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A rare missense PAX6 mutation causes atypical aniridia in a three-generation Chinese family 被引量:1
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作者 Zhi-Bo Lin Chun-Yun Feng +4 位作者 Jin Li An-Peng Pan Hai-Sen Sun A-Yong Yu Shi-Hao Chen 《International Journal of Ophthalmology(English edition)》 SCIE CAS 2024年第3期466-472,共7页
●AIM:To investigate the molecular diagnosis of a threegeneration Chinese family affected with aniridia,and further to identify clinically a PAX6 missense mutation in members with atypical aniridia.●METHODS:Eleven fa... ●AIM:To investigate the molecular diagnosis of a threegeneration Chinese family affected with aniridia,and further to identify clinically a PAX6 missense mutation in members with atypical aniridia.●METHODS:Eleven family members with and without atypical aniridia were recruited.All family members underwent comprehensive ophthalmic examinations.A combination of whole exome sequencing(WES)and direct Sanger sequencing were performed to uncover the causative mutation.●RESULTS:Among the 11 family members,8 were clinically diagnosed with congenital aniridia(atypical aniridia phenotype).A rare heterozygous mutation c.622C>T(p.Arg208Trp)in exon 8 of PAX6 was identified in all affected family members but not in the unaffected members or in healthy control subjects.●CONCLUSION:A rare missense mutation in the PAX6 gene is found in members of a three-generation Chinese family with congenital atypical aniridia.This result contributes to an increase in the phenotypic spectrum caused by PAX6 missense heterozygous variants and provides useful information for the clinical diagnosis of atypical aniridia,which may also contribute to genetic counselling and family planning. 展开更多
关键词 PAX6 gene atypical aniridia missense mutation MUTATION
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Identification of marker genes associated with N6-methyladenosine and autophagy in ulcerative colitis
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作者 Xiao-Yan Liu Dan Qiao +5 位作者 Ya-Li Zhang Zi-Xuan Liu You-Lan Chen Ren-Ye Que Hong-Yan Cao Yan-Cheng Dai 《World Journal of Clinical Cases》 SCIE 2024年第10期1750-1765,共16页
BACKGROUND Both N6-methyladenosine(m6A)methylation and autophagy are considered relevant to the pathogenesis of ulcerative colitis(UC).However,a systematic exploration of the role of the com-bination of m6A methylatio... BACKGROUND Both N6-methyladenosine(m6A)methylation and autophagy are considered relevant to the pathogenesis of ulcerative colitis(UC).However,a systematic exploration of the role of the com-bination of m6A methylation and autophagy in UC remains to be performed.AIM To elucidate the autophagy-related genes of m6A with a diagnostic value for UC.METHODS The correlation between m6A-related genes and autophagy-related genes(ARGs)was analyzed.Finally,gene set enrichment analysis(GSEA)was performed on the characteristic genes.Additionally,the expression levels of four characteristic genes were verified in dextran sulfate sodium(DSS)-induced colitis in mice.RESULTS GSEA indicated that BAG3,P4HB and TP53INP2 were involved in the inflammatory response and TNF-αsignalling via nuclear factor kappa-B.Furthermore,polymerase chain reaction results showed significantly higher mRNA levels of BAG3 and P4HB and lower mRNA levels of FMR1 and TP53INP2 in the DSS group compared to the control group.CONCLUSION This study identified four m6A-ARGs that predict the occurrence of UC,thus providing a scientific reference for further studies on the pathogenesis of UC. 展开更多
