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结核分枝杆菌1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶抑制剂的3D-QSAR研究及优化设计
1
作者 谢稳 谢双龙 +1 位作者 余娜 林治华 《重庆理工大学学报(自然科学)》 CAS 北大核心 2023年第2期357-368,共12页
结核分枝杆菌是导致结核病的病原体,1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶是结核分枝杆菌代谢的关键限速酶,因此被作为一个有潜力的抗菌靶点。收集了35个对结核分枝杆菌1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶(mtDXR)有体外抑制活性的膦胺霉素... 结核分枝杆菌是导致结核病的病原体,1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶是结核分枝杆菌代谢的关键限速酶,因此被作为一个有潜力的抗菌靶点。收集了35个对结核分枝杆菌1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶(mtDXR)有体外抑制活性的膦胺霉素衍生物,运用比较分子场分析方法和比较分子相似性指数分析方法对它们进行三维定量构效关系研究,建立了相应模型。结果表明:CoMFA模型的最佳主成分值n=7,交互检验系数q^(2)=0.601,相关系数r^(2)=0.979;CoMSIA模型的最佳主成分值n=8,交互检验系数q^(2)=0.609,相关系数r^(2)=0.983。数据显示所建模型拥有较为可靠的预测能力。同时,利用分子对接进一步考察膦胺霉素类小分子抑制剂和靶点活性部位氨基酸残基的非键作用,结合3D-QSAR等势图,明确了该类化合物分子结构上可供加工和优化的区域,进而设计出14个全新的膦胺霉素衍生物,并对它们进行活性预测,得到了拥有更高预测活性的新化合物27m,为mtDXR抑制剂的进一步开发提供了理论依据和重要参考。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶(DXR) 膦胺霉素衍生物 3D-QSAR 分子对接
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植物萜类合成酶1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶的分子结构特征与功能预测分析 被引量:14
2
作者 李嵘 王喆之 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2007年第1期59-67,共9页
采用生物信息学的方法和工具对已在GenBank上注册的拟南芥、玉米、岩蔷薇、水稻、黄花蒿、亚麻等植物的萜类合成酶1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶的核酸及氨基酸序列进行分析,并对其组成成分、转运肽、跨膜拓朴结构域、疏水性/亲水... 采用生物信息学的方法和工具对已在GenBank上注册的拟南芥、玉米、岩蔷薇、水稻、黄花蒿、亚麻等植物的萜类合成酶1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶的核酸及氨基酸序列进行分析,并对其组成成分、转运肽、跨膜拓朴结构域、疏水性/亲水性、蛋白质二级及三级结构、分子系统进化关系等进行预测和推断。结果表明:该类酶基因的全长包括5′、3′非翻译区和一个开放阅读框,无跨膜结构域,是一个具转运肽的亲水性蛋白,包括两个功能DXR结合motif及两个功能NADPH结合motif,α-螺旋和不规则卷曲是蛋白质二级结构最大量的结构元件,β-转角和β-折叠散布于整个蛋白质中,蛋白质的功能域在空间结构上折叠成“V”形,“V”形的两臂由N-端与C-端构成,“V”形的底部,是N-端臂与C-端臂的结合域。 展开更多
关键词 植物萜类合成 1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶(DXR) 分子结构 功能预测 生物信息学
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蛇足石杉1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶(HsDXR1)基因克隆与表达分析 被引量:6
3
作者 罗红梅 李标 +5 位作者 林余霖 宋经元 何柳 孙超 李榕涛 胡志刚 《世界科学技术-中医药现代化》 北大核心 2013年第3期342-348,共7页
