用生物信息学技术构建cSSR分子标记开发体系

存在于基因编码区的简单重复序列(又称cSSR或者EST-SSR),既可用作分子标记又可用于基因功能研究。Internet上大量的EST数据为cSSR标记的开发提供了丰富的资源。生物信息学是cSSR分子标记开发的有力工具。笔者构建的cSSR分子标记开发体系包括自行编制的SSR标记发掘程序SSRFinder,生物学家常用的引物设计程序Primer3和DNAstar, 以及遗传定位程序MapMaker和图形显示程序JgeneMap。根据SSR分子标记发掘中存在的问题,提出了SSR分子标记发掘算法,并用此算法编写了程序SSRFinder。利用该程序不但可以从大量的EST序列中发掘cSSR标记,还能比较准确地进行统计和分析。JgeneMap完善了GeneMap的图形显示功能,增加了图片保存及调整图片大小和字体类型、大小的功能,具有友好的用户图形界面。用此体系已从小麦的37 270条EST中挖掘了1228个精确cSSR(perfect cSSR) 和875个复合型cSSR(compound cSSR);根据1228个精确cSSR标记序列成功设计了597对引物,其中478对为有效扩增引物,在小麦遗传图谱上已经定位了66个标记。

燕麦隐性核不育cSSR标记的开发及其验证

构建燕麦隐性核不育转录组数据库,开发cSSR标记,丰富燕麦分子标记数据库,并对隐性核不育相关cSSR标记进行验证,为充分利用燕麦种质资源及深入研究隐性核不育奠定基础。对燕麦雄性不育近等基因系CAMS1进行转录组测序,利用软件对得到的EST序列进行SSR位点查找和分析,开发cSSR引物。并用CAMS1×品燕2号F2代群体对所开发的雄性不育相关的cSSR引物进行验证。通过转录组测序获得的EST序列中6409条存在SSR位点,736条序列中有2个及2个以上SSR位点;在所有SSR位点中三核苷酸、二核苷酸重复序列最多,分别为4340(56.66%)和1768(24.30%)个。三核苷酸重复中,CCG/CGG(26.68%)、AGG/CTT(21.29%)、AGC/CTG(18.48%)出现的频率较多,二核苷酸重复中,以AG/CT(60.63%)和AC/GT(26.24%)出现的频率较高;根据开发的cSSR设计了13344对cSSR引物,选择与雄性不育相关且能设计引物的21条序列合成45对SSR引物。PCR检测表明,32对引物(71%)有扩增产物,其中11对cSSR引物在亲本间的扩增产物具有多态性,7对引物在可育和不育性状池间存在差异。本研究对燕麦雄性不育近等基因系CAMS1进行了转录组测序,根据得到的EST序列开发了13344对cSSR引物,并利用CAMS1×品燕2号F2代群体进行有效性检测,32对引物有扩增产物,7个标记可用于燕麦雄性不育材料的分子检测。

从小麦EST序列中开发新的SSR引物

小麦EST数量的迅速增加为开发新的SSR标记提供了宝贵的数据资源 ,本实验从国际小麦族EST协作网 (ITEC)上公布的 10 380条EST序列中检索到 4 4 4条含有SSR的序列 ,检出率为 4 1%。其中含二核苷酸重复单元和三核苷酸重复单元的SSR ESTs分别为 34条 (7 7% )和 347条 (78 0 % )。利用这些SSR ESTs序列共设计 135对cSSR引物 ,其中 82对在小麦上有扩增产物 ,占所设计引物总数的 6 0 8%。利用小麦缺体 四体 ,32对cSSR引物被定位到小麦除 2D、4B和 4D外的 18条染色体上。

复杂系统建模的ε机理论方法及应用研究

提出一种ε机理论发现复杂系统中隐含模式的新思路。该方法能在对系统内部结构无法知晓的情况下,不需要假设而根据系统自身的特性建模。先对时间序列进行符号化处理,生成符号序列。再采取因果态分割重构法重构ε机,重构后能够显示出原始序列中的隐含信息。通过对工程中配电网系统故障选线的多组实验证明,4个评判指标:熵率、统计复杂度、状态数和相对熵率能够一致地显示出各条线路的隐含信息,在几个关键影响因素改变的情况下均能有效地区分故障线路和非故障线路。从而验证了ε机理论在复杂系统建模中的优越性,为复杂系统建模提供了一种有效途径,也为配电网故障选线提供了一种新的方法。

哺乳动物肽聚糖识别蛋白抗菌作用及其机制的研究进展

哺乳动物肽聚糖识别蛋白(PGRPs)是一类可识别肽聚糖的免疫激活分子,具有抗菌活性。它的抗菌机制与其他抗菌肽明显不同。最新研究发现,哺乳动物PGRPs通过与肽聚糖结合,激活在细菌中识别胞浆外错误折叠蛋白质分子的CssR-CssS或CpxA-CpxR双部件系统,最终导至细菌死亡。文中总结了肽聚糖识别蛋白的抗菌作用及其机制的相关研究进展。

