Ion Torrent半导体测序联合MLPA技术检测神经纤维瘤患者的致病突变

目的建立临床适用的神经纤维瘤病(NF)的分子遗传分析方法,对NF进行分子遗传诊断和遗传咨询,并对NF家庭进行产前诊断。方法以南京医科大学附属妇产医院遗传咨询门诊收治的18例NF患者为研究对象,收集患者及其家属的外周血标本并提取基因组DNA,应用Ion Torrent半导体测序技术进行NF1/NF2基因测序并结合多重连接探针扩增反应(MLPA)检测,筛选致病突变并用Sanger测序验证,结合亲子二代的分子遗传检测结果,制定适当的临床干预和随访计划。在NF家系母亲再次妊娠时,对胎儿进行产前诊断。结果应用Ion Torrent半导体测序技术检测出9例致病突变和1例可疑致病突变,其中包括3个未报道过的新突变;应用MLPA技术检测出1例拷贝数大片段缺失。对其中5个家系的孕妇行羊膜腔穿刺术抽取羊水进行产前诊断,其胎儿均不携带家系的致病突变。结论基于Ion Torrent半导体测序及MLPA技术建立的基因诊断方法可为NF临床诊断及遗传咨询提供分子遗传学依据,具有较高的临床应用价值。

瓦里安Trilogy直线加速器多叶准直器故障维修二例

瓦里安Trilogy系统是第一款支持同步成像的直线加速器。目前其On-Board Imager■(OBI)kV成像系统提供了广泛的成像模式,包括kV、MV、CBCT和透视。临床医师可通过其获得软组织、骨骼解剖或其他标记的高质量图像,以实现最佳患者定位。同时,Trilogy治疗系统的治疗时间更短,对健康组织的损伤更小,并能提供广泛的癌症护理。Trilogy系统用途广泛而可靠,已成为高级放射治疗的金标准^([1-4])。

Ion Torrent PGM测序在87例无精子症Y染色体微缺失分析中的应用

目的:探究Ion Torrent PGM测序技术在Y染色体微缺失检测中的可行性。方法:收集非梗阻性无精子症患者87例作为实验对象,全部完成精液常规、生殖激素和染色体核型分析。以多重PCR法作为对照,用Ion Torrent PGM测序技术检测Y染色体微缺失,比较两种方法的检出率。结果:PGM测序法检出率为49.4%,多重PCR法检出率为12.6%,Ion Torrent PGM的检出率明显高于多重PCR,Ion Torrent PGM检出的AZF缺失患者包含全部多重PCR检出患者,且缺失位点完全一致。同时,在87例男性不育患者中,Ion Torrent PGM检出24例,共14种男性不育相关基因突变,总阳性率为27.59%。结论:对无精子症患者,采用Ion Torrent PGM测序检测AZF缺失,可明显提高检出率;同时PGM测序法可以检出更多的男性不育相关基因突变位点,为无精子症的诊断提供帮助。

600 MU/min剂量率对Trilogy直线加速器输出的影响

利用三维水箱和电离室监测直线加速器射线性能,分析剂量率600 MU/min对Trilogy加速器剂量稳定性的影响,以保障临床治疗过程中的精准度和安全性。600 MU/min剂量率发现剂量异常时,电离室监测到绝对剂量波动超过1%,三维水箱监测到6 MV X射线Y轴和X轴方向平坦度标准误差值为106.3%和104.5%、对称性的标准误差值为103.1%和101.5%;剂量率恢复到400 MU/min后,相应数值为104.4%和103.8%、标准误差值为100.9%和100.8%。这表明,长期使用600 MU/min剂量率会造成绝对剂量不稳定,且Y轴方向的射线平坦度和对称性会超出参考标准误差允许范围。

Varian Trilogy医用加速器日常开关机注意事项及相关原因

医用加速器开、关机是放疗技师等设备使用人员每日工作的必要环节。但在实际工作中,多数人员仅机械性地重复操作过程,对其中的注意事项、安全隐患知之甚少。针对此现象,本研究对Varian Trilogy医用加速器开、关机步骤涉及的注意事项及原因进行较详细的总结,旨在提高放疗使用人员对设备的认知及操作的安全性。

江南社会史视野中的“农村三部曲”

“农村三部曲”是茅盾将他的江南地域经验和社会政治意识、社会科学理论,以及社会史兴趣进行有机融合的一次重要尝试。“三部曲”集中体现了茅盾对经济生活的高度关注,“眼光向下”的分析路径,以及书写“整体的历史”的追求,纵横捭阖地勾勒出1930年代江南农村和乡镇社会政治、经济、农事、风俗、祭祀、礼仪等多重图景,涉及社会阶层变动、地方权力博弈、底层对统治阶层的反抗等多重政经脉络的演进。作品在贡献出一幅1930年代江南农村和乡镇社会“整体的历史”的缩微图的同时,也打开了现实江南世界的历史纹理和日常褶皱,为现代江南文学的书写和地域文学研究提供了创作手法上的借鉴和研究路径上的启示。

