基于16S rDNA测序分析地榆七柏汤对溃疡性结肠炎大鼠肠道菌群的影响

目的观察地榆七柏汤对湿热型溃疡性结肠炎大鼠肠道菌群的影响,探讨其治疗溃疡性结肠炎的作用机制。方法取84只Wistar大鼠,随机选择9只作为空白组,其余大鼠采用高糖高脂饮食+葡聚糖硫酸钠法建立湿热型溃疡性结肠炎模型。将造模成功大鼠随机分为模型组、柳氮磺胺吡啶组及地榆七柏汤低、中、高剂量组,每组14只。柳氮磺胺吡啶组给予柳氮磺胺吡啶混悬液300 mg/kg灌肠,地榆七柏汤低、中、高剂量组分别给予含生药0.5 g/mL、1 g/mL、3 g/mL的地榆七柏汤保留灌肠,模型组和空白组给予等量生理盐水灌肠,均1次/d,连续干预14 d。观察大鼠一般状况,进行疾病活动度指数(DAI)评分,HE染色观察结肠组织病理形态,采用16S rDNA测序技术分析粪便菌群物种组成情况。结果与模型组比较,各药物组大鼠腹泻、便血等症状明显好转,DAI评分明显降低(P均<0.05),结肠组织病理损伤明显减轻。菌群构成方面,模型组大鼠毛螺菌属(Lachnospiraceae)、Mucispirillum属丰度均明显低于空白组(P均<0.05),各药物组均明显高于模型组(P均<0.05);模型组大鼠肠杆菌科(Enterobacteriaceae)丰度明显高于空白组(P<0.05),各药物组均明显低于模型组(P均<0.05)。结论地榆七柏汤可明显减轻湿热型溃疡性结肠炎大鼠疾病活动度和肠黏膜炎性损伤,其机制可能与调节肠道菌群、提升有益菌丰度、降低致病菌丰度相关。

蔓柏生发方改善小鼠的雄激素性脱发可能与肠道菌群相关:基于16S rDNA分析

目的基于16S rDNA技术探索蔓柏生发方对雄激素性脱发(AGA)小鼠的肠道菌群影响。方法将36只C57BL/6小鼠随机分成6组:空白对照组、模型对照组、阳性药物组以及蔓柏生发方高、中、低组,每组6只。剔除所有小鼠脊背部2 cm×3 cm面积的毛发,除空白对照组外,其他组使用丙酸睾酮稀释液在小鼠背部脱毛区域进行皮下多点注射制备AGA模型,每只总剂量为0.1 mg/d。空白对照组和模型对照组在小鼠剃毛处外涂生理盐水,每只1.0 mL/d;阳性药物组涂5%米诺地尔酊,每只1.0 mL/d;蔓柏生发方高、中、低组分别灌胃不同浓度的蔓柏生发方(5.0 g/kg、2.5 g/kg、1.25 g/kg),连续给药30 d。30 d后留取脱毛区皮肤进行病理学观察,收集小鼠粪便进行16S rDNA分析。结果与模型组相比,蔓柏生发方组毛囊数量均明显增多,其中高剂量组可见毛囊呈现生长期样形态,接近空白组毛囊形态。多样性分析结果显示,与空白组比较,模型组肠道菌群丰富度、多样性明显下降,而蔓柏生发方对模型小鼠的肠道菌群丰富度有良好的上调作用,同时其作用具有浓度依赖性,高剂量组对菌群的调控作用最为显著。肠道菌群的α多样性指数在模型组与蔓柏生发方组之间存在显著差异(P<0.05)。结论蔓柏生发方能显著提高AGA小鼠肠道菌群的丰富度和多样性,其对AGA模型小鼠脱毛的治疗作用可能与其调节肠道微生物多样性有关。

