法国甘蔗种质资源遗传多样性的AFLP分析

甘蔗种质的遗传多样性研究,能为种质的杂交和创新利用提供参考。本研究对43份法国甘蔗种质开展遗传多样性分析,用10对AFLP引物总计扩增出1222条带,多态性条带为891条,多态性条带比率为72.91%。43份法国甘蔗种质间的相似性系数平均为0.809,最小是0.721,最大是0.880。每个位点的多态信息量是0.182,有效等位基因数是1.304,多样性指数是0.283。聚类结果显示在相似性系数0.78处切割时,可划分为2个类群,第Ⅰ类群包括‘FR97-047’、‘FR93-1066’、‘FR96-245’、‘FR97-053’、‘FR93-910’、‘FR93-316’、‘FR97-164’和‘FR93-697’;第Ⅱ类群有35份种质。43份法国甘蔗种质亲缘关系较近,遗传多样性并不丰富。

基于AFLP分子标记的鸭绿江茴鱼遗传多样性分析

为探讨鸭绿江茴鱼群体遗传结构及分化水平,为其种质资源保护提供遗传学依据,利用扩增片段长度多态性(AFLP)方法,对分别采自吉林省内鸭绿江上游、松花江上游和临江金鲨养殖场3个群体的总计90尾鸭绿江茴鱼的遗传多样性进行了比较研究。结果显示,鸭绿江上游、松花江上游和临江金鲨养殖场3个群体的观测等位基因数(Na)分别为1.340 9、1.251 7和1.269 1,有效等位基因数(Ne)分别为1.153 8、1.130 0和1.144 1,Nei’s遗传多样性指数分别为0.093 2、0.078 2和0.086 3,Shannon’s信息指数分别为0.144 7、0.119 8和0.131 9,遗传分化系数(G_(st))为0.176 7~0.254 7,平均值为0.219 4,遗传相似性为0.820 6~0.936 3。UPGMA聚类分析结果显示,松花江上游群体单独聚为一支,鸭绿江上游群体和临江金鲨养殖场群体出现了聚群情况。结果表明,采样的3个鸭绿江茴鱼群体均具有较高的遗传多样性水平,3个群体发生了显著的遗传分化。

小麦抗叶锈病基因Lr19的AFLP标记

以Thatcher和23个以Thatcher为遗传背景的小麦抗叶锈病近等基因系及TcLr19与Thatcher杂交F2代植株为材料,利用AFLP技术开展了小麦抗叶锈病基因Lr19的分子标记研究。共获得7个与小麦抗叶锈病基因连锁的分子标记:P-AGT/M-GAG289bp(3.3cM)、P-ACA/M-GGT102bp(4.1cM)、P-ACA/M-GGT106bp(4.1cM)、P-AAC/M-CAG123bp(4.9cM)、P-AAC/M-GGT203bp(5.0cM)、P-ACA/M-GGT290bp(5.7cM)和P-ATC/M-GAG293bp(9.6cM)。这些特异性片段经回收、克隆、测序得出了特异带的序列。该研究可促进遗传图谱、物理图谱的构建和小麦抗叶锈病基因Lr19的克隆。

基于形态标记和AFLP标记的山药种质资源遗传多样性分析

为研究山药种质资源的遗传多样性及亲缘关系,采用AFLP分子标记结合形态标记的方法,对60份山药种质资源进行遗传多样性分析。结果表明,60份山药种质资源形态性状间具有较高的多样性,遗传多样性指数最高的是叶形,变异系数最大的是块茎质量;通过聚类分析计算出欧氏距离在1.081 6~11.425 9之间,当遗传距离为8.18时可将供试材料分为两大类。筛选出的26对AFLP引物组合扩增出多态性条带580条,平均多态率78.44%;Nei’s基因多样性指数平均值为0.198 8;Shannon信息指数平均值为0.314 9,表明供试山药种质有较高的遗传多样性;遗传相似系数在0.619~0.922,在遗传相似系数为0.74时,可将60份山药种质分为2个类群和2个单独分支,结果表明,不同地区来源的山药种质在聚类图中没有明显界限。部分供试材料的形态标记与AFLP标记聚类结果具有一致性,但也存在一定差异。山药种质资源遗传多样性丰富,将形态学与分子标记结合能有效鉴别种质资源及其亲缘关系。