扫描GMTI系统运动目标精确定位方法

运动目标定位性能会受到通道一致性和基线误差等系统非理想因素的影响。介绍了误差等效基线的概念来描述以上误差,并在此基础上提出了一种新的扫描地面运动目标检测(ground moving target indication,GMTI)系统的运动目标定位方法。该方法的主要步骤包括测量不同误差等效基线对应的杂波抑制锐化比,确定最优误差等效基线及运动目标定位。此方法的关键步骤是通过令杂波抑制比最大化来估计最优误差等效基线,这确保了估计的最优误差等效基线与数据真实误差特性相吻合。因而,其定位性能明显优于采用名义基线的定位结果。实测数据处理结果验证了方法的性能。

呼叫建立成功率简析

简述了呼叫建立成功率的计算公式和影响呼叫建立成功率的因素,对GSM网络中呼叫建立成功率低的小区进行了分类分析。

脆蛇转录组序列的分析和系统发育定位(英文)

脆蛇是一种类似于蛇但是又具有蜥蜴的特征的爬行动物,这些矛盾的特性与脆蛇的系统发育分类学有密切的关系.脆蛇在传统中药中也有很多治疗作用.基于这些方面,本研究利用高通量测序方法对脆蛇胃肠道的转录组序列进行检测,组装和注释.最终获得4.6 Gbp高质量的数据,组装获得58 959个单一的基因,其中35 708(60.56%)个单一基因与数据库的基因相匹配.为了确定脆蛇与蛇和蜥蜴的同源进化关系,对同源基因家族和系统进化树进行了分析,结果显示脆蛇的转录组序列更接近于蛇而不是蜥蜴.除此之外还鉴定了10 613 cSSR标签,其中1 644个标签根据严格的标准能够用至少一个引物获得.本研究第一次揭示了脆蛇胃肠道的转录组序列,确定其在系统发育学上的定位.这些序列和标签为脆蛇的研究提供了重要的资源.

女性精神分裂症和精神发育迟滞患者性防卫能力司法鉴定

目的探讨女性精神分裂症和精神发育迟滞患者性侵害时性防卫能力评定的有关因素。方法对193例女性精神分裂症和精神发育迟滞性侵害患者性防卫能力的司法鉴定资料进行分析。结果精神分裂症、精神发育迟滞分别占女性性侵害鉴定案件的12．2％、82．0％，两者文化程度、婚姻状况、精神病家族史、有无躯体疾病合并症及脑电图状况比较差异有显著性（P〈0．05或0．01）。本组患者性防卫能力鉴定为丧失占88．1％，削弱占7．3％，存在占4．7％；不同性防卫能力患者案件特征、性自我防卫能力量表评分及日常生活能力量表评分比较差异有显著性（P〈0．05或0．01）；精神分裂症及中重度精神发育迟滞患者多无性防卫能力，轻度精神发育迟滞患者中性防卫能力丧失占51．1％，削弱占28．9％，存在占20．0％。结论女性精神分裂症及中重度精神发育迟滞患者多无性防卫能力，轻度精神发育迟滞患者性防卫能力的评定是目前司法鉴定的难点，性侵害时的特点、案件特征、性自我防卫能力量表评分及日常生活能力量表评分是评定女性性防卫能力的因素，对评定女性性防卫能力有重要作用。

基于HMM的私有协议自主学习方法

针对近年来工控网络中私有协议的广泛应用,给安全研究带来许多挑战,提出基于隐马尔可夫模型的私有协议自主学习方法,仅通过流量数据得到私有协议报文结构的有限状态机模型。并且针对Baum-Welch算法需要先验知识的缺点,基于因果态分割重建算法的思想,设计出求解私有协议报文结构ε机模型的CAPP算法,避免了局部最优和由于缺乏先验知识所产生的参数选择问题;通过公有协议FTP、Modbus TCP以及私有协议WDB RPC对方法的有效性进行了实验验证。最后讨论了下一步的研究方向。

超极化^(129)Xe MR用于COPD急性加重的肺功能研究

慢性阻塞性肺疾病(COPD)急性加重(AECOPD)是COPD自然病程中的重要不良事件,本研究利用超极化^(129)Xe MR技术探究了AECOPD疾病模型的肺泡微结构和气血交换功能变化.结果表明,相比于肺气肿组,急性加重组的肺部微结构变化不大,但气血交换功能显著下降.这些测量结果与组织学以及肺功能检查结果具有较好的相关性,证明了超极化^(129)Xe MR对AECOPD检测的可行性与灵敏性.