基于16S rDNA测序分析中药复方石苦秦散对腹泻小鼠盲肠的影响

【目的】探明止泻中药复方石苦秦散对蓖麻油和番泻叶所致腹泻小鼠肠道微生物的影响,为研究石苦秦散止泻作用机制奠定基础。【方法】将70只小鼠分为正常对照组、阳性药物组、蓖麻油模型组、蓖麻油中药预防组、番泻叶模型组、番泻叶中药预防组和番泻叶中药治疗组,按试验设计进行灌胃处理后,观察各组小鼠腹泻情况,针对不同药物腹泻模型采集十二指肠、盲肠观察肠道病理变化,最后采集各组盲肠内容物进行16S rDNA测序。【结果】腹泻指数显示,灌胃1 h番泻叶中药预防组和中药治疗组均极显著(P<0.01)低于番泻叶模型组;蓖麻油模型灌胃2 h与正常对照组差异极显著。肠道病理变化主要为制造腹泻模型后黏膜下层有少量炎性细胞浸润,除正常对照组外其他组肌层和浆膜变薄。盲肠Alpha测序显示,蓖麻油造模后,中药预防组能显著提高盲肠菌群丰度和多样性;Beta多样性PCoA分析表明,蓖麻油模型组与其他组样本明显分开;物种分类显示,2种药物腹泻模型处理后中药预防组和治疗组均不同程度提高拟杆菌门(Bacteroidetes)、软壁菌门(Tenericutes)丰度,降低变形菌门(Proteobacteria)丰度;属水平在正常范围内,降低乳杆菌(Lactobacillus)和大肠杆菌(Escherichia)丰度,提高有益菌Mucispirillum和拟普雷沃菌属(Alloprevotella)丰度。【结论】蓖麻油和番泻叶小鼠腹泻模型使用中药复方石苦秦散预防和治疗后,可明显改善肠道微生物丰度,特别是炎症反应相关的微生物,说明石苦秦散可通过调整肠道炎症修复发挥止泻作用。

基于16S rDNA测序技术的膝骨关节炎湿热痹阻证、寒湿痹阻证患者肠道菌群差异性研究

目的比较膝骨关节炎(KOA)湿热痹阻证、寒湿痹阻证患者与健康人群肠道菌群构成及多样性特征的差异,探讨2种中医证型KOA患者的肠道菌群特征。方法根据纳入及排除标准,选取湿热痹阻证组、寒湿痹阻证组、健康对照组各10例,收集粪便标本,利用16S rDNA测序技术,通过Alpha及Beta多样性分析等方法,对比组间肠道菌群差异。结果3组肠道菌群的物种丰富度无明显差异,但寒湿痹阻证组与湿热痹阻证组、健康对照组之间物种多样性差异有统计学意义(P<0.05)。3组肠道菌群构成差异有统计学意义(P=0.001)。门水平上拟杆菌门和厚壁菌门占明显优势,属水平上湿热痹阻证组和寒湿痹阻证组普雷沃氏菌属丰度增加。湿热痹阻证组肠杆菌科、毛螺菌属、克雷伯氏菌属等丰度较大,寒湿痹阻证组普雷沃氏菌属、假单胞菌属等丰度较大。结论KOA湿热痹阻证与寒湿痹阻证患者肠道菌群结构存在一定差异。

基于16S rDNA分析饲喂唾液乳杆菌XP132对白羽肉种鸡肠道菌群的影响

旨在评估1株替抗专利菌株唾液乳杆菌XP132对健康白羽肉种鸡肠道菌群的影响。选取12只6月龄白羽肉种鸡,随机平均分为试验组和对照组,每组6只。试验组白羽肉种鸡每日饲喂活菌数为1×10^(9)CFU的唾液乳杆菌XP132发酵液,对照组饲喂PBS,连续饲喂4周后,基于16S rDNA测序方法,比较两组鸡肠道菌群发生的相对改变。结果表明,在饲喂唾液乳杆菌XP132后,通过α多样性分析物种丰富度,试验组菌群丰富程度高于对照组。在菌群组成的属水平上,饲喂唾液乳杆菌XP132的肉种鸡肠道菌群中,螺旋体科NK4A136属、梭状芽胞杆菌属、副拟杆菌属、罗氏菌属等有益物种丰度增加;在种水平上,饲喂唾液乳杆菌XP132组的肉种鸡肠道菌群中乳杆菌、拟杆菌、鼠李糖乳杆菌类等有益物种丰度增加。结果提示,本试验条件下,饲喂唾液乳杆菌XP132改变了白羽肉种鸡肠道菌群的丰富度,增加了有益菌菌群的物种丰度。

