成年和老年小鼠脑蛋白质组双向电泳图谱比较

使用双向电泳 (2 DE)比较成年和老年小鼠脑蛋白质差异 ,从分子水平初步探索老年脑蛋白整体变化规律 .以固相 pH梯度等电聚焦为第一向 ,SDS 聚丙烯酰胺凝胶水平电泳 (PAGE)为第二向进行 2 DE .图象分析软件Imagemaster 2DElite分析电泳图谱 .重复性实验结果显示 ,同组样品在三次不同实验中所得蛋白质斑点数目的相对标准差 (变异系数 )为 4 43%± 0 2 5 % ;同一蛋白质斑点在三次实验中等电点、分子质量和蛋白质量的相对标准差分别为 8 76 %± 5 14% ,13 0 0 %± 4 2 2 %和 10 84%± 9 16 % .成年和老年小鼠脑组织 2 DE图谱分别获得 996和 12 5 6个蛋白质斑点 ,其中 8个蛋白质在老年脑组织中含量降低 ,2 0个蛋白质斑点含量增加 .另至少有 4个蛋白质斑点在老年脑组织中缺失 ,14个蛋白质点为老年脑特有 .

蛋白质组双向电泳实验中一些常见失误的分析

从以固相pH梯度等电聚焦为第一向,SDS PAGE电泳为第二向进行的蛋白质组双向电泳实验中挑选了一些常见的硝酸银染色2 DE失误图谱,将它们进行分类,初步分析造成各类失误的可能原因,探讨相应的解决方法和总结实验操作中应该注意的事项.

双向凝胶电泳-飞行时间质谱法分析人肺鳞癌细胞NCI-H520蛋白质组成分

目的：建立和优化肿瘤蛋白质组研究的方法系统，并分析人肺鳞癌细胞蛋白质组。方法：用固相 ｐＨ梯度双向凝胶电泳分离人肺鳞癌细胞系ＮＣＩ－Ｈ５２０总蛋白，银染显色，ＰＤＱｕｅｓｔ ２ＤＥ软件分析，对部分蛋白质 点用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱（ｍａｔｒｉｘ－ａｓｓｉｓｔｅｄ ｌａｓｅｒ ｄｅｓｏｒｐｔｉｏｎ／ｉｏｎｉｚａｔｉｏｎ ｔｉｍｅ ｏｆ ｆｌｙｉｎｇ ｍａｓｓ ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ， ＭＡＬＤＩ－ＴＯＦ－ＭＳ）测定其胶内酶解后的肽质指纹图谱，用 ＰｅｐｔＩｄｅｎｔ软件查询 ＳＷＩＳＳ－ＰＲＯＴ数据库。结果：获得了分辨 率和重复性均较好的双向电泳银染图谱，图像分析探测到３块胶的平均蛋白质点数为（１１４６±１１６），平均匹配的点 数为（８５１±９５），匹配率达 ７３． ７％， ３ 块胶在蛋白质点位置上具有较好的重复性， ＩＥＦ方向的平均偏差为（１． ５２± ０．２２）ｍｍ，ＳＤＳ－ＰＡＧＥ方向的平均偏差为（１．９７ ± ０．１３）ｍｍ。随机取６０个蛋白质点进行胶内原位酶解－质谱指纹图 分析得到了５４个蛋白质点的肽质指纹图，查询数据库初步鉴定了４４个蛋白质，其中部分是与细胞周期有关的蛋 白，部分是与信号传导有关的蛋白。

适于水稻根、叶、悬浮细胞总蛋白质分析的高分辨率双向电泳方法

提取了水稻根、叶、悬浮细胞的总蛋白质，用双向电泳进行分离，得到了高分辨率和高重复性的双向电泳图谱。在根、叶、悬浮细胞的双向电泳图谱上能分别检测到至少1190、1320、1080个蛋白点，重复样品图谱间的相关系数在0．87～0．94。还对水稻蛋白质的提取过程和电泳条件进行了改进和优化，对其他植物蛋白的双向电泳分析有一定的借鉴作用。

人肺巨细胞癌蛋白质组的二维电泳和计算机图象分析

为优化用于蛋白质组研究的二维电泳技术和计算机图象分析技术 ,以及初步分析比较与肿瘤细胞转移相关的蛋白质 ,以人肺巨细胞癌 (PLA- 80 1 - D、C)高、低转移株作为研究对象 ,应用 IPG-phor进行第一向等电聚焦 ,随后 ,在 Protein IPG conversion Kit上进行垂直 SDS- PAGE的分离 .利用光密度仪对银染的凝胶扫描 ,通过 PDQuest软件进行蛋白斑点检测和配比 .结果表明 :(1 )应用 IPGphor,采用样品直接加入重泡胀溶液的形式 ,增大了溶解性 ,缩短聚焦时间、增大样品负荷量 (分析型 ) ,提高了分辨率 .(2 )比较宽 (p H=3～ 1 0 L)、窄 (p H=4～ 7L)范围 IPG胶条 ,窄 p H范围的 IPG胶条具有较高的分辨率 .(3)比较 PLA- 80 1 - C、D细胞蛋白图谱之间的差异 ,其相关系数为 0 .7339± 0 .0 2 91 ;仅在 PLA- 80 1 - C株出现的蛋白为 1 79个 .

