病原菌诱导转录的水稻Rim2家族转座酶编码亚组的结构与分布

以基因组克隆Rim2 5 6 9为代表 ,分析了该家族中转座酶编码亚组的分子结构 ,同时对Rim2因子在染色体和不同水稻品种之间的差别分布情况进行了研究。序列分析表明 ,Rim2 5 6 9具有完整的 16 bp的末端颠倒重复序列 (TIRs)、若干正向和反向的 16 bp的亚末端重复 (STRs)以及插入位点 3 bp的同向重复。它的TIRs上具有保守序列CACTG ,有别于以往报告的CACTA转座子。该因子含有一个编码区 ,与已报告的Rim2cDNA的ORF基本一致 ,其预测编码蛋白与CAC TA转座子编码的转座酶TNP2和TNPD有低度的同源性。该亚组的其它因子的分子结构均与Rim2 5 6 9的相似 ,但这些因子预测ORF长度上存在着差异 ,反映了结构上的多样性。对检索到的Rim2因子的定位作图表明 ,它们在已测序拼接完成的第 1、4和 10号染色体上呈不均匀分布 ,以着丝点附近的分布频率为最高。PCR反应显示 ,Rim2编码因子在品种之间存在着编码序列多态性。

一个新的水稻TE的克隆及其与CACTA转座子结构的比较(英文)

对水稻受稻瘟病菌诱导的新因子 Rim2的基因组结构进行了研究 .以 Rim2 c DNA片段作探针 ,筛选水稻 BAC文库并对其亚克隆 ,获得了一个基因组 DNA克隆 Rim2 - 5 6 9.序列分析表明 ,Rim2 - 5 6 9序列具备 Class 2转座子的基本结构特征 .它两端具有完整的末端颠倒重复 (TIRs) ,若干正向和反向的亚末端重复 (STRs) ,以及插入位点 3bp的同向重复 .它 TIRs上的保守序列 CACTG有别于以往报道的 CACTA转座子 .该因子包含一个开读框 ,其预测蛋白与 CACTA转座子编码的 TNP2、TNPD等转座酶有低程度的同源性 .该因子没有能够编码类似 TNP1/ TNPA的 DNA结合蛋白的开读框 .Southern杂交显示 ,Rim2因子在多个不同起源的水稻品种上广泛存在 ,连同检索结果 ,证明该家族具有很多拷贝 .上述特点表明 ,该因子属于一个与 CACTA转座子有一定差异的新的转座子大家族 .