关键词 Ulcerative colitis m6A AUTOPHAGY Characteristic genes Immune infiltration
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AAV2-PDE6B restores retinal structure and function in the retinal degeneration 10 mouse model of retinitis pigmentosa by promoting phototransduction and inhibiting apoptosis
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作者 Ruiqi Qiu Mingzhu Yang +5 位作者 Xiuxiu Jin Jingyang Liu Weiping Wang Xiaoli Zhang Jinfeng Han Bo Lei 《Neural Regeneration Research》 SCIE CAS 2025年第8期2408-2419,共12页
Retinitis pigmentosa is a group of inherited diseases that lead to retinal degeneration and photoreceptor cell death.However,there is no effective treatment for retinitis pigmentosa caused by PDE6B mutation.Adeno-asso... Retinitis pigmentosa is a group of inherited diseases that lead to retinal degeneration and photoreceptor cell death.However,there is no effective treatment for retinitis pigmentosa caused by PDE6B mutation.Adeno-associated virus(AAV)-mediated gene therapy is a promising strategy for treating retinitis pigmentosa.The aim of this study was to explore the molecular mechanisms by which AAV2-PDE6B rescues retinal function.To do this,we injected retinal degeneration 10(rd10)mice subretinally with AAV2-PDE6B and assessed the therapeutic effects on retinal function and structure using dark-and light-adapted electroretinogram,optical coherence tomography,and immunofluorescence.Data-independent acquisition-mass spectrometry-based proteomic analysis was conducted to investigate protein expression levels and pathway enrichment,and the results from this analysis were verified by real-time polymerase chain reaction and western blotting.AAV2-PDE6B injection significantly upregulated PDE6βexpression,preserved electroretinogram responses,and preserved outer nuclear layer thickness in rd10 mice.Differentially expressed proteins between wild-type and rd10 mice were closely related to visual perception,and treating rd10 mice with AAV2-PDE6B restored differentially expressed protein expression to levels similar to those seen in wild-type mice.Kyoto Encyclopedia of Genes and Genome analysis showed that the differentially expressed proteins whose expression was most significantly altered by AAV2-PDE6B injection were enriched in phototransduction pathways.Furthermore,the phototransductionrelated proteins Pde6α,Rom1,Rho,Aldh1a1,and Rbp1 exhibited opposite expression patterns in rd10 mice with or without AAV2-PDE6B treatment.Finally,Bax/Bcl-2,p-ERK/ERK,and p-c-Fos/c-Fos expression levels decreased in rd10 mice following AAV2-PDE6B treatment.Our data suggest that AAV2-PDE6B-mediated gene therapy promotes phototransduction and inhibits apoptosis by inhibiting the ERK signaling pathway and upregulating Bcl-2/Bax expression in retinitis pigmentosa. 展开更多
关键词 APOPTOSIS AAV2-PDE6B ERK1/2 gene therapy PHOTOTRANSDUCTION PROTEOMICS rd10 retinitis pigmentosa
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Mutagenesis of Arachidonic Acid-producing Mortierella Isabellina and Analyses of Δ~6-desaturase Role by qPCR 被引量:1
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作者 Yao Di Yu Chang-qing +1 位作者 Yang Jian Li Li-na 《Journal of Northeast Agricultural University(English Edition)》 CAS 2013年第3期63-70,共8页
