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杨树miR393对FBL基因家族成员调控作用的鉴定 被引量:3
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作者 唐芳 楚立威 +2 位作者 贺学娇 舒文波 卢孟柱 《中南林业科技大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期146-153,共8页
【目的】揭示ptc-miR393对杨树FBL基因家族不同成员的剪切调控作用。【方法】首先将杨树FBL基因家族成员与双子叶植物、单子叶植物和蕨类植物代表物种拟南芥、水稻和小立碗藓的FBL基因家族成员进行系统进化分析;再对杨树FBL家族成员的... 【目的】揭示ptc-miR393对杨树FBL基因家族不同成员的剪切调控作用。【方法】首先将杨树FBL基因家族成员与双子叶植物、单子叶植物和蕨类植物代表物种拟南芥、水稻和小立碗藓的FBL基因家族成员进行系统进化分析;再对杨树FBL家族成员的基因结构进行比较;最后通过ptc-miR393与杨树FBL基因家族成员的序列比对、ptc-miR393及FBL基因家族成员在杨树不同发育时期及不同组织中的表达模式以及5′-RACE检测等方面对杨树miR393与FBL基因家族成员的调控作用进行鉴定。【结果】杨树FBL基因家族共有8个不同成员,两两成员之间的同源性较高,通过基因结构和功能域分析,表明它们之间可能存在冗余的功能;PtFBL1-PtFBL4之间具有较高的同源性,位于一个进化分支上,而PtFBL5、PtFBL6和PtFBL7、PtFBL8分别位于不同的分支且与PtFBL1-PtFBL4的同源关系较远。杨树FBL基因的结构和结构域出现一定的变化,预示着它们之间可能出现了分化,在时空调控上的作用有所改变。ptc-miR393与PtFBL1-PtFBL4的互补配对率较高,而与PtFBL5-PtFBL8之间有5~7个碱基的差异,在杨树不同发育时期及不同组织中,PtFBL1-PtFBL4的表达与ptc-miR393呈相反的趋势,而PtFBL5-PtFBL8的表达不受ptc-miR393的影响,5′-RACE实验也检测出PtFBL1-PtFBL4受ptc-miR393的剪切,而PtFBL5-PtFBL8不受ptc-miR393的剪切。【结论】PtFBL1、PtFBL2、PtFBL3和PtFBL4是ptc-miR393的靶基因,而PtFBL5、PtFBL6、PtFBL7和PtFBL8不受ptc-miR393的剪切调控,这为进一步揭示ptc-miR393对杨树FBL基因的调控功能奠定理论基础。 展开更多
关键词 杨树 mir393 FBL基因 靶基因 5′-RACE 表达模式
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木薯中miR393的RT-PCR鉴定及前体的克隆与结构分析
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作者 叶可勇 杨成龙 +2 位作者 李瑞梅 符少萍 郭建春 《热带作物学报》 CSCD 2011年第4期627-631,共5页
研究木薯中表达的miRNA对深入探明木薯生长发育的调控机制具有十分重要的意义。通过RT-PCR证实木薯中有miR393的表达。采用比较基因组学的方法,从木薯基因组DNA中克隆到miR393的前体,对该miRNA前体的二级结构及与其它物种序列的同源性... 研究木薯中表达的miRNA对深入探明木薯生长发育的调控机制具有十分重要的意义。通过RT-PCR证实木薯中有miR393的表达。采用比较基因组学的方法,从木薯基因组DNA中克隆到miR393的前体,对该miRNA前体的二级结构及与其它物种序列的同源性进行分析,结果表明,miR393前体序列在不同物种间保守性不高,但成熟的miR393序列在不同物种间保守性较高。 展开更多
关键词 木薯 mir393 表达 克隆
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盐胁迫下盐穗木miR393b与预测靶基因Hc TIR1的表达及相关性
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作者 王鹏举 黄世平 +1 位作者 杨瑞瑞 曾幼玲 《新疆农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期707-713,共7页
【目的】研究盐胁迫下盐穗木生长素通路中miR393b和预测的靶基因 TIR1 的表达模式和相关性。【方法】采用生物信息学方法预测盐穗木miR393b的靶基因;通过qRT-PCR方法检测盐胁迫下盐穗木miR393b及预测靶基因 HcTIR1 ( transport inhibito... 【目的】研究盐胁迫下盐穗木生长素通路中miR393b和预测的靶基因 TIR1 的表达模式和相关性。【方法】采用生物信息学方法预测盐穗木miR393b的靶基因;通过qRT-PCR方法检测盐胁迫下盐穗木miR393b及预测靶基因 HcTIR1 ( transport inhibitor response1 )的相对表达模式,并分析其相关性。【结果】 miR393b成熟体在不同植物种中高度保守;盐穗木miR393b预测的靶基因为 TIR1;盐胁迫处理,盐穗木同化枝中两基因响应高盐胁迫,并具有一定的负相关性。【结论】盐穗木miR393b和预测的靶基因响应高盐胁迫,二者具有一定的负相关。该结果为进一步探讨盐穗木miR393b与预测靶基因 TIR1 的生物学功能奠定基础。 展开更多