基于本实验室已获得的蛇足石杉转录组数据,获得一个编码1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶(1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase,DXR)的转录本,分析其开放阅读框序列,发现该转录本编码全长为1 440 bp的蛇足石杉DXR基因(HsD... 基于本实验室已获得的蛇足石杉转录组数据,获得一个编码1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶(1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase,DXR)的转录本,分析其开放阅读框序列,发现该转录本编码全长为1 440 bp的蛇足石杉DXR基因(HsDXR1),含有479个氨基酸残基。采用RT-PCR方法获得了HsDXR1全长,并对HsDXR1编码蛋白的理化性质、结构域及三维结构进行预测分析。结果显示HsDXR1编码蛋白的预测分子量为51.496 1 kDa,等电点为6.44;不含信号肽和跨膜区;亚细胞定位预测表明该蛋白最可能定位于叶绿体;具有DXR蛋白典型的结构域。实时荧光定量PCR检测HsDXR1基因在蛇足石杉的茎中表达量最高,其次为根,在叶中表达量最低。本研究获得了蛇足石杉HsDXR1基因的编码区序列,为进一步研究HsDXR1在蛇足石杉萜类化合物生物合成途径中的功能奠定基础。 展开更多
关键词 1-脱氧-D-木酮糖5-磷酸还原异构酶 蛇足石杉 基因克隆 表达分析
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植物萜类合成酶1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原酶研究进展 被引量:5
4
作者 郑洲翔 范燕萍 +1 位作者 周纪刚 徐平 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2011年第10期5695-5696,共2页
综述了近年来植物萜类合成酶1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原酶(DXR)的研究进展,指出DXR是萜类物质生物合成途径中的关键酶,从植物中克隆出的DXR基因结构相似,表达于植株的大部分器官中;它们大多与植物体内萜类物质的合成有关,植株体内上调... 综述了近年来植物萜类合成酶1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原酶(DXR)的研究进展,指出DXR是萜类物质生物合成途径中的关键酶,从植物中克隆出的DXR基因结构相似,表达于植株的大部分器官中;它们大多与植物体内萜类物质的合成有关,植株体内上调DXR基因有可能增加萜类物质的含量。 展开更多
关键词 1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原酶 植物萜类物质 合成
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紫丁香SoDXR基因克隆及其在单萜类物质合成中的功能分析
5
作者 杨艺慧 邹吉睿 +3 位作者 马波 冷平生 胡增辉 吴静 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期912-919,共8页
[目的]探究1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶(DXR)基因在紫丁香单萜类物质合成中的作用,为紫丁香花香分子育种提供有效的基因资源和理论基础。[方法]以紫丁香花瓣为材料,克隆了SoDXR基因,并对其进行生物信息学和亚细胞定位分析、不同... [目的]探究1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶(DXR)基因在紫丁香单萜类物质合成中的作用,为紫丁香花香分子育种提供有效的基因资源和理论基础。[方法]以紫丁香花瓣为材料,克隆了SoDXR基因,并对其进行生物信息学和亚细胞定位分析、不同花发育时期和器官组织中的qRT-PCR表达分析以及探究其在金鱼草花瓣中异源瞬时过表达后的功能。[结果]SoDXR基因全长为1425 bp,编码474个氨基酸,编码的蛋白具有保守的DXP_reductoisom结构域,与桂花和油橄榄的相似性高达95%。亚细胞定位显示该蛋白主要定位于质体,与软件预测结果一致。伴随着开花,SoDXR表达水平呈先升高后降低的趋势,在初开期最高,其在各个器官组织中均有表达,花瓣中表达量最高,茎中表达量最低。瞬时过表达表明,SoDXR基因的表达水平显著高于对照,促进了主要单萜成分罗勒烯和月桂烯的释放,释放量分别增加了15.03倍和4.83倍。[结论]SoDXR基因正调控紫丁香单萜类物质的合成,表明DXR基因在花香次级代谢物合成中起到重要作用。 展开更多
关键词 紫丁香 萜类化合物 1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶 瞬时过表达
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转基因本氏烟草中CtDXR基因拷贝数及耐盐耐高温功能的初步分析
6
作者 田春尧 冀慧玥 +3 位作者 丁润月 郑乔木 周嘉裕 廖海 《生物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期17-23,共7页
