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TRFLP在微生物群落结构与动态分析中的应用 被引量:23
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作者 任南琪 赵阳国 +1 位作者 高崇洋 王爱杰 《哈尔滨工业大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2007年第4期552-556,共5页
介绍了末端限制性片段长度多态性技术(TRFLP)的基本原理和操作要点,综述了该技术在土壤、肠道、受污染环境以及污染物处理工艺微生物群落结构、动态分析中的应用.由于技术整合了自动测序仪的高分辨率和高通量特征,对分析复杂群落的结构... 介绍了末端限制性片段长度多态性技术(TRFLP)的基本原理和操作要点,综述了该技术在土壤、肠道、受污染环境以及污染物处理工艺微生物群落结构、动态分析中的应用.由于技术整合了自动测序仪的高分辨率和高通量特征,对分析复杂群落的结构较其它指纹技术更具有明显优势和广阔的应用前景.对于无法将特异条带进行测序分析及原位杂交的缺点,可通过与克隆文库序列进行比较,并采用软件将多酶切的末端限制性片段(TRFs)与现有数据库进行叠加比较的方式加以弥补. 展开更多
关键词 微生物群落 群落动态 末端限制性片段长度多态性 rDNA克隆文库 末端限制性片段图谱
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有机污染物对水体真细菌群落结构的影响 被引量:24
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作者 赵阳国 任南琪 +1 位作者 王爱杰 万春黎 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第2期313-318,共6页
为了揭示有机污染物对环境真细菌组成和多样性的影响,应用末端限制性片段长度多态性(tRFLP)和16S rDNA文库技术并结合水质分析方法,比较分析了松花江流域内受不同程度有机污染的4个水体及其沉积物中真细菌的群落结构。tRFLP分析表明各... 为了揭示有机污染物对环境真细菌组成和多样性的影响,应用末端限制性片段长度多态性(tRFLP)和16S rDNA文库技术并结合水质分析方法,比较分析了松花江流域内受不同程度有机污染的4个水体及其沉积物中真细菌的群落结构。tRFLP分析表明各水体及底泥均呈现较为复杂的群落结构模式,不同底泥群落形成的末端限制性片段(TRF)图谱具有很高的相似性,但随着污染程度的加强,部分类群明显富集,而且在水样组和泥样组内,群落结构的相似性同水质相似性是一致的,主成分分析(PCA)显示水样和泥样中的真细菌TRF形成不同的群。16SrDNA文库分析表明松花江哈尔滨段底泥中真细菌分布于10个门,Proteobacteria门占优势,达群落总数的21.92%(β-Proteobacteria亚门占10.96%),而有机染污物严重超标的生活污水排污道底泥中的微生物多样性较低,分布于7个门,Proteobacteria门为优势群,占群落的47.37%(α-Proteobacteria亚门占21.05%,δ/ε-Proteobacteria亚门占15.79%)。该研究表明向水体中长期排放高浓度有机物能使系统中微生物群落多样性降低,与污染物降解相关的功能微生物类群明显富集。 展开更多
关键词 有机污染物 真细菌群落 末端限制性片段长度多态性(trflp) 16S rDNA文库
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乌鲁木齐10号泉水体细菌群落对地震的响应 被引量:6
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作者 张强 曾军 +4 位作者 娄恺 李珊 杨晓芳 吴尊凤 高小其 《地震学报》 CSCD 北大核心 2012年第5期706-715,728,共10页
以无震时期细菌群落及水文化学元素信息为背景,阐明有感地震时的泉水细菌群落映震特征.2010年12月—2011年4月,乌鲁木齐周边先后发生了MS3.1和MS3.6两次有感地震.本文采用末端限制性片段长度多态性法(T-RFLP)分析了该时间段内乌鲁木齐1... 以无震时期细菌群落及水文化学元素信息为背景,阐明有感地震时的泉水细菌群落映震特征.2010年12月—2011年4月,乌鲁木齐周边先后发生了MS3.1和MS3.6两次有感地震.本文采用末端限制性片段长度多态性法(T-RFLP)分析了该时间段内乌鲁木齐10号泉中细菌群落结构、多样性、稳定性、优势类群及特殊类群变化特征.结果表明,水文地球化学指标对有感地震不敏感,泉水细菌群落结构稳定,地震对其优势类群及多样性影响均不显著,但无震时期部分类群(以82,170,176,462bp为代表)在前后两次地震中丰度变化趋势相似,即震前有小幅上升,震后1—12天内出现极大值,之后丰度逐渐恢复至较低水平,且表现出与震级、震中距具有一定相关性.这表明部分泉水细菌对有感地震映震灵敏. 展开更多
关键词 地震响应 T—RFLP细菌群落 水文地球化学 泉水
