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A novel splice mutation of HERG in a Chinese family with long QT syndrome
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作者 尚云鹏 谢旭东 +4 位作者 王兴祥 陈君柱 朱建华 陶谦民 郑良荣 《Journal of Zhejiang University-Science B(Biomedicine & Biotechnology)》 SCIE CAS CSCD 2005年第7期626-630,共5页
Congenital long QT syndrome (LQTS) is a genetically heterogeneous disease in which six ion-channel genes have been identified. The phenotype-genotype relationships of the HERG (human ether-a-go-go-related gene) mutati... Congenital long QT syndrome (LQTS) is a genetically heterogeneous disease in which six ion-channel genes have been identified. The phenotype-genotype relationships of the HERG (human ether-a-go-go-related gene) mutations are not fully understood. The objective of this study is to identify the underlying genetic basis of a Chinese family with LQTS and to characterize the clinical manifestations properties of the mutation. Single strand conformation polymorphism (SSCP) analyses were conducted on DNA fragments amplified by polymerase chain reaction from five LQT-related genes. Aberrant conformers were analyzed by DNA sequencing. A novel splice mutation in C-terminus of HERG was identified in this Chinese LQTS family,leading to the deletion of 11-bp at the acceptor splice site of Exon9 [Exon9 IVS del (-12→-2)]. The mutation might affect,through deficient splicing, the putative cyclic nucleotide binding domain (CNBD) of the HERG K+ channel. This mutation resulted in a mildly affected phenotype. Only the proband had a history of syncopes, while the other three individuals with long QT interval had no symptoms. Two other mutation carriers displayed normal phenotype. No sudden death occurred in the family. The 4 affected individuals and the two silent mutation carriers were all heterozygous for the mutation. It is the first splice mutation of HERG reported in Chinese LQTS families. Clinical data suggest that the CNBD mutation may be less malignant than mutations occurring in the pore region and be partially dominant over wild-type function. 展开更多
关键词 LQTS 遗传性疾病 心律失常 遗传因子
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基于贝叶斯网络的DNA序列剪接位点预测 被引量:4
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作者 李骜 王涛 +1 位作者 冯焕清 王明会 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第4期431-436,共6页