评估转基因本氏烟草中CtDXR基因的拷贝数,并初步分析其耐盐与耐高温能力。首先利用Southern Blot技术确定野生型本氏烟草中Actin基因的拷贝数,并以Actin基因为内参基因,以转CtDXR基因本氏烟草为材料,采用实时荧光定量PCR方法,检测转基... 评估转基因本氏烟草中CtDXR基因的拷贝数,并初步分析其耐盐与耐高温能力。首先利用Southern Blot技术确定野生型本氏烟草中Actin基因的拷贝数,并以Actin基因为内参基因,以转CtDXR基因本氏烟草为材料,采用实时荧光定量PCR方法,检测转基因植株中CtDXR基因的拷贝数。最后,初步分析转基因植株的耐盐与耐高温能力。基于PCR方法,随机检测10株T1代转基因本氏烟草植株均能扩增出目的条带,表明它们均已成功转入目的基因CtDXR;Actin基因在本氏烟草基因组中为单拷贝基因;以Actin基因为内参基因,最终确定80%的转CtDXR基因植株为单拷贝或低拷贝株系;盐胁迫下,转CtDXR基因植株的株高(P<0.01)、侧根数(P<0.01)与鲜重(P<0.001)优于野生型植株,高温胁迫下,转CtDXR基因植株的株高(P<0.01)、叶片数(P<0.01)与鲜重优于野生型植株,表明转基因植株具有更强的耐盐和耐高温能力。利用研究建立的转基因本氏烟草外源基因拷贝数的检测方法,对转CtDXR基因植株完成外源基因拷贝数的鉴定,且初步鉴定了CtDXR基因具有耐盐与耐高温功能。 展开更多
关键词 本氏烟草 1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶 拷贝数 Southern Blot 实时荧光定量PCR
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柔嫩艾美耳球虫5-磷酸脱氧木酮糖还原异构酶基因的克隆、原核表达及酶活性分析
7
作者 廖申权 吴彩艳 +5 位作者 戚南山 李娟 吕敏娜 张健騑 谢明权 孙铭飞 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期631-636,共6页
旨在克隆柔嫩艾美耳球虫5-磷酸脱氧木酮糖还原异构酶(EtDXR)基因,初步分析EtDXR的酶活性。根据EuPathDB数据库信息注释、拼接Etdxr基因序列,设计特异性引物扩增Etdxr基因,构建原核表达质粒pCold I-EtDXR,转化E.coli Rosetta(DE3),IPTG... 旨在克隆柔嫩艾美耳球虫5-磷酸脱氧木酮糖还原异构酶(EtDXR)基因,初步分析EtDXR的酶活性。根据EuPathDB数据库信息注释、拼接Etdxr基因序列,设计特异性引物扩增Etdxr基因,构建原核表达质粒pCold I-EtDXR,转化E.coli Rosetta(DE3),IPTG诱导表达,进行SDS-PAGE及Western blot分析,纯化rEtDXR,对rEtDXR进行酶活性分析,测定pH和Mg2+离子浓度对酶活性的影响。结果显示,Etdxr基因完整编码序列为1 746bp,氨基酸序列具有与其他物种高度保守的酶活性中心;成功构建原核表达质粒pCold I-EtDXR,SDS-PAGE以及Western blot分析显示,得到约50ku的蛋白质;利用直接检测底物NADPH消耗速率的方法分析EtDXR酶活性,结果显示,不同pH和离子浓度对EtDXR的酶活性有显著影响,其最佳的酶反应条件为pH 7.0,Mg2+离子浓度4.5mmol·L-1。本研究为进一步以EtDXR为药靶筛选抗球虫先导化合物奠定了基础。 展开更多
关键词 柔嫩艾美耳球虫 5-磷酸脱氧木酮糖还原异构酶 克隆 原核表达 酶活性
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香樟1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶基因CcDXR1的克隆和表达分析 被引量:8
8
作者 郑汉 荆礼 +4 位作者 姚娜 杨青山 彭华胜 申业 黄璐琦 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第9期1494-1501,共8页
1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶(1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase,DXR)是萜类甲基赤藓醇-4-磷酸途径(methylerythritol-4-phosphate pathway,DXP/MEP)上的第二个限速酶。本研究以5种化学型的香樟(Cinnamomum campho... 1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶(1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase,DXR)是萜类甲基赤藓醇-4-磷酸途径(methylerythritol-4-phosphate pathway,DXP/MEP)上的第二个限速酶。本研究以5种化学型的香樟(Cinnamomum camphora)作为实验材料,基于转录组数据,运用快速扩增c DNA末端技术(RACE),从香樟中克隆出DXR基因的c DNA,命名为Cc DXR1(Gen Bank登录号:KU886266)。