应用16S rDNA高通量测序分析孤独症谱系障碍患儿肠道菌群的变化

目的 基于16S rDNA高通量测序分析孤独症谱系障碍(ASD)患儿肠道菌群的变化。方法 收集25例ASD患儿(ASD组)和22例健康儿童(对照组)的新鲜粪便样本,提取两组样本DNA,通过16S rDNA高通量测序和生物信息分析评估两组研究对象肠道菌群的变化情况。结果 在门水平上,两组的优势菌门均为厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门、放线菌门、脱硫菌门;在属水平上,ASD组的优势菌属为拟杆菌属、双歧杆菌属、志贺-大肠杆菌属、普氏菌属、链球菌属、克雷伯氏菌属、副拟杆菌属、肠杆菌属、小杆菌属、考拉杆菌属。两组研究对象肠道菌群的α多样性及β多样性无明显差异。ASD组中疣微菌门、疣微菌纲、疣微菌目、阿克曼菌科、阿克曼菌属显著富集。ASD组的婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌的相对丰度低于对照组(P<0.05)。结论 与正常儿童相比,ASD患儿存在肠道菌群失调,疣微菌门、阿克曼菌属相对丰度增加,婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌相对丰度减少,但目前对于ASD患儿肠道菌群的改变未有统一结论,仍需进一步深入研究。

基于平均核苷酸相似度和16S rDNA技术对全球沙门氏菌的鉴定比对分析

目的评估平均核苷酸相似度(average nucleotide identity,ANI)和16S rDNA技术对沙门氏菌的鉴定能力。方法从GenBank数据库批量下载全球沙门氏菌基因组和相应血清型,以沙门氏菌典型菌株的基因组作为分型菌株。利用fastANI软件,根据默认参数进行ANI分析。使用在线软件SpeciesFinder针对细菌的16S rDNA进行物种和血清型鉴定。结果在下载的2306个基因组中,1767株沙门氏菌存在178种血清型,以鼠伤寒沙门菌323株(18.3%)和肠炎沙门菌300株(17.0%)最为常见。ANI分析显示,以95%为界值时,仅有30株(1.3%)沙门氏菌被分配到1个特定的亚种,其余2276株(98.7%)沙门氏菌均可分配到2~5个亚种;以97%为界值时,2306株(100%)沙门氏菌均可被鉴定到唯一的亚种。基于16S rDNA的分析仅鉴定出1072株(46.5%)沙门氏菌,其中95.2%(1021/1072)的沙门氏菌鉴定的亚种结果与ANI(≥97%)分析鉴定的结果完全一致;与已知的血清型相比,仅有2.4%(19/784)的沙门氏菌与已知的血清型结果一致。结论ANI更适合沙门氏菌的种及亚种鉴定,ANI≥97%可作为沙门氏菌亚种的鉴定标准。16S rDNA技术对于沙门氏菌鉴定的敏感性尚有待提高。

基于16S rDNA测序的慢性牙髓炎及根尖周炎感染根管内菌群多样性研究

目的采用16S rDNA测序技术比较慢性牙髓炎和慢性根尖周炎患牙根管内微生物群落的构成差异,了解微生物与牙髓疾病的关系。方法临床采集需要进行根管治疗的慢性牙髓炎患牙和慢性根尖周炎患牙根管内微生物群落样本。提取样本中的细菌总DNA,PCR扩增其16S rDNA片段上的V3-V4高变区基因片段,经NovaSeq测序后进行统计分析和生物信息学分析,包括种系发育分析、多样性分析及组间差异分析。结果总计收集到慢性牙髓炎患牙6颗,慢性根尖周炎7颗,经高通量测序后共得到8510个操作分类单元(OTU),菌群多样性分析显示慢性牙髓炎和慢性根尖周炎在菌群构成的差异有统计学意义(P<0.05)。其中,变形菌门、酸杆菌门及放线菌门在慢性牙髓炎患牙根内相对丰度显著高于慢性根尖周炎。拟杆菌门和互养菌门的相对丰度在慢性根尖周炎患牙根管中显著增加。结论牙髓疾病患牙根管中感染微生物存在复杂多样性。慢性牙髓炎和慢性根尖周炎感染根管内的微生物群落构成上具有一定差异,根管内微生物组成的变化可能与牙髓疾病发生发展相关。

