陕西太白尾矿废弃地豆科植物根瘤菌16S rDNA PCR-RFLP及全序列分析

应用16S rDNA-RFLP和16S rDNA全序列测定方法,对分离自陕西太白金矿尾矿废弃地的55株根瘤菌和12株参比菌株进行了遗传多样性和系统发育地位研究。采用平均连锁法(UPMGA)对16S rDNA PCR-RFLP聚类,结果显示所有菌株在72%的水平上聚到一起。根据参比菌株的种属关系,将供试菌株初步分成6个遗传发育群。群Ⅰ为根瘤菌属,群Ⅱ为中华根瘤菌属,群Ⅲ是中慢生根瘤菌属,群Ⅳ为土壤杆菌属,群V为一未知群,群Ⅵ为慢生根瘤菌属。分离自天蓝苜蓿的根瘤菌主要分布在群Ⅱ,截叶胡枝子根瘤菌在各个群内均有分布,表现出丰富的遗传多样性。选取群Ⅰ、Ⅱ的代表菌株TB17-1、TB50-1进行16S rDNA全序列测定分析,结果显示TB17-1与Rhizonbium leguminosarumUSDA2370的同源性高达99.7%,TB50-1与Sinorhizobium melilotiLMG6133的同源性为100%。全序列测定结果与RFLP分析结果基本一致。

新疆地区盐湖的中度嗜盐菌的16S rDNA PCR-RFLP分析

对来自新疆地区艾丁湖、艾比湖和玛那斯盐湖等盐湖的２８株中度嗜盐菌与９株相关的参比菌株， 进行了１６Ｓ ｒＤＮＡ ＰＣＲ－ＲＦＬＰ分析，这些菌株是革兰氏阴性杆菌，能在０～２５％ＮａＣｌ中生长。在实验中， 选用４种限制性内切酶ＡｌｕＩ、ＨｉｎｆＩ、ＲｓａＩ和ＨａｅⅢ，将供试菌株的１６Ｓ ｒＤＮＡ的ＰＣＲ产物进行酶切，用３％ 的琼脂糖电泳分析酶切产物。结果表明，在７４％的相似性水平上分为３群。群Ⅰ包括新分离的菌株ＣＩ和 参比菌株死海色盐杆菌（Ｃｈｒｏｍｏｈａｌｏｂａｃｔｅｒ ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ）和Ｎｅｓｔｅｒｅｎｋｏｎｉａ ｈａｌｏｂｉａ；群Ⅱ包括伸长盐单胞（Ｈａｌｏｍｏｎａｓ ｅｌｏｎｇａｔａ）在内的７株参比菌株和８株新分离的菌株;群Ⅲ包括１９林新分离的菌株。

小叶锦鸡儿根瘤菌的分离及其16S rDNA PCR-RFLP分析

对辽宁地区与小叶锦鸡儿共生的根瘤菌资源进行了初步调查。采自5个不同地区样品的根瘤,通过分离、纯化、回接验证等试验共获得65株供试根瘤菌菌株。进一步选用4种限制性内切酶对供试根瘤菌进行了16S rDNA PCR-RFLP研究,结果表明其系统发育地位位于中慢生根瘤菌属(Mesorhizobiumspp.),并在96%相似性水平上分为5个不同的类群,分别由相应的rDNA图谱组合代表。丰富度及频度分析表明,组合15是辽宁省的优势群,组合18丰富度居第二位,但频度最高,也是辽宁省的主要类群。

分离自补骨脂等宿主根瘤的24株菌的数值分类和16S rDNA PCR-RFLP研究

采用数值分类和16S rDNA PCR-RFLP对分离自云南省豆科植物补骨脂(Psoralea coryli-folia)、葛藤(Pueraria lobata)、杭子梢(Campylotropis macrocarpa)等宿主的24株菌及10株根瘤菌参比菌株进行了研究。数值分类结果表明,在84%相似性水平上,所有的菌株可分为3群:群Ⅲ为未知菌群,群Ⅰ为慢生菌群,群Ⅱ为快生和中慢生菌群。从依据16S rDNA PCR-RFLP分析建立的树状图来看,在70%相似性水平上,所有的菌株可分为5个系统发育分支:分支Ⅰ和Ⅴ没有参比菌株,为未知分支;分支Ⅱ为Agrobacterium-Sinorhizobium-Rhizobium,分支Ⅲ为Mesorhizo-bium,分支Ⅳ为Bradyrhizobium。数值分类和16S rDNA PCR-RFLP的结果部分一致,有2株菌与A.tumefaciens IAM13129T聚在一起。