该基因开放阅读框(ORF)长1 413 bp,编码470个氨基酸残基,生物信息学分析推测其分子质量为51.1 k D,等电点(Theoretical p I)为6.62,不含信号肽,不存在跨膜结构。结合蛋白质保守区以及进化树分析,证实该基因确为DXR家族基因。利用实时荧光定量PCR检测得出香樟中CcDXR1基因在成熟叶片表达量高于幼嫩叶片,根与叶中表达量相当,枝中最低。Cc DXR1在香樟5种化学型中的表达量不同,在龙脑樟中的表达量要高于油樟、芳樟、脑樟和异樟4种化学型。本研究首次从香樟中克隆出了Cc DXR1序列全长,并揭示了Cc DXR1在不同组织、生长时期及5种化学型中的差异表达,为香樟萜类化合物生物合成途径关键酶基因的挖掘提供研究基础。 展开更多
关键词 香樟 5-磷酸脱氧木酮糖还原异构酶 RACE 生物信息学 表达分析
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基于CRISPR/Cas9技术的烟草NtDXR基因敲除及功能分析 被引量:12
9
作者 聂梦云 高军平 +4 位作者 罗培 陈晓乐 易小慧 王根洪 夏庆友 《烟草科技》 EI CAS CSCD 北大核心 2016年第6期1-7,共7页
为研究烟草5-磷酸脱氧木酮糖还原异构酶(1-Deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase,DXR)基因的表达模式和功能,从普通烟草(Nicotiana tabacum)品种红花大金元中克隆了NtDXR基因,并通过荧光定量PCR技术分析了NtDXR在红花大金元... 为研究烟草5-磷酸脱氧木酮糖还原异构酶(1-Deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase,DXR)基因的表达模式和功能,从普通烟草(Nicotiana tabacum)品种红花大金元中克隆了NtDXR基因,并通过荧光定量PCR技术分析了NtDXR在红花大金元不同发育时期、不同组织中的表达模式。同时利用CRISPR/Cas9技术构建了NtDXR敲除载体,获得了DXR基因突变的植株。结果表明:NtDXR基因在花中的表达量最高,在雌蕊和叶中次之;利用CRISPR/Cas9系统定点敲除NtDXR基因后,检测目的基因靶位点序列发现有碱基的插入、缺失与置换,并且部分T_0代转基因阳性植株呈现白化表型,暗示NtDXR基因在烟草叶绿素等色素合成过程中起重要作用,推测NtDXR基因的突变能阻断烟草质体色素的合成。 展开更多
关键词 CRISPR/Cas9 烟草 5-磷酸脱氧木酮糖还原异构酶 荧光定量PCR 基因敲除
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农杆菌介导银杏遗传转化体系的建立及Gb-DXR基因表达载体的构建 被引量:17
10
作者 冯国庆 杨颖舫 +4 位作者 李郑娜 成瑜 杨春贤 陈敏 廖志华 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2010年第10期4992-4995,5067,共5页
[目的]为提高农杆菌介导的银杏遗传转化效率提供参考。[方法]以成熟的银杏种子胚为外植体,在无激素MS培养基上预培养48h后,采用3种农杆菌介导将GUS基因导入银杏胚中,经过组织化学染色法检测到GUS瞬时表达活性,对影响GUS基因表达的因素... [目的]为提高农杆菌介导的银杏遗传转化效率提供参考。[方法]以成熟的银杏种子胚为外植体,在无激素MS培养基上预培养48h后,采用3种农杆菌介导将GUS基因导入银杏胚中,经过组织化学染色法检测到GUS瞬时表达活性,对影响GUS基因表达的因素进行初步分析;并构建了银杏内酯前体合成途径上1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶(DXR)的表达载体。[结果]该研究得到较合适的遗传转化方案,即用银杏胚作为外植体,用携带pCAMBIA1304+的EHA105农杆菌进行侵染,共培养3d,进行GUS染色,结果显示转化后GUS阳性率较高。[结论]该研究为进一步的银杏转基因研究工作奠定了基础。 展开更多
关键词 银杏胚 农杆菌介导 遗传转化 GUS基因 1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶(DXR) 表达载体
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顶复门原虫类异戊二烯生物合成途径及其关键酶的研究进展 被引量:2
11
作者 廖申权 吴彩艳 +3 位作者 戚南山 吕敏娜 覃宗华 孙铭飞 《动物医学进展》 CSCD 北大核心 2012年第2期75-78,共4页
