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基于16S rDNA测序技术研究惠州市水产养殖中的耐药菌
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作者 冀霞 黄奕睿 +3 位作者 余若菁 李旭康 朱康溢 郭铭娜 《惠州学院学报》 2022年第6期29-33,共5页
为有效防范惠州市水产养殖中细菌病害的发生,对惠州市水产养殖致病菌的耐药情况进行分析。首先,在28℃和37℃下,经6种抗生素平板筛选惠州市水产养殖采集水样中的耐药菌株;然后,随机选取分离得到的70株菌,对其16S rDNA进行测序,并获得46... 为有效防范惠州市水产养殖中细菌病害的发生,对惠州市水产养殖致病菌的耐药情况进行分析。首先,在28℃和37℃下,经6种抗生素平板筛选惠州市水产养殖采集水样中的耐药菌株;然后,随机选取分离得到的70株菌,对其16S rDNA进行测序,并获得46株阳性扩增产物的测序结果;最后对16S r DNA测序结果进行分析,得出分离菌株中耐药菌的种属。研究发现,从养殖水样中分离得到的菌株分别属于产气单胞菌属、丛毛单胞菌属等8个属,养殖水体中的细菌主要对氨苄西林和诺氟沙星耐药,对四环素耐药率较低。因此,在水产养殖过程中,应尽量避免使用氨苄西林和诺氟沙星类抗生素,首选耐药率低的四环素作为水产养殖的药物。 展开更多
关键词 水产养殖 耐药菌 16s r dna 系统进化树
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内蒙古地区传统发酵乳中乳酸菌的分离与鉴定 被引量:2
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作者 代牡兰 锡林高娃 +4 位作者 吴金花 布日额 邢家辉 王赞嘉 石竞楠 《中国乳品工业》 CAS 北大核心 2023年第5期31-35,共5页
对内蒙古地区传统发酵乳中乳酸菌进行分离并鉴定。以蒙古族传统发酵乳为材料,采用传统的细菌纯培养分离方法分离乳酸菌株,通过形态学特征及生理生化试验初步确定乳酸菌的基础上,进一步利用细菌16S r DNA基因序列分析和系统发育进化树构... 对内蒙古地区传统发酵乳中乳酸菌进行分离并鉴定。以蒙古族传统发酵乳为材料,采用传统的细菌纯培养分离方法分离乳酸菌株,通过形态学特征及生理生化试验初步确定乳酸菌的基础上,进一步利用细菌16S r DNA基因序列分析和系统发育进化树构建,对其种属进行分析鉴定。分析鉴定结果显示,分离得到的29株乳酸菌共鉴定为2个属,6个种。2个属分别为乳酸杆菌属(Lactobacillus)和肠球菌属(Entercoccus),6个种分别为短乳杆菌(Levilaccillus brevis,4株)、植物乳杆菌(Lactiplantibacillus plantarum,8株)、粪肠球菌(Enterococcus faecalis,9株)、鸡肠球菌(Enterococcus gallinarum,3株)、蒙氏肠球菌(Enterococcus mundtii,1株)、耐久肠球菌(Enterococcus durans,4株)。该研究采集的发酵乳样品中乳酸菌资源丰富,代表着内蒙古蒙古族传统发酵乳制品中优势性乳酸菌菌种,为优良发酵剂的研发奠定了微生物资源基础。 展开更多
关键词 传统发酵乳 乳酸菌 分离鉴定 16s r dna基因序列分析
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松鼠大肠埃希氏菌和松鼠葡萄球菌混合感染的病原鉴定及诊治
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作者 孙宁 修福晓 +10 位作者 李新鸣 张加鑫 郞文萱 徐澍 俞曦 周媛婷 荣勤双 孟奕祥 范本旭 曲艺鸣 朱启文 《野生动物学报》 北大核心 2023年第4期878-885,共8页
2021年12月,沈阳某学院实验动物中心用于搜索毒品训练的1只笼养松鼠(Sciurus vulgaris)突发性死亡,其余陆续表现为以腹泻为主要症状的疾病。为查明发病原因,无菌采集发病松鼠的粪便及死亡松鼠样品送检。根据临床症状、剖检结果、细菌分... 2021年12月,沈阳某学院实验动物中心用于搜索毒品训练的1只笼养松鼠(Sciurus vulgaris)突发性死亡,其余陆续表现为以腹泻为主要症状的疾病。为查明发病原因,无菌采集发病松鼠的粪便及死亡松鼠样品送检。根据临床症状、剖检结果、细菌分离培养、16S rDNA基因测序及同源性比对,确定松鼠的病因是由松鼠葡萄球菌(Staphylococcus sciuri)和大肠埃希氏菌(Escherichia coli)混合感染引起。进一步确定大肠埃希氏菌的血清型为O2型。药敏试验结果显示:大肠埃希氏菌对头孢克肟、庆大霉素和卡那霉素等9种抗生素敏感,对磺胺嘧啶耐药;松鼠葡萄球菌对头孢克肟、头孢唑啉和氨苄西林等8种抗生素敏感,对卡那霉素、诺氟沙星、克林霉素和红霉素耐药。根据药敏试验结果进行疾病治疗和综合预防,最终治愈并有效控制疾病。 展开更多
关键词 松鼠 大肠埃希氏菌 松鼠葡萄球菌 分离鉴定 16s r dna 药敏试验
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砒砂岩区沙棘不同平茬模式对土壤微生物群落组成的影响
