基于cDNA-AFLP技术的辣椒果实发育相关基因的差异表达分析

以辣椒育种资源9-68为研究对象,利用cDNA-AFLP技术对辣椒果实不同发育期进行分析,并进行生物信息学分析,探索辣椒果实发育中相关基因的差异表达,以期获得辣椒果实发育的相关基因及表达信息。结果表明:利用42对引物组合共扩增出1 926条TDF(transcriptic derived fregment),其中包括上调表达、下调表达、无差异表达等类型。选择特异表达的25个TDF进行回收测序,获得19个清晰的序列结果。其中8个TDF序列在Blastn库中检索到相似性较高及功能确定的mRNA、cDNA或基因序列,8个TDF序列与Blastx库中已登录的mRNA或cDNA序列相似性较高,但是具体功能未确定。另外3个TDF在GenBank、EST库的比对分析中,没有搜索到与3个TDF有较高相似性的结果,可能为首次发现的碱基序列。

法国甘蔗种质资源遗传多样性的AFLP分析

甘蔗种质的遗传多样性研究,能为种质的杂交和创新利用提供参考。本研究对43份法国甘蔗种质开展遗传多样性分析,用10对AFLP引物总计扩增出1222条带,多态性条带为891条,多态性条带比率为72.91%。43份法国甘蔗种质间的相似性系数平均为0.809,最小是0.721,最大是0.880。每个位点的多态信息量是0.182,有效等位基因数是1.304,多样性指数是0.283。聚类结果显示在相似性系数0.78处切割时,可划分为2个类群,第Ⅰ类群包括‘FR97-047’、‘FR93-1066’、‘FR96-245’、‘FR97-053’、‘FR93-910’、‘FR93-316’、‘FR97-164’和‘FR93-697’;第Ⅱ类群有35份种质。43份法国甘蔗种质亲缘关系较近,遗传多样性并不丰富。

基于AFLP分子标记的鸭绿江茴鱼遗传多样性分析

为探讨鸭绿江茴鱼群体遗传结构及分化水平,为其种质资源保护提供遗传学依据,利用扩增片段长度多态性(AFLP)方法,对分别采自吉林省内鸭绿江上游、松花江上游和临江金鲨养殖场3个群体的总计90尾鸭绿江茴鱼的遗传多样性进行了比较研究。结果显示,鸭绿江上游、松花江上游和临江金鲨养殖场3个群体的观测等位基因数(Na)分别为1.340 9、1.251 7和1.269 1,有效等位基因数(Ne)分别为1.153 8、1.130 0和1.144 1,Nei’s遗传多样性指数分别为0.093 2、0.078 2和0.086 3,Shannon’s信息指数分别为0.144 7、0.119 8和0.131 9,遗传分化系数(G_(st))为0.176 7~0.254 7,平均值为0.219 4,遗传相似性为0.820 6~0.936 3。UPGMA聚类分析结果显示,松花江上游群体单独聚为一支,鸭绿江上游群体和临江金鲨养殖场群体出现了聚群情况。结果表明,采样的3个鸭绿江茴鱼群体均具有较高的遗传多样性水平,3个群体发生了显著的遗传分化。

丹参种质资源遗传多样性的AFLP分析

对55份不同来源的丹参材料，采用扩增片段长度多态性（AFLP）标记，对丹参种质资源在DNA水平上进行遗传多样性研究，利用NTSYSpe2．1软件采用非加权配对算术平均法（uPGMA）方法进行聚类分析和计算遗传距离，构建遗传系统进化树。筛选得到的6对引物的扩增片段具有丰富的多态性，丹参种质资源存在很大的遗传变异，它们之间的相似系数为0．23～0．76，聚类分析将丹参种质资源分为4个主要类群。丹参种质资源存在丰富的遗传多态性，AFLP聚类分析结果与表型特征不完全一致，可能是基因型和环境共同作用于表型的结果。

大豆DNA扩增片段长度多态性(AFLP)研究

本文研究 AFLP技术在大豆上的应用 ,在改进大豆种子 DNA提取方法的基础上 ,比较同位素与银染检测方法的效果 ,筛选适宜于大豆 AFLP分析的酶切和引物组合 ,从而建立了适用于大豆指纹图谱快速鉴定的 AFL P操作程序 ,并对我国野生大豆和栽培大豆代表性材料进行了

