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利用16S-23S rDNA RFLP及16S rRNA基因序列分析方法对湖北省饭豆(Vigna umbellata L.)根瘤菌系统发育的研究 被引量:7
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作者 潘峰 王平 +2 位作者 胡正嘉 何绍江 冯新梅 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第1期78-82,共5页
采用16S-23S rDNA间隔区段(IGS)PCR-RFLP与16S rRNA基因部分序列分析的方法对饭豆根瘤菌进行了遗传多样性及系统发育分析.由16S-23S rDNA IGS PCR-RFLP分析可知,所有菌株在52%的相似性水平上聚在一起,形成了慢生型菌群与快生型菌群这两... 采用16S-23S rDNA间隔区段(IGS)PCR-RFLP与16S rRNA基因部分序列分析的方法对饭豆根瘤菌进行了遗传多样性及系统发育分析.由16S-23S rDNA IGS PCR-RFLP分析可知,所有菌株在52%的相似性水平上聚在一起,形成了慢生型菌群与快生型菌群这两大菌群.群Ⅰ中,在79%相似性的水平上分为ⅠA与ⅠB两个分支.群Ⅱ中,在62%相似性的水平上分为ⅡA与ⅡB两个分支,分支ⅡA在72%的相似性水平上进一步分为ⅡA1、ⅡA2和ⅡA3三簇;分支ⅡB中的饭豆根瘤菌与标准菌株USDA205T聚在一起,表现的差异并不大.由16SrRNA基因部分序列分析结果可知,供试的4个代表菌株分别位于不同的系统发育分支中.CYR4243与Sinorhizobium fredii的模式菌株USDA205T的序列相似性达到了99.87%.HCY1101与Rhizobium leguminosarum中的三叶草生物型(bv.trifolii)和豌豆生物型(bv.viceae)这两个生物型的参比菌株亲缘关系最近,序列相似性为100%.HCY5202与R.galegae亲缘关系最近,序列相似性为99.86%.CYY3302与Bradyrhizobium elkanii的参比菌株USDA86有最近的亲缘关系,序列相似性近似于100%. 展开更多
关键词 根瘤菌 16s-23s rdna IGs pcrrflp 16s rRNA基因 系统发育 饭豆
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ε-多聚赖氨酸产生菌的筛选及16SrDNA测序鉴定 被引量:4
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作者 黄莉 唐仁勇 +4 位作者 张佳敏 王亚 王卫 刘达玉 苟兴华 《食品工业科技》 CAS CSCD 北大核心 2013年第17期163-167,172,共6页
利用ε-多聚赖氨酸(ε-PL)与亚甲基蓝在静电排斥的作用下能够形成透明圈的性质,初步筛选出10株产ε-PL的菌。然后摇瓶发酵复筛,根据发酵上清液与DR(dragendorff)试剂反应和纸层析两者均成阳性反应,以及参照Itzhaki方法计算发酵产物中ε... 利用ε-多聚赖氨酸(ε-PL)与亚甲基蓝在静电排斥的作用下能够形成透明圈的性质,初步筛选出10株产ε-PL的菌。然后摇瓶发酵复筛,根据发酵上清液与DR(dragendorff)试剂反应和纸层析两者均成阳性反应,以及参照Itzhaki方法计算发酵产物中ε-PL产量,从而筛选出编号为4#、8#、Y#的三株产量较高的菌株,其ε-PL产量分别达到0.757、0.751、0.808g/L。再采用基于16S rDNA序列分析和系统发育分析的方法,对4#、8#、Y#三株菌进行分子生物学鉴定,最终确定4#可能是Delftia acidovorans,8#可能是Stenotrophomonas maltophilias,Y#可能是Streptomyces griseolus。 展开更多
关键词 筛选 ε-多聚赖氨酸 16s rdna测序分析 系统发育分析
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天祝白牦牛α_(S1)-酪蛋白基因和κ-酪蛋白基因的PCR-RFLP研究 被引量:5
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作者 白文林 郑玉才 +2 位作者 尹荣焕 罗光彬 朱建勇 《湖北农业科学》 北大核心 2005年第3期15-17,共3页
利用PCR—RFLP技术熏检测了天祝白牦牛αS1-酪蛋白(αS1-casein,αS1-CN)基因和κ-酪蛋白(κ-casein,κ-CN)基因部分序列的遗传多态性熏结果表明:天祝白牦牛群体αS1-CN基因表现单态,κ-CN基因存在遗传多态性。κ-CN基因PCR-RFLP位点等... 利用PCR—RFLP技术熏检测了天祝白牦牛αS1-酪蛋白(αS1-casein,αS1-CN)基因和κ-酪蛋白(κ-casein,κ-CN)基因部分序列的遗传多态性熏结果表明:天祝白牦牛群体αS1-CN基因表现单态,κ-CN基因存在遗传多态性。κ-CN基因PCR-RFLP位点等位基因A和B的基因频率分别为0.0745和0.9255。κ-CN基因PCR-RFLP位点的基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡定理(P>0.05)。天祝白牦牛群体内平均基因一致度、基因多样度和有效等位基因数分别为0.9311、0.0689和1.0739。 展开更多