基于16S rDNA测序分析不同剩余采食量皖南黄兔盲肠中微生物菌落多样性

[目的]本研究旨在探究皖南黄兔个体间剩余采食量水平差异与盲肠菌群多样性的关系。[方法]选取体重、年龄相近的110只皖南黄兔仔兔进行60 d的饲养试验,试验结束后测定个体剩余采食量(residual feed intake, RFI),根据RFI值选出5只高RFI和5只低RFI皖南黄兔母兔,分别为H组(高RFI值)和L组(低RFI值)。利用16S rDNA扩增子测序技术对H组和L组母兔盲肠内容物进行比较分析。[结果]不同剩余采食量水平的家兔盲肠菌群组成丰富度无显著差异(P>0.05),而菌落多样性存在一定差异。L组黄兔盲肠微生物中纺锤链杆属(Fusicatenibacter)、经黏液真杆菌属(Blautia)、毛螺菌属(Lachnospira)、草酸杆菌属(Oxalobacter)、肠杆菌属(Intestinibacter)的相对丰度显著高于H组(P<0.05);Paludicola、Mailhella、螺杆菌属(Helicobacter)、假单胞菌属(Pseudomonas)的相对丰度显著低于H组(P<0.05)。[结论]不同RFI水平的皖南黄兔群体盲肠菌群多样性和结构组成存在一定差异,包括毛螺菌属、纺锤链杆菌属、结肠杆菌等与血脂代谢、血糖调节过程相关的菌群在两组间的丰度存在显著差异。调节肠道菌群的结构及丰度可能是改善家兔饲料利用效率的有效途径。

16S rDNA鉴定腐败椰果罐头中的微生物

以腐败椰果罐头为试材,选用4种培养基分离纯化腐败椰果罐头中的细菌,扩增细菌16S rDNA,对16S rDNA序列进行同源比对,并构建系统进化树,鉴定细菌种属。结果显示,从腐败椰果罐头中分离得到38株分离菌,经16S rDNA分子生物学方法鉴定为Paenibacillus humicus、Staphylococcus warneri、Sphingomonas sp.和Liquorilactobacillus satsumensis。

基于16S rDNA测序分析酒精性脂肪肝病进展中小鼠肠道菌群变化

目的:采用16S rDNA测序技术分析酒精性脂肪肝病(AFLD)发展过程中小鼠肠道菌群的变化,并探讨小鼠AFLD进展的可能机制。方法:将60只雄性C57BL/6小鼠随机分为对照组(35只)和模型组(25只)。适应性喂养5 d后,对照组小鼠每天喂食Lieber-DeCarli对照流质饲料(TP4030C),模型组小鼠每天喂食含有4%乙醇的Lieber-DeCarli流质饲料(TP4030B),连续30 d后,采用苏木精—伊红(HE)染色法观察肝脏病理变化;16S rDNA测序法分析肠道菌群组成结构。结果:与对照组相比,AFLD模型组小鼠肠道菌群的α多样性结果显示其物种丰富度降低(P<0.05)。Beta多样性结果表明两组小鼠肠道菌群结构组成和丰度存在显著差异(P<0.05)。与对照组相比,模型组粪杆菌属(Faecalibaculum)、杜博菌属(Dubosiella)、异杆菌属(Allobaculum)、瘤胃球菌属UCG-013(Ruminococcaceae UCG-013)等菌属相对丰度升高,乳酸杆菌属(Lactobacillus)、毛螺菌属(Lachnospiraceae NK4A136 group)等菌属相对丰度降低。模型组小鼠肠道菌群在丙氨酸转移酶、谷胱甘肽水解酶和组蛋白乙酰转移酶通路活性显著增加(P<0.05)。结论:含4%乙醇的Lieber-DeCarli流质饲料成功构建了AFLD C57BL/6小鼠模型,AFLD小鼠肠道菌群的结构和组成均发生变化,酒精可能通过破坏肠道微生物稳态,增加丙氨酸转移酶、谷胱甘肽水解酶和组蛋白乙酰转移酶通路活性加快AFLD的进展。

基于16S rDNA测序技术探讨地骨皮对自发性高血压大鼠肠道菌群的影响

目的探讨地骨皮对自发性高血压大鼠的降压作用及对肠道微生物组成的影响。方法通过16S rDNA测序技术探讨自发性高血压大鼠经地骨皮水提液干预后肠道微生物结构的变化。结果给药后大鼠血压下降,通过测序结果发现拟杆菌门、厚壁菌门等12个生物标志物。结论地骨皮提取物可能通过调节SHR大鼠肠道内菌群的丰度和比值,起到降低血压的效果。