16S rDNA PCR-RFLP分析鉴定开菲尔发酵剂中的乳酸菌

对传统乳制品开菲尔发酵剂通过菌种分离和纯化得到67株乳酸菌,经过传统形态学分类区分成6种形态类型。在此基础上进行16S r DNA限制性片段长度多态性聚合酶链反应(polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism,PCR-RFLP)分析法鉴定为4种分子类型,分别为:乳明串株菌(L.lactis)、坚强肠球菌(E.durans)、意大利肠球菌(E.italicus)、嗜热链球菌(S.thermophilus)。其中坚强肠球菌菌数超过50%,占所分离菌株的62.7%,为优势菌。

野大豆等宿主根瘤菌表型及16S rDNA PCR-RFLP研究

采用数值分类和16S rDNAPCR-RFLP对分离自北京部分地区野大豆(Glycine soja sieb)、大豆(Glycine max)、菜豆(Phaselous vulgaris)和长萼鸡眼草(Kummerowiae stipulacea)等宿主的60株菌及10株根瘤菌参比菌株进行了研究。数值分类结果表明,在70.5%相似性水平上,所有的菌株可分为3群:群Ⅰ为未知菌群,群Ⅱ为快生和中慢生菌,群Ⅲ为慢生菌群。依据16S rDNA PCR-RFLP分析建立的树状图,在69%的相似性水平上所有的供试菌株可以分为9个系统发育分支。分支Ⅰ、Ⅴ、Ⅵ、Ⅶ、Ⅷ和Ⅸ没有参比菌,数值分类中群Ⅰ的供试菌株基本上都处于这些分支。分支Ⅱ为Sinorhizobium-Mesorhizobium-Rhizobium,分支Ⅲ为Agrobacterium分支,分支Ⅳ为Bradyrhizobium分支。

含羞草、山蚂蟥等几种豆科植物根瘤菌的数值分类及16S rDNA PCR-RFLP分析

为揭示云南省豆科植物根瘤菌的资源多样性,采用数值分类、16S rDNA PCR-RFLP和16S rDNA全序列分析技术对云南省8个地区含羞草、山蚂蝗等几种不同豆科植物分离的48株根瘤菌菌株进行了遗传和表型多样性研究。16S rDNA PCR产物经HinfⅠ、MspⅠ、RsaⅠ和HaeⅢ4种内切酶消化后产生22种遗传图谱类型;数据经MVSP3.0软件聚类后,所有供试菌株在70%的相似性水平上分为4个分支,经16S rDNA全序列分析,确定分支Ⅰ为伯克霍尔德属(Burkholderia)类群,含1株菌株;分支Ⅱ为贪铜菌属(Cupriavidus)类群,含5株菌株;分支Ⅳ为根瘤菌属(Rhizobium)类群,包括29株菌株;而分支Ⅲ没有和参比菌株聚在一起,经测序为狭长平胞属(Stenotrophomonas)类群。通过对菌株的抗生素抗性、耐盐性、生长温度范围、BTB产酸产碱反应以及对3-酮基乳糖利用情况共计28个表型性状测定,结果显示所有菌株耐盐性较强,多数菌株可耐受60℃的高温。实验表明,分离自云南省的这些菌株具有丰富的遗传和表型多样性。

基于16S rDNA测序分析地榆七柏汤对溃疡性结肠炎大鼠肠道菌群的影响

目的观察地榆七柏汤对湿热型溃疡性结肠炎大鼠肠道菌群的影响,探讨其治疗溃疡性结肠炎的作用机制。方法取84只Wistar大鼠,随机选择9只作为空白组,其余大鼠采用高糖高脂饮食+葡聚糖硫酸钠法建立湿热型溃疡性结肠炎模型。将造模成功大鼠随机分为模型组、柳氮磺胺吡啶组及地榆七柏汤低、中、高剂量组,每组14只。柳氮磺胺吡啶组给予柳氮磺胺吡啶混悬液300 mg/kg灌肠,地榆七柏汤低、中、高剂量组分别给予含生药0.5 g/mL、1 g/mL、3 g/mL的地榆七柏汤保留灌肠,模型组和空白组给予等量生理盐水灌肠,均1次/d,连续干预14 d。观察大鼠一般状况,进行疾病活动度指数(DAI)评分,HE染色观察结肠组织病理形态,采用16S rDNA测序技术分析粪便菌群物种组成情况。结果与模型组比较,各药物组大鼠腹泻、便血等症状明显好转,DAI评分明显降低(P均<0.05),结肠组织病理损伤明显减轻。菌群构成方面,模型组大鼠毛螺菌属(Lachnospiraceae)、Mucispirillum属丰度均明显低于空白组(P均<0.05),各药物组均明显高于模型组(P均<0.05);模型组大鼠肠杆菌科(Enterobacteriaceae)丰度明显高于空白组(P<0.05),各药物组均明显低于模型组(P均<0.05)。结论地榆七柏汤可明显减轻湿热型溃疡性结肠炎大鼠疾病活动度和肠黏膜炎性损伤,其机制可能与调节肠道菌群、提升有益菌丰度、降低致病菌丰度相关。