关键词 天祝白牦牛 αs1-广酪蛋白基因 Κ-酪蛋白基因 pcrrflp
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应用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳和16S rDNA技术分析果冻胀气原因
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作者 严琼英 林霖 +5 位作者 叶秀玲 陈晶 黄建飞 刘丛丛 杨国武 兰全学 《食品安全质量检测学报》 CAS 2015年第12期5041-5045,共5页
目的分析某品牌果冻胀气的原因。方法提取胀气果冻总DNA,采用聚合酶链式反应-变性度凝胶电泳技术(polymerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)进行菌群结构分析,同时采用平板分离法从果冻中分离细菌... 目的分析某品牌果冻胀气的原因。方法提取胀气果冻总DNA,采用聚合酶链式反应-变性度凝胶电泳技术(polymerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)进行菌群结构分析,同时采用平板分离法从果冻中分离细菌。并将分离得到的菌株进行16S rDNA扩增和测序比对分析。将分离的菌株接种到正常果冻中进行产气实验。结果 PCR-DGGE和平板分离结果表明,在胀气果冻中分别只检测到一种细菌,未检测出真菌。测序比对结果表明该细菌属于芽孢乳杆菌属。将该菌接种到正常果冻中会引起果冻胀气。结论芽孢乳杆菌是导致该品牌果冻胀气的主要因素。 展开更多
关键词 胀气果冻 芽孢乳杆菌 16s rdna 聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳
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16S-23S rDNA内转录间隔区序列寡核苷酸探针鉴定分支杆菌菌种的研究 被引量:9
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作者 李国利 庄玉辉 +3 位作者 赵铭 王国冶 陈保文 沈小兵 《中国防痨杂志》 CAS 北大核心 2002年第z1期12-16,共5页
目的 研究以16S-23S rDNA 内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列为靶基因设计分支杆菌菌种寡核苷酸探针,应用PCR-反向杂交技术快速鉴定分支杆菌菌种。方法 应用PCR-反向杂交技术检测26种36株分支杆菌标准株,24株分支杆菌... 目的 研究以16S-23S rDNA 内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列为靶基因设计分支杆菌菌种寡核苷酸探针,应用PCR-反向杂交技术快速鉴定分支杆菌菌种。方法 应用PCR-反向杂交技术检测26种36株分支杆菌标准株,24株分支杆菌临床分离株。结果 分支杆菌标准株和临床分离株经PCR扩增,依菌种不同可见一条约340bp-450bp范围DNA片段。探针特异性试验表明,21种寡核苷酸探针除草分支杆菌探针。MPH与微黄分支杆菌亦杂交外,其余探针均为特异的。5株结核分支杆菌临床分离株鉴定为结核分支杆菌复合群,19株非结核分支杆菌临床分离株鉴定至种水平。结论 16S-23S rDNA ITS PCR-反向杂交鉴定分支杆菌菌种简便、快速、准确,具有较高应用价值。 展开更多
关键词 分支杆菌 鉴定 16s-23s rdna内转录间隔区 寡核苷酸探针 聚合酶链反应-反向杂交
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MALDI-TOF MS与16S rDNA方法对乳酸菌鉴定分析比较 被引量:4
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作者 宋丹靓敏 陈晴 +5 位作者 周梦瑶 张佳欣 程莎莎 方如雪 姜毓君 满朝新 《中国乳品工业》 CAS 北大核心 2021年第10期4-7,53,共5页
本研究通过将基质辅助激光解吸电离-飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)法与16S rDNA序列分析法,对于乳酸菌鉴定的准确性以及微生物系统分类学相关分析结果进行比较,采用MALDI-TOF MS对本实验所保藏的3株乳酸菌标准菌株,及由乳制品中分离得到... 本研究通过将基质辅助激光解吸电离-飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)法与16S rDNA序列分析法,对于乳酸菌鉴定的准确性以及微生物系统分类学相关分析结果进行比较,采用MALDI-TOF MS对本实验所保藏的3株乳酸菌标准菌株,及由乳制品中分离得到的12株乳酸菌进行蛋白质谱图收集,比对谱图特征峰对其进行鉴定及系统进行学分析;同时,进行16S rDNA提取并测序,得到分子生物化学水平鉴定,采用邻近连接法对16S rDNA序列进行系统进化树分析。结果表明,经MALDI-TOF MS与16S rDNA测序对试验所用的15株乳酸菌鉴定,乳杆菌属的2株微生物种水平鉴定结果存在偏差,其他13株鉴定结果一致;两种方法所得到的数据均可得出聚类热图及系统发育树,虽可确定为同一科水平,但不同属种水平微生物亲缘距离与位置有一定差异。MALDI-TOF MS法鉴定乳酸菌有着快速、准确的优势,但仍需要通过优化算法并扩大数据库以准确建立系统发育相关性。 展开更多
