基于核糖体DNA ITS区和COX1基因鉴别华支睾吸虫囊蚴

目的基于核糖体DNA ITS区和COX1基因,PCR鉴别鱼体内华支睾吸虫囊蚴。方法于2013年5月底采集广西横县某水库的麦穗鱼,用消化法从鱼肉组织中分离单个华支睾吸虫囊蚴及其他吸虫囊蚴;PCR检测华支睾吸虫核糖体DNA ITS区和COX1基因,并分析检测的灵敏性和特异性。结果分离到不同发育阶段的华支睾吸虫囊蚴并经PCR检测证实。用针对核糖体DNA ITS区和COX1基因的PCR均能检测到单个华支睾吸虫囊蚴DNA,其特异性扩增条带大小分别为437/549、156/249和195/166 bp。用核糖体DNA ITS1和ITS2区的通用引物和特异性引物扩增华支睾吸虫囊蚴DNA的阳性数之比分别为0.905和0.952。针对COX1基因的特异性扩增均检测到目标DNA,并且扩增条带较亮。用该方法对其他吸虫囊蚴检测的对比试验显示特异性引物均未出现任何非特异性扩增反应;用ITS区通用引物检测其他吸虫囊蚴则显示出严重的非特异性扩增反应。结论通过形态观察结合PCR法识别出了不同发育阶段的华支睾吸虫囊蚴。用华支睾吸虫核糖体DNA ITS区的特异性引物进行PCR检测的灵敏性和特异性均优于相应通用引物。针对COX1基因的特异性PCR检测的灵敏性和特异性与核糖体DNA ITS区的检测结果相当。

湖南省猬迭宫绦虫的线粒体cox1和nad1基因的序列测定及种系发育分析

本研究旨在阐明猬迭宫绦虫湖南分离株线粒体细胞色素c氧化酶第I亚基(cox1)基因部分序列(pcox1)和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NADH)脱氢酶亚单位l基因(nad1)部分序列(pnad1)的遗传变异情况,并用pcox1和pnad1序列重构猬迭宫绦虫与其它绦虫的种群遗传关系。利用聚合酶链反应(PCR)扩增猬迭宫绦虫的pcox1和pnad1,应用ClustalX1.81程序对序列进行比对,再用Phylip3.67程序MP法和Mage4.0程序NJ法绘制种系发育树,并用Puzzle5.2程序构建最大似然树,同时利用DNAStar5.0中的Megalign程序进行同源性分析。结果显示所获得各样品株的pcox1和pnad1序列长度一致,分别为396和566bp,湖南分离株与已知猬迭宫绦虫位于同一分枝。由于猬迭宫绦虫pcox1和pnad1序列种内相对保守,种间差异较大,故均可作为种间遗传变异研究的标记,从而为猬迭宫绦虫的种群体遗传学研究和其相关疾病的诊断奠定基础。

湖南省鸡蛔虫线粒体cox1和nad1基因的序列测定及种系发育分析

本研究旨在阐明湖南省鸡蛔虫分离株线粒体细胞色素c氧化酶第I亚基(cox1)基因部分序列(pcox1)和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NADH)脱氢酶亚单位l基因(nad1)部分序列(pnad1)的遗传变异情况,并用pcox1和pnad1序列构建鸡蛔虫与其它科蛔虫的种群遗传关系。作者应用聚合酶链反应(PCR)扩增鸡蛔虫虫株的pcox1和pnad1,应用ClustalX1.81程序对序列进行比对,然后用Phylip3.67程序MP法和Mega4.0程序NJ法绘制种系发育树,并用Puzzle5.2程序构建最大似然树。所获得的pcox1和pnad1序列长度均为394和408bp,种系发育树表明,20个分离株鸡蛔虫位于同一分枝。由于鸡蛔虫pcox1和pnad1序列种内相对保守,种间差异较大,故可作为种间遗传变异研究的标记。本研究系首次报道鸡蛔虫的pcox1和pnad1序列,从而为鸡蛔虫的分类鉴定以及进一步的分子流行病学调查和群体遗传研究奠定了基础。

