A pair of specific primers were designed and synthesized according to the published sequences of ORF1 gene of PCV 2. The complete DNA fragment of ORF1 gene was obtained by PCR from viral DNA of PCV 2 QD strain.Its nuc...A pair of specific primers were designed and synthesized according to the published sequences of ORF1 gene of PCV 2. The complete DNA fragment of ORF1 gene was obtained by PCR from viral DNA of PCV 2 QD strain.Its nuclectide sequence was determined by the dideoxy mediated chain termination method.The results showed that the complete open reading frame (ORF) of ORF1 gene encoding 314 amino acids was 945 bp in length.A comparison of the nucleotide and amino acid sequences of ORF1 gene with that of other PCV strains showed that the identity of nucleotide with PCV 1 and PCV 2 were 83% and 96 4%～99 2% respectively,and identity of the deduced amino acid with PCV 1 and PCV 2 were 84% and more than 98% respecitively.The DNA fragment of ORF1 gene was subcloned into prokaryotic expression vector pET 28a and pGEX KG;while the specific non fusion and fusion proteins with GST of molecular weight 38 kD and 63 kD were expressed in E.coli BL 21 (DE3).Western blotting assay indicated that the polyclonal antibody against PCV 2 could recognize these two proteins.展开更多
【目的】了解广东省某猪群中猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV2)流行毒株的遗传进化情况,丰富PCV2分子流行病学数据,为当地PCV2疫苗候选株的选用和研发提供参考。【方法】使用qPCR方法对疑似PCV2的样品进行检测,发现1株具...【目的】了解广东省某猪群中猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV2)流行毒株的遗传进化情况,丰富PCV2分子流行病学数据,为当地PCV2疫苗候选株的选用和研发提供参考。【方法】使用qPCR方法对疑似PCV2的样品进行检测,发现1株具有高病毒载量的PCV2毒株,命名为GD222858。通过PCR方法进行全基因组分子克隆及遗传进化分析。使用MegAlign软件将该毒株ORF1、ORF2基因编码的氨基酸序列与PCV2同亚型参考毒株进行比对,分析氨基酸序列的相似性;采用DNAStar预测该毒株的Cap蛋白二级结构及B细胞表位,并与4株疫苗株DBN-SX07-2(HM641752)、LG(HM038034)、SH(HM038027)、ZJ(AY686764)的Cap蛋白抗原指数进行比对分析。【结果】GD222858毒株基因组长度为1767 bp。遗传进化分析表明该毒株属于PCV2d亚型。与国内外82株参考毒株的核苷酸相似性为91.4%~99.6%,与越南毒株Han8(GenBank登录号:JQ181600)的亲缘关系最近。在ORF1编码的Rep蛋白处发现多个特异性突变位点F70Y、F77L、W202R、N256S;ORF2编码的Cap蛋白相对保守。Protean预测Cap蛋白的氨基酸第5~18、24~25、39~41、48~49、57~65、99、101、112~114、139~140、145~150、162~165、175~181、188~189、205~211、227~232位置处均可能存在潜在的B细胞表位。GD222858毒株的Cap蛋白抗原指数与4株疫苗株均有差异,在氨基酸45~57、124~132、223~233位置处抗原指数明显高于4株疫苗株,且与疫苗株HM038034差异最大。【结论】GD222858毒株感染猪群的原因可能是Rep蛋白多个位点发生特异性突变及疫苗株选用不当所致。展开更多
为了给猪圆环病毒病的诊断及防制提供科学依据,试验参考GenBank中猪圆环病毒2型(porcine circovirus type 2,PCV2)ORF1基因序列,设计1对特异性引物,进行ORF1基因的PCR扩增,扩增出PCV2贵州株ORF1基因片段。扩增产物与pMD18-T载体连接、...为了给猪圆环病毒病的诊断及防制提供科学依据,试验参考GenBank中猪圆环病毒2型(porcine circovirus type 2,PCV2)ORF1基因序列,设计1对特异性引物,进行ORF1基因的PCR扩增,扩增出PCV2贵州株ORF1基因片段。扩增产物与pMD18-T载体连接、鉴定正确后,再亚克隆至pET-30a(+)原核表达载体中,经双酶切鉴定后测序。结果表明,ORF1基因在pET-30a(+)载体中位置正确,pET30a-PCV2-ORF1原核表达质粒构建成功,转化至Rosetta菌,用IPTG进行诱导表达,收集菌液进行SDS-PAGE检测,结果显示PCV2-ORF1在pET-30a(+)中获得了高效融合表达,其表达蛋白分子质量约为42ku。重组蛋白主要以包涵体的形式表达,包涵体洗涤溶解后,采用Ni 2+离子金属螯合亲和层析柱纯化蛋白,Western blotting分析结果表明,表达蛋白能和抗His标签的单克隆抗体反应。展开更多
