中国大陆两种东毕吸虫rDNA-LSU基因的序列分析

目的 测定程氏东毕吸虫、土耳其斯坦东毕吸虫结节变种rDNA LSU基因序列 ,并对照已发表的土耳其斯坦东毕吸虫同一基因序列 ,比较三者的差异 ,探讨东毕吸虫虫种分类问题。 方法 收集两虫种成虫 ,GNT K法抽提基因组DNA ,PCR扩增目的基因 ,并将其产物克隆入质粒再次扩增 ,提取质粒DNA ,以M 13(F/R)作为测序引物进行测序。从GenBank获得土耳其斯坦东毕吸虫rDNA LSU基因序列 ,用BioEdit软件将 3种血吸虫基因序列排序并比较分析。 结果 程氏东毕吸虫、土耳其斯坦东毕吸虫结节变种的LSU序列完全一致 ,与土耳其斯坦东毕吸虫rDNA LSU基因序列仅相差一个碱基 ,同源性高达 99.99%。 结论 γDNA LSU基因序列分析结果不支持程氏东毕吸虫为独立种 ,土耳其斯坦东毕吸虫结节变种可能是土耳其斯坦东毕吸虫的同种异名。

小麦AGPase胞质型基因LSUI的克隆及正义、反义与RNAi干扰载体的构建

采用RT-PCR方法从小麦品种豫教2号的发育籽粒中克隆出AGPase胞质型大亚基基因(large subunit,LSU I)的cDNA全长(1947 bp,GenBank No.DQ839506),同源性比较结果表明,与GenBank上已报道的LSU I基因同源性达99%,虽与其有2处碱基不同(与Z21969相比,分别在851 bp处的T变为C和926 bp处的G变为A),但他们的氨基酸序列相同,故不影响其功能.以pBI121质粒为基础,通过中间载体pBSK,构建了由35S启动子调控的LSU I基因的正义表达载体pBI121LSUⅠS;将该基因反向置于pBI121质粒的CaMV35S启动子之后,构建了LSU I的反义表达载体pBI121LSUⅠA.同时还克隆出LSU I基因的250 bp片段,以pFGC5941质粒为基础,构建了RNAi干扰载体pFGCLsuⅠ,这为研究该基因的功能打下了很好的基础.

实验感染大、小鼠和临床疑似病例肺孢子虫mt LSU rRNA基因检测

为探讨PCR技术对实验感染大、小鼠肺孢子虫肺炎(PCP)和临床疑似病例诊断的可行性。用皮下注射地塞米松法诱导SD大鼠和ICR小鼠PCP并收集临床疑似病例24h深部痰液。受试动物解剖后,制备肺印片,经瑞姬氏复合染色镜检确定肺孢子虫(Pc)感染的阳性率;同时,以针对虫体mtLSUrRNA基因设计的引物,PCR扩增鼠肺组织和支气管灌洗液(BALF),以及痰液样本中的DNA;比较实验动物样本镜检和PCR两种方法的检测结果;测定PCR的敏感性和特异性。结果表明,SD大鼠和ICR小鼠肺印片的阳性率分别为68.8%(1116)和85.7%(1821),肺组织PCR检测的阳性率分别为75%(1216)和80.9%(1721),肺泡灌洗液PCR的阳性率分别为81.2%(1316)和23.8%(521)。肺印片镜检和PCR技术检测结果无显著性差别;可见,PCR对虫体mtLSUrRNA基因的检测具有显著的特异性和敏感性,至少可以检测出0.6pg的肺孢子虫DNA;6例临床疑似病例样本中2例显示肺孢子虫PCR阳性反应。