弓首蛔虫线粒体cox1基因的多态性研究

应用PCR SSCP技术和DNA 序列分析对犬弓首蛔虫(Toxocara canis)线粒体DNA(mtDNA)中的细胞色素c氧化酶第I亚基(cox1)基因部分序列(pcox1)进行了分析研究,并与弓首属的猫弓首蛔虫、马来西亚弓首蛔虫、牛弓首蛔虫及弓蛔属的狮弓蛔虫进行了种间比较。结果显示,犬弓首蛔虫种群内的pcox1 序列差异为2.72%,与马来西亚弓首蛔虫种群间的序列差异为11.38%,与猫弓首蛔虫种群间的序列差异为11. 20%,与牛弓首蛔虫种群间的序列差异为10.40%,与狮弓蛔虫种群间的序列差异为11.48%;马来西亚弓首蛔虫种群内的pcox1 序列差异为0.57%,与猫弓首蛔虫的序列差异为8.23%,与牛弓首蛔虫的序列差异为8.70%,与狮弓蛔虫的序列差异为10.60%。研究证实,犬弓首蛔虫不同地方虫株的pcox1 有一定差异,与同属其他种类及狮弓蛔虫的差异较大;马来西亚弓首蛔虫确为一独立种。

基于线粒体cox1基因序列的弹涂鱼类系统进化关系

于我国雷州半岛红树林海区捕获隶属于弹涂鱼属(Periophthalmus)、大弹涂鱼属(Boleophthalmus)与青弹涂鱼属(Scartelaos)的4种弹涂鱼,克隆4种弹涂鱼23个个体cox1基因序列,通过分析4种弹涂鱼与Gen Bank中12种弹涂鱼cox1基因序列的变异特征,探讨4种弹涂鱼与后者的种间亲缘关系。结果表明,16种弹涂鱼的82个体的cox1基因序列共检测到单倍型44个,核苷酸多态位点212个(占35.4%),种间平均核苷酸差异数为4(占2.01%);基于最大似然法(ML)和邻接法(NJ)构建的系统发育树显示,各弹涂鱼属多形成一独立分支,亲缘关系明显,齿弹涂鱼属(Periophthalmodon)镶嵌于弹涂鱼属内,大弹涂鱼属与青弹涂鱼属形成并列分支,亲缘关系较近。依化石记录标定的松散分子钟估算物种分歧时间,结果表明,各弹涂鱼属出现明显分化大约发生于渐新世末期至中新世早期(23.61~15.65 Ma)。

中华双腔吸虫线粒体cox1基因的克隆及序列分析

以从中国甘肃玛曲牦牛胆管中采集的3条中华双腔吸虫作为研究对象,用引物JB3及JB4.5扩增中华双腔吸虫的线粒体细胞色素c氧化酶第Ⅰ亚基(cox1)基因部分序列(pcox1),并用pcox1序列构建其与其它吸虫的进化关系。将测定获得序列应用Clustal X 1.81程序进行比对,然后用Phylip 3.67程序MP法,并用Puzzle 5.2程序构建最大似然树。所获得的3个中华双腔吸虫样品pcox1序列长度一致,均为355bp。种系发育分析表明,3个中华双腔吸虫样品位于同一分枝。本研究系首次报道中华双腔吸虫的线粒体cox1序列,从而为进一步研究中华双腔吸虫进一步的分类、鉴定和遗传变异研究奠定了基础。

鸡蛔虫线粒体cox1和nad4基因的遗传变异分析

为探究鸡蛔虫的种内遗传变异和系统发育关系,对分离自四川省西昌市的15个鸡蛔虫分离株的线粒体细胞色素c氧化酶第Ⅰ亚基(cox1)基因部分序列和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶亚单位Ⅳ(nad4)基因全序列进行PCR扩增、序列测定及分析,并用cox1和nad4基因部分序列构建鸡蛔虫与其他蛔虫的NJ树和贝叶斯树。测序结果显示,所获得的鸡蛔虫cox1和nad4基因全序列长度分别为1 152和1 236bp,分别有33和40个变异位点,碱基变异率分别为0~2.1%和0~2.3%;分别检测到8和11个单倍型,总的单倍型多样性分别为0.733±0.124和0.933±0.054,核苷酸多样性分别为0.00433±0.00153和0.00541±0.00157,平均遗传距离分别为0.004和0.005。构建的种系发育树均显示15个鸡蛔虫西昌分离株与其他国家/地区的鸡蛔虫分离株聚类形成一个分支,与鸽蛔虫的亲缘关系最近,与其他蛔虫所属的分支相隔较远。研究结果表明鸡蛔虫西昌分离株的遗传变异程度低,且nad4基因比cox1基因更适合作为研究鸡蛔虫分离株遗传变异的分子标记。