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分子生物学技术在产甲烷古菌多样性研究中的应用 被引量:1
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作者 代金平 陈竞 +1 位作者 余雄 冯蕾 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2016年第2期43-46,共4页
产甲烷技术因其具有废物资源综合利用和净化环境的双重功效而备受关注。为了解分子生物学技术在产甲烷古菌多样性研究中的应用,文章重点论述了分子生物学技术在产甲烷古菌多样性研究中应用的研究进展,旨在对后续我国北方地区低温甲烷古... 产甲烷技术因其具有废物资源综合利用和净化环境的双重功效而备受关注。为了解分子生物学技术在产甲烷古菌多样性研究中的应用,文章重点论述了分子生物学技术在产甲烷古菌多样性研究中应用的研究进展,旨在对后续我国北方地区低温甲烷古菌的研究和技术开发进行指导。 展开更多
关键词 甲烷 古菌 多样性 变性梯度凝胶电泳(DGGE) 末端限制性片段长度多态性分析(trflp) 限制性片段长度多态性分析(RFLP)
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富营养化浅水湖泊蓝藻的种群结构和多样性研究 被引量:8
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作者 刘庆 郭亮 +1 位作者 邢鹏 余多慰 《农业环境科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第3期570-579,共10页
比较研究不同富营养化浅水湖泊中蓝藻种群结构和多样性,对于认识蓝藻水华的区域分布特征具有重要的生态和环境意义。于2009年7月在富营养化严重的滇池、巢湖和太湖各选取4个采样点,采用16S~23S rRNA基因间隔区(Internal transcribedspa... 比较研究不同富营养化浅水湖泊中蓝藻种群结构和多样性,对于认识蓝藻水华的区域分布特征具有重要的生态和环境意义。于2009年7月在富营养化严重的滇池、巢湖和太湖各选取4个采样点,采用16S~23S rRNA基因间隔区(Internal transcribedspacer,ITS)序列作为生物标记,通过末端限制性片段长度多态性技术(Terminal restriction fragment length polymorphism,T-RFLP)分析蓝藻种群结构和多样性。实验共得到36个不同的末端限制性酶切片段(Terminal restriction fragment,T-RF),反映3个湖泊中蓝藻种群具有丰富的基因多样性。T-RFLP聚类分析结果表明,在所研究的湖泊中蓝藻种群结构存在空间差异性,其中滇池和巢湖间蓝藻种群结构更为相似。环境因子与蓝藻种群的多元统计分析表明,正磷酸盐(PO4-P)和pH与附着细菌样品蓝藻种群结构动态变化具有显著的相关性(P<0.05),电导率(Conductivity)和总有机碳(TOC)与浮游细菌样品蓝藻种群结构动态变化具有显著的相关性(P<0.05)。因此,不同湖泊蓝藻水华的基因型和驱动因子存在差异。 展开更多
关键词 浅水湖泊 富营养化 蓝藻种群结构 多样性 T-RFLP
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菲厌氧降解对细菌和古细菌群落的影响 被引量:3
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作者 张书颖 谢曙光 《北京大学学报(自然科学版)》 EI CAS CSCD 北大核心 2011年第5期923-928,共6页
利用TRFLP技术研究了受垃圾渗滤液污染的地下沉积物中细菌和古细菌群落在菲厌氧降解前后的变化。结果表明:细菌群落在生物降解过程中变化很大,物种丰度及Shannon-Weiner指数分别由15和2.39增加到23和2.88;古细菌群落在生物降解过程中变... 利用TRFLP技术研究了受垃圾渗滤液污染的地下沉积物中细菌和古细菌群落在菲厌氧降解前后的变化。结果表明:细菌群落在生物降解过程中变化很大,物种丰度及Shannon-Weiner指数分别由15和2.39增加到23和2.88;古细菌群落在生物降解过程中变化较小,物种丰度及Shannon-Weiner指数变化不大。 展开更多
关键词 多环芳烃 生物降解 微生物群落 trflp技术
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有机污染物对水体真细菌群落结构影响分析
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作者 梁楷 《山西化工》 2022年第8期176-178,共3页