采用基于贝叶斯网络的建模方法,预测真核生物DNA序列中的剪接位点。分别建立了供体住点和受体位点模型,并根据两种位点的生物学特性,对模型的拓扑结构和上下游节点的选择进行了优化。通过贝叶斯网络的最大似然学习算法求出模型参数后,利... 采用基于贝叶斯网络的建模方法,预测真核生物DNA序列中的剪接位点。分别建立了供体住点和受体位点模型,并根据两种位点的生物学特性,对模型的拓扑结构和上下游节点的选择进行了优化。通过贝叶斯网络的最大似然学习算法求出模型参数后,利用10分组交互验证方法对测试数据进行剪接位点预测。结果显示,受体位点的平均预测准确率为92.5%,伪受体位点的平均预测准确率为94.0%,供体位点的平均预测准确率为92.3%,伪供体位点的平均预测准确率为93.5%,整体效果要好于基于使用独立和条件概率矩阵、以及隐Markov模型的预测方法。表明利用贝叶斯网络对剪接位点建模是预测剪接位点的一种有效手段。 展开更多
关键词 贝叶斯网络 DNA序列 剪接位点 供体位点 受体位点 遗传信息
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用支持向量机预测人类基因5′/3′选择性剪切位点 被引量:2
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作者 杨乌日吐 李前忠 +1 位作者 刘利 樊国梁 《现代生物医学进展》 CAS 2007年第5期790-792,794,共4页
选择性剪切是调解基因表达的重要机制。识别选择性剪切位点是后基因组时代的一个重要工作。本文从最新的EBI人类基因选择性剪切数据库中,选取5′/3′选择性剪切位点作为正集,选取在剪切位点附近的假剪切位点作为负集,并把所有的选择性... 选择性剪切是调解基因表达的重要机制。识别选择性剪切位点是后基因组时代的一个重要工作。本文从最新的EBI人类基因选择性剪切数据库中,选取5′/3′选择性剪切位点作为正集,选取在剪切位点附近的假剪切位点作为负集,并把所有的选择性剪切位点和假剪切位点随机分成训练集和测试集。本文选用的预测选择性剪切位点的方法是基于位置权重矩阵和离散增量的支持向量机方法。此方法仅基于训练集,以不同位点的单碱基概率和序列片断的三联体频数作为信息参数,利用位置权重矩阵和离散增量算法结合支持向量机,得到了选择性供体位点和受体位点的分类器,并用此分类器对测试集中的选择性供体位点和受体位点进行预测。对独立测试集中的选择性供体位点和选择性受体位点的预测成功率分别为88.74%和90.86%,特异性分别为85.62%和81.19%。本文预测选择性剪切位点的方法成功率高于其它选择性剪切位点预测方法预测成功率,此预测方法进一步提高了对选择性剪切位点的理论预测能力。 展开更多
关键词 选择性剪切 供体位点 受体位点 支持向量机
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基于序列信息理论预测线虫基因选择性剪切位点 被引量:1
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作者 杨乌日吐 李前忠 +1 位作者 杨科利 林昊 《内蒙古大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2008年第1期45-49,共5页
基因的选择性剪切使得在DNA上一段相同的序列翻译成多个不同的蛋白质序列.选择性剪切的出现把剪切位点分为选择性供体位点、组成性供体位点、选择性受体位点和组成性受体位点.基于EBI中的线虫基因选择性剪切位点数据库,选取不同位点的... 基因的选择性剪切使得在DNA上一段相同的序列翻译成多个不同的蛋白质序列.选择性剪切的出现把剪切位点分为选择性供体位点、组成性供体位点、选择性受体位点和组成性受体位点.基于EBI中的线虫基因选择性剪切位点数据库,选取不同位点的单碱基频率和序列片段的三联体频数作为参数,利用位置权重矩阵和离散增量结合支持向量机,对选择性剪切位点进行了理论预测.对选择性供体位点和选择性受体位点的预测成功率分别为63.78%和72.63%,特异性分别为68.02%和83.96%. 展开更多
关键词 选择性剪切 供体位点 受体位点 支持向量机
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大白菜BrSPS1Fb基因剪接受体位点变异及其对剪接的影响
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作者 陶鹏 岳智臣 +2 位作者 赵彦婷 雷娟利 李必元 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2021年第11期2068-2074,共7页
为研究剪接受体位点变异对剪接方式与效率的影响,对大白菜材料He2进行重测序,发现BrSPS1Fb-He2第6个内含子(I6)的剪接受体位点由AG突变为AC。对大白菜材料He2花瓣进行转录组测序并分析BrSPS1Fb-He2 read数据,结果显示,BrSPS1Fb-He2在pre... 为研究剪接受体位点变异对剪接方式与效率的影响,对大白菜材料He2进行重测序,发现BrSPS1Fb-He2第6个内含子(I6)的剪接受体位点由AG突变为AC。对大白菜材料He2花瓣进行转录组测序并分析BrSPS1Fb-He2 read数据,结果显示,BrSPS1Fb-He2在pre-mRNA加工过程中发生了选择性剪接。BrSPS1Fb-He2可选择3个位置(A1、A2和A3)作为受体进行剪接,产生3种剪接异构体(S1、S2和S3),或者保留I6整个内含子,形成S4剪接异构体。大白菜BrSPS1Fb-He2的成熟mRNA中保留部分I6(S1和S2)或全部I6(S4),或者缺失部分E7外显子序列(S3)。综上,BrSPS1Fb剪接受体位点的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)变异对其转录后剪接产生了显著影响。 展开更多