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作者 黄俊月 郭月峰 +3 位作者 石麟 樊霞霞 何金军 卜繁靖 《内蒙古林业调查设计》 2023年第3期93-97,共5页
为探究不同平茬处理对沙棘(Hippophae rhamnoides)土壤微生物群落组成的影响,本研究以内蒙古砒砂岩区沙棘人工林为研究对象,应用16S rDNA测序技术,通过野外调查和室内试验相结合的方法对沙棘进行齐地平茬(A)和15cm平茬(C)处理,以未做平... 为探究不同平茬处理对沙棘(Hippophae rhamnoides)土壤微生物群落组成的影响,本研究以内蒙古砒砂岩区沙棘人工林为研究对象,应用16S rDNA测序技术,通过野外调查和室内试验相结合的方法对沙棘进行齐地平茬(A)和15cm平茬(C)处理,以未做平茬处理作为对照(E)。结果表明:(1)齐地平茬、15 cm平茬和对照样方,土壤细菌共有主要优势细菌门为变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)和酸杆菌门(Acidobacteria),其中15 cm平茬处理中变形菌门和放线菌门的相对丰度最高,分别为37.46%、26.25%。共有主要优势细菌属为鞘氨醇单胞杆菌属(Sphingomonas)、RB41和酸杆菌目未定义属(Vicinamibacteraceae_unclassified),其中15 cm平茬处理中鞘氨醇单胞杆菌属和RB41的相对丰度最高,分别为6.46%、7.84%。(2)15 cm平茬土壤微生物群落的特有ASV数量最多,值为8698,Chao1指数和Shannon指数最高,分别为2903.86和10.63。在齐地平茬、15 cm平茬和对照中,15 cm平茬处理效果最好,物种数量最多,多样性和丰富度最高。 展开更多
关键词 砒砂岩区 平茬 沙棘 土壤微生物 16s r dna
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合生元制剂对小鼠抗氧化能力和肠道菌群的影响 被引量:2
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作者 王涵 刘倩 +5 位作者 郭子晨 王韵婷 王伶毓 赵江燕 张连中 孙雅煊 《食品研究与开发》 CAS 北大核心 2022年第7期1-8,共8页
为研究合生元制剂对小鼠抗氧化能力、细胞因子和肠道菌群的影响,随机将48只BALB/c小鼠分为对照组、低剂量组(L)、中剂量组(M)和高剂量组(H),并灌胃生理盐水和不同剂量合生元制剂,14 d后收集小鼠粪便进行菌落计数和16S rDNA高通量测序,... 为研究合生元制剂对小鼠抗氧化能力、细胞因子和肠道菌群的影响,随机将48只BALB/c小鼠分为对照组、低剂量组(L)、中剂量组(M)和高剂量组(H),并灌胃生理盐水和不同剂量合生元制剂,14 d后收集小鼠粪便进行菌落计数和16S rDNA高通量测序,测定小鼠肝脏、小肠组织中抗氧化指标,检测血清中细胞因子白介素-6(interleukin-6,IL-6)、白介素-1β(interleukin-1β,IL-1β)水平。结果表明:小肠和肝脏组织中,各个剂量组总超氧化物歧化酶(total superoxide dismutase,T-SOD)活性、谷胱甘肽过氧化物酶(glutathione peroxidase,GSH-Px)活性、谷胱甘肽(glutathione,GSH)含量上升,丙二醛(malondialdehyde,MDA)含量下降。H组IL-1β水平极显著降低(p<0.05)。灌胃14 d后,各剂量组与灌胃前相比,乳杆菌和双歧杆菌数量增加,16S rDNA测序表明给予合生元制剂可以增加Rikenella、Alistipes、Bifidobacterium和Lactobacillus等丰富度。灌胃上述合生元制剂可以提高小鼠抗氧化能力,降低细胞因子水平,促进乳杆菌和双歧杆菌繁殖,对肠道菌群具有调节作用。 展开更多
关键词 益生菌 肠道菌群 细胞因子 抗氧化 16s r dna高通量测序
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基于IPTW法筛选高脂血症人群的差异肠道菌群 被引量:3
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作者 陈姝琴 王兴欣 +2 位作者 赵娟娟 纪泽敏 赵焕虎 《中国食品学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2021年第11期219-229,共11页
