基于线粒体COI和12S rDNA基因构建珠江河口鱼类DNA宏条形码数据库

为建立珠江河口鱼类本底DNA条形码数据库,为珠江河口鱼类种类识别和多样性研究提供信息化基础,于2020—2021年在珠江河口采集鱼类样本251尾,测定了6目10科41属99种鱼类的219条线粒体COI基因5'端的652 bp序列和247条线粒体12S rDNA基因5'端的163~185 bp序列。同时,从GenBank数据库下载珠江河口鱼类COI序列165条和12S rDNA序列128条,共获得172种鱼类的384条COI序列与375条12S rDNA序列,初步构建了珠江河口鱼类条形码数据库。研究发现:COI序列种内平均遗传距离为0.20%,种间平均遗传距离为25.54%;12S rDNA序列种内平均遗传距离为0.12%,种间平均遗传距离为34.39%。基于COI基因的DNA条形码可形成明显的条形码间隙;而基于12S rDNA基因的DNA条形码不能形成明显的条形码间隙,11个物种(占总种类的6.4%)存在区分困难的情况。珠江河口鱼类DNA条形码数据库的建立,有利于推进该河口鱼类生态系统的环境DNA分析,并为珠江河口鱼类生物多样性的保护和种群动态监测提供可靠的技术支持。

林芝市牛源微小扇头蜱12S rDNA基因序列分析

本研究旨在了解林芝市牦牛源微小扇头蜱遗传进化情况及PCR鉴定方法准确性。本次试验通过采集林芝市牦牛源体外蜱虫,先利用其形态学特征筛选出微小扇头蜱;再利用分子生物学方法对微小扇头蜱中的线粒体12SrDNA基因进行PCR扩增,并将其PCR产物进行克隆,提取质粒送至公司测序;并对测序结果进行序列分析。经序列分析结果显示,林芝源微小扇头蜱12SrDNA与澳大利亚提交序列(EU921767.1),以色列提交序列(KF219718.1)同源性高达97.1%~97.5%,且在同一分支。本次试验对西藏林芝市牦牛源微小扇头蜱进行分子水平的鉴定及遗传进化的研究,对西藏林芝市牦牛源微小扇头蜱的分布情况进行深入了解,为后续西藏对相关方面深入研究提供理论基础和数据支撑。

基于线粒体12S rDNA基因对多房棘球绦虫种系发育的分析

为了探究实验室传代沙鼠的棘球蚴各地理分离株线粒体12S rDNA基因是否发生突变及其与世界各地不同来源多房棘球蚴12S rDNA之间的系统发育关系,本试验利用特异性引物扩增同一实验室相同条件传代且来源于不同地区的多房棘球蚴12S rDNA基因片段,并结合GenBank中已收录的多房棘球绦虫12S rDNA基因序列进行系统发育分析。结果显示本试验扩增、克隆的16个线粒体12S rDNA基因序列大小均为374 bp,分别属于3个单倍型(Hap_1,Hap_9,Hap_10),单倍型多态性为0.242,核苷酸多态性为0.001,与多房棘球绦虫(JAVA株)参考线粒体基因组12S rDNA基因序列相比共存在3个突变位点。单倍型地区聚类网络分析显示,在所分析的140条序列中共有10个单倍型,其中来自土耳其、中国、波兰、德国等8个国家的109条序列均与JAVA参考基因组12S rDNA基因序列为同一单倍型,来自日本和俄罗斯西伯利亚地区的13条序列为同一单倍型,来自斯洛伐克的6条序列为同一单倍型,而其他单倍型均只有1条序列。试验表明多房棘球绦虫12S rDNA基因单倍型多样性和核苷酸多样性都较低,不适于多房棘球绦虫种内遗传多态性分析。本试验结果不仅为本实验室多房棘球绦虫物种鉴定和基因型分析提供基础数据,也为今后多房棘球绦虫种内基因多态性分析时指出了不适的目的基因,为棘球绦虫的分类、鉴定、遗传变异研究提供相关依据。

守宫物种鉴定及其抗分枝杆菌活性研究

目的鉴定守宫物种,并研究其抗分枝杆菌活性。方法采用12S rDNA鉴定物种,刃天青微孔板(REMA)测定提取物抑菌活性。结果市售守宫对应壁虎科3个属。守宫石油醚提取物对“瘰疬”主要致病菌(慢生型分枝杆菌)——瘰疬分枝杆菌、胞内分枝杆菌、结核分枝杆菌的抑制作用最强,最小抑菌浓度(MIC)≤600μg/mL,而对速生型分枝杆菌无明显活性。结论12S rDNA是鉴定守宫物种的有效方法。守宫提取物具有特异性抗分枝杆菌活性,与《本草纲目》记载基本一致。