大肠癌双向电泳分离条件的建立及其初步分析

采用固相pH梯度等电聚焦为第一向,SDS PAGE垂直电泳为第二向建立了大肠癌双向电泳分离技术实验条件,对样品的处理、水化、等电聚焦、凝胶平衡等步骤进行了优化,成功地获得了大肠癌分辨率高、重复性好的双向电泳图谱.癌组织样品经3次重复实验共获得蛋白质斑点数1186±46个,蛋白质斑点位置在IEF方向平均偏差为1.67±0.29mm,在SDS PAGE方向为1.41±0.16mm,蛋白质表达量的相对标准差为6.67%±2.25%.经ImageMaster2DElite软件初步分析后发现了一些差异表达的蛋白质.

胃粘膜组织蛋白质组双向凝胶电泳技术的初步建立与优化

为建立并优化人类胃粘膜组织蛋白质组分析所需的双向凝胶电泳技术 ,提高其分辨率及重复性。采用刮取手术胃粘膜组织 ,对以固相pH梯度为第一向的双向凝胶电泳的关键因素与环节 ,如样品处理、上样量、电泳参数、凝胶浓度和SDS凝胶电泳染色方法等进行一系列的优化。结果以固相pH梯度———IPG胶条 (pH =3～10 )进行第一向等电聚焦 ,以SDS均一胶 (13% )的垂直电泳为第二向 。

侵袭性与非侵袭性垂体腺瘤的蛋白质差异表达谱的建立(英文)

目的:建立分辨率高和重复性好的侵袭性与非侵袭性垂体腺瘤的双向凝胶电泳图谱,并识别鉴定出其差异表达的蛋白质。方法:利用固相pH梯度双向凝胶电泳分离侵袭性与非侵袭性垂体腺瘤的总蛋白质,凝胶经银染显色后,运用ImageMaster 2D图像分析软件进行比较分析、识别差异表达的蛋白质,应用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)及数据库搜索鉴定部分差异蛋白质点。结果:得到了分辨率较高、重复性较好的侵袭性与非侵袭性垂体腺瘤的双向凝胶电泳图谱,将同一侵袭性垂体腺瘤组织和非侵袭性肿瘤组织分别进行了3次双向凝胶电泳,3块凝胶的蛋白质点数分别为1080±24和1035±28,匹配点数分别为975±45和918±56,匹配率分别达90.3%和88.7%。同一组织的3块胶在蛋白质点位置上有较好的重复性,不同胶间蛋白质点在等电聚焦(IEF)方向的偏差是(1.563±0.259)mm,在十二烷基磺酸钠聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)方向上的偏差为(1.088±0.206)mm。比较分析侵袭性垂体腺瘤和非侵袭性垂体腺瘤凝的双向凝胶电泳图谱,发现两者间的99个表达有明显差异的蛋白质点。初步对其中30个差异蛋白质点进行了肽质量指纹图分析,鉴定出一些与细胞周期调控、信号转导等有关的蛋白质。结论:建立了分辨率较高且重复性较好的侵袭性与非侵袭性垂体腺瘤的双向凝胶电泳图谱,并识别鉴定出一些侵袭性与非侵袭性垂体腺瘤之间差异表达的蛋白质,为进一步筛选侵袭性垂体腺瘤的蛋白质表达数据库提供了基础。

虎纹捕鸟蛛粗毒双向凝胶电泳分析及部分蛋白质点的N端序列测定

采用固相 p H梯度等电点聚焦 - SDS双向聚丙烯酰胺凝胶电泳对虎纹捕鸟蛛粗毒进行了分析 ,通过考马斯亮蓝与银染法显色 ,电脑软件识别出约 30 0个蛋白质点 .约有 35个含量较高的蛋白质点分布在分子量 1 0 k D以下区域 ,通过印迹法将凝胶上蛋白质点转移到 PVDF膜上以后 ,对上述分子量 1 0 k D以下的组分进行了 N端序列测定 ,鉴定到了虎纹捕鸟蛛毒素 HWTX- ,HWTX- ,HWTX- 和 SHL- 1在凝胶上的位置 ,同时发现了 5种新的肽类毒素组分 .