顶复门原虫包括疟原虫(Plasmodium spp.)、刚地弓形虫(Toxoplasma gondii)、艾美耳球虫(Eimeria spp.)、锥虫(Trypanosoma spp.)、泰勒虫(Theileria spp.)及巴贝斯虫(Babesia spp.)等一大类引起严重人畜疾病的寄生性原虫。顶复门原虫利... 顶复门原虫包括疟原虫(Plasmodium spp.)、刚地弓形虫(Toxoplasma gondii)、艾美耳球虫(Eimeria spp.)、锥虫(Trypanosoma spp.)、泰勒虫(Theileria spp.)及巴贝斯虫(Babesia spp.)等一大类引起严重人畜疾病的寄生性原虫。顶复门原虫利用2C-甲基-D-赤藓糖醇-4-磷酸(MEP)途径合成类异戊二烯前体物质,这些化合物对于维持顶复门原虫的生存具有十分重要的作用。1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸(DOXP)还原异构酶是MEP途径的关键酶,对其作用机理及抑制剂的筛选研究已取得重要进展。论文对顶复门原虫类异戊二烯的MEP途径,DOXP还原异构酶的作用机理及靶标研究进展进行综述。 展开更多
关键词 2C-甲基-D-赤藓糖醇-4-磷酸途径 1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶 药靶 顶复门原虫
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冬凌草1-脱氧木酮糖-5-磷酸还原异构酶(DXR)基因克隆与分析 被引量:3
12
作者 苏秀红 尹磊 陈随清 《中国实验方剂学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第12期37-41,共5页
目的:为研究冬凌草二萜类合成的相关基因,在冬凌草转录组信息数据的基础之上,以冬凌草无菌苗为研究材料,克隆冬凌草二萜类合成的关键酶1-脱氧木酮糖-5-磷酸还原异构酶(l-deoxy-D-lxyluloses-phosphatereduetoisomerase,DXR)基因。方法:... 目的:为研究冬凌草二萜类合成的相关基因,在冬凌草转录组信息数据的基础之上,以冬凌草无菌苗为研究材料,克隆冬凌草二萜类合成的关键酶1-脱氧木酮糖-5-磷酸还原异构酶(l-deoxy-D-lxyluloses-phosphatereduetoisomerase,DXR)基因。方法:采用逆转录PCR技术克隆冬凌草DXR基因,实时荧光定量PCR法分析其组织表达模式。结果:DXR c DNA基因全长1 500 bp,DXR基因开放阅读框为1 422 bp,编码473个氨基酸组成的蛋白质序列,理论相对分子质量为51.39 k Da,等电点为6.09,是一种亲水性蛋白。DXR在茎中表达量相对较高,在愈伤组织中表达量最低。结论:研究结果为深入研究冬凌草DXR酶的活性和功能及为冬凌草二萜类化合物的生物合成机制、优良基因挖掘奠定基础。 展开更多
关键词 冬凌草 二萜 1-脱氧木酮糖-5-磷酸还原异构酶
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东北雷公藤DXR HMGR基因克隆及生物信息学分析 被引量:3
13
作者 郭思远 闫琦 李佳 《中国现代中药》 CAS 2019年第11期1482-1488,共7页
目的:克隆东北雷公藤萜类物质生物合成关键酶基因3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶(3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A reductase,HMGR)基因和1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶(1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase,D... 目的:克隆东北雷公藤萜类物质生物合成关键酶基因3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶(3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A reductase,HMGR)基因和1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶(1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase,DXR)基因全长,并对其进行生物信息学分析。方法:根据东北雷公藤转录组数据,设计特异性引物,采用聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)技术克隆东北雷公藤DXR、HMGR基因编码区的全长序列,并进行一系列生物信息学分析。结果:成功克隆东北雷公藤DXR、HMGR基因各1条,分别命名为TrDXR和TrHMGR,两者分别长1410、1770 bp,编码469个和589个氨基酸。TrDXR为亲水性蛋白,亚细胞定位在叶绿体,无跨膜结构,转运肽定位于叶绿体,含有2个结合功能域和2个活性位点基序;TrHMGR为疏水性蛋白,亚细胞定位在内质网,有跨膜结构,无转运肽,含有4个结合功能域。TrDXR和TrHMGR与不同物种同源序列的相似性高,保守性强。结论:克隆获得TrDXR、TrHMGR基因cDNA全长,并对其生物功能进行了初步预测,为基因功能鉴定及东北雷公藤萜类物质分子形成机制研究奠定基础。 展开更多