Arachidonic acid (AA or ARA), an essential to-6 polyunsaturated fatty acid (PUFA), can be produced by Mortierella isabellina. Mutagenesis on Mortierella isabellina As3.3410 was induced to raise ARA production. The... Arachidonic acid (AA or ARA), an essential to-6 polyunsaturated fatty acid (PUFA), can be produced by Mortierella isabellina. Mutagenesis on Mortierella isabellina As3.3410 was induced to raise ARA production. The mutant strain of YZ-124 had the highest ARA of 4.72 g. L-1, which was 5.5 times higher than that of the original strain 3.3410. mRNA expression level of △ 6- desaturase was determined in five different kinds of ARA-producing Mortierella isabellina after cultured for 7 days, and in the mutant strain YZ-124 over a 3-8 day time-course. In addition, the desaturase activity and ARA content were measured at the selected time points. The lowest expression of △6-desaturase was observed in the original strain and the highest expression in the mutant strain YZ-124, which increased with increasing time in culture. Furthermore, a positive correlation was observed between the expression levels of △6-desaturase and ARA content. Based on this, △6-desaturase played a significant role in ARA synthesis pathway in Mortierella isabellina. 展开更多
关键词 Mortierella isabellina 6-desaturases arachidonic acid real-time PCR
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老年舒张性心力衰竭合并肌少症患者可溶性生长刺激表达基因2蛋白、肌红蛋白、白细胞介素-6水平与心功能的相关性
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作者 朱琪 季梅丽 庄世虹 《实用临床医药杂志》 CAS 2024年第9期57-61,共5页
目的 探讨老年舒张性心力衰竭(DHF)合并肌少症患者外周血可溶性生长刺激表达基因2蛋白(sST2)、肌红蛋白(Myo)、白细胞介素-6(IL-6)水平与心功能的相关性。方法 将122例DHF患者根据有无肌少症分为DHF合并肌少症组60例和DHF组62例,另将健... 目的 探讨老年舒张性心力衰竭(DHF)合并肌少症患者外周血可溶性生长刺激表达基因2蛋白(sST2)、肌红蛋白(Myo)、白细胞介素-6(IL-6)水平与心功能的相关性。方法 将122例DHF患者根据有无肌少症分为DHF合并肌少症组60例和DHF组62例,另将健康体检者58例、单纯肌少症患者60例分别纳入对照组、单纯肌少症组,检测各组外周血sST2、Myo、IL-6水平和心功能指标[左室射血分数(LVEF)、心排血量(CO)、心率(HR)、每搏输出量(SV)和心脏指数(CI)]。采用Pearson相关分析法分析sST2、Myo、IL-6与各心功能指标的相关性。绘制受试者工作特征(ROC)曲线,分析sST2、Myo、IL-6单独及联合诊断DHF合并肌少症的效能。结果 与对照组、单纯肌少症组相比,DHF组、DHF合并肌少症组sST2、Myo、IL-6水平和HR均升高,LVEF、CO、SV和CI均降低,差异有统计学意义(P<0.05);与DHF组相比,DHF合并肌少症组sST2、Myo、IL-6水平和HR均升高,LVEF、CO、SV和CI均降低,差异有统计学意义(P<0.05)。sST2、Myo、IL-6均分别与LVEF、CO、SV、CI呈负相关(P<0.001),均与HR呈正相关(P<0.001);sST2、Myo、IL-6、LVEF、SV是DHF合并肌少症的独立影响因素(P<0.05);sST2、Myo、IL-6联合诊断DHF合并肌少症的曲线下面积为0.936,诊断效能优于三者单独检测。结论 老年DHF合并肌少症患者外周血sST2、Myo、IL-6水平显著升高,且sST2、Myo、IL-6均与心功能指标显著相关,三者联合检测对DHF合并肌少症的诊断效能较高。 展开更多
关键词 可溶性生长刺激表达基因2蛋白 肌红蛋白 白细胞介素-6 舒张性心力衰竭 肌少症 心功能
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白介素1β及白介素6基因单核苷酸多态性与食管癌放疗后肺部感染的关联
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作者 杨静 陈璐 +2 位作者 刘燕子 祝金冉 王胜根 《西南医科大学学报》 2024年第3期236-240,250,共6页
目的分析人白介素1β(interleukin 1β,IL-1β)、白介素6(interleukin 6,IL-6)基因单核苷酸多态性与食管癌放疗后肺部感染的关联,并探讨其生理病理的调控作用。方法选取新乡医学院第三附属医院2019年1月~2022年7月收治的115例食管癌患... 目的分析人白介素1β(interleukin 1β,IL-1β)、白介素6(interleukin 6,IL-6)基因单核苷酸多态性与食管癌放疗后肺部感染的关联,并探讨其生理病理的调控作用。方法选取新乡医学院第三附属医院2019年1月~2022年7月收治的115例食管癌患者为研究对象,根据放疗后是否出现感染分为感染组(n=28)和非感染组(n=87),检测IL-1β基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)位点-511C/T(rs16944)、-31C/T(rs1143627)和IL-6基因单核苷酸多态性位点IL-6-572C/G(rs1800796)、IL-6-174G/C(rs1800795)的多态性,采用Spearman相关检验分析IL-1β、IL-6基因单核苷酸多态性与食管癌放疗后肺部感染的关系,多因素Logistic回归分析影响食管癌放疗后肺部感染的相关因素。结果两组患者性别、年龄、BMI、临床分期等基线资料比较,差异无统计学意义(P>0.05);放疗时间、肿瘤长度、肿瘤位置比较差异有统计学意义(P<0.05);IL-1β基因的rs16944、rs1143627位点,IL-6基因的rs1800796、rs1800795位点的基因型分布均符合Hardy-Weinberg遗传平衡定律(P>0.05);两组IL-1β基因rs16944位点基因型频率,CC、CT、TT基因型频率,C、T等位基因频率,差异均无统计学意义(P>0.05);rs1143627位点CC、CT、TT基因型频率,C、T等位基因频率差异均有统计学意义(P<0.05);IL-6基因rs1800796位点CC、CG、GG基因型频率,C、G等位基因频率差异均有统计学意义(P<0.05),rs1800795位点CC、CG、GG基因型频率,C、G等位基因频率差异均无统计学意义(P>0.05);Spearman相关检验分析显示,IL-1βrs1143627(C/T)位点、IL-6 rs1800796(C/T)位点基因多态性与食管癌放疗后肺部感染具有显著相关性(P<0.05);多因素Logistic回归分析显示,放疗时间、肿瘤长度、肿瘤位置、IL-1βrs1143627位点、IL-6 rs1800796位点单核苷酸多态性是影响食管癌患者放疗后肺部感染的多因素(P<0.05)。结论IL-1β基因rs1143627(C/T)位点多态性及IL-6基因rs1800796(C/G)位点多态性与食管癌放疗后肺部感染有关,其中rs1143627位点T等位基因、rs1800796位点G等位基因可能是易感基因。 展开更多