关键词 盐穗木 盐胁迫 mir393b HcTIR1基因 表达模式 相关性
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光皮桦miR393及其靶基因在低氮胁迫中的表达分析 被引量:6
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作者 潘樱 张仪平 +5 位作者 朱敏慧 叶丰 林仕雄 黄蒙慧 童再康 张俊红 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第10期1921-1930,共10页
为探讨光皮桦低氮胁迫中miR393调控机制,以光皮桦(Betula luminifera)G49-3无性系为材料,分为两组处理,低氮组以含0.03 mmol·L^(-1)NO3-的营养液浇灌,对照组以含15 mmol·L^(-1)KNO3的全营养液浇灌,分别处理1、2、4、21 d,另... 为探讨光皮桦低氮胁迫中miR393调控机制,以光皮桦(Betula luminifera)G49-3无性系为材料,分为两组处理,低氮组以含0.03 mmol·L^(-1)NO3-的营养液浇灌,对照组以含15 mmol·L^(-1)KNO3的全营养液浇灌,分别处理1、2、4、21 d,另设一组恢复试验组(Re),低氮处理4 d后重新添加全营养液。探讨miR393及其靶基因(TIR1)与(AFB2)在低氮胁迫下的表达响应。应用RT-PCR和RACE技术克隆了Bl TIR1(Gen Bank登录号:KX771075)和Bl AFB2的c DNA序列(Gen Bank登录号:KX771074),其中Bl TIR1序列全长2 387 bp,编码582个氨基酸,Bl AFB2序列全长2 373 bp,编码572个氨基酸;2个基因预测的氨基酸序列中N端具有F-box保守结构域,5个LRR结构域;运用5'-RACE验证了miR393对预测靶基因Bl TIR1和Bl AFB2的剪切作用及靶作用位点,且靶作用位点均在靶基因中从miR393 5'端起与miR393配对的第10和第11位碱基间;采用RT-q PCR分析了miR393与2个靶基因低氮胁迫时的表达模式,结果表明,miR393a相对表达量最高,可能在低氮胁迫中发挥主要调控作用。在根和叶中,miR393a表达水平在低氮处理前期(2、4 d)受到抑制,而后升高,且在恢复试验组中,miR393a均显著上调,且miR393a与靶基因Bl AFB2在叶中呈显著负相关;在茎中,4 d时miR393a显著上调而在恢复试验组中显著下调。miR393及其靶基因Bl TIR1和Bl AFB2在光皮桦低氮胁迫处理中的表达模式暗示其可能在低氮胁迫响应中发挥调控功能。本研究结果对于阐明光皮桦miR393—Bl TIR1/Bl AFBs在低氮胁迫响应中的调控功能,揭示林木应对低氮胁迫的分子基础具有重要理论意义。 展开更多
关键词 光皮桦 mir393 低氮胁迫 靶基因 表达分析
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龙眼生长素受体基因TIR1的克隆及其与miR393互作关系 被引量:9
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作者 赖瑞联 林玉玲 赖钟雄 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期95-102,共8页
为了解龙眼生长素受体基因TIR1的功能,以龙眼胚性愈伤组织为材料,在转录水平上对TIR1(命名为Dl TIR1-3)及其启动子进行克隆和分析,并在转录后水平上研究TIR1与mi R393的相互调控关系.结果表明,Dl TIR1-3 c DNA全长2196 bp,包含ORF 1 716... 为了解龙眼生长素受体基因TIR1的功能,以龙眼胚性愈伤组织为材料,在转录水平上对TIR1(命名为Dl TIR1-3)及其启动子进行克隆和分析,并在转录后水平上研究TIR1与mi R393的相互调控关系.结果表明,Dl TIR1-3 c DNA全长2196 bp,包含ORF 1 716 bp,编码571个氨基酸(Gen Bank登录号:KR558761);生物信息学分析发现,Dl TIR1-3属于不稳定蛋白,不含有信号肽,含有跨膜螺旋结构,具有F-box保守结构域和富含异亮氨酸重复结构,且Dl TIR1-3与碧桃TIR1保持较高的同源性.染色体步移法克隆获得Dl TIR1-3启动子序列2909 bp(Gen Bank登录号:KR558763),该启动子不存在Cp G岛但含有大量光反应、激素应答、组织特异性调控、胁迫响应以及其他生长发育相关的作用元件.ps RNAtarget结合改良RLM-RACE验证表明mi R393能够裂解Dl TIR1-3从而抑制其m RNA转录;q PCR结果显示,Dl TIR1-3与mi R393相互平衡能够调节龙眼体胚形态建成及响应激素调控.由此可见,Dl TIR1-3通过转录水平的调控作用在龙眼生长发育、激素应答、组织分化及胁迫响应等过程中发挥重要功能,而在转录后水平上mi R393通过裂解Dl TIR1-3参与相关调控过程. 展开更多
关键词 龙眼 体胚发生 生长素受体 启动子 mir393 激素 定量PCR