基于cox1基因对中国青藏高原地区细粒棘球绦虫遗传多态性的研究

通过对中国青藏高原地区细粒棘球绦虫的遗传多态性分析,了解该地区细粒棘球绦虫的遗传变异情况,为细粒棘球蚴病的防治提供基础材料。基于线粒体cox1基因全序列(1 609bp)分析中国青藏高原地区47个细粒棘球绦虫分离株的序列变异情况,并结合NCBI数据库中已公布的中国青藏高原和中东地区所有细粒棘球绦虫cox1基因全长序列,对比分析两个种群的遗传多态性特征。结果显示,47个样品均被确定为G1基因型,分为10个单倍型(C1~C10),其中优势单倍型C1与中东优势单倍型相同,且该单倍型呈世界性分布。中国青藏高原地区细粒棘球绦虫的单倍型多样性(Hd)与核苷酸多样性(π)较低,明显低于中东种群,两个地区Tajima’s D和Fu’s Fs检验值均为负值,遗传结构差异不显著。研究结果表明:中国青藏高原细粒棘球绦虫可能是由一个起源于中东的有效种群进入该地区后,经历了近期群体扩张或遗传瓶颈,在高原地区天然的地理隔离作用下,逐渐发展成了现在的种群。

小鼠隐藏管状线虫线粒体cox1基因的扩增及序列分析

对从试验小鼠体内分离的蛲虫样品PMZ1-5的线粒体细胞色素c氧化酶第Ⅰ亚基（cox1）的部分基因（pcox1）进行PCR扩增、测序及序列分析,并与网上相关序列进行比对分析,研究其线粒体pcox1基因遗传变异情况。结果表明,获得pcox1有效序列373 bp,经序列比对分析,发现5个蛲虫样品之间的变异很小,只有1个碱基的差异,序列相似性为99.73%～100%,BLAST分析结果表明为隐藏管状线虫,与同属的Syphacia montana序列差异性为5.24%～5.68%。结果表明,隐藏管状线虫的pcox1序列种内变异很小,种间差异明显,本结果为进一步研究蛲虫的群体遗传学奠定了基础。

黑龙江省不同地区东方次睾吸虫线粒体cox1和nad1基因序列分析及种系发育研究

为了阐明黑龙江省不同地区的东方次睾吸虫线粒体细胞色素C氧化酶第I亚基(cox1)和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶亚单位I(nad1)的遗传变异及种系发育情况,本研究利用PCR方法扩增黑龙江省3个地区的东方次睾吸虫线粒体cox1和nad1部分基因,对其序列分析并构建种系发生树,探讨其遗传进化关系。结果显示pcox1和pnad1基因片段长度分别为699 bp和492 bp,且基因长度均一致。pcox1基因种内变异率在0~0.7%,种间变异率在12.2%~15.8%;pnad1基因种内变异率在0~0.2%,种间变异率在12.7%~23.3%,种间变异要大于种内变异。分子进化树结果显示,3个地区的东方次睾吸虫聚集在一起,次睾属的另两个成员聚集在同一分支,且系统发生树中的Bootstrap值均较高。本研究表明线粒体cox1基因和nad1基因可以用于东方次睾吸虫的种系发育分析,本研究为东方次睾吸虫进一步的分子流行病学和数量遗传学研究奠定了实验基础。

4种终末宿主土耳其斯坦东毕吸虫cox1和nad1基因的序列分析

收集黑龙江省大庆地区牛源、绵羊源、绒山羊源和山羊源土耳其斯坦东毕吸虫，以SDS-蛋白酶K法抽提其基因组DNA，用特异性引物通过PCR扩增土耳其斯坦东毕吸虫成虫细胞色素C氧化酶亚基1基因（coxl）和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶亚基1基因（nad1）并进行测序，应用Chromas和DNAStar软件分析扩增产物的变异情况。结果表明，大庆地区4种终末宿主土耳其斯坦东毕吸虫cox1基因均为1125bp，nad1基因均为518bp；且其线粒体基因存在差异，coxl的同源性为99．0％～99．7％，nad1的同源性为98．3％～99．4％。

蛇四棘食道口线虫线粒体cox1基因的克隆及序列分析

本研究旨在分析长沙市四棘食道口线虫分离株线粒体细胞色素c氧化酶第Ⅰ亚基(cox1)基因部分序列(pcox1)的遗传变异情况。应用聚合酶链反应(PCR)扩增四棘食道口线虫虫株的pcox1,应用Clustal X 1.83程序对序列进行比对,同时利用DNAStar 5.0中的MegAlign程序进行同源性分析,并与GenBankTM中已知四棘食道口线虫相应基因序列进行比较分析。所得pcox1序列长度一致,均为393 bp,与GenBank公布的线虫相关序列进行比较分析结果表明,各个分离株与已知四棘食道口线虫相应基因的相似性分别在98%以上,与其它科线虫的相似性均小于91%。四棘食道口线虫pcox1序列种内相对保守,种间差异明显。本研究为进一步研究四棘食道口线虫的群体遗传学奠定了基础。