AFLP分子标记鉴别大白菜品种

本试验采用AFLP技术,研究了90份来自7个不同栽培地区的大白菜品种材料。共筛选了20对引物,不同引物组合检测多态性谱带的能力有很大的差异,多态性谱带的数量从9条到32条不等。其中E-ACA/M-CTG是大白菜品种十分高效的引物组合,共产生71条清晰的扩增带,其中有32条多态性谱带,多态性谱带的百分率为45.7%。通过该引物组合,能将90个品种全部区分开来。同时应用该引物组合检测2个大白菜杂交品种(北京新2号,京夏王)各10株,其中有1株北京新2号的谱带异常,其余同一品种不同单株的带型完全一致。表明AFLP标记用于研究品种指纹图谱,并鉴别品种是完全可行的。

板栗叶片DNA的提取及AFLP反应体系的建立

以初展开的板栗嫩叶为材料,利用改进的CTAB法,提取到高质量的板栗叶片总DNA。通过优化酶切连接、预扩增、选择性扩增等试验条件,建立了板栗AFLP银染反应体系,得到了清晰的板栗AFLP指纹图谱。为板栗品种的分子标记和板栗品种间亲缘关系等研究奠定了基础。研究结果表明:①DNA模板的质量影响酶切以及后续的连接扩增反应。以初展开的嫩叶提取的板栗叶片总DNA纯度最高,所含蛋白质、小分子杂质少,改良的CTAB提取法可用于板栗AFLP分析,形成清晰的AFLP指纹。②先进行酶切后再进行酶连的反应体系比酶切酶连一起进行的体系效果更好。板栗基因组DNA最佳酶切反应体系为:模板DNA总量500ng,反应体积为25μl,10×Y+/TanqoTMBuffer2.5μl,BSA0.8μl,EcoRI5U,MseI5U。连接反应体系中T4DNA连接酶浓度2U即达最佳效果。酶切、酶连反应最佳温度均为37℃。③以板栗为材料进行AFLP标记时,E AAC+M CAA、E AAC+M CAT和E AGT+M CAT三个引物均获得较好的多态性。其中以E AGT+M CAT引物组合的扩增条带信号强度一致性好,条带分布均匀,能够得到稳定、清晰、分辨率较高的指纹谱带,可进行中国板栗的遗传变异分析。

芒果AFLP分子标记体系的建立(摘要)(英文)

[目的]构建我国芒果主要栽培品种的AFLP分子标记体系。[方法]供试31个芒果品种为:Banganapalli、台农1号、桂热10号、Carabao、NangKlang Wun、泰国506、紫花、Keitt、粤西1号、斯里兰卡811、龙井大芒、红象牙、小菲、泰国504、Spooner、R2E2、串芒、鹦鹉芒、Irwin、金煌、Kent、海豹、Haden、Dashehari、Neelum、桂香、Ono、白象牙、Bambaroo、Macheso、Zill。以粤西1号芒果幼嫩叶片为材料探索提取高质量DNA的方法,为了获得更高质量和数量的基因组DNA,对曾杰的方法进行了下列改良:A、用2%的CTAB提取液,其他不变;B、用3%的CTAB提取液,但在提取后只用氯仿异戊醇提取2次;C、用3%的CTAB提取液,但在提取后用氯仿异戊醇提取1次;D、用3%的CTAB提取液,但在提取后用酚氯仿异戊醇提取1次。用供试品种中的台农1号、Carabao、Keitt、Kent对64对引物组合进行筛选,其中8个EcoRI引物分别是E-AAC、E-AAG、E-ACA、E-ACT、E-ACC、E-ACG、E-AGC、E-AGG,8个MseI引物分别是M-CAA、M-CAC、M-CAG、M-CAT、M-CTA、M-CTC、M-CTG、M-CTT。利用AFLP分子标记在DNA水平上对芒果进行遗传多样性研究。[结果]4种方法提取的DNA较完整,均可得到明亮清晰的主带。且综合比较,用B方法(即采用较高浓度的提取液,提取后用氯仿异戊醇提取2次)可获得高质量、高纯度DNA,可用于芒果AFLP标记分析。供试64对引物组合中适用于芒果种质资源AFLP分析的引物组合共14对,分别是E-ACC/M-CAC、E-AAC/M-CAT、E-AAG/M-CAC、E-AAG/M-CAT、E-ACA/M-CAC、E-ACA/M-CAG、E-ACA/M-CAT、E-ACA/M-CTA、E-ACT/M-CAC、E-ACC/M-CTC、E-ACC/M-CTG、E-AGC/M-CAG、E-AGC/M-CTA、E-AGC/M-CTC。这14对引物组合在31份芒果种质中共扩增出1761条带,其中多样性带比例为97%。平均每对引物产生125.8条带和121.6条多样性带。14对引物均可将上述31个品种完全区别开来,其中E-ACA/M-CAT和E-AGC/M-CTC引物组合多态性最大,达100%,可用于芒果品种指纹图谱构建。[结论]利用AFLP可以高效检测芒果种质资源分子标记多样性。