对水体环境中的真细菌群落结构进行研究,其中有机污染物的影响较为明显。通过对我国水域环境当中的样本进行分析之后发现,其中不同群落结构的微生物结构图谱具有相对较高的相似性,且伴随着有机污染物含量的增加,则促使其中的部分真菌群... 对水体环境中的真细菌群落结构进行研究,其中有机污染物的影响较为明显。通过对我国水域环境当中的样本进行分析之后发现,其中不同群落结构的微生物结构图谱具有相对较高的相似性,且伴随着有机污染物含量的增加,则促使其中的部分真菌群落呈现出明显的富集状态。经过实验研究发现,如若水体环境当中的有机污染物实际含量相对较多,则会降低微生物的群落多样性,同时能够有效降解污染物的群落,呈现出明显的富集状态。 展开更多
关键词 有机污染物 真细菌群落 trflp
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喜树替代紫茎泽兰过程中根际微生物群落特征 被引量:17
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作者 祖元刚 高崇洋 +4 位作者 王文杰 杨逢建 刘英 王敏 赵阳国 《中国科学(C辑)》 CSCD 北大核心 2006年第5期459-467,共9页
为研究我国重要经济树种喜树根际分泌物对根际微生物群落的影响,以及喜树在控制林业有害植物紫茎泽兰生物入侵的可行性,采用传统培养技术和分子生物学技术PCR-单链构象多态性(SSCP)、末端限制性片段长度多态性(tRFLP)和16S rDNA文库相... 为研究我国重要经济树种喜树根际分泌物对根际微生物群落的影响,以及喜树在控制林业有害植物紫茎泽兰生物入侵的可行性,采用传统培养技术和分子生物学技术PCR-单链构象多态性(SSCP)、末端限制性片段长度多态性(tRFLP)和16S rDNA文库相结合对喜树(Ca)、紫茎泽兰(Ea)和二者混栽体系(CE)根际土壤中的真核微生物和真细菌微生物群落结构进行了比较.计数结果表明,喜树、二者混栽以及紫茎泽兰根际中的真细菌数量依次减少,而真核微生物数量依次增多.PCR-SSCP分析显示,紫茎泽兰根际土壤中真核微生物条带数量(多样性)远高于喜树和混栽根际,对部分条带克隆测序表明喜树根际中Meristolohmanniaspp.为主要优势种群;tRFLP对真细菌结构分析表明,3种根际中真细菌群落多样性丰富,但没有差别,对喜树根际真细菌16S rDNA文库测序比较分析,共包含了10个已分类的门,其中Proteobacteria门为优势菌群,占24.71%(其中δ-Proteobacteria占17.65%),Acidobacteria门占16.47%,Bacteroidetes门占10.59%.另外,色谱分析发现喜树和混栽根际土壤中分别含有较低浓度喜树碱和羟基喜树碱,而紫茎泽兰根际二者均检测不到.由此可见,紫茎泽兰的扩散和蔓延依赖于特有的真核微生物群落结构模式,并不改变真细菌群落的结构,喜树能够通过根系分泌物改变紫茎泽兰根际真核微生物群落结构模式,进而制约其外延.本研究为喜树在紫茎泽兰生物替代中提供了理论基础. 展开更多
关键词 喜树 根际微生物 紫茎泽兰 单链构象多态性(SSCP) 末端限制性片段长度多态性 (trflp) 16S rDNA文库
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深圳大鹏湾海域锥状斯氏藻赤潮期间细菌群落结构变化研究 被引量:9
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作者 常虹 王博 +1 位作者 姚蜜蜜 蔡中华 《现代生物医学进展》 CAS 2014年第10期1801-1807,共7页
目的:近年来,赤潮在我国的发生呈增加的趋势,并造成了极大的经济损失。过去研究赤潮发生的机理主要集中在理化因素的影响,而越来越多的证据表明仅凭借营养盐等环境因素并不能解释大部分赤潮现象,藻际微生物可能发挥着重要作用。本文跟... 目的:近年来,赤潮在我国的发生呈增加的趋势,并造成了极大的经济损失。过去研究赤潮发生的机理主要集中在理化因素的影响,而越来越多的证据表明仅凭借营养盐等环境因素并不能解释大部分赤潮现象,藻际微生物可能发挥着重要作用。本文跟踪观测了2010年7月深圳大鹏湾海域爆发的锥状斯氏藻赤潮生消过程中细菌群落丰度种类的变化,从微生物与赤潮藻相互作用的角度探讨了赤潮的生消过程,讨论了不同时期不同关键菌群的特殊作用,为解释赤潮爆发和消亡提供了新的视角,为赤潮的监控和防治新方法的建立奠定了理论基础。方法:本文按时间顺序共采集该赤潮9次样本,利用末端限制性酶切片段长度多态性分析(T-RFLP)等分子生物学方法,通过主成分分析、克隆文库的构建,研究了微生物群落的变化过程,并探讨了特定种属的微生物在赤潮发生、发展和消亡过程中的作用。结果:从浮游细菌丰度来看,随着锥状斯氏藻细胞数量的波动,浮游细菌总数也随之呈现相应的变化。从浮游细菌的种类来看,它们主要属于变形杆菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes)。从浮游细菌的动态变化过程来看,赤潮生消过程中,浮游细菌群落呈现出一定的演替现象,特别是在赤潮后期,群落主成分变化尤为显著。从关键菌群的作用来看,属于γ变形杆菌门的Alteromonas sp.一直占有较高的丰度,赤潮中后期受到菌群相互作用导致比例下降,而赤潮后期其他关键菌群的丰度的增高可能是导致赤潮消亡的重要原因。结论:本文利用T-RFLP这一DNA指纹技术分析微生物群落结构和多样性特征,通过研究赤潮生消过程中藻际浮游细菌群落的动态变化,发现随着赤潮的发展,浮游细菌群落发生着相应的变化。结果说明赤潮藻体丰度数量的改变影响着浮游细菌群落的组成。相对地,细菌群落的适应调整迅速造成赤潮藻体局部生长环境的改变,从而影响赤潮的发展过程。 展开更多