关键词 东北雷公藤 3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶 1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶 基因克隆 生物信息学分析
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Establishment of the Agrobacterium-mediated Genetic Transformation System of Ginkgo biloba and the Construction of the Expression Vector of Gb-DXR
14
作者 冯国庆 杨颖舫 +4 位作者 李郑娜 成瑜 杨春贤 陈敏 廖志华 《Agricultural Science & Technology》 CAS 2010年第3期28-32,114,共6页
[Objective] The research aimed to provide reference for increasing the genetic transformation efficiency of Ginkgo biloba mediated by Agrobacterium.[Method] Taking the mature embryos of Ginkgo biloba seeds as explants... [Objective] The research aimed to provide reference for increasing the genetic transformation efficiency of Ginkgo biloba mediated by Agrobacterium.[Method] Taking the mature embryos of Ginkgo biloba seeds as explants,after 48 hours' pre-cultivation on MS medium in the absence of phytohormone,GUS gene was transmitted into embryos of Ginkgo biloba mediated by three kinds of Agrobacterium.Transient expression of GUS gene activity was observed through histochemical staining,and the influencing factors of the expression of GUS gene were analyzed.And the expression vector of 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase in the biosynthesis approach of biobalide precursor of Ginkgo biloba was constructed.[Result] A more suitable genetic transformation scheme was obtained as follows:taking embryos of Ginkgo biloba as explants,using EHA105 Agrobacterium with pCAMBIA1304+ for infection,co-culture for 3 days and GUS staining.The results showed that transient expression rate of GUS after transformation was higher.[Conclusion] The research provide a more effective method for further study on the transgene of Ginkgo biloba. 展开更多
关键词 Embryos of Ginkgo biloba AGROBACTERIUM-MEDIATED Genetic transformation GUS gene 1-deoxy-d-xylulose-5-phosphate reductoisomerase Expression vector
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鱼腥草1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶基因克隆与差异表达
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作者 魏麟 伍贤进 +4 位作者 黎晓英 刘胜贵 唐玉莲 贺安娜 王丹 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2014年第24期3607-3611,共5页
