湖南一株猪非典型瘟病毒的鉴定及其NS5B和E2基因序列分析

随机挑选湖南某规模化猪场出现“抖抖病”的新生仔猪,采集血清样本,用可扩增猪非典型瘟病毒(APPV)的NS5B基因和E2基因引物进行RT-PCR鉴定,对PCR扩增产物测序。随后利用MegAlign软件分析NS5B和E2基因序列的同源性,预测E2蛋白部分结构,并使用MEGA 5.0,采用邻接法构建NS5B和E2基因的遗传进化树。结果表明,发病仔猪为猪非典型瘟病毒(APPV)感染阳性。鉴定毒株HN0626与GenBank中84株参考毒株NS5B和E2基因序列的同源性分别为81.68%~98.95%、81.14%~99.33%,通过预测E2蛋白部分结构,推导其潜在的B细胞抗原表位。系统发育分析显示,HN0626毒株属于基因1型,是全球猪群中的主要流行毒株,其E2、NS5B基因序列在GenBank中的登录号分别为OR936135、OR936136。

RNAi对HCV ns5b基因表达的抑制作用

目的 :研究RNAi(RNAinterference)效应对HCVns5b基因表达的抑制作用 .方法 :根据HCVns5b基因序列及其二级结构特征 ,依据Tuschl等设计siRNA的原则 ,确定并合成了针对ns5b基因的siRNAs;利用电转化方法将合成的siRNAs转染NS5B EGFPHepG2细胞株 ,以未转染的细胞为对照 ;细胞爬片后经DAPI染色 ,荧光显微镜下观察和半定量RT PCR法检测siRNAs的抑制效应 .结果 :化学合成的siRNAs可以抑制HCVns5b基因的表达 ,效率可达 70 %-80 %以上 .结论 :在细胞水平上 ,化学合成的siRNAs可以抑制HCVns5b基因的表达 。

以AdMax载体系统构建携带HCV NS5B基因的重组腺病毒表达载体

目的构建表达丙型肝炎病毒(HCV)非结构基因NS5B的重组腺病毒表达载体,并对其相关指标进行鉴定,为进一步研究防止丙型肝炎感染的基因免疫和基因治疗奠定实验基础。方法应用基因工程技术将HCVNS5B基因定向克隆至穿梭质粒pDC316上,利用脂质体介导的方法将AdMax腺病毒包装系统的骨架质粒pBHGloxΔE1、3Cre和穿梭质粒pDC316-NS5B共转染293细胞,进行同源重组,产生重组腺病毒pAd-NS5B并进行鉴定、反复感染293细胞进行扩增,扩增后测定重组病毒滴度。结果重组病毒颗粒pAd-NS5B经双引物PCR、凝胶电泳证明插入片段与HCV非结构基因NS5B片段大小相符;经测序证明其插入序列与设计HCV NS5B基因序列完全一致,扩增后重组病毒滴度达到2.3×1013IU/L。结论成功构建了表达HCV NS5B基因的重组腺病毒载体。

丙型肝炎病毒NS5B基因的克隆及在大肠杆菌的分泌表达

由于全长丙型肝炎病毒NS5B的疏水性 ,其表达和纯化非常困难。为了分泌表达NS5B ,作者对NS5B进行截短 ,缺失其疏水部分从而在大肠杆菌细胞中分泌表达HCVNS5B基因 ,并测定其活性。用逆转录多聚酶链反应 (RT PCR)的方法 ,设计截去NS5B疏水部分 ,PCR引物以HCV全长质粒pBRTM/HCV 1为模板 ,克隆到pGEM Teasy载体中 ,双酶切后回收连接到pET 2 1b中表达。大肠杆菌培养上清过柱纯化 ,进行十二烷基磺酸钠 聚丙烯酰胺凝胶电泳 (SDS PAGE)和Western免疫印迹分析 ,并用液闪近端分析 (SPA)法分析NS5BRdRp活性。成功地构建了NS5B基因大肠杆菌表达载体 ,Western免疫印迹显示NS5B蛋白在大肠杆菌细胞中表达。表达产物在大肠杆菌培养上清中存在 ,分子量 6 8kD左右 ,而且 [3 H]总掺入率达 6 90 0cpm。NS5B蛋白在大肠杆菌上清中表达成功 ,经过活性测定 。

猪瘟病毒RT-LAMP-LFD检测方法的建立与应用

【目的】建立一种新型的、能在基层场地进行实时便捷诊断的猪瘟病毒检测方法。【方法】环介导等温扩增技术(Loop-mediated isothermal amplification,LAMP)-横向流动试纸条技术(Lateral flow dipstick,LFD)相结合,针对猪瘟病毒(Classical swine fever virus,CSFV)NS5B基因设计一套特异性引物及生物素标记探针,结合异硫氰酸荧光素标记的扩增产物,建立RT-LAMP-LFD检测方法。【结果】所建立的方法能够特异地检测出CSFV的存在,检测PRRSV、JEV、PCV-2等其他病毒均为阴性;所建立的CSFV-RT-LAMP方法对RNA的最低检测限为50 pg;反应快速,整个扩增反应可在1 h内完成;操作简单,不需要PCR仪等复杂的仪器,结果可经肉眼观察。【结论】应用RTLAMP-LFD检测CSFV特异性强、灵敏度高,并且操作安全、简便、快捷,可以满足基层检疫的需要。