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桃果实中miR393b靶向生长素受体基因TIR1的作用机制分析 被引量:2
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作者 张彦苹 刘照坤 +2 位作者 朱旭东 王晨 李庆魁 《植物生理学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第5期755-762,共8页
本研究以水蜜桃品种‘小白凤’为试材,利用miR-RACE技术验证了桃miR393b的精确序列,克隆得到了其靶基因生长素受体Pp TIR1的ORF序列。利用RLM-RACE技术以及q RT-PCR方法对Ppe-miR393b作用于靶基因Pp TIR1的作用模式及作用频度进行了分... 本研究以水蜜桃品种‘小白凤’为试材,利用miR-RACE技术验证了桃miR393b的精确序列,克隆得到了其靶基因生长素受体Pp TIR1的ORF序列。利用RLM-RACE技术以及q RT-PCR方法对Ppe-miR393b作用于靶基因Pp TIR1的作用模式及作用频度进行了分析。结果表明,Ppe-miR393b的精确序列与预测序列在5′端存在1个碱基的差异,其靶基因Pp TIR1编码584个氨基酸且N端含有1个高度保守的FBOX DNA结合域。RLM-5'RACE结果显示,Ppe-miR393b以裂解的方式作用于其靶基因Pp TIR1,且在Ppe-miR393b 5′端的第10和11位碱基之间以及第8和9位碱基间均存在裂解位点,但前者的裂解频度显著高于后者。以上结果表明Ppe-miR393b通过介导靶基因Pp TIR1的裂解参与生长素信号途径。 展开更多
关键词 mir393b TIR1
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半定量RT-PCR方法研究microRNA393在旱处理后的孕穗期水稻叶片和穗部的表达情况 被引量:1
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作者 王迪 傅彬英 张立军 《分子植物育种》 CAS CSCD 2008年第2期355-357,共3页
microRNAs是新近发现的一类具有重要功能的小分子RNA。研究表明,一些mi RNAs与植物抗逆反应相关。本文使用半定量RT-PCR的方法,研究了mi R393在旱处理后的孕穗期水稻叶片和穗部的表达情况。结果发现,mi R393在胁迫后的叶片和穗部表达上... microRNAs是新近发现的一类具有重要功能的小分子RNA。研究表明,一些mi RNAs与植物抗逆反应相关。本文使用半定量RT-PCR的方法,研究了mi R393在旱处理后的孕穗期水稻叶片和穗部的表达情况。结果发现,mi R393在胁迫后的叶片和穗部表达上调。同时也发现,mi R393在胁迫前后穗部的表达略高于其在叶片中的表达。实验结果也表明,半定量RT-PCR适用于分析mi RNAs的表达。 展开更多
关键词 半定量RT-PCR mir393 水稻 旱胁迫
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蕹菜耐受长时间高温后的miRNA分析 被引量:10
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作者 王杏茹 李文静 +4 位作者 陈冰星 刘涛 尚维 赖钟雄 郭容芳 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期486-498,共13页
miRNA是广泛存在于真核生物体内的一类长度为20~24 nt的小分子非编码RNA,在植物生长发育和逆境适应过程中发挥重要作用。蕹菜(Ipomoea aquatica)可以耐受长时间高温,而其miRNA还未被鉴定,其在耐受长时间高温后的作用还未知。以蕹菜耐... miRNA是广泛存在于真核生物体内的一类长度为20~24 nt的小分子非编码RNA,在植物生长发育和逆境适应过程中发挥重要作用。蕹菜(Ipomoea aquatica)可以耐受长时间高温,而其miRNA还未被鉴定,其在耐受长时间高温后的作用还未知。以蕹菜耐热性强的品种‘泰国三叉’和耐热性差的品种‘柳叶’为材料,经42℃高温处理15d后分别构建两个高质量sRNA库,经检测两个库中碱基质量值大于或等于30的序列数量均超过17.3Mb,且‘泰国三叉’中24nt的序列数量远远高于‘柳叶’。与蕹菜转录组比对分析后,分别得到1 363 258和1 629 209条序列,两个库共有的序列仅有1 047 133条(11.36%),说明耐热性不同的蕹菜中s RNA有很大差别。共鉴定出蕹菜中存在71个miRNA,其中差异表达的有22个,通过TargetFinder预测其靶基因,共得到233个靶基因。进一步以耐热性强的品种‘本地三叉’和耐热性弱的品种‘竹叶’为材料研究其在长时间高温后miR160、miR166、miR172、miR393和miR3627前体的差异表达量,结果表明,高温后两品种中pre-miR160-2的表达都显著上调,但是不耐热的‘竹叶’中上调的倍数更多;mi R166在耐热性强的‘本地三叉’中表达量下降,在耐热性较差的‘竹叶’中表达量显著上升;miR172可以被长时间高温诱导,但在耐热性不同的两个品种蕹菜中并没有差异;miR3627的表达量在耐热蕹菜‘本地三叉’中下降,在不耐热蕹菜‘竹叶’中没有明显变化。miRNA前体表达模式的差异说明其在蕹菜耐受长时间高温过程中的作用机制不同。 展开更多