关键词 基质辅助激光解吸电离-飞行时间质谱 16s rdna 乳酸菌 系统进化
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PCR-RFLP法分析白酒小曲细菌多样性 被引量:4
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作者 翟平平 李嘉文 +2 位作者 毕旺来 陈道玉 李睿 《中国酿造》 CAS 2012年第12期72-74,共3页
采用CTAB法提取白酒小曲细菌总DNA,用细菌通用引物扩增16S rDNA,并构建16S rDNA克隆文库。采用限制性内切酶片段长度多态性(RFLP)技术对16S rDNA文库进行分析,获得76个克隆的酶切指纹图谱。选择酶切带型不同的阳性克隆进行测序并且构建... 采用CTAB法提取白酒小曲细菌总DNA,用细菌通用引物扩增16S rDNA,并构建16S rDNA克隆文库。采用限制性内切酶片段长度多态性(RFLP)技术对16S rDNA文库进行分析,获得76个克隆的酶切指纹图谱。选择酶切带型不同的阳性克隆进行测序并且构建进化树。结果表明,小曲主要细菌种类为黄单胞菌属、沙雷氏菌属、乳杆菌属、木崎氏菌属和片球菌属,其中优势细菌是以戊糖片球菌为主的乳酸菌。 展开更多
关键词 白酒 小曲 16s rdna克隆文库 pcrrflp 细菌多样性
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瓜蒌- 薤白调节肠道菌群治疗冠心病模型大鼠的作用及机制
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作者 孙广瀚 谢珍聪 +2 位作者 孙咪 徐洋 郭栋 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2025年第5期917-927,共11页
背景:基于网络药理学方法发现瓜蒌-薤白药对中主要生物活性化合物对冠心病有多功能作用;然而其治疗冠心病的机制尚未得到充分阐释。目的:探讨瓜蒌-薤白通过调节肠道微生物的组成改善冠心病的作用及机制。方法:40只SD大鼠按随机数字表法... 背景:基于网络药理学方法发现瓜蒌-薤白药对中主要生物活性化合物对冠心病有多功能作用;然而其治疗冠心病的机制尚未得到充分阐释。目的:探讨瓜蒌-薤白通过调节肠道微生物的组成改善冠心病的作用及机制。方法:40只SD大鼠按随机数字表法分为空白组、模型组、阳性药组、药对组,除空白组外,其余大鼠连续灌胃脂肪乳剂和注射垂体后叶素制备冠心病大鼠模型。造模后模型组大鼠灌胃蒸馏水(10 mL/kg)进行对照,阳性药组大鼠每日灌胃辛伐他汀4 mg/kg,药对组每日灌胃瓜蒌-薤白7.56 g/kg,各组大鼠给药均为14 d。观察大鼠心电图、心肌病理及血脂变化,并通过16S rDNA测序技术研究大鼠经干预后肠道微生物结构。结果与结论:①心电图结果显示模型组ST抬高;阳性药组与药对组心电图无明显问题。②与空白组相比,模型组总胆固醇、三酰甘油、低密度脂蛋白胆固醇水平均显著增高(P<0.05);与模型组相比,阳性药组、药对组总胆固醇、三酰甘油、低密度脂蛋白胆固醇水平均显著下降(P<0.05)。③与空白组相比,模型组局灶心肌细胞坏死;阳性药组、药对组部分心肌细胞走行紊乱。④与空白组比较,模型组、药对组及阳性药组的Ace、Shannon、Chao指数升高(P<0.05),Simpson指数降低(P<0.05);与模型组比较,阳性药组、药对组的Ace、Chao指数降低(P<0.05),Shannon指数无差异(P>0.05),Simpson指数降低(P<0.05)。⑤与空白组相比,模型组Desulfovibrionia、Muribaculaceae_norank等相对丰度升高,Clostridia、[Eubacterium]_coprostanoligenes_group_norank等相对丰度降低;与模型组相比,药对组WPS-2_norank、Muribaculaceae_norank等相对丰度升高,Clostridia、[Eubacterium]_coprostanoligenes_group_norank等相对丰度降低;阳性药组Desulfobacterota、[Eubacterium]_coprostanoligenes_group_norank等相对丰度升高,Firmicutes、Muribaculaceae_norank等相对丰度降低;与阳性药相比,药对组Desulfobacterota、Bacteroides等相对丰度升高,Firmicutes、[Eubacterium]_coprostanoligenes_group_norank等相对丰度降低;LEfSe结果发现差异显著的种群富集于药对组最多,其次是空白组、阳性药组,模型组最少。⑥结论:瓜蒌-薤白可以通过调节肠道菌群改善冠心病的发生发展,为进一步研发瓜蒌-薤白提供新的启示。 展开更多