牛羊源土耳其斯坦东毕吸虫ITS和28S rDNA-LSU序列分析

目的探讨牛羊源土耳其斯坦东毕吸虫(Orientobilharzia turkestanicum)核糖体内转录间隔区(ITS)和28S核糖体大亚基序列(rDNA-LSU)的差异。方法粪便检查、剖杀自然感染东毕吸虫的绒山羊、山羊、绵羊和黄牛,收集虫体,形态学鉴定为土耳其斯坦东毕吸虫。抽提成虫基因组DNA,扩增其ITS(包括ITS-1、5.8S rDNA和ITS-2)和28S rDNA-LSU序列,测序并分析以上序列,以及28S rDNA-LSU序列RNA二级结构。结果牛、羊源土耳其斯坦东毕吸虫的ITS-1、5.8S rDNA、ITS-2和28S rDNA-LSU序列分别长384、159、331和1304bp。牛源和羊源的ITS-1和5.8S rDNA序列完全相同;黄牛源、绵羊源和绒山羊源的ITS-2序列完全相同,与山羊源存在1个碱基的差异;绵羊源和绒山羊源的28S rDNA-LSU序列完全相同,与牛源和山羊源分别有2个碱基的差异。绵羊源和绒山羊源的28S rDNA-LSU序列RNA二级结构相同,与山羊源存在微小差异,但牛源与羊源存在较大差异。结论不同终末宿主源土耳其斯坦东毕吸虫的核糖体序列存在不同程度的差异,羊源28S rDNA-LSU序列的RNA二级结构相同或相似,但与牛源存在较大差异。

小麦AGPase基因LSU Ⅱ的克隆及反义表达与RNAi干扰载体的构建

采用RT-PCR方法从小麦品种豫教2号的发育籽粒中克隆出小麦淀粉合成关键酶—AGPase质体型大亚基(AGPase plastidial large subunit,LSU Ⅱ)cDNA一段特异保守序列,长度为535 bp(GenBank No.EF378944),与DQ409820(小麦)、U66876(大麦)、AK069296(水稻)和DQ406819(玉米)分别有98%,97%,88%,88%的同源性,表明克隆出了小麦LSU Ⅱ基因的部分cDNA序列。以pWM101质粒表达载体为基础,将LSU Ⅱ反向置于pWM101质粒的CaMV35S启动子之后,构建了LSU Ⅱ的反义表达载体pWM101LSUIIA;另外,用pFGC5941干扰载体构建了LSU Ⅱ基因的RNAi载体pFGC5941 LSU ⅡSA,这些载体的构建为研究LSU Ⅱ基因的功能打下了基础。

贝盖侧耳的系统发育地位——基于nrDNA-LSU和ITS序列分析的研究

通过同时对细胞核编码的核糖体大亚基DNA(nrDNA LSU)和内转录间隔区(ITS)两个片段序列进行测定,分析了贝盖侧耳的系统发育地位.结果显示:贝盖侧耳与幕盖菇属亲缘关系较远,而与侧耳属成员关系密切,担子果侧生和具有菌幕并不能作为与幕盖菇属同源的依据.在侧耳属中,贝盖侧耳与同样能产生菌幕的栎侧耳和Pleurotuslevis亲缘关系并不密切,而与不产生菌幕的红侧耳关系最近.

LSU-1离子交换树脂对U(Ⅵ)的吸附性能研究

采用LSU-1离子交换树脂从CO_(2)+O_(2)地浸液中吸附U(Ⅵ)。在中性条件下,LSU-1树脂能够有效吸附U(Ⅵ);当pH=7,U(Ⅵ)初始浓度为300mg/L时,树脂吸附容量为141.42mg/mL。吸附过程符合Langmuir吸附等温模型(R2=0.998)和准二级动力学模型(R2=0.991)。动态试验表明,树脂吸附容量为140.52mg/mL,与静态吸附试验相吻合;采用0.5mol/L NaCl和0.5mol/L Na_(2)CO_(3)的混合溶液淋洗,能成功将铀洗脱,适用于CO_(2)+O_(2)采铀工艺。