中国白菜AFLP分子遗传图谱的构建

以白菜高抗TuMV白心株系91 112和高感TuMV桔红心株系T12 91为亲本建立的小孢子DH系作为图谱构建群体,以AFLP标记来构建白菜连锁图谱。通过对64对AFLP引物组合的筛选,利用20对引物得到了263个AFLP多态性位点。经Mapmaker/EXP3.0软件处理,构建了1张含255个标记位点,10个连锁群,覆盖长度为883.7cM的连锁图。255个AFLP位点中偏离孟德尔遗传的比率(P<0.05)为15 0%和27 5%(P<0.01)。

小麦抗叶锈病基因Lr45的AFLP分子标记

利用AFLP技术对小麦抗叶锈基因Lr45进行了标记,从60对AFLP引物中筛选出2对在亲本及TcLr45×ThatcherF2抗感群体间揭示多态性的引物P-AGG/M-GAG和P-ACA/M-GGT。其扩增片段为261bp和105bp,2个标记与Lr45的遗传距离分别为0.6cM和1.3cM。测序比较261bp片段与大麦属VulgareHotrI基因部分序列同源性达86%,105bp片段与一粒小麦磷脂酰丝氨酸脱羧酶基因部分序列同源性高达96%。2个测序片段均包含开放阅读框(ORF)序列。

梅花不同样本间亲缘关系的AFLP初步分析

应用AFLP技术初步研究20个梅花株系间的亲缘关系,19对选择性引物扩增出清晰的总位点数918个,其中多态性位点324个,占总位点数的35.29%。采用SAS类平均法聚类分析AFLP数据,λ值为0.9759时,将20个梅花株系分为4个类群。半野生种曲梗梅的多态性位点数最高,‘多萼朱砂’、‘复瓣小宫粉’等梅花品种次之。在类群Ⅳ中,具有明显亲缘关系的两组亲本及其杂交子代各自聚为一组,表明AFLP技术和聚类分析方法可以用来研究梅花品种间的亲缘关系。‘小宫粉’、‘江南朱砂’和它们的子代亲缘关系密切,结果仍能区别其较小差异,这有助于解决梅花中存在的不同产地相同品种异名和同名而品种不同的问题。垂枝类梅花品种间有较近的亲缘关系或者遗传来源,支持枝姿作为梅花分类的重要形态特征,垂枝类品种属于梅花中比较进化的类群与其历史演化相吻合。本研究中所采用的DNA限制性内切酶酶切组合及所筛选的AFLP选择性引物对适合研究梅花品种间的亲缘关系和遗传多样性。

利用AFLP技术分析中国明对虾的韩国南海种群和养殖群体的遗传差异

利用AFLP技术对新发现的中国明对虾的一个地理种群--韩国南海种群(SP)和中国明对虾的养殖群体(CP)进行了遗传分析.每个群体随机取样30个,5对AFLP引物获得326个位点.其中SP多态位点比例(P0.99)46.93%,Shannon多样性指数(I)0.1884,Nei(1978)基因多样性指数(h)0.1197,群体差异性位点9个,占检测位点总数的2.7%.CP多态位点比例(P0.99)51.84%,Shannon多样性指数(I)0.1954,Nei(1978)基因多样性指数(h)0.1229,群体差异性位点19个,占检测位点总数的5.8%.SP种群各项遗传参数都低于CP种群.两个群体的非偏差遗传相似度和遗传距离分别为0.9899和0.0102.利用中国明对虾的韩国南海种群和养殖群体杂交可以获得新的种质资源,这将为获得最大变异数量性状表型和基因多样性的产生提供可能.

小麦AFLP片段序列多态性分析和AFLP-SCAR标记的研究

为了解相同长度的AFLP片段中DNA序列的多态性,对70条小麦AFLP片段进行回收、克隆以及测序分析,比较了不同品种间相同长度的AFLP片段、一条AFLP片段的不同单克隆以及品种间非多态性AFLP片段的DNA序列。对70个片段构成的98对同长片段进行DNA序列比对,结果表明：（1）只有3对片段的序列100%相同,其他95对片段之间DNA序列差异为1%-70%;（2）不同小麦品种间同长的AFLP片段中普遍存在DNA序列完全不同、部分不同和具有SNP的现象;（3）一条回收的AFLP带纹的不同单克隆之间也存在DNA序列完全不同、部分不同和具有SNP的现象;（4）品种间有些非多态性AFLP片段的DNA序列也存在多态性。揭示了小麦三套基因组间AFLP等位基因的多态性,以及不同AFLP位点同长片段的DNA序列多态性,对AFLP标记的使用提出了一些不同看法,并提出了利用AFLP片段的序列多态性设计SCAR引物的方法。