三江源地区熊蜂16S rDNA序列变异及遗传距离分析

本研究基于16S rDNA序列对三江源地区不同熊蜂的遗传变异和系统发育关系进行了系统分析,对于深入研究三江源地区熊蜂的适应与进化及生物多样性保护具有重要意义。研究共测序获得三江源地区9个亚属17种熊蜂的21个单倍型,序列全长496 bp。碱基组成分析表明:颠换值高于转换值,变异位点(V)共159个,单倍型间存在较大的变异。结合Genbank下载的该9亚属其他39种熊蜂的16S rDNA序列,对该9个亚属的56种熊蜂进行了遗传距离和系统发育分析,结果表明:三江源地区17种熊蜂间遗传距离为0.029~0.128;亚属内平均遗传距离为0.023~0.075,亚属间遗传距离为0.057~0.102,亚属内遗传距离明显小于亚属间;通过邻接法(NJ法)和最大似然法(ML法)建立系统发育树,两树拓扑结构大致相同,三江源地区的17种熊蜂均与同亚属其他物种的亲缘关系最近。

基于16S rDNA测序分析毛滴虫对猕猴肠道菌群结构的影响

【目的】通过16S rDNA测序技术分析毛滴虫感染对猕猴肠道菌群结构的影响,为临床研究利用微生物替代抗生素治疗毛滴虫病提供参考依据。【方法】分别收集毛滴虫阳性和阴性的猕猴新鲜粪便样本各6份,通过宏基因组测序进行肠道菌群和功能基因预测分析。【结果】与健康猕猴相比,感染毛滴虫的猕猴肠道菌群的多样性降低,菌群组成发生显著变化,拟杆菌和纤维杆菌显著减少(P<0.05),而弯曲菌和脱硫杆菌显著增加(P<0.05);肠道微生物中乳酸杆菌目(Lactobacillales)、弯曲杆菌属(Campylobacter)、弯曲杆菌科(Campylobacteraceae)等在感染毛滴虫的猕猴中显著富集,而普雷沃菌9菌(Prevotella_9)、拟杆菌目(Bacteroidales)、拟杆菌门(Bacteroidota)等在健康猕猴中更丰富;Brachyspira_hampsonii、Prevotellaceae_bacterium_Marseille_P2831是猕猴毛滴虫感染的生物标记物;肠道菌群功能基因预测显示,与氨基酸的生物合成和抗生素的生物合成途径相关的微生物基因功能在毛滴虫感染的猕猴中显著降低(P<0.05)。【结论】毛滴虫感染猕猴可降低肠道菌群的多样性,改变了肠道微生物群的结构,降低肠道菌群的生物合成功能。

基于16S rDNA高通量测序技术分析限制基础饲粮补饲水培大麦苗对籽鹅肠道菌群的影响

【目的】本试验旨在通过16S rDNA高通量测序技术分析限制基础饲粮补饲水培大麦苗对籽鹅肠道菌群的影响。【方法】试验选取28日龄籽鹅160只,随机分为4组,每组4个重复,每个重复10只鹅。A组籽鹅自由采食基础饲粮,B、C和D组籽鹅分别以A组采食量的85%、72.5%和60%饲喂基础饲粮,自由采食水培大麦苗。试验期42 d。70日龄时,每个重复抽取2只籽鹅屠宰后取空肠和回肠混合内容物及盲肠内容物,通过Illumina MiSeq测序平台进行高通量测序及生物信息学分析。【结果】①籽鹅肠道微生物Alpha多样性指数和Beta多样性分析结果在各组间均无显著性差异(P>0.05)。②4组籽鹅肠道微生物共有4个优势菌门(相对丰度>1%):厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门和放线菌门;共有7个优势菌属:肠球菌属、假单胞菌属、拟杆菌属、罕见小球菌属、颤螺菌属、栖粪杆菌属和螺杆菌属。D组放线菌门的相对丰度显著低于A组(P<0.05);B、C和D组螺旋体门、梭杆菌门、棒杆菌属、葡萄球菌属和气球菌属的相对丰度均显著低于A组,肠球菌属的相对丰度显著高于A组(P<0.05)。③经LEfSe分析发现,A组籽鹅肠道微生物有标志物种4个:放线菌门、栖水菌属、乳杆菌属和乳杆菌科;B组有标志物种3个:叶绿体纲、链形植物目和间孢囊菌科;C组有标志物种11个:黄色单胞菌科、黄色单胞菌目、慢生根瘤菌科、草酸杆菌科、伯克氏菌目、劳尔氏菌属、β-变形菌纲、TM7菌门、TM7_3菌纲、Rs_045菌科和I025菌目;D组籽鹅肠道未发现标志物种。【结论】在本试验条件下,限制基础饲粮采食补饲水培大麦苗对籽鹅肠道微生物菌群多样性影响较小,但会影响菌群相对丰度,并能抑制部分致病菌生长、改善肠道健康状态;但基础饲粮供给比例过低可能引起菌群失衡。