关键词 白介素1Β 白介素6 基因多态性 食管癌 放疗 肺部感染
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贵州地区急性淋巴细胞白血病儿童TPMT、NUDT15基因多态性与6-MP耐受性分析
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作者 王彩丽 方常莹 《贵州医药》 2024年第1期27-29,共3页
目的观察贵州地区ALL儿童TPMT、NUDT15基因多态性,探讨其与6-MP耐受性的关系。方法收集贵阳市儿童医院血液科住院的贵州地区ALL儿童。Sanger法检测患者NUDT15c.415C>T和TPMT*2、TPMT*3A、TPMT*3B、TPMT*3C基因型。所有ALL儿童均按CCL... 目的观察贵州地区ALL儿童TPMT、NUDT15基因多态性,探讨其与6-MP耐受性的关系。方法收集贵阳市儿童医院血液科住院的贵州地区ALL儿童。Sanger法检测患者NUDT15c.415C>T和TPMT*2、TPMT*3A、TPMT*3B、TPMT*3C基因型。所有ALL儿童均按CCLG-2008方案化疗,每周1次监测血常规及肝肾功能。根据2016新编WHO化疗药物毒性反应分度标准,出现Ⅲ~Ⅳ度与6-MP相关的毒性反应,称为6-MP不耐受(除外感染、其他药物影响)。分析TPMT、NUDT15基因多态性与6-MP不耐受的相关性。结果共纳入患者60例,检测到TPMT突变(中间代谢型)3例(5%),正常代谢型57例(95%)。NUDT15基因CT型12例(20%),TT型1例(1.7%),CC型(野生型)47例(78.3%)。NUDT15基因突变率21.7%(13/60)显著高于TPMT基因突变率5%(3/60),差异有统计学意义(P=0.007)。TPMT突变型3例均发生6-MP不耐受(100%),NUDT15突变型13例中11例发生6-MP不耐受(84.6%)。结论TPMT、NUDT15基因突变与6-MP不耐受相关(P<0.05),联合检测TPMT、NUDT15基因对调整6-MP使用,减少6-MP不良反应提供依据。 展开更多
关键词 6-MP TPMT NUDT15 基因多态性 贵州地区 急性淋巴细胞白血病 儿童
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m^(6)A相关基因在激素性股骨头坏死中的生物信息学分析 被引量:2
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作者 令狐熙涛 桂佳琦 +2 位作者 梁卓智 瓦庆德 黄帅 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2024年第36期5811-5816,共6页
背景:m^(6)A修饰与股骨头坏死的发生发展相关,但在激素性股骨头坏死中的作用尚不清楚。目的:基于GEO数据库,采用生物信息学方法分析激素性股骨头坏死中表达差异的m^(6)A基因及互作miRNAs,探寻其潜在发病机制。方法:在GEO数据库中检索并... 背景:m^(6)A修饰与股骨头坏死的发生发展相关,但在激素性股骨头坏死中的作用尚不清楚。目的:基于GEO数据库,采用生物信息学方法分析激素性股骨头坏死中表达差异的m^(6)A基因及互作miRNAs,探寻其潜在发病机制。方法:在GEO数据库中检索并下载与激素性股骨头坏死相关的mRNA表达谱数据集(GSE123568),通过R软件对数据集进行差异基因筛选及GO功能、KEGG通路富集分析。识别差异基因中的m^(6)A差异表达基因(m^(6)A-DEGs)并对其进行GO功能与KEGG通路富集分析,比较m^(6)A-DEGs的表达量并分析它们之间的相关性。最后通过Cytoscape构建m^(6)A-DEGs的PPI互作网络及筛选核心基因。使用TargetScan,miRTarBase和miRBD数据库预测m^(6)A-DEGs相关的潜在miRNAs,同时使用ChIPBase及hTFtarget数据库预测7个核心基因潜在转录因子,然后分别构建m^(6)A-miRNA与转录因子m^(6)A调控网络。最后使用数据集GSE74089验证7个核心m^(6)A-DEGs的表达水平。结果与结论:①从数据集中共筛选出2460个差异表达的基因,其中1455个上调,1005个下调。②从数据集中筛选出了14个m^(6)A-DEGs,包括3个下调和11个上调基因,m^(6)A-DEGs在激素性股骨头坏死中的表达具有显著差异(P<0.05),Spearman分析表明它们之间具有一定相关性。③m^(6)A-DEGs的GO和KEGG富集分析主要集中在骨髓细胞分化与发育、免疫受体与细胞因子受体活性、破骨细胞分化、AMPK与白细胞介素17信号通路。④m^(6)A-DEGs前7个核心基因包括YTHDF3,YTHDF1,YTHDF2,ALKBH5,METTL3,HNRNPA2B1及HNRNPC,它们在miRTarBase,miRDB和TargetScan数据库中共有44个miRNA重叠,在ChIPBase及hTFtarget数据库中共有79个重叠转录因子。⑤在GSE74089数据集中有6个核心m^(6)A-DEGs的表达水平与GSE123568数据集一致。⑥结果证实,根据生物信息学方法筛选的7个m^(6)A-DEGs可能通过调控多个miRNA、转录因子和AMPK及白细胞介素17信号通路表达,进而影响激素性股骨头坏死中骨髓细胞分化发育与破骨细胞分化,为进一步深入研究激素性股骨头坏死的发病机制和靶向治疗提供了数据支持和研究方向。 展开更多
关键词 激素性股骨头坏死 m^(6)A甲基化 微小RNA 转录因子 生物信息学 差异基因 基因调控网络 核心基因
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IL-1、IL-1β、IL-6、IL-10基因多态性与糖尿病性牙周炎发生的关系分析 被引量:1
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作者 刘佳 李芳菲 +1 位作者 梁晓龙 牛家慧 《分子诊断与治疗杂志》 2024年第1期55-58,67,共5页