AFLP技术在天麻遗传变异研究中的初步应用

为探讨AFLP技术在天麻遗传变异研究的应用，选取11对脚引物对11份不同来源天麻品种之间遗传关系进行AFLP分析的结果表明，11对引物共扩增出543条扩增带，每个引物组合在个体间扩增条带的数目有33-83条，平均为49．5．采用UPGMA法聚类分析得到的天麻各品种之间遗传距离为0．0792-0．6004。UPGMA聚类图显示，11份样品分为两大组群，其中的贵州天麻一群又分为2个组群．

龙眼品种(系)遗传多样性及亲缘关系的AFLP分析

选用两对引物组合EcoRⅠACT +MseⅠCTT和EcoRⅠACT +MseⅠCTC对 46份龙眼材料进行AFLP分析 ,共得到扩增位点 111个 ,其中多态性位点 10 3个 ,多态性比例达 92 6 9%,区分率达 10 0 %。对AFLP扩增结果进行聚类分析 ,根据相似系数 0 76的水平可将 46份龙眼品种 (系 )分为 11个品种群。供试各品种多态性比例介于 0 2 70 3和 0 4 95 5间。福建东壁与广东东壁应为不同品系 ;早熟一号为一个新的品系。

荔枝品种亲缘关系的AFLP分析

应用AFLP技术 ,对 39个荔枝品种进行了遗传多样性分析及分类研究。筛选出适于荔枝AFLP分析的最佳引物组合 3对 ,分别为EcoRIAAC +MseICTG ,EcoRIAGC +MseICAT ,EcoRIACC +MseICAT。在分子水平上 ,荔枝品种的遗传多样性并非形态学性状所体现的那样丰富。AFLP分析将 39个荔枝品种分成了 6组 ,与传统的以果皮龟裂片隆起类型为分类标准的分类没有一致性。初步建立起荔枝主要栽培品种的分子标记标准图谱。应用AFLP技术对来自两个不同地方的两个荔枝品种 (桂味、妃子笑 )进行了鉴别。

山核桃AFLP实验技术体系的建立

以充分展开的山核桃Carya cathayensis嫩叶为材料,利用改良CTAB(十六烷基三甲基溴化铵)法与CTAB裂解-硅珠吸附法提取山核桃总DNA,对适合于山核桃叶片的AFLP(扩增片段长度多态性)分析体系进行了摸索。结果表明:"!改良CTAB法适用于从山核桃叶中提取高质量的DNA,提取的DNA可用于AFLP的分析;#"采用EcoR I/MseⅠ酶切组合,酶切连接一步法与两步法的效果没有明显的差异,但一步法操作更为简便;&%适合于山核桃叶AFLP分析的引物组合为E-ACT+M-CAT,E-ACT+M-CTG,E-ACG+M-CAT,E-ACG+M-CTG。扩增产物经60 g.L-1变性聚丙烯酰胺凝胶电泳后进行银染,条带信号强度一致性好,条带分布均匀、清晰,分辨率较高。

粉蕉、大蕉和龙牙蕉的AFLP分类研究

应用AFLP技术 ,对 32个粉蕉、大蕉、龙牙蕉品种进行了遗传多样性分析及分类研究。在分子水平上 ,可将供试品种聚为 6个独立群体 ,其中包括 3个分别由单一品种组成的群体 (群体Ⅳ :酸大蕉 ;群体Ⅴ :孟变 ;群体Ⅵ :千旁培 ) ;可以将群体Ⅰ (大蕉 )和群体Ⅱ (粉蕉 )分别划分为 3个品种群 ,将群体Ⅲ (龙牙蕉 )划分为 2个品种群。参照Simmonds的形态学分类方法 ,研究结果显示粉蕉、大蕉以及龙牙蕉各个品种之间存在丰富的遗传多样性 ,将其划分为AAB或ABB等类型 ,不能反映品种间的亲缘关系 ;粉蕉与大蕉两个类群之间遗传距离差异明显 ,将其简单的归为ABB类型是不妥当的。