关键词 大白菜 单核苷酸多态性(SNP) 剪接受体位点 SPS1F 选择性剪接
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牙本质生长不全Ⅱ型家系DSPP基因内含子2的mRNA剪接位点新的缺失突变
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作者 崔英霞 侯燕宁 +7 位作者 王浩洋 夏欣一 卢洪涌 史轶超 姚兵 戈一峰 李晓军 黄宇烽 《临床检验杂志》 CAS CSCD 北大核心 2009年第2期90-93,共4页
目的报告1例牙本质生长不全Ⅱ型家系(dentinogenesis imperfecta typeⅡ,DGIⅡ)牙本质唾液酸焦磷酸蛋白(dentin sialophosphoprotein,DSPP)内含子2的mRNA剪接位点新的缺失突变。方法在对疾病基因进行连锁分析的基础上,对其候选基因DSPP... 目的报告1例牙本质生长不全Ⅱ型家系(dentinogenesis imperfecta typeⅡ,DGIⅡ)牙本质唾液酸焦磷酸蛋白(dentin sialophosphoprotein,DSPP)内含子2的mRNA剪接位点新的缺失突变。方法在对疾病基因进行连锁分析的基础上,对其候选基因DSPP的调控序列、前4个外显子、外显子/内含子交界处进行序列分析,对突变的序列进行变性高效液相色譜(denaturing high performance liquid chromatography,DHPLC)证实。结果发现DSPP内含子2的3′端上游第3→25位置上的23个碱基缺失,使该内含子受体的剪接位点由CAG→AAG,可能还使得分支点序列功能消失。该突变是杂合突变,见于家系所有患者中,非患病成员及50名健康人对照均未发现相同突变。结论该突变是家系牙本质生长不全Ⅱ型疾病的分子原因。DSPP内含子2的缺失突变是首次报告。 展开更多
关键词 牙本质生长不全Ⅱ型 牙本质唾液酸焦磷酸蛋白 mRNA剪接突变 分支点 受体点序列
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X-连锁迟发性脊椎骨骺发育不良基因剪接受体突变对mRNA加工的影响 被引量:2
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作者 罗强 高超 +2 位作者 王怀立 周建华 高铁铮 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2005年第4期544-548,共5页
X连锁迟发性脊椎骨骺发育不良(spondyloepiphysealdysplasiatarda,SEDL)是一种少见的由SEDL基因突变引起的骨软骨发育障碍性疾病,病变主要累及腰椎和近端承重大关节。为研究SEDL基因剪接受体突变(IVS22A→C)对mRNA加工的影响,从该突变所... X连锁迟发性脊椎骨骺发育不良(spondyloepiphysealdysplasiatarda,SEDL)是一种少见的由SEDL基因突变引起的骨软骨发育障碍性疾病,病变主要累及腰椎和近端承重大关节。为研究SEDL基因剪接受体突变(IVS22A→C)对mRNA加工的影响,从该突变所致SEDL患者,以及健康对照者外周血中提取总RNA,逆转录合成cDNA,以此为模板进行聚合酶链式反应(polymerasechainreaction,PCR),对PCR扩增产物采用双向直接测序和非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳(polyacrylamidegelelectrophoresis,PAGE)方法进行分析。测序结果发现IVS22A→C突变患者的一种cDNA外显子2与外显子4直接拼接,显示外显子3全部丢失;另一种cDNA外显子1与外显子4拼接,显示外显子2和外显子3均缺失;在健康对照者也发现了外显子2缺失的cDNA。PAGE发现患者和对照者都存在两种RTPCR产物,长度分别为567bp、425bp以及679bp、537bp,证实了测序结果。这说明SEDL基因第二内含子剪接受体突变(IVS22A→C)导致其外显子3在mRNA加工过程中全部丢失,由于SEDL基因的翻译起始位点位于外显子3,它的缺失可能使生成的mRNA不能被翻译,从而引起SEDL发生;外显子2位于5′UTR,它的缺失提示SEDL基因存在选择性剪接,正常人也存在缺失外显子2的cDNA,说明这种选择性剪接对临床表型的影响似乎并不大,它对基因表达水平和表达调控是否有影响还需要进一步研究。 展开更多
关键词 迟发性脊椎骨骺发育不良 SEDL基因 选择性剪接 逆转录 剪接受体
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X-连锁迟发性脊椎骨骺发育不良家系SEDL基因突变研究 被引量:15
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作者 高超 罗强 +6 位作者 王怀立 高晓群 范清堂 王华 盛光耀 周建华 高铁铮 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 2003年第1期15-18,共4页