目的分析白介素-1(IL-1)、白介素-1β(IL-1β)、白介素-6(IL-6)、白介素-10(IL-10)基因多态性与糖尿病性牙周炎发生的关系。方法选取2021年6月至2022年6月石家庄市第二医院口腔科收治的糖尿病性牙周炎患者60例(观察组)及同期接受口腔检... 目的分析白介素-1(IL-1)、白介素-1β(IL-1β)、白介素-6(IL-6)、白介素-10(IL-10)基因多态性与糖尿病性牙周炎发生的关系。方法选取2021年6月至2022年6月石家庄市第二医院口腔科收治的糖尿病性牙周炎患者60例(观察组)及同期接受口腔检查健康人群60名(对照组)为研究对象,比较两组血清、龈沟液IL-1、IL-1β、IL-6、IL-10表达水平,检测全血DNA中IL-1、IL-1β、IL-6、IL-10基因多态性,分析其与糖尿病性牙周炎易感性的关系。结果观察组血清、龈沟液中IL-1、IL-1β、IL-6、IL-10水平明显高于对照组(t=31.987、28.911、14.201、16.562、21.315、19.146、-45.554、-57.942,P<0.05),各组龈沟液中IL-1、IL-1β、IL-6、IL-10水平明显高于血清中表达,差异有统计学意义(t=-4.080、-10.316、-10.686、10.713;t=-9.567、-6.422、-9.904、3.944,P<0.05)。观察组IL-1基因rs7413228、IL-1β基因rs2356789、IL-6基因rs5357964、IL-10基因rs4543211位点与糖尿病性牙周炎发生相关(P<0.05)。IL-1基因rs7413228位点等位基因T、IL-1β基因rs2356789位点等位基因T、IL-10基因rs4543211位点等位基因G分布频率与糖尿病性牙周炎发生相关(P<0.05)。IL-1基因rs7413228、IL-1β基因rs2356789、IL-6基因rs5357964、IL-10基因rs4543211位点多态性是糖尿病性牙周炎发生的独立影响因素(P<0.05)。结论IL-1、IL-1β、IL-6、IL-10基因多态性与糖尿病性牙周炎易感性相关,临床可通过检验患者基因多态性评估糖尿病性牙周炎发生风险。 展开更多
关键词 糖尿病性牙周炎 IL-1 IL-1Β IL-6 IL-10 基因多态性
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急性淋巴细胞白血病患儿维持治疗期间6-巯基嘌呤使用剂量与TPMT和NUDT15基因多态性的关系
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作者 吴新蕊 刘玉峰 +2 位作者 李白 刘莹 刘姗姗 《中国循证儿科杂志》 CSCD 北大核心 2024年第1期52-56,共5页
背景6-巯基嘌呤(6-MP)是急性淋巴细胞白血病(ALL)维持治疗最主要的药物之一,代谢酶基因多态性与药物的骨髓抑制程度有关。目的探讨ALL患儿维持治疗期间6-MP使用剂量与TPMT和NUDT15基因多态性的关系。设计回顾性队列研究。方法纳入2020年... 背景6-巯基嘌呤(6-MP)是急性淋巴细胞白血病(ALL)维持治疗最主要的药物之一,代谢酶基因多态性与药物的骨髓抑制程度有关。目的探讨ALL患儿维持治疗期间6-MP使用剂量与TPMT和NUDT15基因多态性的关系。设计回顾性队列研究。方法纳入2020年1月至2021年12月于郑州大学第一附属医院明确诊断为ALL、经前期化疗骨髓达完全缓解、进入维持治疗阶段且口服6-MP治疗的患儿。口服6-MP前患儿行TPMT和NUDT15基因型检测,分析TPMT、NUDT15不同基因型患儿应用6-MP治疗的使用剂量和骨髓抑制情况。主要结局指标6-MP使用剂量。结果61例维持治疗的ALL患儿纳入本文分析。纳入TPMT基因多态性统计分析的ALL患儿48例(除外NUDT15基因突变13例),野生型45例,突变型3例;纳入NUDT15基因多态性统计分析的ALL患儿58例(除外TPMT基因突变3例),CC型45例,CT型9例,TT型4例。在6-MP维持治疗阶段,TPMT和NUDT15不同基因型患儿的WBC、Hb、PLT计数差异均有统计学意义(均P<0.05)。患儿用药后出现不同程度的中性粒细胞减少,包括TPMT野生型15例,突变型3例;NUDT15基因CC型15例,CT型5例,TT型4例;TPMT和NUDT15不同基因型患儿骨髓抑制情况差异均有统计学意义(均P<0.05)。TPMT和NUDT15不同基因型患儿6-MP使用剂量差异有统计学意义(均P<0.05),TPMT野生型和突变型ALL患儿维持治疗期6-MP使用剂量分别为(40.81±6.02)和(16.25±4.42)mg·m^(-2)·d^(-1);NUDT15基因CC型、CT型和TT型6-MP使用剂量分别为(40.81±6.02)、(34.28±4.53)和(10.00±1.28)mg·m^(-2)·d^(-1)。结论TPMT和NUDT15突变型患儿的骨髓抑制程度均较野生型严重。ALL患儿维持治疗期间6-MP使用剂量与TPMT和NUDT15基因多态性相关。 展开更多
关键词 急性淋巴细胞白血病 6-巯基嘌呤 TPMT NUDT15 基因多态性 药物使用剂量
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鸡FGF6基因生物学特性及其多态性与经济性状的关联分析
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作者 曹玉珠 邢雨欣 +7 位作者 马乘霖 管宏波 贾其辉 康相涛 田亚东 李转见 刘小军 李红 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期1536-1550,共15页
旨在探究鸡成纤维细胞生长因子6(fibroblast growth factor 6,FGF6)基因的生物学特性,挖掘FGF6基因单核苷酸多态性(SNP)位点并分析其与经济性状的相关性,为后续研究鸡FGF6基因对生长性状的影响提供参考。本研究对FGF6蛋白序列进行生物... 旨在探究鸡成纤维细胞生长因子6(fibroblast growth factor 6,FGF6)基因的生物学特性,挖掘FGF6基因单核苷酸多态性(SNP)位点并分析其与经济性状的相关性,为后续研究鸡FGF6基因对生长性状的影响提供参考。本研究对FGF6蛋白序列进行生物信息学分析;基于768只固始鸡-安卡鸡F_2资源群的GBS数据及相关经济性状表型数据对FGF6基因包含启动子2 kb区域SNP位点进行筛选,并进行连锁不平衡和关联分析,探究FGF6基因SNP和单倍型与鸡经济性状的相关性。生物信息学分析结果显示,鸡FGF6氨基酸序列与火鸡同源性为91.26%;系统进化分析表明,鸡FGF6与火鸡亲缘关系最近,其次是绿海龟,与斑马鱼遗传距离最远;保守性分析显示不同物种间FGF6保守性较高。鸡FGF6蛋白为亲水性蛋白、存在1个跨膜区,主要定位于细胞质;其二级、三级结构相符。鸡FGF6蛋白被22个磷酸化位点和1个N-糖基化位点修饰;与其受体家族FGFR1~4和EGF存在互作关系。鸡FGF6基因启动子区域筛选到6个SNPs位点,均位于1号内含子上;多态性分析显示6个SNPs位点存在高多态性,其中5个处于哈代-温伯格平衡,呈强连锁状态(D′=1,r^(2)=1)。关联分析结果显示,rs73399071位点与F_2资源群不同阶段体重(BW)、胫长(SL)、胫围(SG)、体斜长(BSL)等17个生长性状指标显著相关(P<0.05),与全净膛重(EW)、半净膛重(SEW)、屠体重(CW)、胸肌重(BMW)等10个屠体性状指标显著相关(P<0.05),与肉质性状的关联未达到显著水平(P>0.05),与高密度脂蛋白(HDL)和胆碱酯酶(ChE)显著相关(P<0.05),CC基因型个体的大部分性状表型均值高于GG基因型个体;单倍型组合分析显示不同阶段CCTTCCTTCC组合个体的体重均高于其他单倍型组合个体。本研究结果为进一步探究鸡FGF6基因的功能提供理论参考,筛选到FGF6基因存在5个与固始鸡-安卡鸡F_2资源群体重、体尺、屠体性状和血液生化指标显著关联的SNPs位点,为鸡育种提供候选的分子标记,为地方鸡标记辅助选择提供新的思路。 展开更多
关键词 FGF6基因 生物信息学分析 连锁不平衡分析 单倍型 经济性状 关联分析
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杨树桑黄6-磷酸海藻糖合成酶基因克隆鉴定与表达分析
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作者 徐丛涛 李子豪 +5 位作者 潘晋龙 李海康 胡清秀 邹亚杰 陈晓华 弥春霞 《食用菌学报》 CSCD 北大核心 2024年第1期45-52,共8页