井时空体:《大漠三部曲》的空间叙事

井是人们汲取物资的重要途径,是乡村人聚集与生活展开的社会空间,也一直是中国文学中的重要意象。时间与空间在“井”这一意象上的结合,可视作一种以井时空为构架的叙事模式,即井时空体。中国乡土小说常见围绕“井”进行的空间叙事。雪漠《大漠三部曲》中的“井”是故事展开的场所、情节发展的线索、窥视人物内心的入口,也是架构文本的脉络。其中每一种井都蕴含着特定的主题,对井的时空呈现是小说意义的重要来源:村庄水井对应传统乡土文明,矿井对应现代工业文明,沙漠之井对应人类在资源匮乏窘境下的生死存亡。通过井时空体,雪漠展现了西部乡村中人与自然、革新和传统、农村和城市的矛盾以及农民进退两难的生活现状和精神困境。《大漠三部曲》以“井”的时空再现了社会生活和历史变革的图景。

论孙未“大地三部曲”的旅行书写与治愈功能

孙未的“大地三部曲”由《大地尽头》《熊的自白书》和《寻花》组成,通过书写从繁华都市到边陲古村的旅行经历,寄托作者的旅途感悟与情思,突出旅行的治愈功能。作品迎合了当代人迫切的心灵治愈需求,是“70后”女作家“治愈系”文学的代表。“大地三部曲”既是女性“在路上”的情感记录,又反映出现代人对生活意义和奋斗目标的反思。作品中自由独立的女性意识、个性鲜明的人物形象、优美灵性的风景、充满古典意趣的文字,旨在抚慰现代人疲惫敏感的心灵,以优美的自然风景对抗异化的城市风景,以古典的慢生活改良现代城市生活的快节奏。作为治愈系旅行文学的“大地三部曲”,折射出当代青年的社会心理和文化症候。

论阿特伍德《疯癫亚当》三部曲中的瘟疫隐喻

在《疯癫亚当》三部曲中,加拿大作家玛格丽特·阿特伍德创造性地使用了隐喻手法书写瘟疫。作品以《圣经》为叙事原型将瘟疫比喻为洪水,通过绿色宗教“伊甸崖”的创始人亚当一号诠释了人性之恶和遭受天罚的末日想象。瘟疫病毒的载体——“喜福多”药丸在人类的狂欢中变化为蒙着面具的“红死魔”,这种通往所谓极乐天堂的良药实质上是将人类投入地狱的毒药,而极乐的背后又隐藏着社会痼疾给研发者和传播者带来的心灵创伤。瘟疫种子承载了病毒研发者终结人类之恶的幻想,但是这不仅遮掩了灭绝人类的血腥,也质疑了当下科技发展至上的理念,其所开启的后人类世界也充满了诸多不确定性。

奎亚拉·阿莱格里亚·休德斯戏剧的空间诗学——以“埃利奥特三部曲”为例

奎亚拉·阿莱格里亚·休德斯是当代美国拉美裔戏剧的领军人物,其代表作是“埃利奥特三部曲”。休德斯匠心独运地在这三部代表性剧作中借鉴赋格曲、爵士乐和拉美民谣,积极进行戏剧空间实验,分别创构出赋格曲式的复调空间、虚实交融式的多重空间和乌托邦式的边缘文化空间。这些空间意蕴丰富,颇具表现力,生动展示了美国少数族裔底层民众的精神困惑和生存困境。埃利奥特三部曲中的戏剧空间表现出较强的艺术感染力,成为当代美国戏剧叙事的典范。

进步与妥协:论“小妇人”三部曲中奥尔科特的伦理道德观

路易莎·梅·奥尔科特的伦理道德观在其代表作《小妇人》三部曲中有着集中体现。作为读者眼中的“道德传教者”,奥尔科特的伦理道德观契合了19世纪美国的社会文化语境,显示出她对女性传统身份和家庭角色的关切和肯定。作为进步女权思想的宣传者,身处第一次女权运动浪潮中的她在作品中表达了争取参政权等女性平等权益的诉求。然而,奥尔科特在表达女性伦理道德进步性观念的同时,其妥协性也得以暴露。奥尔科特的“妥协”可视为她在特定社会条件下表达自己进步主张的一种可行策略。奥尔科特的伦理道德观不仅影响了当时的进步运动,而且对后世产生了积极深远的影响。