蔓柏生发方改善小鼠的雄激素性脱发可能与肠道菌群相关:基于16S rDNA分析

目的基于16S rDNA技术探索蔓柏生发方对雄激素性脱发(AGA)小鼠的肠道菌群影响。方法将36只C57BL/6小鼠随机分成6组:空白对照组、模型对照组、阳性药物组以及蔓柏生发方高、中、低组,每组6只。剔除所有小鼠脊背部2 cm×3 cm面积的毛发,除空白对照组外,其他组使用丙酸睾酮稀释液在小鼠背部脱毛区域进行皮下多点注射制备AGA模型,每只总剂量为0.1 mg/d。空白对照组和模型对照组在小鼠剃毛处外涂生理盐水,每只1.0 mL/d;阳性药物组涂5%米诺地尔酊,每只1.0 mL/d;蔓柏生发方高、中、低组分别灌胃不同浓度的蔓柏生发方(5.0 g/kg、2.5 g/kg、1.25 g/kg),连续给药30 d。30 d后留取脱毛区皮肤进行病理学观察,收集小鼠粪便进行16S rDNA分析。结果与模型组相比,蔓柏生发方组毛囊数量均明显增多,其中高剂量组可见毛囊呈现生长期样形态,接近空白组毛囊形态。多样性分析结果显示,与空白组比较,模型组肠道菌群丰富度、多样性明显下降,而蔓柏生发方对模型小鼠的肠道菌群丰富度有良好的上调作用,同时其作用具有浓度依赖性,高剂量组对菌群的调控作用最为显著。肠道菌群的α多样性指数在模型组与蔓柏生发方组之间存在显著差异(P<0.05)。结论蔓柏生发方能显著提高AGA小鼠肠道菌群的丰富度和多样性,其对AGA模型小鼠脱毛的治疗作用可能与其调节肠道微生物多样性有关。

基于16S rDNA测序分析中药复方石苦秦散对腹泻小鼠盲肠的影响

【目的】探明止泻中药复方石苦秦散对蓖麻油和番泻叶所致腹泻小鼠肠道微生物的影响,为研究石苦秦散止泻作用机制奠定基础。【方法】将70只小鼠分为正常对照组、阳性药物组、蓖麻油模型组、蓖麻油中药预防组、番泻叶模型组、番泻叶中药预防组和番泻叶中药治疗组,按试验设计进行灌胃处理后,观察各组小鼠腹泻情况,针对不同药物腹泻模型采集十二指肠、盲肠观察肠道病理变化,最后采集各组盲肠内容物进行16S rDNA测序。【结果】腹泻指数显示,灌胃1 h番泻叶中药预防组和中药治疗组均极显著(P<0.01)低于番泻叶模型组;蓖麻油模型灌胃2 h与正常对照组差异极显著。肠道病理变化主要为制造腹泻模型后黏膜下层有少量炎性细胞浸润,除正常对照组外其他组肌层和浆膜变薄。盲肠Alpha测序显示,蓖麻油造模后,中药预防组能显著提高盲肠菌群丰度和多样性;Beta多样性PCoA分析表明,蓖麻油模型组与其他组样本明显分开;物种分类显示,2种药物腹泻模型处理后中药预防组和治疗组均不同程度提高拟杆菌门(Bacteroidetes)、软壁菌门(Tenericutes)丰度,降低变形菌门(Proteobacteria)丰度;属水平在正常范围内,降低乳杆菌(Lactobacillus)和大肠杆菌(Escherichia)丰度,提高有益菌Mucispirillum和拟普雷沃菌属(Alloprevotella)丰度。【结论】蓖麻油和番泻叶小鼠腹泻模型使用中药复方石苦秦散预防和治疗后,可明显改善肠道微生物丰度,特别是炎症反应相关的微生物,说明石苦秦散可通过调整肠道炎症修复发挥止泻作用。