赤潮异弯藻和海洋原甲藻LSU rDNA扩增及序列分析

利用引物 D1R和 D2 C扩增并测定了赤潮异弯藻 (H eterosigma akashiwo Hada)和海洋原甲藻 (Prorocentrum micans Ehrenberg)的 L SU r DNA D1与 D2序列 ,并与 Gen Bank中相关序列进行比较分析。结果表明 :在种内水平 ,所测的 H .akashiwo 6个株系之间共有 5个变异位点 ,序列H.k与 H.k- 2 ,H.k- 4均存在碱基替换 ;原甲藻属不同种内各株系之间的遗传距离为 0 .0 0 2～0 .0 2 3之间 ,所测序列 P.mi与 P.micans其他株系之间均存在碱基替换。在种间水平上 ,原甲藻属不同种之间的遗传距离在 0 .0 4 5～ 0 .139之间 ,大于种内遗传距离 ,每个种都具有特定的保守序列。根据序列间的遗传变异 ,可设计特异性的探针对不同株系和物种进行检测和计数。

基于ITS和LSU序列对一株野生鹅膏菌的分类鉴定

以山西左权地区一株野生的鹅膏菌作为研究材料,提取鹅膏菌基因组DNA后,将r DNA的ITS和LSU区段进行克隆后连接到T载体上进行测序。通过GenBank核酸数据库对测序得到的ITS和LSU序列进行同源性比对,并从GenBank检索获得7个相似物种的ITS和LSU序列,与测序得到的ITS和LSU序列分别做系统发育树。测序结果表明,ITS序列有666 bp,LSU序列有968 bp;系统发育树结果显示,ITS序列以100%的支持值与拟橙盖鹅膏菌聚在一起,LSU序列以98%的支持值与拟橙盖鹅膏菌聚在一起。结合形态学观察,将山西左权鹅膏菌鉴定为拟橙盖鹅膏菌(Amanita caesareoides)。

广西钦州湾一株巴夫藻的形态描述和分子鉴定

巴夫藻隶属于定鞭金藻门巴夫藻纲,是潜在的水产养殖优良饵料生物,为了研究广西沿海巴夫藻的种类信息,于2021年8月从广西钦州湾海域成功分离出一株巴夫藻(BGERL121),应用光学显微镜初步观察其形态,并运用DNA分子鉴定技术对其核糖体大亚基(LSU rDNA)和核糖体小亚基(SSU rDNA)进行序列和系统发育分析。结果表明:该藻株细胞长×宽为(2.96~5.59)×(2.73~4.89)μm,藻液呈黄绿色或黄色,藻体近前端具有两根不等长的鞭毛,在鞭毛附着点附近有一个红色的眼点,藻体后端略微凸起,包裹着一个蛋白核。LSU rDNA和SSU rDNA两种序列与NCBI数据库BLAST搜索得到的Pavlova pinguis相似度均超过99%,构建的两种序列系统发育树显示巴夫藻钦州湾株与Pavlova pinguis聚在一起,自展值均为100,由此确定钦州湾BGERL121藻株为Pavlova pinguis。本研究首次发现广西钦州湾海域存在Pavlova pinguis,也是我国第二次对该种类的分子鉴定报道,结果将丰富我国巴夫藻的物种及地理分布信息,为巴夫藻的种类鉴定提供一定依据。

基于核糖体DNA大亚基片断序列探讨中国东海海域赤潮原甲藻的分子分类

采用PCR扩增技术对分类上有争议的中国东海赤潮原因种(被称为东海原甲藻,本文简称:东海株系)的基因组DNA进行了核糖体DNA大亚基片断(LSU rDNA)的扩增和测序,并与一同扩增的来自美国CCMP的被称为具齿原甲藻(本文简称:CCMP株系)的同源序列进行分析比较.结果表明,两者710 bp的LSU rDNA同源序列中仅存在7个碱基的差异,遗传相似度高达99.01%,遗传差异为0.99%.进一步与Genebank其他3种原甲藻即P.mexicanum、P.micans和P.minimum的同源序列进行比较,发现其他3种原甲藻两两间的种间遗传相似度在91.1%～95.5%之间,而P.micans和P.minimum种内不同株系的遗传相似度为99.4%～99.9%,均为99%以上.综合这些数据说明东海株系与CCMP株系之间的0.99%的遗传差异应视为种内差异,原甲藻的东海株系与CCMP株系当属异名同种.因此本试验结果从分子水平支持了被称为东海原甲藻的原甲藻与被称为具齿原甲藻(P.dentatum)的原甲藻同为一种的观点.