番茄抗青枯病基因的AFLP分子标记

用番茄高抗青枯病品种“T51A”与高感青枯病品种“T9230”配制杂交组合,接种鉴定其正反交F1代及F2代分离群体的青枯病发生情况。结果表明,T51A对青枯病的抗性属于细胞质遗传,受1对杂合基因加性控制。用64个EcoRⅠ/MseⅠ引物组合对“T51A”、“T9230”两个亲本及其F2代抗病和感病基因池进行AFLP分析,共扩增出约4200条可分辨的带,其中2条为稳定的差异。用“T51A”和“T9230”杂交产生的F2代分离群体对2个特异条带与目的基因的遗传连锁性进行分析,发现特异条带AAG/CAT与暂定名为RRS342的抗青枯病基因紧密连锁,二者之间的遗传距离为6.7cM。将AAG/CAT片段回收、克隆和测序,成功地将其转化为SCAR标记,可以更加方便地用于对番茄青枯病基因的标记辅助选择。

燕麦种质资源遗传多样性的AFLP分析

为给燕麦种质资源的收集保护和育种研究提供依据,利用扩增片段长度多态性(AFLP)技术对74份燕麦种质资源的遗传多样性进行了分析。结果表明,10对AFLP引物共产生784个扩增位点,多态性位点比率达96.91%;供试燕麦种质的平均Nei′s指数为0.382,平均Shannon′s信息指数为0.573,各供试材料的AFLP多态性丰富,表现出较高的遗传多样性,利用AFLP标记评价燕麦种质的遗传多样性具有较高的检测效率。对AFLP数据进行聚类分析,构建了供试燕麦种质的UPGMA系统进化树,74份燕麦种质可以聚为五大种质群,聚类结果与地理来源及皮裸性有一定的相关性。

AFLP和RFLP标记检测水稻亲本遗传多样性比较研究

利用AFLP和RFLP技术对 2 0个水稻品种 (系 )进行了遗传多样性分析。在AFLP分析中 ,用 6 4对引物组合进行了初筛 ,然后用其中适合水稻的 15对引物进行了详细研究 ,每对AFLP引物组合扩增出了 4 7～ 118条带 ,其中多态性带为 5～ 32条 ,15个引物组合共得到多态性条带 2 99条 ;在RFLP分析中 ,4 9个RFLP探针共检测出 10 7条多态性带。聚类分析表明 ,两种标记均能将 2 0个材料分成籼粳两大类群 ,但AFLP标记比RFLP标记更能反映品种间系谱亲缘和地理生态上的差异。两种标记检测出的遗传距离的趋势是一致的 ,但AFLP标记相对于RFLP而言提高了品种间的遗传距离的估计 ,降低了亚种间遗传距离的估计 ,因此 ,AFLP更适应于多样性的研究 。

辣椒细胞质雄性不育基因的AFLP分析

本文采用AFLP(amplified fragment length polymorphism)技术对辣椒(Capsicum annuum L.)细胞质雄性不育系21A及其相应的保持系21B基因组DNA进行多态性比较,筛选了64对AFLP选择性引物PstⅠ-NNN+MseⅠ-NNN组合,有60对引物组合均在两系间扩增出5447条带,多态性位点为4个,其中在不育系材料中仅有2个多态性片段AGC/CGC378和ATC/GAG446,对特异片段进行克隆、测序,其序列全长分别为340bp和408bp,它们编码的氨基酸序列与烟草基因组线粒体DNA序列同源性达94%和96%。

