目的：探究细菌核酸提取方法对16S核糖体DNA（r DNA）宏基因组测序的影响。方法：分别采用TRIzol提取、试剂盒提取、溶葡酶＋试剂盒提取、超声波＋试剂盒提取、超声波＋溶葡酶＋试剂盒提取、匀浆＋试剂盒提取、匀浆＋溶葡酶＋试剂盒提取...目的：探究细菌核酸提取方法对16S核糖体DNA（r DNA）宏基因组测序的影响。方法：分别采用TRIzol提取、试剂盒提取、溶葡酶＋试剂盒提取、超声波＋试剂盒提取、超声波＋溶葡酶＋试剂盒提取、匀浆＋试剂盒提取、匀浆＋溶葡酶＋试剂盒提取共7种方法对模拟样本进行细菌核酸提取,特异性地扩增16S r DNA的V1~V2高变区,测序后分析模拟样本中各种细菌的含量和相对分布。结果：超声波处理结合试剂盒提取方法中不同细菌数据分布及含量都相对均匀,是一种广谱、高效的细菌核酸提取方法。结论：超声波处理结合试剂盒提取方法适用于细菌宏基因组测序中样本核酸的提取。展开更多
为有效防范惠州市水产养殖中细菌病害的发生,对惠州市水产养殖致病菌的耐药情况进行分析。首先,在28℃和37℃下,经6种抗生素平板筛选惠州市水产养殖采集水样中的耐药菌株;然后,随机选取分离得到的70株菌,对其16S rDNA进行测序,并获得46...为有效防范惠州市水产养殖中细菌病害的发生,对惠州市水产养殖致病菌的耐药情况进行分析。首先,在28℃和37℃下,经6种抗生素平板筛选惠州市水产养殖采集水样中的耐药菌株;然后,随机选取分离得到的70株菌,对其16S rDNA进行测序,并获得46株阳性扩增产物的测序结果;最后对16S r DNA测序结果进行分析,得出分离菌株中耐药菌的种属。研究发现,从养殖水样中分离得到的菌株分别属于产气单胞菌属、丛毛单胞菌属等8个属,养殖水体中的细菌主要对氨苄西林和诺氟沙星耐药,对四环素耐药率较低。因此,在水产养殖过程中,应尽量避免使用氨苄西林和诺氟沙星类抗生素,首选耐药率低的四环素作为水产养殖的药物。展开更多
文摘目的：探究细菌核酸提取方法对16S核糖体DNA（r DNA）宏基因组测序的影响。方法：分别采用TRIzol提取、试剂盒提取、溶葡酶＋试剂盒提取、超声波＋试剂盒提取、超声波＋溶葡酶＋试剂盒提取、匀浆＋试剂盒提取、匀浆＋溶葡酶＋试剂盒提取共7种方法对模拟样本进行细菌核酸提取,特异性地扩增16S r DNA的V1~V2高变区,测序后分析模拟样本中各种细菌的含量和相对分布。结果：超声波处理结合试剂盒提取方法中不同细菌数据分布及含量都相对均匀,是一种广谱、高效的细菌核酸提取方法。结论：超声波处理结合试剂盒提取方法适用于细菌宏基因组测序中样本核酸的提取。
文摘为有效防范惠州市水产养殖中细菌病害的发生,对惠州市水产养殖致病菌的耐药情况进行分析。首先,在28℃和37℃下,经6种抗生素平板筛选惠州市水产养殖采集水样中的耐药菌株;然后,随机选取分离得到的70株菌,对其16S rDNA进行测序,并获得46株阳性扩增产物的测序结果;最后对16S r DNA测序结果进行分析,得出分离菌株中耐药菌的种属。研究发现,从养殖水样中分离得到的菌株分别属于产气单胞菌属、丛毛单胞菌属等8个属,养殖水体中的细菌主要对氨苄西林和诺氟沙星耐药,对四环素耐药率较低。因此,在水产养殖过程中,应尽量避免使用氨苄西林和诺氟沙星类抗生素,首选耐药率低的四环素作为水产养殖的药物。