新疆石河子地区鸡皮刺螨形态学鉴定及其cox1基因比对分析

为了确定新疆石河子地区流行的鸡螨虫的种类,采集本地区蛋鸡和斗鸡流行的螨样进行形态学观察鉴定,同时克隆并分析其线粒体DNA细胞色素C氧化酶亚基1(cox1)基因,并与Gen Bank登录的鸡皮刺螨参考序列对比分析同源性并构建系统进化树。初步形态学鉴定结果显示:该虫体呈长椭圆形,后部略宽,螯枝细而长;背面有1块背板,前部较宽,后缘平直;胸板拱桥形,宽大于长,板上刚毛2对;肛板圆三角形,肛孔位于肛板后部;雄螨的胸殖板和腹肛板相接形成全腹板,具有鸡皮刺螨的形态特征。分子生物学鉴定发现,本研究螨虫株cox1基因与法国和意大利鸡源鸡皮刺螨cox1基因序列同源性达99%,证实石河子地区流行的鸡螨虫为鸡皮刺螨,该螨虫与法国和意大利鸡源鸡皮刺螨具有较近的亲缘关系。

犬泡状带绦虫线粒体cox1和nad1基因的扩增与种系发育分析

以采自广州和佛山的犬泡状带绦虫为研究对象,利用PCR技术扩增其线粒体基因组的细胞色素c氧化酶第亚基（cox1）和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸还原酶第一亚基（nad1）序列,扩增产物经纯化、克隆和测序。结果扩增出泡状带绦虫线粒体cox1基因序列长度为444 bp,nad1基因序列长度为530 bp。将实验获得序列与GenBank收录的相关序列进行比对分析,发现采自不同国家和地区的泡状带绦虫cox1基因差异度较小（02.3%）,而nad1基因的差异度较大（0.214.2%）,对进一步研究泡状带绦虫的群体遗传结构奠定了基础。

基于线粒体16S rRNA、COX1和Cytb基因探讨11种小丑鱼的系统发育关系

采用线粒体16S rRNA、COX1和Cytb基因测定11种小丑鱼的序列,分析其基因序列差异和遗传距离关系,并用邻接法、最大似然法和贝叶斯法构建系统进化树,探讨了11种小丑鱼的系统发育关系。序列分析结果显示,经比对处理后的3个基因总长度4 388bp,其中多态位点1 028个,简约信息位点616个,转换与颠换比为2.12,A+T的平均含量为54.7%,高于C+G的平均含量45.3%。系统发育关系表明:(1)双锯鱼亚科为单系发生,但双锯鱼属不为单系发生,建议对棘颊雀鲷属重新定位;在双锯鱼属中,公子小丑鱼Amphiprion ocellaris和黑边公子小丑鱼Amphiprion percula聚为一支,为双锯鱼亚科分子亲缘关系基础;(2)透红小丑鱼Premnas biaculeatus在双锯鱼属的定位较为模糊,贝叶斯树显示透红小丑鱼P.biaculeatus与公子小丑鱼A.ocellaris和黑边公子小丑鱼A.percula聚成一支并位于该支的底端,而NJ树和ML树中透红小丑鱼却没能和公子小丑鱼A.ocellaris和黑边公子小丑鱼A.percula聚为一支,而是和其他小丑鱼汇聚成一支;(3)透红小丑鱼P.biaculeatus与金透红小丑鱼Premnas epigrammata是同一种。

长沙市黑斑蛙蛔虫pcox1基因的扩增及序列分析

为研究长沙市黑斑蛙蛔虫分离株的线粒体DNA pcox1序列的遗传变异情况,并分析黑斑蛙蛔虫cox1部分序列与其它蛔虫的种群遗传关系。利用PCR扩增黑斑蛙蛔虫mtDNA的pcox1片段,将PCR扩增出的片段纯化后测序,并对其序列进行分析。结果显示所获得的4株cox1序列长度存在一定差异,为400～410 bp。由于黑斑蛙蛔虫cox1序列种内相对保守,种间差异较大,故可作为种间遗传变异研究的分子标记。本研究报道的黑斑蛙蛔虫cox1序列,为黑斑蛙蛔虫的分类鉴定以及进一步的分子流行病学调查和群体遗传研究奠定了基础。

