质粒(在PGL3中),并且进行鉴定,为调查鼠IL-23p193'UTR区对IL-23p19的表达调控提供条件。方法用mp193'UTR/PGL3-controlvectorDNA作为模板,设计不同长度3'UTR的引物,行聚合酶链反应扩增目... 目的构建真核表达IL-23p193'UTR质粒(在PGL3中),并且进行鉴定,为调查鼠IL-23p193'UTR区对IL-23p19的表达调控提供条件。方法用mp193'UTR/PGL3-controlvectorDNA作为模板,设计不同长度3'UTR的引物,行聚合酶链反应扩增目的基因,将PCR扩增产物回收,酶切,并克隆到PGL3control载体中,通过酶切鉴定重组质粒。结果构建了4个不同长度的小鼠IL-23p193'UTR区的质粒,经酶切测序鉴定,证实与原设计相同。结论成功构建4个不同长度的小鼠IL-23p193'UTR区的质粒,这4个不同长度的质粒含有不同的ARE区,为进一步调查不同ARE区对小鼠IL-23p19的调节作用提供了物质条件。 展开更多
关键词 IL-23p19 utr ARE
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阳原驴MSTN基因5'UTR多态性分析
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作者 付永智 马晓君 +5 位作者 陈芝媛 王茂晗 赵涵 李哲 苏咏梅 朱文进 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2022年第9期132-135,共4页
为探究MSTN基因5'UTR多态性及其对阳原驴体尺指标(体高、体长、胸围)的影响,试验测量了舍饲的70头2岁以上阳原驴的体尺指标,用PCR-SSCP技术进行MSTN基因5'UTR多态位点检测,并对不同基因型个体的体尺性状进行差异分析。结果表明... 为探究MSTN基因5'UTR多态性及其对阳原驴体尺指标(体高、体长、胸围)的影响,试验测量了舍饲的70头2岁以上阳原驴的体尺指标,用PCR-SSCP技术进行MSTN基因5'UTR多态位点检测,并对不同基因型个体的体尺性状进行差异分析。结果表明:阳原驴MSTN基因5'UTR存在g.229T>C突变,产生TT、CC和TC三种基因型,不同基因型个体之间的体高、体长差异不显著(P>0.05),而CC基因型个体胸围显著大于其他两个基因型(P<0.05)。说明第229位点可以作为阳原驴选择育种的候选标记。 展开更多
关键词 阳原驴 MSTN基因 5'utr SNPS 体尺性状
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miR-197结合HNRNPD的5'UTR区上调其蛋白表达 被引量:1
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作者 罗婧 杨丝雨 +2 位作者 吴宇 王雨萌 郑煜芳 《复旦学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期47-57,64,共12页
microRNA介导的基因调节在发育和疾病调控中都发挥了重要的作用.我们实验室前期研究发现miR-197可以调节神经干细胞分化.在本研究中,我们利用生物信息学数据库分析发现了9个miR-197的候选靶基因.qRT-PCR结果表明miR-197能下调其中8个基... microRNA介导的基因调节在发育和疾病调控中都发挥了重要的作用.我们实验室前期研究发现miR-197可以调节神经干细胞分化.在本研究中,我们利用生物信息学数据库分析发现了9个miR-197的候选靶基因.qRT-PCR结果表明miR-197能下调其中8个基因的表达,但是显著上调了异质核糖核蛋白(Heterogeneous Nuclear RiboNucleoProtein,HNRNP)D0基因(HNRNPD)的表达.我们进一步实验发现,这种上调是通过miR-197与HNRNPD的5'UTR而不是3'UTR区的相互作用实现的.RNA pull-down实验证实miR-197的确与HNRNPD的5'UTR之间存在互补配对.并且敲低Ago2可以阻断miR-197介导的HNRNPD的上调,说明Ago2对于miR-197上调HNRNPD是必需的.已知HNRNPD能通过与AU-Rich Elements(AREs)结合来调控mRNA的降解.我们利用AutDB、SZDB和OMIM等多个数据库分析了几种神经发育障碍疾病(如自闭症和严重的智力障碍)的相关基因,发现这些基因含有比全基因组中更高比例的ARE-mRNA.因此,miR-197和HNRNPD在调节神经发育和相关疾病中可能具有重要作用. 展开更多
关键词 miR-197 异质核糖核蛋白D0 5'utr
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CCL11和CCL26基因3'UTR真核表达载体的构建和意义 被引量:1
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作者 温志红 代艳 何爽 《中国临床新医学》 2014年第1期5-7,共3页