关键词 赤潮 锥状斯氏藻 微生物群落 末端限制性片段长度多态性分析
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Characteristics of the microbial community in rhizosphere of Camptotheca acuminata cultured with exotic invasive plant Eupatorium adenophorum 被引量:6
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作者 ZU YuanGang1, GAO ChongYang1, WANG WenJie1, YANG FengJian1, LIU Ying1, WANG Min1 & ZHAO YangGuo2 1 Key Laboratory of Forest Plant Ecology, Ministry of Education, Northeast Forestry University, Harbin 150040, China 2 School of Municipal and Environmental Engineering, Harbin Institute of Technology, Harbin 150090, China 《Science China(Life Sciences)》 SCIE CAS 2007年第1期22-30,共9页
The traditional culture-dependent plate counting and culture-independent small-subunit-ribosomal RNA gene-targeted molecular techniques, Single-Strand Conformation Polymorphism (SSCP) and ter-minal Restriction Fragmen... The traditional culture-dependent plate counting and culture-independent small-subunit-ribosomal RNA gene-targeted molecular techniques, Single-Strand Conformation Polymorphism (SSCP) and ter-minal Restriction Fragment Length Polymorphism (tRFLP) combined with 16S rDNA clone library were adopted to investigate the impacts of secretion from Camptotheca acuminata (abbreviated to Ca) roots on the quantities and structure of eukaryotic microbes and bacteria in the rhizosphere, and the possi-bility that Ca controls exotic invasive plant Eupatorium adenophorum (Ea). The counting results indi-cated that the number of bacteria increased in turn in rhizospheres of Ea, Ca-Ea mixed culture and Ca, while that of eukaryotic microbes decreased. PCR-SSCP profiles showed eukaryotic microbial bands (corresponding to biodiversity) in rhizosphere of Ea were more complex than those of Ca and CE. Meristolohmannia sp., Termitomyces sp. and Rhodophyllus sp. were the dominant populations in the rhizosphere of Ca. Bacterial terminal restriction fragments (TRFs) profiles showed no difference among three kinds of rhizospheres, and the sequences of the 16S rDNA clone library from Ca rhizospheres were distributed in 10 