关键词 “瓜蒌-薤白”药对 16s rdna 冠心病 肠道菌群 大鼠
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基于16S rDNA测序分析重组人生长激素对矮身材儿童肠道菌群的影响
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作者 陈文雅 经纬 +3 位作者 粟平 王宏歌 俞意佳 陶月红 《实用临床医药杂志》 CAS 2023年第9期88-93,共6页
目的通过16S rDNA高通量测序分析重组人生长激素(rhGH)治疗前后矮身材儿童肠道菌群的变化。方法选取初次使用rhGH治疗的3~14岁矮身材儿童作为研究对象,按照rhGH使用剂型的不同分为长效组和短效组,每组16例。长效组使用聚乙二醇重组人生... 目的通过16S rDNA高通量测序分析重组人生长激素(rhGH)治疗前后矮身材儿童肠道菌群的变化。方法选取初次使用rhGH治疗的3~14岁矮身材儿童作为研究对象,按照rhGH使用剂型的不同分为长效组和短效组,每组16例。长效组使用聚乙二醇重组人生长激素(PEG-rhGH)注射液,短效组使用短效rhGH注射液。分别留取2组患儿治疗前和治疗3、6个月时的新鲜粪便标本共83份,采用16S rDNA高通量测序技术结合生物信息分析技术比较2组患儿不同时点肠道菌群组成、丰度的差异及其与生长指标[胰岛素样生长因子-1(IGF-1)、身高标准差积分(SDS)]的相关性。结果治疗前及治疗3、6个月时,2组Chao1指数、Pielou e指数依次升高,提示肠道菌群的丰富度、均匀度持续改善;长效组治疗3个月时Chao1指数高于短效组,差异有统计学意义(P<0.05)。置换多元方差分析(Per MANOVA)显示F=3.425、P=0.001,非度量多维尺度(NMDS)分析显示Stress值为0.17,提示rhGH可在一定程度上调节矮身材儿童肠道菌群组成和结构。随着rhGH使用时间的延长,2组拟杆菌门、拟杆菌属的丰度和拟杆菌门与厚壁菌门比值(B/F)均逐渐上升,其余优势菌群的丰度呈现波动性变化,差异无统计学意义(P>0.05)。相关性分析显示,长效组治疗6个月时IGF-1、身高SDS均分别与拟杆菌门、拟杆菌属、B/F呈正相关,短效组治疗6个月时IGF-1与拟杆菌门、拟杆菌属、B/F均呈正相关,短效组治疗3个月时IGF-1、身高SDS与双歧杆菌属呈正相关。功能预测结果显示,肠道菌群主要参与碳水化合物代谢和氨基酸代谢等途径。结论rhGH能够改善矮身材儿童肠道菌群的组成和丰度,短期内PEG-rhGH在改善肠道菌群丰富度方面相较于短效rhGH具有一定优势,rhGH能增加有益菌丰度而发挥协同促生长作用。 展开更多
关键词 16s rdna测序 重组人生长激素 矮身材 儿童 肠道菌群 丰度 胰岛素样生长因子-1
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Dynamic changes of microbial community diversity in a photohydrogen producing reactor monitored by PCR-DGGE 被引量:11
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作者 YING Yanling LV Zhenmei +1 位作者 MIN Hang CHENG Jun 《Journal of Environmental Sciences》 SCIE EI CAS CSCD 2008年第9期1118-1125,共8页
A PCR-DGGE (denaturing gradient gel electrophoresis of polymerase chain reaction) protocol was used for monitoring the dynamic changes in the microbial population during photohydrogen production. Total DNA was extract... A PCR-DGGE (denaturing gradient gel electrophoresis of polymerase chain reaction) protocol was used for monitoring the dynamic changes in the microbial population during photohydrogen production. Total DNA was extracted directly from the mixed bacterial community in the reactor and subjected to PCR with V3-16S rDNA and pufM gene primers, and the amplifications were then analyzed by DGGE. The DGGE patterns demonstrated the dynamics of community structure and the shift of microbial diversity, which correspond... 展开更多