大尺度不透水面遥感估算方法比较——以京津唐为例

城市不透水面既是常用的城市化程度指标,也是衡量环境质量的重要指标。采用遥感技术准确提取城市不透水面并分析其空间扩张过程,对生态城市建设具有重要意义。基于Landsat 5 TM影像,采用NDVI二元法和线性光谱分解法,分别提取北京、天津和唐山3个城市不透水面信息,并将不透水面估算结果与近同期的ALOS影像提取结果对比验证。结果表明,线性光谱分解法获取的不透水面结果较好,RMSE为20.6%,能有效提取大范围的不透水面信息。

基于混合像元分解的南方地区植被覆盖度遥感监测——以广州市为例

通过测量图像端元的地表反射率,对遥感图像进行精确大气校正;在对混合像元分解模型进行改进的基础上,建立了基于地表反射率的线性混合像元分解(Liner Spectral Unmixing,LSU)模型,有效地避免了因大气时间、空间差异所造成的多时相误差,实现了多时相对比;通过增加土壤湿度因子,消除了土壤湿度差异造成的误差,建立了适用于南方地区的植被覆盖度遥感监测模型。实地验证结果表明,该模型具有较高的精度。将该模型运用于广州市1998～2009年植被覆盖度时空变化监测,认为城市化、大型工程建设与陡坡开荒是造成广州市植被覆盖度变化的主要原因。

变端元混合像元分解冬小麦种植面积测量方法

针对线性混合像元分解(Linear Spectral Unmixing,LSU)在端元(Endmember)个数不变情况下常会出现端元分解过剩现象导致分解结果精度不高的问题,以地物分布的聚集性特征为基础,提出了基于格网的变端元线性混合像元分解(Dynamic Endmember LSU,DELSU)方法。以冬小麦为研究目标,采用Landsat TM图像为实验数据、高分QuickBird图像目视解译冬小麦结果为真值精度评价数据,利用本文提出的DELSU方法进行冬小麦提取。实验结果表明:该方法比最大似然方法、LSU方法更能准确地获取冬小麦面积,在一定程度上吸收了传统分类方法的优点,提高了目标地物的测量精度;同时作为一种改进的LSU方法也适用于其他土地利用/覆盖类型的测量。

基于改进线性光谱分离模型的植被覆盖度反演

线性光谱分离技术可以有效地提取像元水平上植被或其他端元(影像中的地物)的相对百分比,但是目前该技术在多光谱宽波段影像数据应用中,由于波段数量、波段宽度等的限制,估算精度离定量研究的水平仍有一定差距。鉴于此,本文提出了一种改进的线性光谱分离方法,该方法在对影像进行土地覆盖分类基础上进行分离,一方面同类土地覆盖类型内同种地物的光谱变异相对较小,更有利于端元选取;另一方面,分影像的地物种类数量明显少于整幅影像,更容易满足模型的适用条件,从而突破了波段数量限制,同时使地物光谱分离更具针对性,经过验证,该方法较传统分离方法相比植被覆盖度的反演精度可提高6.4%,用该方法实现了研究区的植被覆盖度的定量反演并对研究区植被覆盖度的空间结构进行了分析。

水稻T-DNA插入突变体库中Rubisco抗氧化胁迫株系的筛选

以水稻(Oryza sativaL.subsp.japonica)品种"中花11"构建的T-DNA插入突变体库为材料,用甲基紫精诱导叶绿体产生活性氧,通过SDS-PAGE电泳分析Rubisco含量相对于野生型的变化,筛选耐氧化胁迫的株系。结果表明,与对照相比,突变体材料各个株系叶片中的Rubisco小亚基的相对含量有较大差异,说明这种筛选Rubisco突变体的方法是可行的,且从中找到了两株Rubisco耐氧化胁迫的株系。