目的 确定中国汉族人中一个 X-连锁迟发性脊椎骨骺发育不良 (spondyloepiphyseal dyspla-sia tarda,SEDL)大家系 SEDL 基因突变类型 ,探讨 SEDL 发病的分子基础。方法 用聚合酶链反应扩增产物双向直接测序方法检测了患者构成 SEDL 基... 目的 确定中国汉族人中一个 X-连锁迟发性脊椎骨骺发育不良 (spondyloepiphyseal dyspla-sia tarda,SEDL)大家系 SEDL 基因突变类型 ,探讨 SEDL 发病的分子基础。方法 用聚合酶链反应扩增产物双向直接测序方法检测了患者构成 SEDL 基因可读框的第 3~ 6外显子及相邻侧翼区的 DNA序列 ,将测序结果与 Gen Bank公布的 SEDL基因正常序列对比找出突变。然后在家系其他成员中证实该突变。结果 在 2例患者 ( 1 5、 3) SEDL 基因第 2内含子剪接受体处发现了 IVS2 - 2 A→ C突变 ,4个外显子的核苷酸序列未见改变。该突变在 4例女性携带者得到证实 ,她们的基因型表现为野生型与突变型杂合现象。家系中 2名未受累男性和 15名无关健康个体未检测到这一突变。在该家系还检测出 4个无症状的携带者。结论 首次发现 SEDL 基因 IVS2 - 2 A→C突变。该突变引起 SEDL基因第 2内含子 3′端剪接受体改变 ,使之不能与外显子 3正常剪接 ,可能是 SEDL 发病的分子基础。检测该突变可进行基因诊断 。 展开更多
关键词 X-连锁迟发性脊椎骨骺发育不良 家系 SEDL基因 基因突变 DNA直接测序 剪接受体
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X-连锁迟发性脊椎骨骺发育不良SEDL基因剪接受体突变导致潜在剪接位点激活(英文) 被引量:6
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作者 麻宏伟 姜俊 +2 位作者 吕峻峰 郭然 牛国辉 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2005年第3期251-253,共3页
目的深入研究X连锁迟发性脊椎骨骺发育不良(Xlinkedspondyloepiphysealdysplasiatarda,SEDL)的发病机理,为最终防治本病提供依据。方法应用逆转录PCR及克隆测序方法对1例涉及SEDL基因第5内含子剪接受体缺失的SEDL患者进行mRNA表达研究... 目的深入研究X连锁迟发性脊椎骨骺发育不良(Xlinkedspondyloepiphysealdysplasiatarda,SEDL)的发病机理,为最终防治本病提供依据。方法应用逆转录PCR及克隆测序方法对1例涉及SEDL基因第5内含子剪接受体缺失的SEDL患者进行mRNA表达研究。结果该患者存在2个不同片段长度的mRNA表达产物,与GenBank正常序列进行BLAST比较后发现,393bp的表达产物是第6外显子内一个新的潜在剪接位点激活后形成的产物;433bp的表达产物与8号染色体的部分基因组序列完全一致。结论SEDL基因第5内含子剪接受体位点及其后的第6外显子共13个碱基的缺失突变导致第6外显子内一个新的潜在剪接受体位点激活,使转录后的mRNA丢失了第6外显子内47bp的编码序列,并使紧接其后的2个密码子产生移码,导致翻译的提前终止(D109-S123del;S124fsX126)。另外,该突变可能激活了8号染色体上假基因SEDLP2的转录,从而部分地补偿了SEDL蛋白的功能。 展开更多
关键词 X-连锁迟发性脊椎骨骺发育不良 SEDL 基因剪接受体 基因突变 潜在剪接位点
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雄激素受体基因剪接受点突变G^(3346)→T引起一例完全型雄激素不敏感综合征 被引量:10
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作者 张蔚 李修琪 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 2001年第1期14-16,共3页
目的 探讨完全型雄激素不敏感综合征 (complete androgen insensitivity syndrome,c AIS)发病的分子机理 ,并研究雄激素受体 (androgen receptor,AR)结构、功能及其与临床表现的关系。方法 用银染聚合酶链反应 -单链构象多态性 (polym... 目的 探讨完全型雄激素不敏感综合征 (complete androgen insensitivity syndrome,c AIS)发病的分子机理 ,并研究雄激素受体 (androgen receptor,AR)结构、功能及其与临床表现的关系。方法 用银染聚合酶链反应 -单链构象多态性 (polymerase chain reaction- single strand conformation polymorphism,PCR- SSCP)及 PCR产物直接测序的方法 ,对 1例完全型 AIS患者 AR基因外显子 B~H分别进行了研究。结果 外显子 F片段在 SSCP分析时有泳动变位 ,经测序 ,突变发生在内含子 5与外显子 F交界处 G33 46→T。结论 为首例发现的 AR基因剪接受点突变 ,GU- AG的高度保守对于维持 展开更多
关键词 完全型雄激素不敏感综合征 雄激素受体 聚合酶链反应-单链构象多态性 剪接受点
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