关键词 pcr-DGGE V3-16s rdna region pufM gene photohydrogen producing reactor
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传统分离培养结合PCR-DGGE技术分析传统乳制品中的乳酸菌 被引量:11
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作者 董晓婉 李宝坤 +3 位作者 卢士玲 陈清敏 鲁有国 常瀚泽 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期97-101,共5页
采用传统培养分离方法结合聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术对传统乳制品中乳酸菌种群结构进行研究。结果表明:用传统分离与分子鉴定方法得到5种乳酸菌,其中,乳酸片球菌(Pediococcus acidilactici)为优势菌群,对通过PCR-D... 采用传统培养分离方法结合聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术对传统乳制品中乳酸菌种群结构进行研究。结果表明:用传统分离与分子鉴定方法得到5种乳酸菌,其中,乳酸片球菌(Pediococcus acidilactici)为优势菌群,对通过PCR-DGGE方法得到的9条16S rDNA条带序列进行了比对,结果表明瑞士乳杆菌(Lactobacillus helveticus)的丰度最高,是酸奶样品中主要的优势菌群,乳酸片球菌(Pediococcus acidilactici)为次优势菌群。传统分离法与PCR-DGGE技术结合能够更有效、更全面地分析传统乳制品中微生物的群落结构及优势菌群。 展开更多
关键词 乳酸菌 分离鉴定 16s rdna 聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(pcr—DGGE)
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冷却牦牛肉贮藏过程中优势菌的PCR-变性梯度凝胶电泳分析 被引量:8
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作者 岑璐伽 唐善虎 +2 位作者 郝小倩 李雪 邓宇 《肉类研究》 2012年第1期36-40,共5页
应用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术,研究托盘保鲜膜包装的冷却牦牛肉在4℃贮藏过程中的微生物多样性及其动态变化。直接从样品中提取细菌总的DNA,采用降落PCR扩增16S rDNA的V3可变区序列,再通过DGGE得到动态变化的指... 应用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术,研究托盘保鲜膜包装的冷却牦牛肉在4℃贮藏过程中的微生物多样性及其动态变化。直接从样品中提取细菌总的DNA,采用降落PCR扩增16S rDNA的V3可变区序列,再通过DGGE得到动态变化的指纹图谱,并对主要条带进行测序分析。结果表明:检测到的优势腐败菌为Pseudomonas sp.(假单胞菌)、Lactococcus sp.(乳球菌)、Acinetobacter sp.(不动杆菌)、Brochothrix thermosphacta(热死环丝菌)、Enterobacteriaceae bacterium(肠杆菌科细菌),此外还检测到Uncultured Citrobacter sp.(非培养的柠檬酸杆菌)和Staphylococcus sp.(葡萄球菌)。 展开更多
关键词 冷却牦牛肉 微生物 16s rdna 聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电脉法(pcr—DGGE)
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化瘀祛痰方对ApoE^(-/-)动脉粥样硬化小鼠肠道菌群及肠黏膜屏障损伤的影响 被引量:7
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作者 郑昊龙 翟亚荣 +7 位作者 吴瑶 孟嘉伟 马艺鑫 吕美君 宋囡 隋国媛 杨关林 贾连群 《中华中医药学刊》 CAS 北大核心 2023年第1期81-85,I0028,I0029,共7页
目的观察化瘀祛痰方对ApoE^(-/-)动脉粥样硬化(atherosclerosis,AS)小鼠肠道菌群及黏膜屏障的影响,探讨调控肠道菌群及肠黏膜屏障防治AS的作用机制。方法40只ApoE^(-/-)小鼠随机分为模型组,化瘀祛痰方低、中、高剂量组,10只C57BL/6J小... 目的观察化瘀祛痰方对ApoE^(-/-)动脉粥样硬化(atherosclerosis,AS)小鼠肠道菌群及黏膜屏障的影响,探讨调控肠道菌群及肠黏膜屏障防治AS的作用机制。方法40只ApoE^(-/-)小鼠随机分为模型组,化瘀祛痰方低、中、高剂量组,10只C57BL/6J小鼠作为正常组。模型组及各治疗组均给予高脂饲料喂养,正常组给予普通饲料喂养。造模成功后化瘀祛痰方不同剂量组分别给予相应的药物灌胃,对照组与模型组给予等量的生理盐水。