目的克隆鱼腥草1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶(DXR)基因,并分析其差异表达。方法采用RT-PCR方法获得DXR基因c DNA序列,并对DXR蛋白进行理化性质、蛋白二级结构及三维结构预测分析,并预测了该蛋白功能;利用实时荧光定量PCR方法检测了... 目的克隆鱼腥草1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶(DXR)基因,并分析其差异表达。方法采用RT-PCR方法获得DXR基因c DNA序列,并对DXR蛋白进行理化性质、蛋白二级结构及三维结构预测分析,并预测了该蛋白功能;利用实时荧光定量PCR方法检测了DXR基因在鱼腥草的地下茎、地上茎、叶、花中的表达情况。结果克隆获得的DXR基因长为1 416 bp,编码471个氨基酸。生物信息学预测DXR蛋白不含跨膜区,不含信号肽。DXR基因在鱼腥草的叶片中表达丰度最高,其次是地下茎,再次是地上茎,花中表达量最低。结论首次从鱼腥草中克隆了DXR基因,为进一步阐明该基因在鱼腥草萜类化合物代谢途径中的重要作用奠定基础。 展开更多
关键词 鱼腥草 1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶 萜类化合物 RT-PCR c DNA序列
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青天葵DXR基因编码蛋白的生物信息学分析
16
作者 黄琼林 何瑞 詹若挺 《贵州农业科学》 CAS 2016年第2期129-132,共4页
为后期青天葵DXR基因的全长克隆、功能鉴定和调控研究奠定基础,采用生物信息学方法对前期通过转录组测序获得的青天葵DXR基因编码蛋白序列进行分析。结果表明:NfDXR序列包含457个氨基酸,分子量约为49.72Ku,为亲水性、混合结构型蛋白质。... 为后期青天葵DXR基因的全长克隆、功能鉴定和调控研究奠定基础,采用生物信息学方法对前期通过转录组测序获得的青天葵DXR基因编码蛋白序列进行分析。结果表明:NfDXR序列包含457个氨基酸,分子量约为49.72Ku,为亲水性、混合结构型蛋白质。NfDXR属于1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶超级家族,含有DXR功能域、2个NAPDH结合基序和2个DXR活性位点基序,不具有跨膜结构域和信号肽结构。NfDXR与其他单子叶植物DXR同源性高,其中与铁皮石斛DXR的序列相似度达90%。 展开更多
关键词 1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶 青天葵 生物信息学
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豆科植物dxr基因密码子偏好性分析 被引量:7
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作者 李凌烜 陈安琪 +3 位作者 黄凯 郝博新 周嘉裕 廖海 《生物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期30-34,共5页
1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶(1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase,DXR)是MEP途径的关键酶之一,参与植物萜类与蒽醌等化合物的生物合成。萜类与蒽醌类化合物在较多豆科植物中存在,研究豆科植物dxr基因的密码子偏好性... 1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶(1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase,DXR)是MEP途径的关键酶之一,参与植物萜类与蒽醌等化合物的生物合成。萜类与蒽醌类化合物在较多豆科植物中存在,研究豆科植物dxr基因的密码子偏好性,对以dxr基因为靶点的分子调控具有重要指导意义。运用CodonW、CHIPS、CUSP和CAI等程序分析豆科植物drx基因密码子的偏好性,并用豆科植物决明的dxr基因对分析结果的可靠性进行验证。研究成果显示,以A或U结尾的密码子在dxr基因的密码子中表现出较强的偏好性。相比于烟草,拟南芥更适合作为研究dxr基因功能的模式植物。比较豆科植物dxr基因与大肠杆菌及酵母基因组密码子偏好性,发现酵母的差异明显低于大肠杆菌,表明对于豆科植物dxr基因来说,酵母表达系统比大肠杆菌表达系统更好。但是要使豆科植物dxr基因在酵母表达系统中具有高表达效率,仍需对其密码子进行优化。 展开更多
关键词 豆科植物 1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶 密码子偏好性 聚类分析
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1-脱氧-D-木酮糖醇-5-磷酸还原异构酶(DXR)作为新的药物靶点的研究进展 被引量:1
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作者 陈习平 谢丽萍 胡又佳 《世界临床药物》 CAS 2014年第5期319-320,I0001,I0002,I0003,共5页