对杨树桑黄(Sanghuangporus vaninii)6-磷酸海藻糖合成酶基因(SvTPS)进行克隆和生物信息学分析,并进行原核表达;采用荧光定量PCR方法研究SvTPS在杨树桑黄菌丝体和不同年份子实体中的表达情况,测定菌丝体和不同年份子实体中SvTPS活性。... 对杨树桑黄(Sanghuangporus vaninii)6-磷酸海藻糖合成酶基因(SvTPS)进行克隆和生物信息学分析,并进行原核表达;采用荧光定量PCR方法研究SvTPS在杨树桑黄菌丝体和不同年份子实体中的表达情况,测定菌丝体和不同年份子实体中SvTPS活性。结果表明:SvTPS DNA序列长度为1894 bp,编码576个氨基酸。SvTPS相对分子质量为65130,等电点为6.21,脂肪系数为88.14,平均亲水系数为-0.281,不稳定系数为42.41。SvTPS氨基酸序列与暴马桑黄(S.baumii)的相似性最高,仅有一个TPS单结构域;SvTPS二级结构中α-螺旋、β-折叠、延伸链、无规卷曲占比分别为48.61%、5.56%、15.62%、30.21%。三年生子实体SvTPS的表达量最高,菌丝体的表达量最低。菌丝体的SvTPS活性最低;随着栽培时间增加,SvTPS活性增加,三年生子实体的最高。研究结果为进一步探讨SvTPS在杨树桑黄生长发育过程中的功能提供参考。 展开更多
关键词 杨树桑黄 6-磷酸海藻糖合成酶 基因克隆 蛋白表达
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大豆海藻糖-6-磷酸磷酸酶基因GmTPP的鉴定及其在生长发育和非生物胁迫响应中的表达分析
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作者 欧晋稳 张古文 +6 位作者 冯志娟 王斌 卜远鹏 徐钰 茹磊 刘娜 龚亚明 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第9期2031-2041,共11页
海藻糖在植物代谢、生长发育和抗逆性中起着重要作用。海藻糖-6-磷酸磷酸酶(TPP)基因对海藻糖的生物合成至关重要。大豆是重要豆类作物,种子含有丰富的蛋白质和油脂,其TPP基因家族少有报道。为分析TPP基因在大豆中的结构和功能,利用生... 海藻糖在植物代谢、生长发育和抗逆性中起着重要作用。海藻糖-6-磷酸磷酸酶(TPP)基因对海藻糖的生物合成至关重要。大豆是重要豆类作物,种子含有丰富的蛋白质和油脂,其TPP基因家族少有报道。为分析TPP基因在大豆中的结构和功能,利用生物信息学方法在大豆全基因组中筛选得到15个GmTPP基因。系统发育分析表明,这15个GmTPP可分为3个亚家族,每个GmTPP含有9~11个内含子,同一亚家族的GmTPP基因的内含子数目相同。顺式作用元件分析表明,GmTPP基因参与植物激素和环境胁迫反应。此外,还利用转录组数据研究这些GmTPP在不同组织中的表达模式以及对不同的非生物胁迫的表达特征。结果显示,GmTPP在大豆各个组织器官中均有特定的表达模式,在盐胁迫、干旱胁迫处理下表达不同。该研究不仅为揭示GmTPP基因家族在大豆海藻糖调控中的作用奠定了基础,也为利用TPP基因家族提高大豆抗逆性提供一定的参考价值。 展开更多
关键词 海藻糖-6-磷酸磷酸酶基因GmTPP 大豆 非生物胁迫 表达分析
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一例手足裂畸形6型家系的致病变异鉴定及胚胎植入前遗传学检测
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作者 梅利斌 张译元 +5 位作者 黄娴静 纪红 邱乒乒 丁露 何雪梅 李萍 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2024年第9期750-756,共7页
手足裂畸形(split-hand/split-foot malformation,SHFM)是一种严重的先天性肢端畸形,主要临床特征为并指(趾)畸形、指(趾)骨及掌(跖)骨发育不全。本研究报道了一例手足裂畸形胎儿,利用全外显子组测序技术结合Sanger测序的方法筛选候选... 手足裂畸形(split-hand/split-foot malformation,SHFM)是一种严重的先天性肢端畸形,主要临床特征为并指(趾)畸形、指(趾)骨及掌(跖)骨发育不全。本研究报道了一例手足裂畸形胎儿,利用全外显子组测序技术结合Sanger测序的方法筛选候选基因变异位点,并为其家庭成员提供了胚胎植入前遗传学检测(preimplantation genetic testing,PGT)。基因检测结果显示胎儿WNT10B基因存在c.786G>A(p.Trp262*)纯合变异,其父母均为杂合突变携带者;PGT检测结果显示家系的2枚囊胚中,1枚基因型为突变杂合子,1枚基因型为突变纯合子,所有胚胎染色体均为二倍体,移植突变杂合子胚胎后成功达到单胎妊娠。本研究表明WNT10B基因纯合突变可能是导致该家系患手足裂畸形的原因,对于单基因病家系,在明确其致病突变后,通过胚胎植入前遗传学检测可有效避免患儿出生。 展开更多
关键词 手足裂畸形6 WNT10B基因 基因突变 胚胎植入前遗传学检测 囊胚
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Maternal TMPRSS6 Gene Polymorphism rs855791SNP in Women with Preeclampsia
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作者 Yasir I. B. Ahmed Hind S. Yagoub Mohamed A. Hassan 《Journal of Biosciences and Medicines》 CAS 2023年第1期70-81,共12页
Introduction: Preeclampsia can lead to several maternal and perinatal adverse effects. There are few published data on the association between transmembrane serine protease 6 (TMPRSS6) gene polymorphism and preeclamps... Introduction: Preeclampsia can lead to several maternal and perinatal adverse effects. There are few published data on the association between transmembrane serine protease 6 (TMPRSS6) gene polymorphism and preeclampsia. Objective: To assess the association between TMPRSS6 gene polymorphism rs855791SNP in women with preeclampsia compared with healthy pregnant women. Method: A case-control study (60 women in each arm) was conducted at Saad Abuaela Maternity Hospital in Khartoum, Sudan. Sociodemographic and clinical data were gathered through a questionnaire. The participant was genotype for TMPRSS6 gene rs855791SNP