基于16S rDNA技术研究“雅解沙把”抗急性酒精性肝损伤小鼠的作用机制

目的探究“雅解沙把”对酒精诱导肝损伤小鼠的药效作用,通过16S rDNA技术研究“雅解沙把”对肠道菌群的调节作用机制。方法取健康雄性KM小鼠随机分为空白组、模型组“、雅解沙把”低剂量、中剂量、高剂量(0.39、1.17、3.51 g生药·kg^(-1))组和联苯双酯(2.93 mg·kg^(-1))组,每组8只。“雅解沙把”预给药1周后,一次性灌服56%酒精建立小鼠急性酒精性肝损伤模型,检测小鼠血清中AST和ALT的含量,并通过HE染色观察肝脏组织病理形态学的变化;其次,在无菌操作下提取各组大鼠粪便DNA,进行16S rDNA测序并通过Alpha多样性及门和属水平上物种组成进行差异分析。结果“雅解沙把”对肝功生化指标(ALT、AST)均有明显的改善作用,HE染色结果显示,肝损伤程度明显减轻;同时,16S rDNA测序研究表明“雅解沙把”具有增加急性酒精性小鼠肠道菌群多样性的作用;在门水平上,“雅解沙把”可显著降低变形菌门丰度,增高拟杆菌门丰度;在属水平上,“雅解沙把”显著上调拟杆菌属、拟普雷沃氏菌属丰度,下调普氏菌属和幽门螺杆菌属丰度,使肠道菌群处于动态平衡状态。结论“雅解沙把”可能通过调节肠道菌群及其代谢产物来发挥抗急性酒精性肝损伤的作用。

基于16S rDNA测序对中重度牙周炎伴脑梗死患者龈下菌斑微生物群落结构分析

目的:运用16S rDNA测序比较分析中重度牙周炎伴脑梗死患者的龈下菌斑微生物群落结构特征及多样性,并初步探讨中重度牙周炎与脑梗死的相关性。方法:根据纳入和排除标准,采集中重度牙周炎患者10例(PD组)、中重度牙周炎伴脑梗死患者10例(CI-PD组)和健康人群10例(CK组)的龈下菌斑,通过Illumnia NovaSeq 6000测序平台对16S rDNA V3-V4区进行测序,运用Qiime、R、mothur及SPSS等软件进行生物信息学分析。结果:PD和CI-PD组龈下菌群结构较为相似,但两组龈下菌群多样性较健康组有显著差异(P<0.05)。在菌门和菌属水平上,PD与CI-PD组最多的物种是拟杆菌门和梭杆菌属,而CK组是放线菌门和梭杆菌属。PD和CI-PD组龈下菌斑微生物群落中卟啉单胞菌属、普雷沃氏菌属、密螺旋体属、产丝菌属和TG5较CK组增加(P<0.05);CI-PD组龈下菌斑微生物群落中的奈瑟菌属、劳特罗普氏菌属、二氧化碳嗜纤维菌属、罗氏菌属、嗜血杆菌属、心杆菌属显著低于PD组(P<0.05)。结论:CK、PD和CI-PD 3组龈下菌斑微生物群落结构存在差异性,初步提示中重度牙周炎伴脑梗死患者龈下菌斑微生物群落中卟啉单胞菌属、普雷沃氏菌属、密螺旋体属、产丝菌属及TG5的增加和奈瑟菌属、劳特罗普氏菌属、二氧化碳嗜纤维菌属、罗氏菌属、嗜血杆菌属及心杆菌属的减少可能与脑梗死相关。