磷蛋白组的研究技术及其进展

真核细胞中蛋白质磷酸化是一个重要事件。真核细胞利用可逆的蛋白磷酸化来控制许多细胞过程包括信号转换、基因表达、细胞周期等。磷蛋白组的研究涉及磷蛋白的分离和鉴定 ,磷酸化残基定位和定量分析。由于蛋白质磷酸化是一个动态过程 ,在细胞中磷蛋白含量低 ,磷酸化位点可变 ,且磷酸肽的质谱信号常常会受到抑制 ,所以磷蛋白的分析存在更多的困难。本文介绍了国内外在磷酸蛋白的分离鉴定及定量分析方面的研究技术以及进展情况。目前 ,质谱仍然是核心的鉴定技术 ,寻找更好富集方法是最大的挑战。定量蛋白组学是对蛋白质的差异表达进行精确的定量分析。目前还不存在一种独立的方法可以完成磷蛋白的分离、鉴定 ,以及磷酸位点的定位和定量分析。随着样品分离技术和相关仪器的发展 ,磷酸蛋白快速、准确、全面分析鉴定将能够实现。

拟南芥蛋白质组研究中双向电泳技术条件的优化

双向电泳技术是蛋白质组学研究中的关键技术,是目前分辨率最高的工具之一。而提高双向电泳图蛋白质点的数目和分辨率,可以提高蛋白质组技术平台的信息完整性。通过对拟南芥双向电泳技术过程中的适当改进,如蛋白质的提取与溶解方法、上样量和聚丙烯酰胺凝胶浓度,加入硫脲,硫代硫酸钠等,对拟南芥双向电泳技术进行了优化,提高了双向电泳图谱的蛋白质点数目与分辨率。

人胃黏膜组织蛋白质组二维电泳图像的获得

目的初步建立并优化人类胃黏膜组织蛋白质组分析所需的双向凝胶电泳技术,提高其分辨率及重复性。方法刮取手术胃黏膜组织,对以固相pH梯度为第一向的双向凝胶电泳的关键因素与环节,如样品处理、上样量、电泳参数、凝胶浓度和SDS凝胶电泳染色方法等进行一系列的优化。以固相pH梯度———IPG胶条(pH=3～10)进行第一向等电聚焦,以SDS均一胶(13%)的垂直电泳为第二向。结果成功地得到了胃黏膜组织的双向凝胶电泳图谱。

一种新的双向电泳蛋白样品制备方法

目的探讨双向凝胶电泳(2-DE)样品裂解液对蛋白质分离和双向凝胶电泳结果的影响。方法以MOLT-4细胞为例,采用3种溶解性能不同的裂解液提取细胞中的蛋白质组,并分别进行双向聚丙烯酰胺凝胶电泳。结果通过对2-D PAGE图谱的比较分析,发现采用8 mol/L Urea,2 mol/L Thiourea,4%CHAPS,1%NP-40,4%TritonX-100,65 mmol/L DTT,0.5 mmol/L PMSF,0.5%pharmalyte 3-10,能获得质量较高的2-DE图谱。结论采用高浓度脲、三去污裂解液有利于获得优质的蛋白质样品,从而提高蛋白质提取率和双向电泳分辨率等。

视网膜下液基质金属蛋白酶双向电泳分离酶谱鉴定分析

以增生性玻璃体视网膜病变患者视网膜下液为研究对象 ,结合单向明胶酶谱法和双向电泳分离技术创建了基质金属蛋白酶双向电泳分离酶谱鉴定技术 ,该技术具有很高的分辨率和灵敏度 ,重复性好 ,能够提供蛋白质的相关修饰信息。通过该技术初步发现在增生性玻璃体视网膜病变患者的视网膜下液中存在有 4种基质金属蛋白酶 ,其中 2种是由 3或 4种分子量相同但等电点不同的同分异构体蛋白质组成。

柯萨奇B3m病毒致小鼠急性心肌损伤的双向凝胶电泳分析

目的建立双向凝胶电泳体系分析柯萨奇B3m病毒(CVB3m)致小鼠急性心肌损伤过程中的蛋白质组差异,探讨CVB3m致心肌损伤的机制。方法分别提取感染CVB3m第0,4,8及21天的BALB/C鼠心肌组织总蛋白,采取固相pH梯度双向凝胶电泳技术分离总蛋白,用Image Master软件进行图像分析。结果心肌组织总蛋白平均抽提浓度为13.9 g/L;获得正常小鼠和急性CVB3m感染鼠不同感染时期(第4,8和21天)心肌组织双向电泳凝胶图谱,图像分析4块胶平均蛋白点数为(792±32)个,匹配率为61.25%±6.25%。随机选定不同感染时期的8个差异表达的蛋白质点,得到了表观相对分子质量和表观等电点等一系列数据。结论获得了CVB3m致小鼠急性心肌损伤的双向凝胶电泳图谱,建立了该模型的蛋白质双向凝胶电泳数据库,有利于该病毒引起小鼠心肌损伤机制的进一步研究。