太湖地区典型菜地土壤微生物16S rDNA的PCR-RFLP分析

土壤微生物多样性是土壤生态功能的基础,但长期以来缺乏对高强度土地利用条件下的土壤微生物多样性的认识。作者采用间接法提取了江苏省太湖地区典型菜地土壤微生物的总DNA,以细菌的通用引物27F和1492R扩增16SrDNA片段,将扩增产物与T-载体酶连,转化大肠杆菌,建立土壤微生物16SrDNA克隆文库。PCR扩增基因文库中插入的16SrDNA外源片段,用两种限制性内切酶HhaI和RsaI分别酶切,获得该土壤173个克隆的酶切指纹图谱。结果表明,HhaI和RsaI联合酶切产生了63个基因分型,文库的覆盖度达76.30%,单一酶切产生的基因分型少,但文库的覆盖度高;克隆文库中存在两种优势类群,分别占总克隆的16%和12%。16SrDNA测序结果表明,太湖地区菜地土壤细菌在分类方面主要属于-和-变形杆菌亚门。以上结果为进一步研究太湖地区菜地土壤微生物生态功能提供了基础资料。

幽门螺杆菌16SrDNA指纹图和PCR-RFLP基因分型研究

目的 探讨我国幽门螺杆菌 (Helicobacterpylori,Hp)的基因多态性及其与相关疾病之间的关系。 方法 应用PCR掺入法制备 16SrRNA基因探针 ,建立 16SrDNA指纹图技术和尿素酶C(ureC)基因的PCR -RFLP法 ,并结合统计学软件进行聚类分析 ,对临床分离的 14株Hp进行基因分型。结果 14株Hp的 16SrDNA指纹图谱显示 10个HaeⅢ杂交带型和 12个HindⅢ杂交带型 ;ureC基因的变异度较小 ,14株Hp中有 12株PCR -RFLP图谱完全一致。通过杂交结果示意图和SPSS10 0软件进行聚类分析 ,HaeⅢ、HindⅢ及两种酶杂交结果的综合 ,均将 14株Hp分为两型。两种方法结果综合进行聚类分析 ,14株Hp在基因水平上分为三型。结论 差异显著的DNA指纹图谱说明了不同Hp菌株间基因组结构的高度变异性。 16SrDNA指纹图谱较ureC基因的PCR -RFLP谱型更敏感地表达Hp各菌株的变异 ,可准确有效地对Hp作出基因分型。

北戴河近岸沉积物中微生物16SrDNA的PCR-RFLP分析

采用间接法提取了北戴河地区近岸沉积物中微生物的总DNA,以细菌的通用引物27F和1492R扩增16S rDNA片段,将扩增产物克隆到T-载体上,并转化大肠杆菌感受态细胞,构建沉积物中细菌16S rDNA克隆文库。PCR扩增基因文库中插入的16S rDNA外源片段,用两种限制性内切酶HhaI和RsaI分别酶切,获得该海洋沉积物131个克隆的酶切指纹图谱。结果表明:HhaI和RsaI联合酶切产生了41个基因分型,文库的覆盖度达74.81%,HhaI和RsaI单酶切产生的基因分型分别为30和22,但文库的覆盖度高;克隆文库中存在一种优势类群,占总克隆的23%。16S rDNA测序结果表明:北戴河近岸沉积物中的细菌在分类方面主要属于α-和γ-变形杆菌亚门。

柑橘黄龙病菌亚洲种16S rDNA和16S-23S rDNA间隔区的PCR-RFLP及序列分析

为明确柑橘黄龙病菌的遗传多样性,PCR扩增了6个不同地区黄龙病菌的16SrDNA和16S-23S rDNA间隔区(intergenic spacer regions,ISR),分别通过4种内切酶对其进行了限制性片段长度多态性分析,发现不同分离物的16S rDNA和16S-23S rDNA间隔区各酶切产物的电泳谱带完全一致,未表现多态性。对16S-23SrDNA ISR进行了克隆和测序,经DNAman和NCBI Blast比对分析发现,6个分离物16S-23SrDNAISR序列之间不存在碱基差异,与数据库中柑橘黄龙病菌亚洲种(Candidatus Liberibacter asiaticus)同源性高达99.0%～100%。系统发育分析显示所有的Ca.L.asiaticus归为一个类群,而后与Ca.L.africanus、Ca.L.americanus和Ca.L.psyllaurous组成韧皮部杆菌属(Candidatus Liberibacter)一个大的类群。结果表明,同一种柑橘黄龙病菌不同分离物16S rDNA和16S-23S rDNAISR无分子变异或变异较小,不存在遗传多样性。