外国文学经典之中国化研究范例——中国内地近十年弥尔顿三部曲研究述评(2013—2022)

自1832年弥尔顿进入中国至2012年,中国内地研究弥尔顿三部曲的论文与著作数目逾百,而近十年来(2013—2022)相关研究发展更为迅速:一是研究内容得到纵深性开拓,特别在弥尔顿多重思想之主题探微、恶魔与英雄之人物探讨、多元文化影响之风格探索等三个维度;二是研究方法取得开拓式创新,尤其是跨学科交叉探究方法和跨文化研究路径。通过将弥尔顿研究作为外国文学经典之中国化研究范例展开分析和探讨,并指出当下研究存在的拓进空间,希望能为中国内地未来的弥尔顿三部曲研究指明方向,或能为中国的外国文学经典研究提供一定的方法论指引。

Ion Torrent PGM测序技术在MPN患者临床诊断中的方法学建立

目的:探讨通过自主设计定制的MPN致病相关基因的多重PCR引物试剂盒,使用Ion Torrent PGM第二代测序平台快速和准确地获取MPN患者基因突变信息的可行性和可靠性。方法:收集2015年1月至2015年10月就诊于南方医院血液科,经Sanger测序法检测JAK2V617F+和(或)CALR+、Ph-的10例MPN患者骨髓标本,然后使用Ion Torrent PGM第二代测序复核检测骨髓并对比两种方法结果的一致性。结果:Ion Torrent PGM第二代测序检测JAK2V617F、CALR和MPL就这3个基因而言,所有样本CALR基因52 bp缺失均未被检测出,其余测序结果与Sanger测序结果完全一致。结论:Lon Torrent PGM测序平台检测MPN患者多个基因突变,方法上具有可行性,能满足临床检测需求。本研究方法在1-2 d内可完成23个基因突变检测,具有灵敏、特异、快速、高通量及低成本的优势。

Ion Torrent PGM^(TM)平台在儿童遗传性疾病诊断中应用初探

目的在PCR产物定量混合构建文库方法的基础上,探讨IonTorrentPGMTM平台二代测序应用于儿科常见遗传性疾病诊断的价值。方法采集临床诊断的2例肌营养不良、1例胆汁酸合成障碍和1例甲基丙二酸血症患儿的外周血,提取基因组DNA,分别针对DMD基因、HSD3B7基因、AMACR基因及MUT基因采用PCR反应进行编码区扩增,扩增产物定量混合制备成文库,在PGM上完成测序。使用NextGENe软件进行数据分析。同时采用Sanger测序方法,对上述基因进行全基因测序;肌营养不良病例采用多重连接探针扩增(MLPA)进行基因外显子拷贝数变异的检测。结果例1肌营养不良患儿DMD基因检测到6个变异,其中c.998C>A,p.333S>X为已知致病突变位点,4个为SNP(rs228406、rs1801187、rs1801188、rs1800280)。PGM检测到1个假阳性,为6个连续的T后面插入了1个T。例2肌营养不良患儿检测到DMD基因g.2788933943-2790543577共5个外显子的缺失,MLPA检测结果与二代测序结果相符合。例3胆汁酸合成障碍患儿HSD3B7基因和AMACR基因共检测到7个变异,其中HSD3B7基因复合杂合突变c.45-46delAG,FS;c.262G>G/C,p.88G>RG,5个为SNP(rs9938550、rs3195676、rs10941112、rs2278008、rs2287939)。例4甲基丙二酸血症患儿MUT基因检测到3个变异,1个为已知致病突变位点杂合突变c.728-729het-insTT,FS;2个为SNP(rs2229384、rs8589)。PGM检测到2个假阳性。结论基于PGMTM平台、采用PCR产物定量混合构建文库测序的方法,具有低成本、高通量、高灵敏度以及可灵活设计的特点,适合用于儿科临床常见遗传性疾病的检测。但由于二代测序技术可能带来的假阳性,对于检测到的变异需要Sanger直接测序法进一步验证。

TORRENT法测试混凝土空气渗透性能研究

TORRENT法是一种测试混凝土空气渗透性能的新方法。通过试验对TORRENT测试方法的校正进行了研究,并分析了混凝土密封状态、湿度、孔隙连通程度对TORRENT空气渗透性能测试结果的影响。结果表明,内腔残余气压的扣除是TORRENT测试方法校正的关键,相比于试件密封状态,湿度与孔隙连通程度对TORRENT法空气渗透性能的测试结果影响更为显著,TORRENT法在中低密实程度混凝土空气渗透性能测试过程中误差较小。