基于16S rDNA测序分析云南高原世居汉族高血压患者肠道菌群的差异

目的:采用16S rDNA测序技术分析云南高原世居汉族新诊断高血压患者与健康人群肠道菌群的差异。方法:基于中国多民族队列(CMEC)的基线调查数据,将云南丽江永胜县汉族新诊断高血压患者分为未用药组(H组)23例,高血压药物治疗组(HM组)13例,以健康人群26例作为对照(C组)。收集3组血液、粪便样本,用于血液生化指标检测及16S r DNA测序技术分析。结果:α多样性结果显示,与C组相比,H组肠道菌群物种丰富度下降(P=0.037);β多样性结果显示,3组比较差异具有统计学意义(R^(2)=0.047,P=0.043),其中HM组与C组差异最为显著(R^(2)=0.0552,P=0.005)。在属水平上,与C组比较,H组双歧杆菌、柯林斯杆菌属、苏黎世杆菌属等7个菌属丰度显著降低,而肠球菌属丰度显著增高(均P<0.05)。H组与C组Spearman相关性分析结果显示,双歧杆菌属和柯林斯杆菌属与收缩压(SBP)和舒张压(DBP)呈负相关关系(P<0.05)。受试者工作特征(ROC)曲线分析显示,双歧杆菌和柯林斯杆菌作为高血压疾病的微生物标志物的曲线下面积(AUC)为0.78。结论:云南高原世居汉族人群高血压疾病的发生、发展与肠道菌群紊乱相关,表现为有益菌减少,有害菌增加;双歧杆菌和柯林斯杆菌或可作为高原地区人群高血压的微生物标志物,补充有益菌和调整饮食结构可预防和改善高血压。

基于16S rDNA测序分析柔嫩艾美耳球虫感染对鸡盲肠菌群的影响

为探究柔嫩艾美耳球虫感染对鸡盲肠菌群的影响,采集对照组和球虫感染组雏鸡盲肠内容物,提取DNA,16S rDNA测序分析鸡盲肠菌群丰度、多样性的变化,采用粪菌移植验证正常鸡肠道菌群对柔嫩艾美耳球虫感染的保护作用。16S rDNA测序结果显示,柔嫩艾美耳球虫感染后盲肠内菌群丰度、多样性显著降低。在门水平上,感染前,两组雏鸡盲肠的优势菌门均为厚壁菌、变形菌、放线菌;感染后厚壁菌门丰度下降,变形菌门、放线菌门的丰度上升,差异显著(P<0.05),感染组出现了拟杆菌门。在属水平上,与对照组相比,感染组鸡盲肠微生物菌群中乳杆菌属、埃希菌-志贺菌属、拟杆菌属、罗姆布茨菌属、棒状杆菌属、肠球菌属、变形杆菌属丰度增加但差异不显著(P>0.05),毛螺菌科未定属、瘤胃球菌属、梭菌UCG-014、瘤胃球菌科未定属丰度显著下降(P<0.05),GCA-900066575丰度降低但差异不显著(P>0.05)。粪菌移植结果显示,与生理盐水移植组相比,盲肠内容物移植组和粪便菌移植组能显著减轻柔嫩艾美耳球虫感染后鸡增重降低的影响,减轻盲肠损伤,卵囊产量显著下降(P<0.05)。盲肠内容物移植组和粪便菌移植组的抗球虫指数分别为173.12和164.38,可以抵抗柔嫩艾美耳球虫的感染。以上结果表明,柔嫩艾美耳球虫感染破坏了原始肠道菌群,鸡盲肠的组成和结构被改变,促进了以埃希菌-志贺菌为代表的致病菌快速生长和定殖,而正常鸡肠道内存在益生菌,可保护机体对抗柔嫩艾美耳球虫感染。

基于16S rDNA测序技术分析实验用猫的肠道菌群特征

目的通过16S rDNA高通量测序研究不同品种和不同性别实验用猫肠道菌群的变化特征。方法选取实验用猫21只,根据实验用猫的品种和性别进行分组,按品种分组(普通组=12只、品种组=9只),按性别分组(雄性组=9只、雌性组=12只)。采取猫的粪便样本,提取DNA,PCR扩增,利用通过16S rDNA高通量测序进行菌群结构及多样性的差异分析。结果实验用猫门水平的优势菌为厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门(相对丰度之和大于96%)。属水平相对丰度水平较高的菌群为链球菌属、肠球菌属、欧鲁森氏菌属、普雷沃氏菌属、双歧杆菌属和柯林斯菌属。性别可对实验用猫肠道菌群的构成产生影响,且雄性猫和雌性猫之间存在丰度有统计学差异的菌种。相较于雌性猫,普雷沃氏菌属、柔嫩梭菌属和土孢杆菌属在雄性猫的肠道中的相对丰度增加(t检验,P<0.05)。结论利用16S rDNA高通量测序分析了实验用猫的肠道菌群的组成、丰度等基本特点,并阐述了性别及品种对实验用猫肠道菌群物种组成的影响。