牛病毒性腹泻病毒陕西株的分离与NS_(5b)基因序列测定

【目的】分离并鉴定陕西省牛病毒性腹泻病毒(Bovine viral diarrhea virus,BVDV)。【方法】采集腹泻犊牛的肠系膜淋巴结,处理后接种于MDBK细胞,盲传,逐日观察是否有细胞病变产生。采用病毒蚀斑技术对病毒克隆纯化后,提取其RNA,进行RT-PCR鉴定。将扩增的NS5b基因克隆入pMD18-T载体中,采用碱裂解法小量提取质粒,并对质粒进行EcoRⅠ和SalⅠ双酶切、SalⅠ单酶切及PCR鉴定,对阳性克隆进行核苷酸序列测定及分析。采用病毒蚀斑试验测定分离毒株的半数组织培养感染量(TCID50)。【结果】盲传4代后细胞出现典型、规律的细胞病变。RT-PCR扩增出预期长度(360 bp)的基因片段,核苷酸序列分析结果表明,所扩增的基因为牛病毒性腹泻黏膜病病毒NS5b基因,其与BVDV VEDEVAC株NS5b基因核苷酸序列有99%同源性。BVDV陕西株的半数组织培养感染量(TCID50)为3.6。【结论】成功分离了牛病毒性腹泻病毒陕西株,为陕西省BVDV的防治提供了理论依据。

2018年中国部分地区猪瘟病毒2.1d亚型新流行株的基因组特征分析

为了解中国猪瘟病毒(classical swine fever virus,CSFV)的分子流行病学及遗传变异情况,本研究应用RT-PCR方法对2018年采集自河南、河北、山东、黑龙江和辽宁5个省份的350份疑似CSFV感染的病料进行E2和NS5B基因扩增,并对PCR产物进行测序和序列分析。结果显示,350份样品中21份为CSFV阳性,共获得14株CSFV的E2基因序列和7株CSFV的部分NS5B基因序列。E2全基因、NS5B部分基因序列分析表明,21份阳性样品均属于近年来在中国流行的CSFV 2.1d亚型,且新发现的2.1d亚型CSFV与中国较早2.1d亚型CSFV毒株间同源性差异不大,新发现的2.1d亚型CSFV分离株在E2基因的6个氨基酸(R^31、S^34、W^182、K^205、K^303、A^331)上具有相同的分子特征,E2蛋白中15个位点上的半胱氨酸均未发生变异。韩国2.1d亚型CSFV在E2蛋白上具有3个独特的氨基酸(N^97、K^159、R^205)特征,并且发现了韩国毒株YC11WB可能作为2.1b和2.1d亚型CSFV过渡毒株的证据,流行于中国和韩国的2.1d亚型CSFV可能分别来自于本国早期2.1b亚型CSFV的衍化。本研究证实,2018年中国及周边国家CSFV较为活跃,且流行毒株依然以2.1d亚型为主,为中国科学防控CSFV提供了依据。

Discrepancy of Classical Swine Fever Virus in Different Tissues by One-Step RT-PCR and Nested RT-PCR

Reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) was used for the detection of classical swine fever virus (CSFV) in blood and tissue samples of field cases and experimentally inoculated pigs. The distribution of CSFV in different organ samples showed some discrepancies in infected pigs. Four weaner pigs were inoculated with C-strain vaccine virus, then samples of spleen, tonsil, lung, mesenteric lymph node, kidney and brain were collected after slaughter and tested for E2 and NS5B genes using one-step RT-PCR and nested RT-PCR. Using the same method, 12 field cases were simultaneously studied. A discrepancy of CSFV in different samples was found upon detecting the target gene. The most reliable diagnostic organs were spleen and tonsil, and the nested RT-PCR assay provided a highly sensitive and specific method with comparable performance to the one-step RT-PCR assay.

应用表达谱芯片筛选HCV NS5B基因转染Hun 7.5细胞所致表达差异的糖、脂类代谢基因

目的 构建HCV NS5B的真核表达载体pCDNA3.1（-）HCV NS5B,研究HCV NS5B在Hun 7.5细胞中表达导致的糖、脂类代谢相关基因的差异表达.方法 真核表达载体pCDNA3.1（-）HCV NS5B转染Hun 7.5细胞,培养48h后提取细胞蛋白进行Western blot检测；将pcDNA3.1（-）HCV NS5B和pcDNA3.1（-）载体分别转染Hun 7.5细胞后,提取mRNA并逆转录为cDNA,运用基因表达谱芯片技术分析糖、脂类代谢相关的差异表达基因.结果 成功构建了HCV NS5B的真核表达载体pCDNA3.1（-） HCV NS5B;转染Hun 7.5细胞后HCV NSSB在细胞内可以表达；基因表达谱芯片技术筛选,分别发现了其中5个显著上调和3个显著下调的糖、脂类代谢相关基因.结论 筛选HCVNS5B转染Hun 7.5细胞后的糖、脂类物质代谢相关的差异表达基因,从而为丙型肝炎病毒感染合并糖尿病、脂肪肝等代谢性疾病分子生物学机制的研究提供重要依据.