目的:研究高脂血症患者与非高脂血症人群肠道菌群的差异。方法:采用Illumina HiSeq二代测序技术分析肠道菌群组成和丰度,利用逆处理概率加权法(IPTW)校正混杂因素,通过QIIME2 ANCOM筛选高脂血症的差异菌群,运用R Tax4Fun包进行功能预测... 目的:研究高脂血症患者与非高脂血症人群肠道菌群的差异。方法:采用Illumina HiSeq二代测序技术分析肠道菌群组成和丰度,利用逆处理概率加权法(IPTW)校正混杂因素,通过QIIME2 ANCOM筛选高脂血症的差异菌群,运用R Tax4Fun包进行功能预测。结果:高脂血症组和非高脂血症组共有7个差异扩增序列变体(ASVs)(ASV_232、ASV_63、ASV_173、ASV_46、ASV_393、ASV_283、ASV_41);甘油三酯组和非甘油三酯组(TG组与非TG组)只有1个差异ASV_(ASV_422);高密度脂蛋白胆固醇组与非高密度脂蛋白胆固醇组(HDL-C组和非HDL-C组)共有18个差异ASVs(ASV_9、ASV_15、ASV_28、ASV_36、ASV_50、ASV_56、ASV_80、ASV_99、ASV_153、ASV_45、ASV_636、ASV_243、ASV_109、ASV_516、ASV_13、ASV_74、ASV_96、ASV_259)。功能预测结果显示:高脂血症组与非高脂血症组样本菌群功能组成高度相似,没有发现显著差异,大多数功能基因与能量代谢有关。结论:高脂血症患者与非高脂血症人群的差异肠道菌群为毛螺菌科、疣微菌科,双歧杆菌属、粪杆菌属、拟杆菌属、瘤胃菌属_UCG-013、Agathobacter、Subdoligranulum、Lachnoclostridium、Lachnospiraceae_UCG-010属,该结果说明碳水化合物代谢和氨基酸代谢所占比例较大。 展开更多
关键词 高脂血症 肠道菌群 16s r dna IPTW
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上海2~6岁肥胖/超重儿童肠道菌群多样性和物种组成的病例-对照研究
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作者 廖萍 严沁 +7 位作者 张奕 何欣 朱佩云 齐健 刘茶珍 刘桐 施燕 王文静 《环境与职业医学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期243-250,共8页
[背景]多项研究表明肠道微生物菌群组成上的变化与肥胖关系密切,但儿童研究较少,且研究结果受到种族、地理位置等因素的影响。[目的]在上海市2~6岁儿童人群中进行肠道微生物菌群多样性分析,观察肥胖/超重与正常体重儿童之间肠道微生物... [背景]多项研究表明肠道微生物菌群组成上的变化与肥胖关系密切,但儿童研究较少,且研究结果受到种族、地理位置等因素的影响。[目的]在上海市2~6岁儿童人群中进行肠道微生物菌群多样性分析,观察肥胖/超重与正常体重儿童之间肠道微生物菌群分布特点及物种差异,探讨肥胖/超重与肠道菌群多样性的关联。[方法]采集上海市74例2~6岁儿童粪便样本,其中肥胖/超重18人,男性6人,女性12人(男女比例为1∶2);正常体重56人,男性18人,女性38人(男女比例约为1∶2)。提取粪便样品中细菌的16S rDNA,进行PCR扩增、文库构建和高通量测序。采用Naive Bayes算法对扩增子序列变异(ASV)的代表序列及丰度信息进行物种分类学分析(门、纲、目、科、属、种)、群落多样性(Sobs指数、Shannon指数、Shannoneven指数、Coverage指数、PD指数、主坐标分析)分析等。运用Wilcoxon秩和检验、P值多重检验校正、相似性分析检验等对两组进行差异分析,获得儿童肠道菌群组成分布特点及物种差异信息。[结果]共计完成74个粪便样本的测序并对测序结果进行质控和过滤,获得优化序列4905306条,得到1860个ASVs。对ASVs进行多样性数据分析,得到8个分类学水平的物种注释结果889个。α多样性分析表明肥胖/超重儿童群落丰富度(Sobs指数)、多样性(Shannon指数)、均匀度(Shannoneven指数)、谱系多样性(PD指数)均比正常体重儿童有所上升,但是两组无统计学差异(P>0.05)。β多样性分析显示两组微生物物种组成组间差异不大,未见明显聚类。从门、目、科、属四种分类学水平上对74例样本进行物种组成分析,结果显示两组肠道菌群都存在一致的核心菌群结构,但是菌群组成有差异。两组间菌群组成差异表现在目、科、属这三个分类学水平上,其中厚壁菌门下的丹毒丝菌目丹毒荚膜菌科的丹毒丝菌属UCG003、链型杆菌属在OB_OW组中显著富集,且对肥胖/超重这一表型差异贡献较大[线性判别分析值(LDA)=3.72,P<0.01;LDA=3.29,P<0.05]。变形菌门下的肠杆菌目肠杆菌科未分类肠杆菌属在体重正常组中显著富集,且对体重正常这一表型差异贡献较大(LDA=3.93,P<0.05)。[结论]上海2~6岁肥胖/超重儿童肠道菌群的丰富度和多样性增高,但与正常体重儿童相比无差异。肥胖/超重组和正常体重组存在肠道菌群组成差异。 展开更多
关键词 肠道 微生物菌群 儿童 超重肥胖 16s r dna测序
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Microbial community structures in an integrated two-phase anaerobic bioreactor fed by fruit vegetable wastes and wheat straw 被引量:6