利用减法AFLP有效标记小麦中的外源染色体片段(英文)

为解决AFLP中样品间共同片段对多态性片段识别的干扰 ,作者建立了一种“减法AFLP”标记技术 ,并运用这种技术成功对小麦中的外源染色体片段进行了标记。运用该技术 ,样品间的共同扩增片段显著减少 ,在非变性聚丙稀酰胺凝胶上带型差异十分明显 ,多态性片段很容易分辨。其真实性通过将其中两条成功转换成外源染色体片段特异的SCAR标记得到了验证。减法AFLP标记技术的建立为标记作物中的外源染色体片段提供了一种有效手段。

AFLP技术的改进及其在果树上的应用

AFLP分子标记技术是一种基于PCR的高分辨DNA指纹分析方法,和其它标记技术相比,它具有相对简便、快速、可靠、便宜的优点。综合有关文献资料就AFLP的原理、试验技术方面的改进及其在果树遗传多样性检测、种质资源鉴定、亲缘关系分析和遗传图谱的构建等方面的应用和进展进行阐述。

枸杞属AFLP分析体系优化与建立

以枸杞属种质资源为试材，对AFLP分析过程中包括DNA的提取质量和浓度、Mse I／EcoR I以及T4DNA连接酶的浓度、反应时间等影响因素进行了研究。建立了一种适于枸杞AFLP银染技术的优化体系。该体系中各优化因素为：模板DNA的用量为300-400ng，酶切体系中Mse I和EcoR I各加入3U，T4 DNA连接酶加入2．0U，采用酶切与连接在同一体系中一步完成，其酶切温度为37℃，反应时间为5h。与22℃连接过夜。并对预扩增、选择性扩增和银染的效果进行了检测，以引物M＋CAC／E＋AGG构建了枸杞种质资源的AFLP指纹图谱，该图谱扩增带多，多态性强，且质量好。

AFLP标记与水稻杂种产量及产量杂种优势的预测

利用AFLP分子标记对46个水稻品种进行遗传多样性分析,继而研究分子标记遗传距离与按照NC设计获得的195个杂交组合的产量及特殊配合力的相关性,探讨预测杂种优势的可能性。结果表明:(1)通过UPGMA聚类分析(图3),可将供试材料分为16个类群,并把来源不明的品种(系)划分到相应类群中,从而对这些材料进行初步鉴定。可见,AFLP分子标记是检测类内品种间遗传差异的有效方法,为水稻品种(系)亲本选配提供理论依据。(2)分子标记遗传距离与杂种产量优势、F1产量、特殊配合力之间都呈显著正相关,相关系数介于0.3235-0.7713之间。但相关程度还不足以预测杂种优势。增效座位和减效座位以及使用与杂种优势有关的QTL连锁标记位点可能提高杂种优势的预测能力,但最终解决,将依赖于杂种优势遗传机理的研究。

温度对AFLP银染检测的影响

在家蚕AFLP分子标记多样性的研究中发现温度对AFLP -银染的结果有一定的影响。本实验以湘晖与 872杂交的 91个F2 个体为材料 ,对AFLP银染过程中温度的影响进行了分析。温度试验结果显示 :在 2

小麦基因组AFLP技术体系建立的研究

扩增片断长度多态性(AFLP)可靠性强,多态检出率高,因而被认为是最有效的DNA指纹分析技术.利用这一技术,在不需要预先知道DNA序列信息的情况下就可以同时进行多数DNA酶切片段的PCR扩增.以小麦为材料,对AFLP指纹银染技术及实验操作中的关键技巧作了比较详尽的叙述,并建立起了AFLP技术体系.

AFLP分子标记技术及其在茶树上的应用

本文介绍了AFLP分子标记技术的基本原理、特点和技术流程。对AFLP分子标记在茶树种质资源鉴定与分类、遗传多样性、亲缘关系的建立和遗传图谱的构建等方面的应用进行了概述,并对其存在的问题和在茶树领域的应用前景进行了分析。

AFLP分子标记技术在茶树遗传育种研究中的应用

AFLP(Amplified Fragment Length Ploymorphism)是一种实用的,有效的DNA分子标记技术。与RFLP、RAPD相比,AFLP具有在一次实验中可同时观察到大量的限制性片段的优点。本文阐述了AFLP的基本原理,评述了AFLP在茶树遗传育种研究中的应用前景。