known phyla, in which phylum Proteobacteria were the absolute dominant group and accounted for 24.71% of the cloned sequences (δ-Proteobacteria accounted for up to 17.65%), and phyla Acidobacteria and Bacteroidetes accounted for 16.47% and 10.59% of the cloned sequences, respectively. In addition, high performance liquid chromatography detected a trace amount of camp-tothecin and hydroxycamptothecin in the rhizospheric soil of Ca and CE, but examined neither camp-tothecin nor hydroxycamptothecin in rhizospheric soil of Ea. Therefore, invasion and diffusion of Ea evidently depended on distinguishing the eukaryotic community structure, but not on that of the bac-terial pattern. Ca was able to alter the eukaryotic community structure of invasive Ea by secreting camptothecin and hydroxycamptothecin into rhizospheres, and may benefit the control of overspread of Ea. This study provided theoretical evidence for rhizospheric microbial aspects on substituting Ca for Ea. 展开更多
关键词 Camptotheca acuminata rhizospheric MICROBE EUPATORIUM adenophorum SINGLE-STRAND Conformation POLYMORPHISM (SSCP) terminal Restriction Fragment Length POLYMORPHISM (trflp) 16S rDNA CLONE library
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不同石油浓度对浮游细菌群落影响的新发现(英文)
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作者 位光山 孙静 +2 位作者 李静 李菡 高峥 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第5期826-834,共9页
【目的】研究不同浓度石油污染对海水中浮游细菌群落结构及多样性的影响,并尝试阐述造成这种影响的机理。【方法】将采集自海上钻井平台附近的表层海水样品,在实验室条件下用不同浓度的石油(0-10 g/L)处理1周后,用末端限制性片段长度多... 【目的】研究不同浓度石油污染对海水中浮游细菌群落结构及多样性的影响,并尝试阐述造成这种影响的机理。【方法】将采集自海上钻井平台附近的表层海水样品,在实验室条件下用不同浓度的石油(0-10 g/L)处理1周后,用末端限制性片段长度多态性(TRFLP)方法检测其细菌群落结构及多样性变化情况。【结果】得到了一些与以往研究结果不同的新发现,如细菌多样性不是简单地随石油浓度的升高而降低,而是呈现先降低再升高最后又降低的趋势。0.1g/L石油处理组(M0.1)与0.5 g/L处理组(M0.5)、2.5 g/L石油处理组(M2.5)和10 g/L处理组(M10)的细菌群落结构更相似,且添加石油处理组(M0.1、M0.5、M2.5、M10)与未添加石油的对照组(M0)间细菌群落结构相差较大。与石油降解相关的细菌主要集中于变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)。基于TRFs在不同处理组的相对比例,可将实验得到的52个TRFs划分为6种类型:低浓度(I)、中浓度(II)、高浓度(III)、广浓度(IV)、窄浓度(V)石油适应型和石油敏感型(VI)细菌。另外,首次提出"碳(能)源-毒素"假说来解释石油污染对浮游细菌群落的影响。【结论】石油污染对浮游细菌群落的影响与石油的浓度和海水中原有的历史细菌群落密切相关,可以按照浮游细菌对石油的适应性对其进行分类,并且"碳(能)源-毒素"假说能较好地解释石油污染对浮游细菌群落的影响。 展开更多
关键词 石油污染 trflp 浮游细菌 群落结构 假说
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