广州管圆线虫线粒体COX1基因碱基置换饱和度分析

目的检测广州管圆线虫线粒体COX1基因碱基置换饱和度。方法收集全国33个采样点的广州管圆线虫成虫130条,对其COX1基因全长进行PCR扩增和测序,拼接、比对后,利用DnaSP软件分析序列的碱基多样性、单倍型数量和突变位点,根据碱基颠换和碱基转换随遗传距离增加的变化趋势判断COX1基因饱和度。结果共获得130个COX1全长序列,长度均为1 577 bp,碱基突变位点为171个,占10.8%,核苷酸多态性为0.02841。突变的空间分布无明显聚集性,均匀分布于整条DNA链上。其中单倍型39个,多态性为0.8114。单倍型两两比较发现,随遗传距离增加,广州管圆线虫的COX1基因碱基转换突变和颠换突变均呈直线上升,且转换数量多于颠换数量,增加速率分别为0.76和0.16,碱基置换未饱和;不同氨基酸密码子位点碱基置换速率差异较大,速率最大的为第三位点,其次为第一位点,最小的为第二位点。后圆线虫总科(Metastrongyloidea)7种线虫的COX1基因饱和度分析显示,遗传距离约为0.15时,碱基颠换数量开始超过转换数量。将本研究所获COX1基因序列与后圆线虫总科COX1基因综合分析,结果表明,碱基转换的比例在6%时出现平台期,而碱基颠换仍直线增加。结论广州管圆线虫线粒体COX1基因碱基置换未饱和。

二化螟线粒体cox1基因的克隆、序列测定和分子系统学分析

[目的]克隆并分析二化螟线粒体细胞色素c氧化酶亚基I基因(cox1)。[方法]利用PCR方法扩增了二化螟线粒体cox1基因,并测定了其全序列。通过检索GenBank数据库获得了其他21种鳞翅目昆虫的cox1序列,并进行了同源性比较和分子系统学分析。[结果]cox1基因编码框包含1531个核苷酸,编码510个氨基酸的蛋白;起始密码子为CGA,终止密码子仅由一个T组成。利用ML方法构建了基于cox1基因编码氨基酸序列的鳞翅目昆虫的分子系统树,发现分子系统树与从形态学角度的系统分类在大方面上是基本一致的,但也略有差异。[结论]为进一步研究cox1基因的表达和应用奠定了基础。

酒泉市狐狸消化道蛔虫分子鉴定及cox1基因序列分析

为了确定从酒泉市某养殖场北极狐(Alopex lagopus)肠道分离蛔虫的种类,本次研究通过形态学和分子生物学方法对分离的虫株进行鉴定。在对6条分离于北极狐小肠蛔虫进行形态学鉴定的基础上,应用PCR技术对分离株的线粒体cox1基因部分序列进行扩增、测序与分析。形态学鉴定结果表明6条蛔虫与弓首蛔虫形态学特征基本一致;测序结果显示,6个虫株cox1基因序列大小为418 bp,其序列同源性为99.4%—100.0%,与GenBank收录的狮弓蛔虫分离株同源性最高,为99.4%—99.7%;NJ系统进化分析结果显示6个分离株与狮弓蛔虫属于同一分支,其亲缘性较其他蛔虫种属相对最近。结合形态学与分子生物学技术将从狐狸肠道分离的蛔虫虫株均为狮弓蛔虫,其研究结果为狐狸蛔虫病的防控提供指导。

基于cox1序列的中国6个花鲈野生群体遗传多样性

【目的】利用细胞色素C氧化酶1基因(cox1)序列片段研究中国6个花鲈(Lateolabrax maculatus)野生群体的遗传多样性和遗传结构。【方法】用PCR方法获得花鲈个体的cox1序列,测序后,用MEGA X、DnaSP 6.12和Arlequin 3.01等软件进行数据分析。【结果与结论】在6个花鲈群体229个样品共检测到48个多态性位点和50个单倍型。单倍型多样性为0.799~0.888,核苷酸多样性为0.0016~0.0027。6个花鲈群体遗传分化指数(Fst)为-0.0081~0.1767。分子方差分析显示,遗传分化90.98%来自群体内,9.02%来自群体间。邻接系统进化树显示6个花鲈群体分为两大支。单倍型邻接树和单倍型网络关系图结果表明,未检测到有地理谱系结构的单倍型。中性检验显示,花鲈群体可能经历过种群扩张。