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密码对的使用与基因组进化
被引量:
8
1
作者
王芳平
李宏
《生物物理学报》
CAS
CSCD
北大核心
2007年第3期176-184,共9页
以5种真核、20种细菌、10种古菌生物的基因组为样本,分析了编码序列中密码对和基因间序列中三联体对的相对模式数随频数的分布,验证了这种分布符合Γ(α,β)分布。发现分布形状参数!值与生物基因组进化存在明显的相关性;编码序列与基因...
以5种真核、20种细菌、10种古菌生物的基因组为样本,分析了编码序列中密码对和基因间序列中三联体对的相对模式数随频数的分布,验证了这种分布符合Γ(α,β)分布。发现分布形状参数!值与生物基因组进化存在明显的相关性;编码序列与基因间序列的进化方式截然不同。随着进化,编码序列的分布形状逐渐向随机分布靠近(α值逐渐增大)。而对基因间序列,古菌与真核生物的分布形状接近,与细菌的分布相差明显。
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关键词
基因组进化
密码对
三联体对
r(邶)分布
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职称材料
几种模式生物密码对的使用和基因组进化
被引量:
4
2
作者
王芳平
李宏
《内蒙古大学学报(自然科学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2007年第2期166-172,共7页
以闪烁古生球菌、枯草杆菌、大肠杆菌、酿酒酵母、拟南芥和线虫基因组为样本,分别分析了编码序列中密码对、基因间序列中三联体对的相对模式数目随频数的分布,验证这种分布是Γ(α,β)分布.发现分布参数与基因组进化相关;另外,比较了密...
以闪烁古生球菌、枯草杆菌、大肠杆菌、酿酒酵母、拟南芥和线虫基因组为样本,分别分析了编码序列中密码对、基因间序列中三联体对的相对模式数目随频数的分布,验证这种分布是Γ(α,β)分布.发现分布参数与基因组进化相关;另外,比较了密码对的观测值与期望值之差的分布,发现密码对的使用普遍具有偏好性,且不同的物种所偏好的密码对是不同的.
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关键词
基因组进化
密码对
三联体对
Г(α
β)分布
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职称材料
基因组中开阅读框架长度的分布模型与基因组进化
被引量:
5
3
作者
冯立芹
李宏
《生物物理学报》
CAS
CSCD
北大核心
2004年第5期375-381,共7页
分析了5种真核、15种细菌和10种古菌基因组中开阅读框架(openreadingframe,ORF)的数目随长度的分布,发现不同生物的分布相似且有明显的规律性。用各种分布模型进行拟合比较,结果显示每种生物的这类分布均符合Г(α,β)分布,由此提出生...
分析了5种真核、15种细菌和10种古菌基因组中开阅读框架(openreadingframe,ORF)的数目随长度的分布,发现不同生物的分布相似且有明显的规律性。用各种分布模型进行拟合比较,结果显示每种生物的这类分布均符合Г(α,β)分布,由此提出生物基因组中ORF的数目随长度的分布是Г(α,β)分布的假设。分析各生物基因组的拟合参数,发现α和β值与基因组进化存在明显的相关性;讨论了α和β值的生物进化意义,并给出了真核生物偏好使用长基因的结论;依照Г(α, β)分布估计了酵母基因组中ORF数目的上限为5870个。该方法对于研究生物基因组进化以及评估理论预测基因的可靠性具有建设性意义。
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关键词
基因组
ORF
Г(α
β)分布
基因组进化
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职称材料
酵母基因组中ORF数目与长度的关系
4
作者
冯立芹
《生物信息学》
2011年第1期32-34,共3页
根据NCBI数据库中基因注释序列及相关注释文件,统计了酿酒酵母基因组中不同长度的开阅读框架(Open ReadingFrame,ORF)的数目,分析了开阅读框架的数目随长度的分布关系,结果发现有明显的规律性。根据分布的特点用各种分布模型进行拟合比...
根据NCBI数据库中基因注释序列及相关注释文件,统计了酿酒酵母基因组中不同长度的开阅读框架(Open ReadingFrame,ORF)的数目,分析了开阅读框架的数目随长度的分布关系,结果发现有明显的规律性。根据分布的特点用各种分布模型进行拟合比较,提出这类分布是Г(α,β)分布的假设。进一步根据Г(α,β)分布估算了酵母基因组蛋白质编码序列的数目为5870个。该结果对于基因注释具有一定的参考价值。
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关键词
基因组
开阅读框架(ORF)
Г(α
β)分布
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职称材料
几种模式生物基因数目与长度的关系研究
5
作者
冯立芹
《内蒙古民族大学学报(自然科学版)》
2011年第1期55-57,共3页
分析了大肠杆菌、枯草杆菌、酵母、拟南芥基因组中基因数目随长度的分布,发现有明显的规律性,根据分布的特点用各种分布模型进行拟合比较,提出这类分布是Г(α,β)分布的假设.