植物、藻类和细菌等可利用2C-甲基-D-赤藓糖醇-4-磷酸(MEP)途径生物合成类异戊二烯前体异戊酰焦磷酸(IPP)及其异构体二甲烯丙基焦磷酸(DMAPP)等生长所必须的前体,因此MEP途径作为除草剂、抗菌药物和抗疟疾药物的药物靶点可用于新药开发... 植物、藻类和细菌等可利用2C-甲基-D-赤藓糖醇-4-磷酸(MEP)途径生物合成类异戊二烯前体异戊酰焦磷酸(IPP)及其异构体二甲烯丙基焦磷酸(DMAPP)等生长所必须的前体,因此MEP途径作为除草剂、抗菌药物和抗疟疾药物的药物靶点可用于新药开发。其中MEP途径中的第二个酶1-脱氧-D-木酮糖醇-5-磷酸还原异构酶(DXR)是研究最为广泛的靶点,膦胺霉素即为该酶的抑制剂。本综述主要介绍MEP途径、DXR及其抑制剂的研究进展。 展开更多
关键词 MEP途径 1-脱氧-D-木酮糖醇-5-磷酸还原异构(DXR) 抑制剂 膦胺霉素 药物靶点
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采后苯并噻重氮处理对‘玉金香’甜瓜单萜类香气及其代谢关键酶的影响分析 被引量:3
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作者 王雨 李霁昕 +4 位作者 李经纬 郝兰兰 胡妍芸 王博 蒋玉梅 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第5期214-221,共8页
以‘玉金香’甜瓜(Cucumis melo L.)为实验材料,监测采后常温贮藏期间单萜类香气组分代谢l-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶(l-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase,DXR)活力及其单萜类香气组分的变化,探讨采后苯并噻重氮(be... 以‘玉金香’甜瓜(Cucumis melo L.)为实验材料,监测采后常温贮藏期间单萜类香气组分代谢l-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶(l-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase,DXR)活力及其单萜类香气组分的变化,探讨采后苯并噻重氮(benzo-(1,2,3)-thiadiazole-7-carbothioic acid S-methyl ester,BTH)诱抗处理对DXR活力和单萜类香气构成的影响,分析DXR活力与单萜类香气物质释放量的相关性。结果表明:贮藏期间,样品中共检出9种单萜类香气组分,其中8种单萜类香气物质含量与DXR活力呈正相关;采后BTH处理抑制了甜瓜DXR活力和单萜类香气物质的释放,延迟了DXR活力峰值出现,改变了单萜类香气释放规律及其释放量与DXR活力的相关性。与CC组(蒸馏水浸泡)相比,BTH处理组果皮、果肉样DXR活力分别降低了19.48%、25.49%;条件因子水可增大DXR活力峰值,但对DXR活力和单萜类香气的影响无明显规律。由此可见,采后BTH处理可通过抑制‘玉金香’甜瓜DXR活力,延迟活性峰值出现,改变单萜类香气释放量与DXR活力的相关性,影响单萜类香气的释放。 展开更多
关键词 苯丙噻重氮 1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶 单萜类香气物质
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药用植物5-磷酸脱氧木酮糖还原异构酶基因研究进展 被引量:3
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作者 童宇茹 李桂桂 +1 位作者 程琪庆 高伟 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2013年第4期488-496,共9页
药用植物萜类成分是一类重要的天然产物。随着一些具有重要经济价值的萜类化合物需求扩大,其生物合成中的关键酶也备受关注。5-磷酸脱氧木酮糖还原异构酶(1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase,DXR)是2-甲基-D-赤藻糖醇-4-... 药用植物萜类成分是一类重要的天然产物。随着一些具有重要经济价值的萜类化合物需求扩大,其生物合成中的关键酶也备受关注。5-磷酸脱氧木酮糖还原异构酶(1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase,DXR)是2-甲基-D-赤藻糖醇-4-磷酸(MEP)途径上的第2个关键酶。综述了DXR生物学意义、基因结构及其催化机制、药用植物DXR基因克隆及进化情况,并且介绍了紫杉醇、银杏、丹参等重要药用植物中DXR基因的研究进展,旨在为其他药用植物DXR基因的克隆和深入研究提供参考。 展开更多
关键词 5-磷酸脱氧木酮糖还原异构酶 克隆 催化机制 萜类化合物 药用植物
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