using Polymerase Chain Reaction and Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP). The results were confirmed by DNA sequencing. Result: There was no significant difference in the median of age, parity, and body mass index. The distribution of the genotypes and alleles of TMPRSS6 rs855791 was consistent with the HWE. The overall TMPRSS6 rs855791 polymorphism was not significantly associated with preeclampsia. However, the proportion of heterozygotes (TC) was considerably higher in the women with preeclampsia (46.7%) than in the control group (23.3%) (p = 0.001;OR = 2.71;95% CI = 1.21 - 6.07). The proportion of homozygotes (TT) and T alleles was not significantly different between women with preeclampsia and the control group. Conclusion: The overall TMPRSS6 rs855791 polymorphism was not significantly associated with preeclampsia and healthy control. 展开更多
关键词 PREECLAMPSIA TMPRSS6 gene Polymorphism rs855791SNP
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过表达丝裂原诱导基因6通过抑制内质网应激减少棕榈酸诱导的肝细胞脂质蓄积
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作者 王甜 邓小杰 +1 位作者 蔡梦茵 梁华 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第7期1213-1221,共9页
目的:探讨过表达丝裂原诱导基因6(MIG6)通过调节肝细胞内质网应激影响棕榈酸(PA)诱导的肝细胞脂肪变性的作用及其机制。方法:通过使用高脂饲料喂养20只C57BL/6J小鼠26周构建小鼠非酒精性脂肪性肝炎模型,将小鼠随机分为2组:普通饮食对照... 目的:探讨过表达丝裂原诱导基因6(MIG6)通过调节肝细胞内质网应激影响棕榈酸(PA)诱导的肝细胞脂肪变性的作用及其机制。方法:通过使用高脂饲料喂养20只C57BL/6J小鼠26周构建小鼠非酒精性脂肪性肝炎模型,将小鼠随机分为2组:普通饮食对照组和高脂饮食组,每组10只,留取其肝脏进行后续实验。使用PA诱导HepG2细胞和AML12细胞的脂质蓄积,将细胞分为2组:BSA(10%BSA)组和PA(500μmol/L)组。通过给HepG2细胞和AML12细胞分别转染人和小鼠MIG6过表达质粒诱导肝细胞MIG6过表达,根据不同的干预条件分为4组:阴性对照质粒+10%BSA(negative+BSA)组、MIG6过表达质粒+10%BSA(MIG6+BSA)组、阴性对照质粒+PA(negative+PA)组和MIG6过表达质粒+PA(MIG6+PA)组,每组每次干预至少设3个生物学复孔。使用油红O染色评估肝细胞脂质蓄积情况;通过RT-qPCR检测肝组织MIG6的mRNA表达水平,Western blot检测肝细胞MIG6、脂肪酸合酶(FASN)和胆固醇调节元件结合蛋白1(SREBP1)等脂质合成相关分子及内质网应激标志物葡萄糖调节蛋白78(GRP78)和C/EBP同源蛋白(CHOP)的蛋白水平。结果:高脂饮食组小鼠肝组织甘油三酯含量增加,肝组织脂肪变性显著,MIG6的mRNA表达水平显著下调(P<0.01);PA干预促使肝细胞FASN、SREBP1、GRP78和CHOP蛋白水平升高,但是降低MIG6蛋白水平(P<0.01)。转染MIG6过表达质粒显著增加肝细胞MIG6蛋白水平,并抑制GRP78和CHOP的表达(P<0.01),显著减轻PA诱导的肝细胞脂质蓄积并抑制FASN和SREBP1的表达(P<0.01)。以上结果表明过表达MIG6可抑制PA诱导的肝细胞内质网应激并减少其脂质蓄积。结论:过表达MIG6具有抑制内质网应激进而抑制肝细胞脂质蓄积的作用。 展开更多
关键词 丝裂原诱导基因6 内质网应激 非酒精性脂肪性肝病 脂质蓄积
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NEK6在卵巢癌中的表达及临床意义
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作者 高赛楠 张玉泉 +2 位作者 卞婷婷 刘益飞 苏敏 《南通大学学报(医学版)》 2024年第3期232-235,共4页
目的:探讨永离有丝分裂基因A相关激酶6(never in mitosis gene A-related expressed kinase 6,NEK6)在卵巢癌组织中的表达水平,分析其表达与临床病理因素及预后之间的关系。方法:收集临床上卵巢癌患者的肿瘤及正常卵巢组织,用实时定量PC... 目的:探讨永离有丝分裂基因A相关激酶6(never in mitosis gene A-related expressed kinase 6,NEK6)在卵巢癌组织中的表达水平,分析其表达与临床病理因素及预后之间的关系。方法:收集临床上卵巢癌患者的肿瘤及正常卵巢组织,用实时定量PCR(real-time quantitative PCR,RT-qPCR)和蛋白质印迹(Western Blot)检测卵巢癌组织和正常卵巢组织中NEK6的表达情况,并用免疫组织化学的方法检测110例卵巢癌患者中NEK6的表达水平,分析其表达水平与年龄、病理类型、肿瘤分期、组织分级、转移之间的关系,用Kaplan-Meier生存分析法分析NEK6在卵巢癌中的表达水平与患者生存期之间的关系。结果:RT-qPCR、Western Blot及免疫组织化学结果均显示卵巢癌组织中的NEK6表达水平显著高于正常卵巢组织(均P<0.01);NEK6在卵巢癌患者肿瘤组织中的表达水平与卵巢癌的组织分级(P=0.008)、转移(P=0.006)呈正相关;Kaplan-Meier分析显示NEK6高表达水平的患者总生存期显著低于NEK6低表达患者(P<0.01)。结论:NEK6在卵巢癌患者的肿瘤组织中高表达,并影响卵巢癌的转移,提示NEK6可能参与卵巢的发生发展,可以作为潜在的卵巢癌预后指标。 展开更多
关键词 卵巢癌 永离有丝分裂基因A相关激酶6 预后
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IL-6 -634C/G和-597G/A基因多态性与宿迁地区冠心病的相关性 被引量:1
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作者 王跃帮 张士兵 +3 位作者 常珊碧 王梦林 裴兵 周成林 《临床检验杂志》 CAS 2024年第3期220-225,共6页