关键词
模式生物
基因组
基因
Г(α
β)分布
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职称材料
题名
密码对的使用与基因组进化
被引量:
8
1
作者
王芳平
李宏
机构
内蒙古大学理工学院物理系
出处
《生物物理学报》
CAS
CSCD
北大核心
2007年第3期176-184,共9页
基金
国家自然科学基金项目(30660044)
高等学校博士点基金项目(20050126003)~~
文摘
以5种真核、20种细菌、10种古菌生物的基因组为样本,分析了编码序列中密码对和基因间序列中三联体对的相对模式数随频数的分布,验证了这种分布符合Γ(α,β)分布。发现分布形状参数!值与生物基因组进化存在明显的相关性;编码序列与基因间序列的进化方式截然不同。随着进化,编码序列的分布形状逐渐向随机分布靠近(α值逐渐增大)。而对基因间序列,古菌与真核生物的分布形状接近,与细菌的分布相差明显。
关键词
基因组进化
密码对
三联体对
r(邶)分布
Keywords
Genome evolution: Codon pairs
Triplet pairs
г(α
,β) distribution
分类号
Q61 [生物学—生物物理学]
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职称材料
题名
几种模式生物密码对的使用和基因组进化
被引量:
4
2
作者
王芳平
李宏
机构
内蒙古大学理工学院物理系
出处
《内蒙古大学学报(自然科学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2007年第2期166-172,共7页
基金
国家自然科学基金(30660044)
高等学校博士点基金(200508010107)资助项目
文摘
以闪烁古生球菌、枯草杆菌、大肠杆菌、酿酒酵母、拟南芥和线虫基因组为样本,分别分析了编码序列中密码对、基因间序列中三联体对的相对模式数目随频数的分布,验证这种分布是Γ(α,β)分布.发现分布参数与基因组进化相关;另外,比较了密码对的观测值与期望值之差的分布,发现密码对的使用普遍具有偏好性,且不同的物种所偏好的密码对是不同的.
关键词
基因组进化
密码对
三联体对
Г(α
β)分布
Keywords
genome evolution
codon pair
triplet pair
г(α
,β) distribution
分类号
Q61 [生物学—生物物理学]
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职称材料
题名
基因组中开阅读框架长度的分布模型与基因组进化
被引量:
5
3
作者
冯立芹
李宏
机构
内蒙古大学理工学院物理系
内蒙古大学理工学院物理系
出处
《生物物理学报》
CAS
CSCD
北大核心
2004年第5期375-381,共7页
基金
国家自然科学基金项目(10147204)
内蒙古自然科学基金项目
文摘
分析了5种真核、15种细菌和10种古菌基因组中开阅读框架(openreadingframe,ORF)的数目随长度的分布,发现不同生物的分布相似且有明显的规律性。用各种分布模型进行拟合比较,结果显示每种生物的这类分布均符合Г(α,β)分布,由此提出生物基因组中ORF的数目随长度的分布是Г(α,β)分布的假设。分析各生物基因组的拟合参数,发现α和β值与基因组进化存在明显的相关性;讨论了α和β值的生物进化意义,并给出了真核生物偏好使用长基因的结论;依照Г(α, β)分布估计了酵母基因组中ORF数目的上限为5870个。该方法对于研究生物基因组进化以及评估理论预测基因的可靠性具有建设性意义。
关键词
基因组
ORF
Г(α
β)分布
基因组进化
Keywords
Genomes, Open reading frame
Г(α,β) distribution
Genome evolution
分类号
Q61 [生物学—生物物理学]
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职称材料
题名
酵母基因组中ORF数目与长度的关系
4
作者
冯立芹
机构
内蒙古民族大学物理与电子信息学院
出处
《生物信息学》
2011年第1期32-34,共3页
基金
内蒙古民族大学科学研究项目(项目编号:MDX2008030)
内蒙古民族大学科研创新团队建设计划资助课题
文摘
根据NCBI数据库中基因注释序列及相关注释文件,统计了酿酒酵母基因组中不同长度的开阅读框架(Open ReadingFrame,ORF)的数目,分析了开阅读框架的数目随长度的分布关系,结果发现有明显的规律性。根据分布的特点用各种分布模型进行拟合比较,提出这类分布是Г(α,β)分布的假设。进一步根据Г(α,β)分布估算了酵母基因组蛋白质编码序列的数目为5870个。该结果对于基因注释具有一定的参考价值。
关键词
基因组
开阅读框架(ORF)
Г(α
β)分布
Keywords
Genome
Open reading frame (ORF)
г(α
β) distribution
分类号
Q61 [生物学—生物物理学]
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职称材料
题名
几种模式生物基因数目与长度的关系研究
5
作者
冯立芹
机构
内蒙古民族大学物理与电子信息学院
出处
《内蒙古民族大学学报(自然科学版)》
2011年第1期55-57,共3页
基金
内蒙古民族大学科学研究项目(MDX200830)
内蒙古民族大学科研创新团队建设计划资助课题
文摘
分析了大肠杆菌、枯草杆菌、酵母、拟南芥基因组中基因数目随长度的分布,发现有明显的规律性,根据分布的特点用各种分布模型进行拟合比较,提出这类分布是Г(α,β)分布的假设.
关键词
模式生物
基因组
基因
Г(α
β)分布
Keywords
Mode Species
Genome
Gene
г(α
β)distribution
分类号
Q61 [生物学—生物物理学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
密码对的使用与基因组进化
王芳平
李宏
《生物物理学报》
CAS
CSCD
北大核心
2007
8
下载PDF
职称材料
2
几种模式生物密码对的使用和基因组进化
王芳平
李宏
《内蒙古大学学报(自然科学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2007
4
下载PDF
职称材料
3
基因组中开阅读框架长度的分布模型与基因组进化
冯立芹
李宏
《生物物理学报》
CAS
CSCD
北大核心
2004
5
下载PDF
职称材料
4
酵母基因组中ORF数目与长度的关系
冯立芹
《生物信息学》
2011
0
下载PDF
职称材料
5
几种模式生物基因数目与长度的关系研究
冯立芹
《内蒙古民族大学学报(自然科学版)》
2011
0
下载PDF
职称材料
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