利用扩增片段长度多态性(AFLP)研究坛紫菜的遗传变异

应用AFLP技术对浙江普陀列岛、渔山列岛和南麂列岛野生坛紫菜、福建野生厚型及薄型以及栽培坛紫菜的两个表型分化类型进行了研究。结果表明 :坛紫菜的遗传变异较为丰富 ,共记录了 5 2 8个位点 ,其中 16个为单态位点 ,其余的为多态位点 ,多态位点比例达到 96 97%。其遗传距离与地域分布正相关 ,说明不同的环境因素可能是造成坛紫菜遗传变异的主要因素。对遗传距离进行UPGMA和Neighbor joining聚类分析表明具有薄型叶片性状的浙江野生坛紫菜和福建野生薄型坛紫菜聚合 ,而福建野生厚型与栽培具厚型叶片 ,当地俗称为木耳菜的样本聚合。该结果基本清楚地反映了坛紫菜表型特征的分化。栽培薄型叶片俗称鸡毛菜样本在不同聚类方法中分别于外侧并入不同的分支。在福建野生坛紫菜与养殖坛紫菜的AFLP图谱中仅发现了三条与叶片性状相关的谱带 :具有厚型叶片性状的坛紫菜共有的ACC CAA(10 0 )和ACT CAG(2 32 ) ,具有薄型叶性状的坛紫菜共有的ACC CAA(490 )。

用RAPD和AFLP的方法对中国卤虫 (Artemia)种及亲缘关系的研究

利用ＲＡＰＤ（随机扩增多态ＤＮＡ）和ＡＦＬＰ（扩增片段长度多态性）技术对不同种及种群卤虫的关系进行分析。 １０１个随机引物对４种卤虫Ａｆｒａｎｃｉｓｃａｎａ、Ａ ｕｒｍｉａｎａ、Ａ ｓｉｎｉｃａ和Ａ．ｐａｒｔｈｅｎｏｇｅｎｅｌｉｃａ基因组ＤＮＡ进行扩增，平均每个种获得７５１条带，其中４５８条带为多态性标记，每个引物提供平均７４个标记信息，聚类结果表明Ａ．ｓｉｎｉｃａ是不同于其他旧大陆两性生殖卤虫的一个独立的种。对来自 １５个种及品系的卤虫的 ＡＦＬＰ分析显示了非常好的遗传多态性，采用 １２对引物检测到 ５９４条带，其中 ４８０个为多态性标记。聚类结果表明来自西藏的两性生殖卤虫为不同于中国内陆两性生殖卤虫的新种。而孤雌生殖卤虫在进化过程中可能是多源的，中国内陆和沿海的孤雌生殖卤虫是沿着不同的途径进化的，内陆和沿海的孤雌生殖卤虫可能为不同的种。

24个中外猪种(群)的AFLP多态性及其群体遗传关系

利用 12对AFLP引物组合检测了 19个中国地方猪种 (群 )、1个培育猪种和 4个欧美引进猪种混合基因组DNA的遗传变异 ,根据AFLP分析结果计算了 2 4个猪种 (群 )间的遗传相似系数 ,据此构建了UPGMA聚类关系图。结果表明 ,AFLP标记有着很高的多态检测效率 (Ai) ,平均每个引物组合检测到 17.3个多态标记 ,非常适合于猪种(群 )遗传多样性分析和品种鉴定 ;中国地方猪种与欧美引进猪种间的遗传分化十分明显 ,两类猪群间的亲缘关系较远 ;南昌白猪与大白猪、铅山黑猪与玉山黑猪有着极近的亲缘关系 ,分别与其育成历史、地理分布和RAPD分析结果相一致。另外还对部分猪种 (群 )的聚类分析结果与其形态学。

利用SRAP、SSR和AFLP标记构建甘蓝型油菜遗传连锁图谱

【目的】建立甘蓝型油菜的高质量遗传图谱,为在分子水平上研究复杂性状打下基础并提供保证。【方法】以甘蓝型油菜自交不亲和系“SI-1300”及其恢复系“Eagle”组配得到的184个F2单株为群体,利用SRAP、SSR和AFLP标记技术构建甘蓝型油菜遗传图谱。【结果】该图谱共包含21个连锁群,涉及137个SRAP标记、143个SSR标记和118个AFLP标记。图谱总长1949.8cM,标记间平均图距为4.9cM。以SSR标记为锚定标记,该图谱与国际标准图谱进行了初步对应。研究共发现了8个偏分离区域。【结论】根据对标记分布的均匀程度,图谱覆盖程度以及标记密度等方面的分析,本研究构建的甘蓝型油菜分子遗传图谱质量较高,并且SRAP标记可能是比AFLP标记更适合于图谱构建的标记体系。