基于16S rDNA测序技术的膝骨关节炎湿热痹阻证、寒湿痹阻证患者肠道菌群差异性研究

目的比较膝骨关节炎(KOA)湿热痹阻证、寒湿痹阻证患者与健康人群肠道菌群构成及多样性特征的差异,探讨2种中医证型KOA患者的肠道菌群特征。方法根据纳入及排除标准,选取湿热痹阻证组、寒湿痹阻证组、健康对照组各10例,收集粪便标本,利用16S rDNA测序技术,通过Alpha及Beta多样性分析等方法,对比组间肠道菌群差异。结果3组肠道菌群的物种丰富度无明显差异,但寒湿痹阻证组与湿热痹阻证组、健康对照组之间物种多样性差异有统计学意义(P<0.05)。3组肠道菌群构成差异有统计学意义(P=0.001)。门水平上拟杆菌门和厚壁菌门占明显优势,属水平上湿热痹阻证组和寒湿痹阻证组普雷沃氏菌属丰度增加。湿热痹阻证组肠杆菌科、毛螺菌属、克雷伯氏菌属等丰度较大,寒湿痹阻证组普雷沃氏菌属、假单胞菌属等丰度较大。结论KOA湿热痹阻证与寒湿痹阻证患者肠道菌群结构存在一定差异。

基于16S rDNA分析饲喂唾液乳杆菌XP132对白羽肉种鸡肠道菌群的影响

旨在评估1株替抗专利菌株唾液乳杆菌XP132对健康白羽肉种鸡肠道菌群的影响。选取12只6月龄白羽肉种鸡,随机平均分为试验组和对照组,每组6只。试验组白羽肉种鸡每日饲喂活菌数为1×10^(9)CFU的唾液乳杆菌XP132发酵液,对照组饲喂PBS,连续饲喂4周后,基于16S rDNA测序方法,比较两组鸡肠道菌群发生的相对改变。结果表明,在饲喂唾液乳杆菌XP132后,通过α多样性分析物种丰富度,试验组菌群丰富程度高于对照组。在菌群组成的属水平上,饲喂唾液乳杆菌XP132的肉种鸡肠道菌群中,螺旋体科NK4A136属、梭状芽胞杆菌属、副拟杆菌属、罗氏菌属等有益物种丰度增加;在种水平上,饲喂唾液乳杆菌XP132组的肉种鸡肠道菌群中乳杆菌、拟杆菌、鼠李糖乳杆菌类等有益物种丰度增加。结果提示,本试验条件下,饲喂唾液乳杆菌XP132改变了白羽肉种鸡肠道菌群的丰富度,增加了有益菌菌群的物种丰度。

应用16S rDNA高通量测序分析孤独症谱系障碍患儿肠道菌群的变化

目的 基于16S rDNA高通量测序分析孤独症谱系障碍(ASD)患儿肠道菌群的变化。方法 收集25例ASD患儿(ASD组)和22例健康儿童(对照组)的新鲜粪便样本,提取两组样本DNA,通过16S rDNA高通量测序和生物信息分析评估两组研究对象肠道菌群的变化情况。结果 在门水平上,两组的优势菌门均为厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门、放线菌门、脱硫菌门;在属水平上,ASD组的优势菌属为拟杆菌属、双歧杆菌属、志贺-大肠杆菌属、普氏菌属、链球菌属、克雷伯氏菌属、副拟杆菌属、肠杆菌属、小杆菌属、考拉杆菌属。两组研究对象肠道菌群的α多样性及β多样性无明显差异。ASD组中疣微菌门、疣微菌纲、疣微菌目、阿克曼菌科、阿克曼菌属显著富集。ASD组的婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌的相对丰度低于对照组(P<0.05)。结论 与正常儿童相比,ASD患儿存在肠道菌群失调,疣微菌门、阿克曼菌属相对丰度增加,婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌相对丰度减少,但目前对于ASD患儿肠道菌群的改变未有统一结论,仍需进一步深入研究。