30 d后16S rDNA分析小鼠肠道菌群变化;HE染色观察肠黏膜屏障病理变化;ELISA法检测血清及肠道内容物中脂多糖(lipopolysaccharide,LPS)的含量;Western blot法及Realtime RT-PCR法检测肠道上皮细胞间紧密连接蛋白ZO-1、Claudin、Occludin1蛋白及mRNA表达。结果与正常组相比,模型组肠道菌群多样性降低,厚壁菌门及放线菌门比例升高,拟杆菌门及变形菌门的比例降低;毛螺菌属(f-Lachnospiraceae)、梭菌目(o-Clastridiales)、梭菌属(c-Clastridia)、脱硫弧菌科(f-Desulfovibrionaceae)、脱硫弧菌目(o-Desulfovibrionales)丰度存在差异。模型组小鼠HE染色显示,肠上皮细胞上皮下间隙增宽,大片绒毛脱落,固有层裸露;血清及盲肠内容物LPS水平升高(P<0.05或P<0.01);肠道上皮细胞间紧密连接蛋白ZO-1、Claudin1、Occludin蛋白及mRNA的表达降低(P<0.05或P<0.01)。化瘀祛痰方干预后,肠上皮细胞上皮下间隙变窄,绒毛脱落减少;血清及盲肠内容物LPS水平显著降低(P<0.05或P<0.01);ZO-1、Claudin1、Occludin蛋白及mRNA的表达升高(P<0.05或P<0.01)。结论化瘀祛痰方可能通过调节ApoE^(-/-)小鼠肠道菌群结构,改善肠道黏膜屏障功能,降低炎性介质LPS释放入血,从而防治动脉粥样硬化。 展开更多
关键词 动脉粥样硬化 ApoE^(-/-)小鼠 肠道微生物 16s rdna 肠黏膜屏障
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16s rDNA扩增子测序分析慢性乙型肝炎患者肠道菌群的改变 被引量:2
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作者 卢峪霞 李信 +2 位作者 艾自胜 梁萍 杨长青 《同济大学学报(医学版)》 CAS 2021年第2期206-213,共8页
目的应用16s rDNA扩增子测序技术分析慢性乙型肝炎(chronic hepatitis B, CHB)患者和健康人肠道菌群的差异,探讨肠道菌群对CHB患者疾病的影响及可能的作用机制。方法收集2017年1月—2018年12月就诊的CHB患者(60例)、健康对照者(30例)粪... 目的应用16s rDNA扩增子测序技术分析慢性乙型肝炎(chronic hepatitis B, CHB)患者和健康人肠道菌群的差异,探讨肠道菌群对CHB患者疾病的影响及可能的作用机制。方法收集2017年1月—2018年12月就诊的CHB患者(60例)、健康对照者(30例)粪便样本,应用16s rDNA扩增子测序技术,进行菌群鉴定及差异性分析。结果与CHB组比较,健康对照组肠道菌群的丰富度、多样性、均匀度更高。在门水平,两组样本菌群均以厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)为主;健康对照组出现了独有的浮霉菌门(Planctomycetes)。在纲水平,健康对照组独有Melainabacteria和OM190;芽孢杆菌纲在CHB组较健康对照组多(P=0.000 999)。在目水平,放线菌目、假单胞菌目在CHB组中独有;Gastranaerophilales在健康对照组独有;乳酸菌目在CHB组多于健康对照组(P=0.000 999);柄杆菌目、脱硫弧菌目、根瘤菌目在CHB组少于健康对照组(P=0.000 999、0.045 954、0.000 003 57)。在科水平,放线菌科、丛毛单胞菌科、莫拉氏菌科在CHB组中独有;叶杆菌科、柄杆菌科、氨基酸球菌科在CHB组少于健康对照组(P=0.000 003 57、0.000 999、0.039 96);Defluviitaleaceae、链球菌科、毛螺菌科在CHB组多于健康对照组(P=0.000 067 3、0.000 999、0.018 981)。在属水平,CHB组独有12个属,健康对照组独有5个属;CHB组毛螺旋菌属UCG-010、中慢生根瘤菌属少于健康对照组(P=0.033 966、0.000 003 57);以下菌属在CHB组多于健康对照组:瘤胃球菌属1、伊格尔兹氏菌属、毛螺旋菌属NC2004、毛螺旋菌属FCS020、梭菌属、Defluviitaleaceae UCG-011、颤杆菌克属、Blautia(P=0.009 99、0.004 995、0.030 969、0.011 988、0.027 972、0.000 067 35、0.000 969、0.019 98)。慢乙肝患者不同个体间肠道菌群差异大,健康对照组个体差异小。结论与CHB组比较,健康对照组肠道菌群的丰富度、多样性、均匀度更高。在门、纲、目、科、属等不同分类水平,CHB组和健康对照组肠道菌群有各自独有的菌种和差异菌。 展开更多
关键词 慢性乙型肝炎 肠道菌群 -肝轴 16s rdna
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整合多组学方法揭示D-半乳糖致衰老模型小鼠的脑-肠互动
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作者 王晶 韩乐 +5 位作者 康甲超 蒙洁 陈冬梅 吴萍民 田一虹 段永强 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第9期1332-1345,共14页