两种大肠癌转移性细胞株双向电泳图谱的初步分析

目的初步分析大肠癌转移过程中差异表达的蛋白质,为阐述大肠癌转移的分子机制提供线索。方法以一对来自同一亲本、转移能力不同的人大肠癌细胞株SW620和SW480为实验对象,利用双向电泳技术(two-dimensionalgelelectrophoresis,2-DE),建立并优化两种细胞株的蛋白表达图谱;之后利用Melanieш软件分析与大肠癌转移相关的差异表达蛋白点。结果两种细胞株的2-DE蛋白表达谱具有良好的重复性和可比性;采用了非线性pH3-10及重叠窄范围的固相pH梯度胶条,提高了2-DE图谱的分辨率;初步选择11个差异表达蛋白点。结论非线性及重叠窄范围的固相pH梯度胶条可改善2-DE中蛋白分离的效果,初步分离的差异蛋白点为进一步鉴定大肠癌转移相关蛋白及建立大肠癌转移性细胞株的2-DE数据库奠定了基础。

影响木薯叶片蛋白质双向电泳图谱的因素分析

以木薯华南205为试材,采用苯酚抽提法提取叶片蛋白质,并通过双向电泳技术研究影响木薯叶片蛋白电泳分析图谱的主要因素。结果表明:pH 4～7的IPG胶条可提高特定范围蛋白质点的分辨率;上样量200μg可得到较好的双向电泳图谱。本研究不仅为进一步研究木薯叶片蛋白电泳分析提供技术手段,同时也为分析木薯块根、茎和繁殖器官的蛋白质提供参考。

结肠黏膜组织蛋白质组双向凝胶电泳技术的建立与优化

目的为开展人类结肠黏膜组织的蛋白质组研究,建立并优化其蛋白质组分析所需的双向凝胶电泳技术,提高其分辨率及重复性。方法采用电子结肠镜直视下活检钳取结肠黏膜组织,对组织蛋白质的提取方法进行改进以达到考马斯亮蓝法染色所需的浓度,优化双向凝胶电泳的关键因素与环节,如第一向固相pH梯度(IPG)等电聚焦的上样量及电泳参数,第二向垂直平板SDS凝胶浓度等。结果以固相pH梯度IPG胶条(pH=3～10)进行第一向等电聚焦,以SDS均一胶(12.5%)的垂直电泳为第二向,成功地得到了人类结肠黏膜组织的双向凝胶电泳图谱。平均含333±36个蛋白点,匹配率85.56%。结论优化人类结肠黏膜组织蛋白质组分析所需的双向凝胶电泳技术可以建立高分辨率和良好重复性的双向凝胶电泳图谱。

帕金森病和正常人外周血单个核细胞的蛋白质组差异分析

目的:通过研究帕金森病和正常外周血单个核细胞(PBMC)的蛋白质组差异,初步探讨外周免疫系统与帕金森病的病理联系方法:用固相pH梯度双向凝胶电泳分离人帕金森病和正常单个核细胞总蛋白质,考马斯亮蓝染色,PDQuest 2-DE软件分析,对部分差异蛋白质点进行基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)测定其胶内酶解后的肽质指纹图谱,用Mascot查询系统查询SWISS-PROT数据库。结果:获得了分辨率和重复性均较好的双向电泳考染图谱,对其中的21个差异蛋白质点分别进行肽质指纹分析,经数据库查询,初步鉴定为一些与蛋白降解、抗氧化应激、信号转导、细胞骨架、细胞周期调控等有关的蛋白质。结论:建立了帕金森病PBMC的双向凝胶电泳图谱,提示帕金森病和正常的PBMC的蛋白质表达具有差异。

温敏核不育水稻双低-S单胞期花药蛋白质的固相双向电泳分析

对温敏感核不育水稻双低-S不同温度下的单胞期花药蛋白质进行固相双向电泳分离,经银染后,获得了清晰而稳定的图谱。以300ug左右的蛋白质进行电泳,分离开的蛋白点(多肽)可超过500个.在32℃温度下的花药蛋白点要比19℃温度下多,其中蛋白质点(MW14KD,pI5.4)在19℃可育条件时稳定出现。32℃不育条件时却缺失;而蛋白质点(pI7.6)和蛋白质点(pI7.8)非常明显的在不育条件下出现,而在可育条件下缺失。