目的构建CCL11、CCL26基因3'非翻译区(3'UTR)真核表达载体。方法多聚酶链式反应(PCR)扩增获得CCL11、CCL26基因3'UTR目的片段,双酶切目的基因片段及pMIR REPORT真核表达质粒后,将目的基因片段插入pMIR REPORT质粒,再将重组... 目的构建CCL11、CCL26基因3'非翻译区(3'UTR)真核表达载体。方法多聚酶链式反应(PCR)扩增获得CCL11、CCL26基因3'UTR目的片段,双酶切目的基因片段及pMIR REPORT真核表达质粒后,将目的基因片段插入pMIR REPORT质粒,再将重组质粒转化感受态DH5α菌株,筛选阳性克隆行双酶切鉴定及测序分析。结果成功构建CCL11、CCL26基因3'UTR真核表达载体。结论 CCL11、CCL26基因3'UTR真核表达载体成功建立,为进一步研究CCL11、CCL26基因与MicroRNAs的关系提供实验基础。 展开更多
关键词 CCL11基因 CCL26基因 3′非翻译区 真核表达载体
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HCV5'UTR靶向性人工M1GS核酶的胞内抗病毒活性
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作者 张文军 黄志文 +2 位作者 李喜芳 张成成 刘映乐 《基础医学与临床》 CSCD 北大核心 2013年第8期986-991,共6页
目的基于大肠埃希菌核糖核酸酶P的催化性RNA亚基(M1 RNA),人工构建一种抗丙肝病毒(HCV)的新型靶向性核酶,并进一步鉴定其胞外靶向切割活性及胞内抗病毒作用。方法首先采用计算机软件对HCV基因组保守区———5'非翻译区(5'UTR)... 目的基于大肠埃希菌核糖核酸酶P的催化性RNA亚基(M1 RNA),人工构建一种抗丙肝病毒(HCV)的新型靶向性核酶,并进一步鉴定其胞外靶向切割活性及胞内抗病毒作用。方法首先采用计算机软件对HCV基因组保守区———5'非翻译区(5'UTR)的序列与结构进行分析,以确定候选靶位。针对靶位的侧翼序列,设计与之互补的引导序列(GS),然后通过PCR将其共价连接至M1 RNA的3'末端,从而构建靶向性的M1GS核酶。结果针对HCV 5'UTR第67位的胞嘧啶成功构建了一种M1GS核酶———M1GS-HCV/C67。该人工核酶不仅在体外可对靶RNA片段产生特异性切割,在HCV感染的宿主细胞内也能够显著抑制HCV核心蛋白的表达(P<0.05),并使上清液HCV RNA的拷贝数减少约800倍(P<0.01)。结论 M1GS-HCV/C67这种新型靶向性核酶具有良好的体外抗HCV活性,其成功构建为HCV感染的治疗研究提供了另一种潜在途径。 展开更多
关键词 M1GS核酶 丙型肝炎病毒 5’非翻译区 抗病毒
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Bioinformatics Analysis on A223C Polymorphism at the 3'UTR of OLR1 Gene in Cow
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作者 张传生 耿立英 +3 位作者 尹春光 曹顶国 刘铮铸 付志新 《Agricultural Science & Technology》 CAS 2010年第9期94-96,共3页
[Objective] The aim was to explore the molecular mechanisms of the A223C polymorphism at 3'UTR of oxidized low density lipoprotein receptor 1(OLR1)which was closely related to milk fat percentage in cow.[Method]The... [Objective] The aim was to explore the molecular mechanisms of the A223C polymorphism at 3'UTR of oxidized low density lipoprotein receptor 1(OLR1)which was closely related to milk fat percentage in cow.[Method]The putative microRNA targets located in the 3'UTR of OLR1 were predicted with the software miRanda(1.0)which could carry the microRNA database of cow.[Result]Total 16 microRNA targets were found.The A223C SNP was located in complementary region of bta-miR-370 target sequence.[Conclusion]OLR1 3'UTR A→C mutation had led to the disappearing of bta-miR-370 target,which had provided basis for the further research on the molecular mechanisms of the A223C polymorphism at 3'UTR of OLR1 gene which was closely related to milk fat percentage in cow. 展开更多
关键词 OLR1 3'utr miR-370 BIOINFORMATICS MICRORNA
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HCV RNA复制过程中5'UTR与3'UTR作用的初步探讨