衰老过程中会有多个器官在生理和病理上相互联系,而大脑在这一过程中发挥核心作用。大脑与肠道之间存在一种称为“脑-肠互动”的直接双向通信,这对研究衰老具有重要意义。本研究旨在探索脑-肠互动背景下机体衰老的机制。小鼠的一般体征... 衰老过程中会有多个器官在生理和病理上相互联系,而大脑在这一过程中发挥核心作用。大脑与肠道之间存在一种称为“脑-肠互动”的直接双向通信,这对研究衰老具有重要意义。本研究旨在探索脑-肠互动背景下机体衰老的机制。小鼠的一般体征结果显示,衰老小鼠的运动量减少,体重及摄食量也明显下降(P<0.001,P<0.05)。衰老小鼠的胸腺指数明显低于正常组(P<0.05),且胸腺病理结果显示衰老小鼠胸腺组织皮质变薄,髓皮质边界模糊,细胞排列较松散。代谢组学分析显示,粪便中有317个差异代谢物,海马中有100个差异代谢物。微生物组学结果显示,拟杆菌门和厚壁菌门是肠道菌群的优势菌门,衰老后拟杆菌门水平呈上调趋势,厚壁菌门水平呈下调趋势。KEGG通路结果显示,有26条代谢途径与衰老研究相关,其中对脑肠轴有重要意义的分别为半乳糖代谢、ABC转运体和嘌呤代谢。三组Spearman相关性分析结果显示,涉及的代谢物类型主要为脂质及类脂分子和有机酸及衍生物,涉及的肠道菌群主要为拟杆菌门和厚壁菌门。总之,本研究证明,衰老小鼠大脑和肠道之间存在的协同变化与衰老机制有关,这为发现机体衰老过程的机制提供了新研究思路。 展开更多
关键词 代谢组学 16s rdna D-半乳糖 衰老 -肠互动
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大豆根瘤内生菌全细胞可溶性蛋白SDS-PAGE电泳图谱分析 被引量:8
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作者 徐亚军 李珂 +3 位作者 刘珂珂 袁圆圆 孙笑颜 赵龙飞 《食品研究与开发》 CAS 北大核心 2019年第11期159-165,共7页
以大豆根瘤内生细菌为试验材料,分别采用单次点样、重复点样、不同上样量对其进行全细胞可溶性蛋白质十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis,SDS-PAGE)图谱分析,根据标准蛋白... 以大豆根瘤内生细菌为试验材料,分别采用单次点样、重复点样、不同上样量对其进行全细胞可溶性蛋白质十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis,SDS-PAGE)图谱分析,根据标准蛋白质各条带相对迁移率估算待测蛋白质亚基的分子量范围,结合16S rDNA测序结果区分大豆根瘤内生菌间亲缘关系,便于后续研究。结果表明:单次点样,不同菌株间蛋白质条带有差异,说明彼此间亲缘关系不同。经16S rDNA序列分析,菌株44最相似属种为Bacillus horikoshii、菌株52最相似属种为Sinorhizobium fredii、菌株70最相似属种为Ochrobactrum intermed;重复点样,菌株7与53的蛋白质图谱相同,经16S rDNA测序分析,两者最相似属种均为Bacillus subtilis,且最相似菌株均为HRA69,说明两者属于同一种内生菌。菌株123与125蛋白质图谱相近,经16S rDNA测序比对,两者最相似属种均为Bacillus cereus;电泳结果显示,对同一菌株不同上样量不影响蛋白质图谱,16S rDNA测序结果表明同一菌株最相似属种始终不变,即不影响亲缘关系。 展开更多
关键词 大豆根瘤内生菌 十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳 相对分子质量 相对迁移率 16s rdna序列
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ε-聚赖氨酸生产菌株的筛选和鉴定 被引量:25
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作者 朱宏阳 徐虹 +1 位作者 吴群 陈玮玮 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第5期127-130,共4页
建立了一种灵敏的ε-PL产生菌高通量的筛选方法。在分离培养基中加入150mg/LK2Cr2O7,以有利于放线菌的富集分离;并添加美蓝染料,利用产碱菌株碱性分泌物和美蓝之间的静电作用而形成独特的透明圈,从而灵敏地筛选得到产碱菌株;利用Dragend... 建立了一种灵敏的ε-PL产生菌高通量的筛选方法。在分离培养基中加入150mg/LK2Cr2O7,以有利于放线菌的富集分离;并添加美蓝染料,利用产碱菌株碱性分泌物和美蓝之间的静电作用而形成独特的透明圈,从而灵敏地筛选得到产碱菌株;利用Dragendorff试剂与生物碱特有的颜色反应从产碱菌株中检出得到46株生物碱产生株;最后对产生物碱的菌株的发酵液进行ε-PL含量分析,确定4株ε-PL产生菌株。对其中一株ε-PL高产菌PL6-3菌株进行形态、生理生化和16SrDNA分析,结果表明PL6-3为北里孢菌属(Kita-satospora)。 展开更多
关键词 菌株筛选 鉴定 Ε-聚赖氨酸 北里孢菌 16s rdna
