基于生物信息学的酒精性肝病关键基因筛选及验证

目的利用生物信息学方法探索酒精性肝病(alcoholic liver disease,ALD)潜在的关键基因并通过实验验证,为寻找ALD潜在的生物标志物提供依据。方法从美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)的公共基因芯片数据平台(Gene Expression Omnibus,GEO)的数据库下载两个基因表达谱芯片(GSE28619和GSE100901),利用GEO2R筛选出酒精性肝病实验组与正常对照组的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),对DEGs进行基因本体论(gene ontology,GO)与京都基因和基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)信号通路的富集分析,进一步应用STRING数据库构建蛋白质的相互作用网络,用Cytoscape来筛选出关键基因。构建ALD小鼠模型,通过RT-qPCR验证筛选出关键基因。结果总共鉴定出173个DEGs,GO显示DEGs生物学功能主要涉及5个KEGG通路,包括补体和凝血级联、胆固醇代谢、视黄醇代谢、药物代谢-细胞色素P450、胆汁分泌相关信号通路,结合蛋白质相互作用网络(protein-protein interaction,PPI)和CytoHubba的结果,筛选出SERPINC1、AHSG、FGG、FGA、ITIH3、FGB、APOB、ALB和APOH 9个关键基因,通过RT-qPCR检测验证,发现与WT小鼠相比,ALD小鼠肝脏ALB、APOB和FGB的mRNA表达上调(P<0.05),而ITIH3、FGG和SERPINC1的mRNA表达下调(P<0.05)。结论ALB、APOB、FGB、ITIH3、FGG、SERPINC1有望成为ALD潜在的生物标志物。

新的肾上腺脑白质营养不良基因突变1例的鉴定

目的 :对 1例肾上腺脑白质营养不良 (ALD)患者及其家系成员的ALD基因的突变类型进行鉴定 .方法 :以外周血RNA为模板 ,采用长链RT PCR技术 ,分 4个片段扩增ALD基因mRNA的编码序列 ,对 4个PCR产物进行直接测序 ,筛查整个基因编码区 .通过限制性内切酶酶切分析患者及其家系成员基因组ALD基因片段 ,以进一步确证所发现的基因突变 .结果 :位于患者ALD基因第 6外显子的第 5 0 8位密码子存在一个新的错义突变CCC→CTC (P5 0 8L) ,患者母亲为突变携带者 ,患者父亲和妹妹不存在此突变 .结论 :发现中国ALD患者一个新的ALD基因突变 ,即P5 0

肾上腺脑白质营养不良的分子诊断(附2例报告)

目的 探讨肾上腺脑白质营养不良 (AL D)的分子诊断方法。方法 在临床诊断的基础上 ,从 2名患者外周血提取白细胞总 RNA ,进行反转录后 ,用 PCR方法分四段扩增 AL D基因编码区。纯化 PCR产物 ,并对其进行序列测定。查出突变位点后 ,对患者家系成员的基因组 DNA进行 PCR-限制性酶切分析。结果 患者 A的 AL D基因第 2 80位密码子发生 CGC→ CTC改变 ,使原来编码的精氨酸被亮氨酸取代 (R2 80 L突变 ) ;患者 B的 AL D基因第 5 0 8位密码子发生了 CCC→ CTC改变 ,使正常的脯氨酸被亮氨酸替换 (P5 0 8L 突变 )。两个突变通过酶切分析和家系调查得到进一步确证。结论 建立了 AL D的分子诊断技术 ,并在中国人 AL D患者发现了两个新的 AL D基因突变。

Bcl-2和NF-kB在大鼠酒精性肝病中的表达及相关性

目的观察大鼠酒精性肝病组织病理形态学改变,探讨细胞凋亡与Bcl-2、NF-kB的表达及意义。方法采用灌胃法制备大鼠酒精性肝病(ALD)模型,模型组用40%酒精8g/(kg.d)分二次灌胃共12周,对照组灌等量的生理盐水,实验第8、12周末分批处死动物。用HE染色及天狼星红染色观察肝脏病理学改变,用TUNEL法检测肝细胞的凋亡,用免疫组化法检测Bcl-2、NF-kB的表达。结果①模型组与对照组比较,肝细胞明显肿胀,可见大小不等的脂肪空泡,部分处可见点状、灶壮坏死,肝组织内胶原纤维轻度增生,随造模时间延长模型组病变加重。②凋亡的肝细胞主要位于肝组织中点状、灶状和碎屑样坏死区及其周围,模型组肝细胞凋亡指数明显高于对照组(P<0.05)。③Bcl-2和NF-kB阳性细胞主要分布在中央静脉及肝细胞坏死灶周围,模型组Bcl-2、NF-kB表达强度明显高于对照组(P<0.05)。④Bcl-2和NF-kB表达间存在相关性,且两者之间存在正相关关系(r=0.576,P<0.01)。结论大鼠酒精性肝病发生与肝细胞凋亡密切相关。大鼠酒精性肝病的发生、发展过程中Bcl-2和NF-kB参与肝细胞凋亡。NF-kB基因活化后,上调Bcl-2基因的表达。

一例肾上腺脑白质营养不良患者及其家系的基因突变分析

目的 鉴定 1例肾上腺脑白质营养不良 (ALD)患者及其家庭成员的ALD基因突变类型。方法 采用RT PCR技术 ,分 4个片段扩增患者和 1例对照个体的ALD基因编码序列 ,用末端终止法测定PCR产物序列 ,用限制性酶切分析验证测序结果。结果 患者ALD基因第 2 80密码子存在 1个未见报道的错义突变 ,即CGC→CTC ,该突变使原来的精氨酸被亮氨酸替换 ,并使相应部位的 1个Hin 6I酶切位点消失。对照个体不存在此突变。在患者家庭成员中检测出 2个杂合子。结论 在一个中国肾上腺脑白质营养不良家系发现 1个新的ALD基因突变 ,即R2

门脉高压患者降钙素基因相关肽、神经肽y与醛固酮检测及意义

研究降钙素基因相关肽(CGRP)、神经肽y(NPY)与醛固酮(ALD)在门脉高压症发病中的作用。方法:应用放射免疫学方法对30例门脉高压症患者、30名正常对照者的血浆以及20例门脉高压症患者的腹水进行CGRP、NPY与ALD的检测。结果:门脉高压症组患者血浆CGRP、NPY与ALD水平分别为125.95±35.43pg/ml、88.49±52.51pg/ml及868.5±459.6pg/ml,正常对照组分别为69.14±23.29pg/ml、151.54±38.51pg/ml及306.4±124.3pg/ml,两组差别有显著意义(P<0.05),腹水组分别为81.83±38.55pg/ml、61.47±28.35pg/ml及216.7±186.1pg/ml。腹水CGRP与正常对照组相比差异无显著意义,腹水NPY与ALD含量低于正常对照组(P<0.05)。其中有腹水者NPY低于无腹水者,而CGRP与ALD水平高于无腹水者(P<0.05)。结论:血浆CGRP、NPY与ALD均在肝硬变门脉高压发病的病理生理机制中起作用。