目的探讨宿迁地区白细胞介素6(IL-6)基因启动子区域-634C/G、-597G/A多态性与冠心病(coronary heart disease,CHD)的关系。方法选择宿迁市第一人民医院2022年1月至9月就诊的248例CHD患者(CHD组)以及126例体检健康人群(健康人对照组),应... 目的探讨宿迁地区白细胞介素6(IL-6)基因启动子区域-634C/G、-597G/A多态性与冠心病(coronary heart disease,CHD)的关系。方法选择宿迁市第一人民医院2022年1月至9月就诊的248例CHD患者(CHD组)以及126例体检健康人群(健康人对照组),应用聚合酶链-限制性片段长度多态性法(PCR-RFLP)检测各组IL-6基因多态性位点和基因型,并进行Hardy-Weinberg平衡检验,采用Logistic回归方法分析基因多态性与CHD之间的关系。进一步检测各组三酰甘油(TG)、高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)、低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)、载脂蛋白A1(apoA1)、载脂蛋白B(apoB)、总胆固醇(TC)、葡萄糖(Glu)、C反应蛋白(CRP)、糖化血红蛋白(HbA1c)、IL-6等生化指标的表达水平。结果生化指标检测结果表明,与健康人对照组比较,CHD组TG、TC、LDL-C、apoB、Glu、CRP、HbA1c和IL-6水平显著升高(P<0.05),而HDL-C、apoA1水平明显降低(P<0.05)。Logistic回归结果显示,与CC基因型相比,IL-6-634C/G中的CG和GG基因型与CHD的发病风险相关,其校正OR(95%CI)分别为2.068(1.410~3.032)和6.674(2.034~21.900)。CHD组和健康人对照组CC、CG和GG基因型频率分别为47.9%、39.9%、12.2%和76.2%、21.5%、2.3%,C、G等位基因频率分别为74.7%、25.3%和82.9%、17.1%;与C等位基因相比,携带G等位基因患者发生CHD的风险更高,且基因型和等位基因频率在两组间的差异均有统计学意义(P均<0.05)。IL-6-597G/A基因多态性与CHD易感性无关。结论宿迁地区人群CHD患者风险与IL-6-634C/G基因多态性相关,而与IL-6-597G/A基因多态性无关。 展开更多
关键词 白细胞介素6 基因多态性 冠心病
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ATF6调控生殖相关基因HSPA1L表达的分子机制
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作者 汪媛媛 朱席琳 +1 位作者 伍晓盼 刘英 《基础医学与临床》 2024年第1期37-42,共6页
目的探究内质网应激活化转录因子6(ATF6)对生殖相关基因热休克蛋白A1样蛋白(HSPA1L)表达的影响并初步阐明其调控分子机制。方法在人胚肾细胞系HEK-293T中转染ATF6过表达质粒,RT-qPCR和Western blot验证过表达效率;利用雄性ATF6敲除小鼠... 目的探究内质网应激活化转录因子6(ATF6)对生殖相关基因热休克蛋白A1样蛋白(HSPA1L)表达的影响并初步阐明其调控分子机制。方法在人胚肾细胞系HEK-293T中转染ATF6过表达质粒,RT-qPCR和Western blot验证过表达效率;利用雄性ATF6敲除小鼠睾丸组织转录物组测序信息,筛选ATF6下游5个生殖相关基因;双荧光素酶报告基因实验选择启动子活性较高的下游基因并检测过表达ATF6对其启动子活性的影响;通过gene-regulation预测ATF6和下游基因启动子可能的结合位点;RT-qPCR和Western blot检测在HEK-293T细胞中过表达ATF6对于下游基因表达的影响;利用凝胶迁移实验(EMSA)确定ATF6与下游基因启动子是否结合。结果转染后HEK-293T细胞中ATF6的mRNA(P<0.001)和蛋白(P<0.05)表达水平明显升高。转录物组测序及双荧光素酶报告基因实验筛选出ATF6下游的生殖相关基因HSPA1L。ATF6能够促进HSPA1L的截短启动子活性(P<0.001)。过表达ATF6后,HSPA1L的表达量明显升高(P<0.001)。差异均有统计学意义。ATF6蛋白能与HSPA1L的启动子DNA序列aagtcgtcac相结合。结论内质网应激的关键分子ATF6通过结合生殖相关基因HSPA1L的启动子调控后者表达水平,这将为预防或治疗与内质网应激(ERS)有关的男性不育的深入研究奠定基础。 展开更多
关键词 活化转录因子6 热休克蛋白A1样蛋白 男性生殖 基因调控
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115462例新生儿葡萄糖-6-磷酸脱氢酶缺乏症筛查及基因突变分析
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作者 张禾璇 杨雪 +4 位作者 王侣金 李林洁 张晓怡 刘兴宇 余蕾 《罕少疾病杂志》 2024年第2期115-117,共3页
目的了解贵阳地区葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(glucose-6-phosphate dehydrogenase,G6PD)缺乏症发病情况和基因突变特点,为贵阳地区G6PD缺乏症的防治提供科学参考。方法募集该地区2020年8月至2023年1月出生的新生儿,应用荧光分析法对其血斑样... 目的了解贵阳地区葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(glucose-6-phosphate dehydrogenase,G6PD)缺乏症发病情况和基因突变特点,为贵阳地区G6PD缺乏症的防治提供科学参考。方法募集该地区2020年8月至2023年1月出生的新生儿,应用荧光分析法对其血斑样本进行G6PD酶活性筛查,召回初筛阳性儿,完成G6PD酶活性诊断及多色探针荧光PCR熔解曲线法(Multicolor probe melting curve analysis method,MMCA)基因突变分析。结果共募集115462例新生儿,G6PD酶活性筛查血斑样本共筛出阳性1606例,筛查阳性率为1.39%(1606/115462),其中男性为1.83%(1130/61801)、女性0.89%(476/53661),男女新生儿G6PD酶活性初筛阳性率差异有统计学意义(P<0.01);召回初筛阳性患儿,G6PD基因突变检出率87.07%(909/1044),其中男性为90.09%(764/848),女性为73.98%(145/196),男女间G6PD基因突变检出率差异有统计学意义(P<0.01)。本研究共检出13种类型G6PD基因单一突变型(c.1024 G>T、c.1388 G>A、c.95 A>G、c.1376 G>T、c.592C>T、c.871 G>A、c.519 C>T、c.392G>T、c.493 A>G、c.1004C>A、c.1360C>T、c.383T>C、c.517T>C)和6种复合突变型(c.1376 G>T杂合复合c.95A>G杂合突变、c.1024 G>T杂合复合c.95A>G杂合突变、c.1024 C>T杂合复合c.1388 G>A杂合突变、c.1024 C>T杂合复合c.519C>T杂合突变、c.1376 G>T杂合复合c.1024 C>T杂合突变、c.95A>G杂合复合c.1388 G>A杂合突变)。贵阳地区G6PD缺乏症基因突变类型复杂多样,G6PD突变常见类型为c.1024 C>T、c.1388G>A、c.95 A>G、c.1376G>T这四种类型。结论贵阳地区G6PD基因突变位点具有明显地域性特征,开展G6PD酶活性筛查及相关诊断检测,有利于本地区G6PD缺乏症的筛查、确诊、治疗和防控,有效提高出生人口素质。 展开更多
关键词 葡萄糖-6-磷酸脱氢酶缺乏症 G6PD基因型 基因突变 多色探针熔解曲线分析法
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