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1,2,4-三氯苯降解菌的分离及其降解质粒的研究 被引量:17
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作者 宋蕾 王慧 +1 位作者 施汉昌 胡洪营 《中国环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2005年第4期385-388,共4页
以1,2,4-三氯苯为唯一碳源,从天津化工厂氯苯生产车间的土壤中分离到1株1,2,4-三氯苯的降解菌THSL-1.通过形态观察和16SrDNA序列测定,该菌株被初步鉴定为施氏假单胞菌(Pseudomonasstutzeri).经质粒检测,在菌株THSL-1中发现1条质粒条带,... 以1,2,4-三氯苯为唯一碳源,从天津化工厂氯苯生产车间的土壤中分离到1株1,2,4-三氯苯的降解菌THSL-1.通过形态观察和16SrDNA序列测定,该菌株被初步鉴定为施氏假单胞菌(Pseudomonasstutzeri).经质粒检测,在菌株THSL-1中发现1条质粒条带,将所获得质粒转化到E.coli.JM109中,转化子能以1,2,4-三氯苯为唯一碳源生长,且对1,2,4-三氯苯有降解作用.因此,可以认为该质粒携带降解1,2,4-三氯苯的基因.选用HindIII、BamHI、XholI3种限制性内切酶分别对质粒pTHSL-1进行单酶切、双酶切,最终确定质粒平均大小为40.2kb. 展开更多
关键词 1 2 4-三氯苯 16s rdna 降解质粒 假单胞菌
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苯酚降解菌F5-2的分离鉴定及其降解特性 被引量:12
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作者 何熙璞 刘鸿杰 +3 位作者 张敏 梁锦添 李俊芳 陈保善 《高校化学工程学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2012年第6期1001-1008,共8页
采用逐量分批驯化方法,从某造纸厂的废水中分离得到一株能够以苯酚为唯一碳源生长、可高效降解苯酚的菌株F5-2。通过形态学、生理生化特征和16SrDNA序列分析,F5-2鉴定为节杆菌(Arthrobactersp.)。该菌株的细胞生长与苯酚降解能力... 采用逐量分批驯化方法,从某造纸厂的废水中分离得到一株能够以苯酚为唯一碳源生长、可高效降解苯酚的菌株F5-2。通过形态学、生理生化特征和16SrDNA序列分析,F5-2鉴定为节杆菌(Arthrobactersp.)。该菌株的细胞生长与苯酚降解能力呈同步趋势,苯酚降解主要发生在生长对数期。该菌株最高可耐受1500mg.L-1的苯酚,在温度20--40℃、pH5.0-9.0、摇床转速200r.min-1、盐度0-40g.L-1范围内,F5-2菌株均能保持对苯酚良好的降解能力。菌种接种量在2%时苯酚降解率达到最大:反应57h后,可使800mg.L-1的苯酚降解率达96.13%。F5-2菌株降解苯酚的功能酶是邻苯二酚2,3-双加氧酶,该酶为胞内酶,其表达受苯酚诱导,通过间位开环降解苯酚。 展开更多
关键词 苯酚 16s rdna生物降解 邻苯二酚2 3-双加氧酶 节杆菌
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转糖基β-半乳糖苷酶产生菌筛选和鉴定及酶催化生成低聚半乳糖 被引量:19
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作者 王红妹 肖敏 +2 位作者 李正义 李玉梅 钱新民 《山东大学学报(理学版)》 CAS CSCD 北大核心 2006年第1期133-139,共7页
通过水解活性和转糖基活性筛选,从实验室97株保存菌种中获得1株具有转糖基活性的β-半乳糖苷酶产生菌,克隆并序列分析了该菌株16S rDNA基因片断,GenBank收录号为DQ267829.综合其形态学特征、生理生化特征及16S rDNA序列同源性分析结果,... 通过水解活性和转糖基活性筛选,从实验室97株保存菌种中获得1株具有转糖基活性的β-半乳糖苷酶产生菌,克隆并序列分析了该菌株16S rDNA基因片断,GenBank收录号为DQ267829.综合其形态学特征、生理生化特征及16S rDNA序列同源性分析结果,将其鉴定为巨大芽孢杆菌(Bacillus megaterium)2-37-4-1.确定了该菌株β-半乳糖苷酶产酶培养基的碳源为乳糖1%,氮源为蛋白胨0.5%和酵母膏0.5%,培养条件为37℃摇床培养18 h;碳源实验证明,该菌株β-半乳糖苷酶产生为乳糖诱导型.利用薄层层析技术研究了pH值、乳糖底物浓度、反应温度和反应时间对该菌株β-半乳糖苷酶以乳糖为底物转糖基合成低聚半乳糖的影响,确定最适反应条件为pH7.5、50 mmol/L(磷酸缓冲液)配制的40%乳糖溶液,55℃反应24 h.转糖基反应产物高压液相色谱分析其组成为低聚半乳糖25.68%,双糖(包括乳糖和转移二糖)33.02%,葡萄糖26.37%和半乳糖14.92%. 展开更多
关键词 巨大芽孢杆菌 16s rdna Β-半乳糖苷酶 转糖基作用 低聚半乳糖
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