为了解我国鸡群中禽戊型肝炎病毒(avain hepatitis E virus,aHEV)的分子变异情况,对2018年从山东、河南、河北、辽宁、吉林、黑龙江、陕西、山西、江苏等地疑似aHEV感染鸡群中采集的679份肝脏、脾脏病料样品进行RT-PCR检测,从中选取PCR...为了解我国鸡群中禽戊型肝炎病毒(avain hepatitis E virus,aHEV)的分子变异情况,对2018年从山东、河南、河北、辽宁、吉林、黑龙江、陕西、山西、江苏等地疑似aHEV感染鸡群中采集的679份肝脏、脾脏病料样品进行RT-PCR检测,从中选取PCR阳性产物,对其ORF1基因进行序列测定与遗传进化分析。结果显示:从病料中检出阳性样品37份,阳性检出率为5.45%;选取的15个试验毒株之间的ORF1基因同源性为90.1%~100%,与目前报道的4种基因型同源性均小于90%,其中与基因1型的澳大利亚株和韩国株同源性为85.5%~89.0%,与基因2型的美国原型株和美国无毒株同源性为85.5%~88.2%,与基因3型的欧洲株和中国株同源性为86.3%~89.7%,与基因4型的匈牙利株和中国台湾株同源性为86.4%~88.5%。ORF1基因进化树分析发现,所分离的aHEV均属于戊型肝炎B种,不在目前所划分的基因型分支上,形成独立的基因分支,不属于已报道的4个基因型。结果表明,目前在我国流行的aHEV是一种新基因型病毒,这为我国aHEV分子流行病学分析提供了补充和依据。展开更多
文摘A pair of specific primers were designed and synthesized according to the published sequences of ORF1 gene of PCV 2. The complete DNA fragment of ORF1 gene was obtained by PCR from viral DNA of PCV 2 QD strain.Its nuclectide sequence was determined by the dideoxy mediated chain termination method.The results showed that the complete open reading frame (ORF) of ORF1 gene encoding 314 amino acids was 945 bp in length.A comparison of the nucleotide and amino acid sequences of ORF1 gene with that of other PCV strains showed that the identity of nucleotide with PCV 1 and PCV 2 were 83% and 96 4%～99 2% respectively,and identity of the deduced amino acid with PCV 1 and PCV 2 were 84% and more than 98% respecitively.The DNA fragment of ORF1 gene was subcloned into prokaryotic expression vector pET 28a and pGEX KG;while the specific non fusion and fusion proteins with GST of molecular weight 38 kD and 63 kD were expressed in E.coli BL 21 (DE3).Western blotting assay indicated that the polyclonal antibody against PCV 2 could recognize these two proteins.
文摘【目的】了解广东省某猪群中猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV2)流行毒株的遗传进化情况,丰富PCV2分子流行病学数据,为当地PCV2疫苗候选株的选用和研发提供参考。【方法】使用qPCR方法对疑似PCV2的样品进行检测,发现1株具有高病毒载量的PCV2毒株,命名为GD222858。通过PCR方法进行全基因组分子克隆及遗传进化分析。使用MegAlign软件将该毒株ORF1、ORF2基因编码的氨基酸序列与PCV2同亚型参考毒株进行比对,分析氨基酸序列的相似性;采用DNAStar预测该毒株的Cap蛋白二级结构及B细胞表位,并与4株疫苗株DBN-SX07-2(HM641752)、LG(HM038034)、SH(HM038027)、ZJ(AY686764)的Cap蛋白抗原指数进行比对分析。【结果】GD222858毒株基因组长度为1767 bp。遗传进化分析表明该毒株属于PCV2d亚型。与国内外82株参考毒株的核苷酸相似性为91.4%~99.6%,与越南毒株Han8(GenBank登录号:JQ181600)的亲缘关系最近。在ORF1编码的Rep蛋白处发现多个特异性突变位点F70Y、F77L、W202R、N256S;ORF2编码的Cap蛋白相对保守。Protean预测Cap蛋白的氨基酸第5~18、24~25、39~41、48~49、57~65、99、101、112~114、139~140、145~150、162~165、175~181、188~189、205~211、227~232位置处均可能存在潜在的B细胞表位。GD222858毒株的Cap蛋白抗原指数与4株疫苗株均有差异,在氨基酸45~57、124~132、223~233位置处抗原指数明显高于4株疫苗株,且与疫苗株HM038034差异最大。【结论】GD222858毒株感染猪群的原因可能是Rep蛋白多个位点发生特异性突变及疫苗株选用不当所致。
文摘为了解我国鸡群中禽戊型肝炎病毒(avain hepatitis E virus,aHEV)的分子变异情况,对2018年从山东、河南、河北、辽宁、吉林、黑龙江、陕西、山西、江苏等地疑似aHEV感染鸡群中采集的679份肝脏、脾脏病料样品进行RT-PCR检测,从中选取PCR阳性产物,对其ORF1基因进行序列测定与遗传进化分析。结果显示:从病料中检出阳性样品37份,阳性检出率为5.45%;选取的15个试验毒株之间的ORF1基因同源性为90.1%~100%,与目前报道的4种基因型同源性均小于90%,其中与基因1型的澳大利亚株和韩国株同源性为85.5%~89.0%,与基因2型的美国原型株和美国无毒株同源性为85.5%~88.2%,与基因3型的欧洲株和中国株同源性为86.3%~89.7%,与基因4型的匈牙利株和中国台湾株同源性为86.4%~88.5%。ORF1基因进化树分析发现,所分离的aHEV均属于戊型肝炎B种,不在目前所划分的基因型分支上,形成独立的基因分支,不属于已报道的4个基因型。结果表明,目前在我国流行的aHEV是一种新基因型病毒,这为我国aHEV分子流行病学分析提供了补充和依据。