基于平均核苷酸相似度和16S rDNA技术对全球沙门氏菌的鉴定比对分析

目的评估平均核苷酸相似度(average nucleotide identity,ANI)和16S rDNA技术对沙门氏菌的鉴定能力。方法从GenBank数据库批量下载全球沙门氏菌基因组和相应血清型,以沙门氏菌典型菌株的基因组作为分型菌株。利用fastANI软件,根据默认参数进行ANI分析。使用在线软件SpeciesFinder针对细菌的16S rDNA进行物种和血清型鉴定。结果在下载的2306个基因组中,1767株沙门氏菌存在178种血清型,以鼠伤寒沙门菌323株(18.3%)和肠炎沙门菌300株(17.0%)最为常见。ANI分析显示,以95%为界值时,仅有30株(1.3%)沙门氏菌被分配到1个特定的亚种,其余2276株(98.7%)沙门氏菌均可分配到2~5个亚种;以97%为界值时,2306株(100%)沙门氏菌均可被鉴定到唯一的亚种。基于16S rDNA的分析仅鉴定出1072株(46.5%)沙门氏菌,其中95.2%(1021/1072)的沙门氏菌鉴定的亚种结果与ANI(≥97%)分析鉴定的结果完全一致;与已知的血清型相比,仅有2.4%(19/784)的沙门氏菌与已知的血清型结果一致。结论ANI更适合沙门氏菌的种及亚种鉴定,ANI≥97%可作为沙门氏菌亚种的鉴定标准。16S rDNA技术对于沙门氏菌鉴定的敏感性尚有待提高。

基于16S rDNA测序的慢性牙髓炎及根尖周炎感染根管内菌群多样性研究

目的采用16S rDNA测序技术比较慢性牙髓炎和慢性根尖周炎患牙根管内微生物群落的构成差异,了解微生物与牙髓疾病的关系。方法临床采集需要进行根管治疗的慢性牙髓炎患牙和慢性根尖周炎患牙根管内微生物群落样本。提取样本中的细菌总DNA,PCR扩增其16S rDNA片段上的V3-V4高变区基因片段,经NovaSeq测序后进行统计分析和生物信息学分析,包括种系发育分析、多样性分析及组间差异分析。结果总计收集到慢性牙髓炎患牙6颗,慢性根尖周炎7颗,经高通量测序后共得到8510个操作分类单元(OTU),菌群多样性分析显示慢性牙髓炎和慢性根尖周炎在菌群构成的差异有统计学意义(P<0.05)。其中,变形菌门、酸杆菌门及放线菌门在慢性牙髓炎患牙根内相对丰度显著高于慢性根尖周炎。拟杆菌门和互养菌门的相对丰度在慢性根尖周炎患牙根管中显著增加。结论牙髓疾病患牙根管中感染微生物存在复杂多样性。慢性牙髓炎和慢性根尖周炎感染根管内的微生物群落构成上具有一定差异,根管内微生物组成的变化可能与牙髓疾病发生发展相关。

基于16S rDNA测序分析不同剩余采食量皖南黄兔盲肠中微生物菌落多样性

[目的]本研究旨在探究皖南黄兔个体间剩余采食量水平差异与盲肠菌群多样性的关系。[方法]选取体重、年龄相近的110只皖南黄兔仔兔进行60 d的饲养试验,试验结束后测定个体剩余采食量(residual feed intake, RFI),根据RFI值选出5只高RFI和5只低RFI皖南黄兔母兔,分别为H组(高RFI值)和L组(低RFI值)。利用16S rDNA扩增子测序技术对H组和L组母兔盲肠内容物进行比较分析。[结果]不同剩余采食量水平的家兔盲肠菌群组成丰富度无显著差异(P>0.05),而菌落多样性存在一定差异。L组黄兔盲肠微生物中纺锤链杆属(Fusicatenibacter)、经黏液真杆菌属(Blautia)、毛螺菌属(Lachnospira)、草酸杆菌属(Oxalobacter)、肠杆菌属(Intestinibacter)的相对丰度显著高于H组(P<0.05);Paludicola、Mailhella、螺杆菌属(Helicobacter)、假单胞菌属(Pseudomonas)的相对丰度显著低于H组(P<0.05)。[结论]不同RFI水平的皖南黄兔群体盲肠菌群多样性和结构组成存在一定差异,包括毛螺菌属、纺锤链杆菌属、结肠杆菌等与血脂代谢、血糖调节过程相关的菌群在两组间的丰度存在显著差异。调节肠道菌群的结构及丰度可能是改善家兔饲料利用效率的有效途径。