关键词 蕹菜 长时间高温 miR160 miR166 mir393
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Hydrogen sulfide regulates abiotic stress tolerance and biotic stress resistance in Arabidopsis 被引量:29
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作者 Haitao Shi Tiantian Ye +3 位作者 Ning Han Hongwu Bian Xiaodong Liu Zhulong Chan 《Journal of Integrative Plant Biology》 SCIE CAS CSCD 2015年第7期628-640,共13页
Hydrogen sulfide (H2S) is an important gaseous molecule in various plant developmental processes and plant stress responses. In this study, the transgenic Arabidopsis thaliana plants with modulated expressions of tw... Hydrogen sulfide (H2S) is an important gaseous molecule in various plant developmental processes and plant stress responses. In this study, the transgenic Arabidopsis thaliana plants with modulated expressions of two cysteine desulfhydrases, and exogenous H2S donor (sodium hydrosulfide, NariS) and H2S scavenger (hypotaurine, HT) pre-treated plants were used to dissect the involvement of H2S in plant stress responses. The cysteine desulfhydrases overexpressing plants and NariS pre-treated plants exhibited higher endogenous H2S level and improved abiotic stress tolerance and biotic stress resistance, while cysteine desulfhydrases knockdown plants and HT pre-treated plants displayed lower endogenous H2S level and decreased stress resistance. Moreover, H2S upregulated the transcripts of multiple abiotic and biotic stress-related genes, and inhibited reactive oxygen species (ROS) accumulation. Interest- ingly, MlR393-mediated auxin signaling including MIR393a/b and their target genes (TIR1, AFB1, AFB2, and AFB3) was transcrip-tionally regulated by H2S, and was related with H2S-induced antibacterial resistance. Moreover, H2S regulated 50 carbon metabolites including amino acids, organic acids, sugars, sugar alcohols, and aromatic amines. Taken together, these results indicated that cysteine desulfhydrase and H2S conferred abiotic stress tolerance and biotic stress resistance, via affecting the stress-related gene expressions, ROS metabolism, metabolic homeostasis, and MIR393-targeted auxin receptors. 展开更多
关键词 Abiotic stress auxin receptor biotic stress cysteine desulfhydrase hydrogen sulfide mir393
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