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作者 Chong Wang Jiane Zuo +5 位作者 Xiaojie Chen Wei Xing Linan Xing Peng Li Xiangyang Lu Chao Li 《Journal of Environmental Sciences》 SCIE EI CAS CSCD 2014年第12期2484-2492,共9页
The microbial community structures in an integrated two-phase anaerobic reactor(ITPAR)were investigated by 16 S r DNA clone library technology. The 75 L reactor was designed with a 25 L rotating acidogenic unit at t... The microbial community structures in an integrated two-phase anaerobic reactor(ITPAR)were investigated by 16 S r DNA clone library technology. The 75 L reactor was designed with a 25 L rotating acidogenic unit at the top and a 50 L conventional upflow methanogenic unit at the bottom, with a recirculation connected to the two units. The reactor had been operated for 21 stages to co-digest fruit/vegetable wastes and wheat straw, which showed a very good biogas production and decomposition of cellulosic materials. The results showed that many kinds of cellulose and glycan decomposition bacteria related with Bacteroidales,Clostridiales and Syntrophobacterales were dominated in the reactor, with more bacteria community diversities in the acidogenic unit. The methanogens were mostly related with Methanosaeta, Methanosarcina, Methanoculleus, Methanospirillum and Methanobacterium; the predominating genus Methanosaeta, accounting for 40.5%, 54.2%, 73.6% and 78.7% in four samples from top to bottom, indicated a major methanogenesis pathway by acetoclastic methanogenesis in the methanogenic unit. The beta diversity indexes illustrated a more similar distribution of bacterial communities than that of methanogens between acidogenic unit and methanogenic unit. The differentiation of methanogenic community composition in two phases, as well as pH values and volatile fatty acid(VFA) concentrations confirmed the phase separation of the ITPAR. Overall, the results of this study demonstrated that the special designing of ITPAR maintained a sufficient number of methanogens, more diverse communities and stronger syntrophic associations among microorganisms, which made two phase anaerobic digestion of cellulosic materials more efficient. 展开更多
关键词 Integrated two-phase anaerobic DIGESTION 16s r dna clone library Fruit/vegetable waste Wheat straw CO-DIGESTION
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