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作者 吕欣 徐志凯 +6 位作者 薛小平 尹文 雷迎峰 杨敬 孙梦宁 韦三华 胡兴斌 《科学技术与工程》 2005年第14期935-938,共4页
构建具有不同类型和长度的5'非编码区(UTR)及3'UTR的丙型肝炎病毒(HCV)全长cDNA克隆,体外转录制备RNA,转染肝癌细胞HepG2,研究不同RNA转录体在细胞内的复制情况。通过RT-PCR与Westernblot等方法证明:蛋白编码区来源于1a基因型... 构建具有不同类型和长度的5'非编码区(UTR)及3'UTR的丙型肝炎病毒(HCV)全长cDNA克隆,体外转录制备RNA,转染肝癌细胞HepG2,研究不同RNA转录体在细胞内的复制情况。通过RT-PCR与Westernblot等方法证明:蛋白编码区来源于1a基因型并具有1b型5'UTR及3'UTR(全长或缺失98nt保守区)的2种嵌合型HCVRNA,都可以在病毒易感细胞中复制和表达;而以脑心肌炎病毒(EMCV)内核糖体进入位点(IRES)替代HCV5'UTR的嵌合型RNA转染细胞,检测不到病毒正、负链RNA与蛋白表达。以上结果说明HCV1b型5'UTR与3'UTR可以支持1a型病毒RNA的正常复制,3'UTR保守区的存在与否,对病毒复制影响不大。 展开更多
关键词 丙型肝炎病毒 嵌合体 5’非编码区3’非编码区 感染性RNA
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肉牛CAST基因5'UTR和3'UTR多态性分析
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作者 刘振山 刘桂芬 +3 位作者 宋恩亮 刘晓牧 谭秀文 万发春 《山东农业科学》 2015年第3期108-112,共5页
钙蛋白酶抑制蛋白(Calpastatin,CAST)专一抑制钙蛋白酶(Calpain,CAPN)活性,参与调节牛肉的嫩化及肌内蛋白的水解,其编码基因是肉质性状的主要候选基因。本研究根据牛CAST基因5'UTR区(GenBank No.AY834771)和3'UTR区(Gen Bank No... 钙蛋白酶抑制蛋白(Calpastatin,CAST)专一抑制钙蛋白酶(Calpain,CAPN)活性,参与调节牛肉的嫩化及肌内蛋白的水解,其编码基因是肉质性状的主要候选基因。本研究根据牛CAST基因5'UTR区(GenBank No.AY834771)和3'UTR区(Gen Bank No.DQ991097)序列设计两对引物,用PCR-SSCP方法对鲁西黄牛和渤海黑牛共305个样本进行了单核苷酸多态性分析。结果显示,CAST基因5'UTR和3'UTR区存在PCR-SSCP多态,在5'UTR区存在6437(C/T)、6477(G/A)和6614(G/T)3个SNP位点,表现为AA、AB、BB、BC和AD 5种基因型;在3'UTR区存在359(T/C)和366(A/G)2个SNP位点,表现为EE、EF、FF和EG 4种基因型。经检验表明,鲁西黄牛和渤海黑牛均处于非Hardy-Weinberg平衡状态;群体遗传多态性分析表明这两种牛的多态信息含量均为中度多态。 展开更多
关键词 鲁西黄牛 渤海黑牛 CAST基因 5’utr 3’utr 单核苷酸多态性
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心脏圆锥动脉干畸形患儿TBX1C基因3'UTR区域突变分析 被引量:2
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作者 方绍海 徐月娟 +2 位作者 曹瑞雪 陈笋 徐让 《上海交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期767-771,共5页
目的筛查心脏圆锥动脉干畸形(CTHD)患者中TBX1C基因3'UTR区域存在的基因突变,探讨该区域突变影响TBX1C基因表达的可能机制。方法选取无22q11.2区微缺失的52例CTHD患儿(CTHD组)和89名健康儿童(对照组)作为研究对象,PCR扩增TBX1C基因... 目的筛查心脏圆锥动脉干畸形(CTHD)患者中TBX1C基因3'UTR区域存在的基因突变,探讨该区域突变影响TBX1C基因表达的可能机制。方法选取无22q11.2区微缺失的52例CTHD患儿(CTHD组)和89名健康儿童(对照组)作为研究对象,PCR扩增TBX1C基因完整3'UTR区序列,所有扩增片段均进行双向测序;将测序结果与GenBank中TBX1C 3'UTR序列(NM 080647.1)进行比对,筛查出可能存在的基因突变;PicTar和TargetScan在线预测软件预测可能与TBX1C基因3'UTR区结合的微RNA(miRNA),分析TBX1C基因3'UTR区突变对miRNA调控TBX1C基因表达的影响。结果在CTHD组中发现1例突变c.*164_*165insC,即在距离终止密码子164位与165位核苷酸之间插入1个胞嘧啶;该突变在对照组中不存在,其他研究中未见报道,为新发突变;预测结果显示10种miRNA能与TBX1C基因3'UTR区结合,该突变并不位于10种miRNA与TBX1C3'UTR的结合区域。结论 TBX1C基因3'UTR区域存在新发突变c.*164_*165insC,该突变可能改变TBX1C3'UTR区域与miRNA结合的空间构象,进而影响miRNA对TBX1C基因表达的调控作用。 展开更多
关键词 圆锥动脉干畸形 TBX1基因 基因突变 3′utr 微RNA
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