高产紫杉醇内生真菌J11的鉴定

从南方红豆杉(Taxus chinensis var.mairei)的幼茎中分离出一株产紫杉醇内生真菌J11.菌株J11的发酵提取物经高分辨质谱分析,证实J11菌株可产紫杉醇.提取该菌株的基因组DNA,扩增核糖体internal transcribed spacer(ITS)和28S核糖体large subunit rRNA gene(LSU)序列,经测序获得该菌的ITS序列和LSU序列.序列比对和检索结果表明,J11菌株为葡萄座腔菌(Botryosphaeria ssp.)属中的一个新菌株.形态学鉴定符合葡萄座腔菌属特征,高效液相色谱分析表明,J11菌株的紫杉醇含量约为615.1μg/L.本研究首次证实葡萄座腔菌J11是一株高产紫杉醇野生型菌株,具有潜在的应用前景.

福建古田红曲生产用红曲霉菌主要种类的鉴别

以购自中国工业微生物菌种保藏管理中心(CICC)的5株红曲霉菌为对照,对福建省微生物研究所红曲霉菌资源库中收藏自福建省古田县的60株红曲霉菌(Monascus sp.)进行分类鉴定研究。首先根据不同菌株在麦芽汁琼脂(Wa)、察氏酵母提取物琼脂(CYA)和甘油硝酸盐琼脂(G25N)培养基上的菌落形态特征进行初步分类,进而基于核糖体DNA内转录间隔区(rDNA internal transcribed spacer,rDNA ITS)、核糖体大亚基(28S nuclear ribosomal large subunit rRNA gene,LSU)和核糖体小亚基(18S nuclear ribosomal small subunit r RNA gene,SSU)的基因片段的测序结果,在Gen Bank中通过BLAST进行分子生物学方面的鉴定研究,并用ITS序列构建系统发育树。通过形态特征及3个基因序列的比对,认为所选取的60株古田红曲霉菌分别归属红色红曲霉菌(M.ruber)、丛毛红曲霉菌(M.pilosus)或紫色红曲霉菌(M.purpureus)3个种。

基于可信计算技术的OSPF路由协议研究

为了解决目前路由安全方案中只对路由器身份进行认证,而未对路由器平台的完整性进行验证的问题,在基于LSU数字签名的OSPF协议基础上,借鉴可信计算的完整性度量思想,提出了一种新的可信路由协议TC-OSPF(OSPF based on tru-sted computing)。分析了LSU数字签名过程,指出了在LSU签名过程中加入路由平台完整性度量的可行性,在此基础上设计了具有完整性度量功能的LSU报文结构。安全性分析表明,TC-OSPF协议不仅可以对路由器身份进行认证,同时也能对路由平台的完整性进行验证。仿真实验结果表明,TC-OSPF在保证了OSPF协议安全性的同时也兼顾了路由性能。

苔藓动物的谱系发生位置与早期分歧时间(英文)

苔藓动物是后生动物系统进化研究中的关键类群之一。作者基于冠轮动物38个代表种类的LSU和SSU rRNA组合基因序列数据,以二胚层动物为外类群,运用最大简约法、最大似然法和贝叶斯分析法,重建了触手冠担轮动物的系统树;同时,基于分子钟的方法推测了苔藓动物主要类群的起源与分歧时间。分子系统学的分析结果表明:触手冠动物并非都是单种系群;而苔藓动物则为单种系群,并构成触手冠担轮动物的基部类群。尽管苔藓动物的最早化石记录仅发现于奥陶纪特马豆克期地层中,谱系年代分析结果显示:苔藓动物及其主要谱系在新元古代已经分化;其中,苔藓动物祖先类群的起源时间约为634Ma,基部类群(被唇纲)与其它苔藓动物的分歧时间大约为607Ma。这一结果说明,化石记录始于奥陶纪的苔藓动物根植于新元古代的埃迪卡拉纪,早期祖先类群可能缺乏钙化骨骼,因而不易保存为化石。从而支持关于动物主要门类起源于新元古代的谱系年代学研究成果。