基于AFLP分子标记探讨福建近海竹荚鱼群体遗传多样性

为研究福建近海竹荚鱼群体的遗传分化,对竹荚鱼闽东(30尾)和闽南(30尾)群体进行了扩增片段长度多态性(AFLP)分析,8对选择性引物在2个群体60个个体中,共扩增出433条条带,其中多态位点286个.闽东和闽南群体的多态位点比例分别为63.28%、61.89%,Nei遗传多样性指数分别为0.171 8、0.172 2,Shannon多样性指数分别为0.267 3、0.267 3.与其他鱼类对比显示,福建近海竹荚鱼群体的遗传多样性水平较高,说明其种质资源尚未遭到明显破坏;遗传分化系数(Gst)和分子生物学方差分析(AMOVA)均显示竹荚鱼的遗传变异主要来源于群体内,而群体间无明显的遗传分化.基因流(Nm)显示2个群体间基因交流频繁,无明显独立的遗传结构.群体的位点差异数分布和显性基因型频率分布显示2个群体有相似的群体遗传结构.结果表明,竹荚鱼闽东和闽南群体间无明显的遗传差异,可将福建近海的竹荚鱼划归同一个管理保护单元.近期扩张、较强的扩散能力和洋流可能是造成福建近海竹荚鱼群体间遗传同质性较高的原因.

98份甘蔗种质资源遗传多样性的AFLP分析

【目的】甘蔗蔗糖产量约占中国食糖总量的92%。具有遗传多样性的甘蔗种质资源是甘蔗杂交育种的基础,杂交亲本的选择和组合的选配是杂交育种成败的关键,研究98份种质的遗传多样性及亲缘关系,为甘蔗杂交组合选配和种质创新提供参考依据。【方法】采用CTAB法提取甘蔗幼叶基因组DNA,利用扩增片段长度多态性(amplified fragment length polymorphism,AFLP)分子标记技术,对来源于10个国家的98份种质资源的基因组DNA进行酶切、连接、预扩增、选择性扩增,选择性扩增产物在5%变性聚丙烯酰胺凝胶上电泳分离,银染显色。电泳结果得到"0,1"矩阵,使用POPGENE 32软件计算每对引物的多态性条带数、多态性比率、多态信息量、有效等位基因数、遗传多样性指数等指标,同时使用NTSYS pc-V.2.1计算种质间遗传相似系数,根据相似性系数进行UPGMA(unweighted pair group method analysis)聚类分析和PCA(principal component analysis)主效应分析,对甘蔗种质资源进行分类。【结果】采用云南省甘蔗遗传改良重点实验室筛选出的10对引物组合共扩增出1 392条谱带,其中多态性条带为1 344条,多态性条带比率为96.55%,平均每对引物扩增出139.2个位点和134.4个多态性位点。98份种质的相似性系数在0.484—0.929,平均为0.734,多态信息量为0.2495,每个位点的有效等位基因数为1.4092,平均多样性指数为0.3890,遗传相似性系数最高的是KN90-418和KN90-455,达到0.929,最低的是云蔗94-375和IS76-126,为0.484。根据遗传相似性系数进行聚类分析,在遗传相似性系数0.64处切割时,可划分为4个类群,第I类群有5份澳大利亚种质,包括IK76-48、IS76-126、IK76-22、SES309和E.SARPET;第II类群有1份澳大利亚种质是IS76-199;第III类群有3份种质,包括KN93-06、90-110-9和BURMA;第IV类群有89份种质,在遗传相似性系数0.79处切割时,可将第Ⅳ类群划分为9个亚群(A、B、C、D、E、F、G、H和I)。基于Jaccard系数用PCA法对98份甘蔗种质AFLP标记结果进行主效应分析,主效应分析显示了不同种质的分类位置,分子主效应分析结果与分子聚类结果一致,集中在一个区域的种质亲缘关系较为紧密,澳大利亚种质位置较为分散,最分散材料为蔗茅属和细茎野生种。【结论】98份种质资源的遗传基础差异较小,亲缘关系较近,其中,澳大利亚种质遗传多样性相对较丰富。90-110-9、KN93-06和粤糖00-236较为特殊,在杂交组合选配中应给予重点关注。