草珊瑚不同光质条件下RT-qPCR内参基因筛选与验证

为分析不同光质对草珊瑚目的基因表达量的影响,筛选出稳定表达的内参基因,根据草珊瑚转录组数据,选择激动蛋白(Actin)、β-微管蛋白(TUB)、SAND家族蛋白(SAND)、泛素蛋白(UBQ)、网格蛋白适配器复合物(CAC)等10个基因作为候选内参基因。以不同光质条件下草珊瑚幼苗的根、茎和叶组织为材料,利用实时荧光PCR技术,并结合geNorm、NormFinder、BestKeeper、The comparative delta-Ct和RefFinder等软件分析内参基因的表达稳定性,从而筛选出最佳内参基因,并通过对草珊瑚叶片碳代谢中7个关键酶基因的表达量分析,验证内参基因的准确性。结果表明,内参基因CAC在不同光质条件下草珊瑚幼苗的根、茎和叶组织中表达最稳定。在不同光质条件下,草珊瑚叶片碳代谢中7个关键酶基因相对表达量的变化趋势与转录组的相对一致。本研究筛选的最佳内参基因CAC可为后续准确分析草珊瑚功能基因在不同光质条件下的表达模式提供参考。

珙桐实时定量PCR内参基因的筛选及稳定性评价

实时荧光定量PCR(qPCR)技术被广泛应用于基因表达分析,选用合适的内参基因是运用该技术准确分析目标基因表达变化的前提。本研究以珙桐不同器官为材料,采用qPCR技术分析了珙桐中6个管家基因(ACT7、eIF、EF1a、GAPDH、β-TUB、18S rRNA)及2个新内参基因(CAC、TIP41),共8个候选内参基因的表达情况,并利用ge Norm、Norm Finder和BestKeeper3种软件对候选内参基因的表达稳定性进行了评价。结果表明,CAC和ACT7在珙桐营养器官与生殖器官中均表达稳定,且新内参基因CAC的表达稳定性优于ACT7;GAPDH、EF1a、18S rRNA和TIP41在珙桐营养器官与生殖器官中均表达不稳定,尤其是GAPDH和18S rRNA的表达稳定性更差;β-TUB在珙桐营养器官中表达更稳定,而eIF在珙桐生殖器官中表达更稳定。