土壤微生物16S rDNA的Ion Torrent PGM高通量检测方法构建与应用

采用Ion Torrent Personal Genome Machine(PGM)测序平台,以16S rRNA基因V4-V5区为标靶,沼泽土壤和草坪土壤为材料,建立土壤微生物16S rDNA检测方法。结果表明,当测序序列数达到15 000条左右,两种土壤样品的Shannon曲线趋于平稳,而且沼泽土壤的多样性指数明显高于草坪土壤。在沼泽土壤和草坪土壤中分别检测到7 615和8 072个OTUs,分属于30门、53纲、93目、130科、182属和29门、52纲、88目、125科、183属。方差分析表明两类土壤存在着丰度差异显著的微生物类群和OTUs。根据样品间相似度分析,所有测试样本可明显分成两组,而且3个重复各自归为一组。可见,该试验所建立的Ion Torrent PGM土壤微生物16S rDNA检测法具有高通量、高灵敏度等优点,能够较为全面和准确的反映土壤微生物群落结构,从而可为土壤微生物群落结构研究提供强有力的检测工具。

应用Ion Torrent半导体测序检测马凡综合征患者FBN1基因致病突变

目的:对3个马凡综合征(MFS)家系及1例MFS患者的原纤维蛋白1基因(FBN1)进行基因检测,以明确致病突变,为患者提供遗传咨询及产前诊断。方法:应用高通量Ion Torrent半导体测序技术对3个MFS家系的先证者及1例MFS患者的FBN1基因进行检测,筛选致病突变位点,并用Sanger测序法验证。对1例胎儿FBN1基因相应的位点进行检测,以明确其受累情况。结果:患者P1 FBN1基因检测到c.7125_7126 del TG杂合性缺失突变,为可疑致病位点;家系1患者FBN1基因检测到IVS 27-1G>C(c.3464-1G>C)杂合性突变,为致病突变;家系2患者FBN1基因检测到c.4981G>C(p.Gly1661Arg)杂合性错义突变,为致病突变,胎儿携带同样突变;家系3患者FBN1基因检测到c.1546C>T(p.Arg516Term)杂合性无义突变,为致病突变。结论:应用高通量Ion Torrent半导体测序技术检测到3个MFS家系及1个MFS患者的致病基因突变,为临床诊断及遗传咨询提供分子遗传学依据,并对1例胎儿进行了产前诊断。

通往个性化医疗的新一代测序技术:Ion Torrent

自1977年第一代Sanger测序法诞生以来,测序技术经历了突飞猛进的发展,第二代和第三代测序技术相继出现。随着测序仪代次的更迭,实现测序目的的技术权重已逐渐由偏重生化反应转向偏重物理学、材料学等非生物学科。Life Technologies公司推出的Ion Torrent Personal Genomic Machine(PGM)就是这类技术转型的代表。我们对测序技术的发展和Ion Torrent PGM的特点及应用做简要综述。

Ion Torrent PGM^(TM)测序在急性髓系白血病检测中的应用

目的探讨Ion Torrent PGMTM测序平台用于急性髓系白血病(AML)患者基因突变检测的可行性。方法提取27例AML患者初次治疗前的骨髓DNA,用Ion Torrent PGMTM测序仪对50个常见的肿瘤基因热点突变区进行检测,同时用Sanger测序法检测FMS样酪氨酸激酶3(FLT3)和核仁磷蛋白1(NPM1)基因的突变情况以进行验证。结果 50个目标基因中检出17个基因共29个突变位点,单个基因有多种突变方式,以单碱基替换为主。突变频率最高的是NPM1(22.2%)和FLT3(18.5%)。用Sanger测序法验证,NPM1两种方法检测的吻合度为100%,在FLT3验证中,其中有1例Sanger测序为阳性,而Ion Torrent PGMTM检测为阴性。结论 Ion Torrent PGMTM能够在短时间内得到AML患者的基因突变谱,但其在检测长片段插入/缺失中的缺陷仍需改进。

Ion Torrent测序技术检测Ⅰ型神经纤维瘤病患者NF1基因突变

目的评价Ion Torrent测序技术检测Ⅰ型神经纤维瘤(NF1)基因及其突变类型的可行性。方法提取12例NF1患者的外周血DNA,用Ion Torrent个体化基因测序仪(PGM)对患者NF1基因进行测序,用Sanger测序法验证NF1基因相应的突变位点,Ion Torrent PGM检测后覆盖缺失的外显子样本用Sanger测序法重新检测。结果检测到10例患者存在NF1基因致病突变,其中2种无义突变,5种小缺失或插入突变,1种错义突变,2种剪接突变。2例患者未检测到致病突变。结论 Ion Torrent测序技术检测含有大量外显子的NF1基因快速、准确;NF1基因突变可导致氨基酸密码子提前终止。