利用16S-23S rDNA RFLP及16S rRNA基因序列分析方法对湖北省饭豆(Vigna umbellata L.)根瘤菌系统发育的研究

采用16S-23S rDNA间隔区段(IGS)PCR-RFLP与16S rRNA基因部分序列分析的方法对饭豆根瘤菌进行了遗传多样性及系统发育分析.由16S-23S rDNA IGS PCR-RFLP分析可知,所有菌株在52%的相似性水平上聚在一起,形成了慢生型菌群与快生型菌群这两大菌群.群Ⅰ中,在79%相似性的水平上分为ⅠA与ⅠB两个分支.群Ⅱ中,在62%相似性的水平上分为ⅡA与ⅡB两个分支,分支ⅡA在72%的相似性水平上进一步分为ⅡA1、ⅡA2和ⅡA3三簇;分支ⅡB中的饭豆根瘤菌与标准菌株USDA205T聚在一起,表现的差异并不大.由16SrRNA基因部分序列分析结果可知,供试的4个代表菌株分别位于不同的系统发育分支中.CYR4243与Sinorhizobium fredii的模式菌株USDA205T的序列相似性达到了99.87%.HCY1101与Rhizobium leguminosarum中的三叶草生物型(bv.trifolii)和豌豆生物型(bv.viceae)这两个生物型的参比菌株亲缘关系最近,序列相似性为100%.HCY5202与R.galegae亲缘关系最近,序列相似性为99.86%.CYY3302与Bradyrhizobium elkanii的参比菌株USDA86有最近的亲缘关系,序列相似性近似于100%.

山羊奇异变形杆菌分离鉴定及其16S-23SrRNAISR序列RFLP分析

2012年初,山东菏泽某羊场的羊群发病,从发病羊器官分离到2株病原细菌。对病原细菌进行鉴定,并对其与已知同种异源菌株相似性差异进行分析。从患病山羊内脏器官分离细菌,经形态特征、培养特性、生化试验、血清学试验及致病性试验进行鉴定;再通过设计通用引物扩增16S-23SrRNA ISR(intergenic spacer region)序列,将PCR产物经HinfⅠ单酶切获得3条可视条带,同时对扩增条带中的主带测序并进行系统发育分析。结果表明,分离菌株为奇异变形杆菌;分离菌株同本实验室保存的兔源与鸡源奇异变形杆菌PCR-RFLP结果一致;分离菌株PCR产物同GenBank收录的HI4320株奇异变形杆菌及本实验室保存的兔源与鸡源奇异变形杆菌进行序列比较,分离羊源菌株与兔源菌株相似性为94.8%、与鸡源菌株相似性为96.0%～98.2%,与人源HI4320株相似性为96.9%。研究证实发病羊致病病原为奇异变形杆菌,其与鸡源、兔源和人源奇异变形杆菌的亲缘关系较近。

奇异变形杆菌、洛菲氏不动杆菌16s rRNA3’-23s rRNA 5’间序列的克隆及测序

目的:对奇异变形杆菌、洛菲氏不动杆菌16s rRNA 3’~23s rRNA 5’间序列(16S^23S rRNA intergenic spacer region,ISR)进行克隆测序,为分子探针技术鉴定两菌奠定基础。方法:针对临床常见致病菌16s rRNA 3’~23s rRNA 5’间序列两端的16S及23S rRNA保守序列设计PCR扩增的通用引物,对两菌进行扩增,利用PMD-18TVector质粒对两菌的PCR产物进行T载体克隆构建,测序后申报Genbank。结果:两菌的通用引物扩增产物构建的T载体克隆,测序结果经Blast分析,确定为两菌的ISR序列,申报Genbank获得接收。结论:成功的对奇异变形杆菌、洛菲氏不动杆菌ISR序列进行了克隆测序,该序列可以用于两种菌的通用引物PCR扩增技术鉴定。

基于16SrRNA和16S-23SrRNA基因间隔区序列探讨陆生和水生螺原体菌株的系统发生关系

采集江苏省养殖池塘内发病的中华绒螯蟹、克氏原螯虾和南美白对虾,利用已有螺原体16S rRNA和23S rRNA基因序列保守引物扩增并测序16S rRNA和16S-23S rRNA基因间隔区序列(ISRs).基于已获得的序列和GenBank中下载的螺原体序列分别进行同源性比对,比对的结果分别利用PAUP软件和MrBayes软件提供的最大似然法和贝叶斯法进行系统发生关系分析.分析结果是:所有淡水甲壳动物螺原体菌株Spiroplasma erio-cheiris(中华绒螯蟹)、Spiroplasmasp.CRAYFISH(克氏原螯虾)、Spiroplasmasp.SHRIMP(南美白对虾)严格聚为一支,并且与陆生兔扁虱螺原体(非凡螺原体)Spiroplasma mirum关系最近,而与中国报道的陆生植物螺原体菌株Spiroplasmasp.CR-1(油菜)、Spiroplasmasp.CNR-1(油菜)、Spiroplasmasp.CNR-2(油菜)、Spiroplasmasp.CAN-1(杜鹃花)、Spiroplasmasp.CRW-1(红花酢浆草)及昆虫螺原体菌株Spiroplasmasp.CH-1(蜜蜂)、Spiroplas-masp.M10(蜜蜂)关系较远,此外,3个淡水甲壳动物螺原体菌株与现今唯一报道的海水南美白对虾螺原体Spi-roplasma penaei系统发生关系也很远.因此,在螺原体属中,我国发现的淡水甲壳动物螺原体近缘种是非凡螺原体而不是我国陆生昆虫或植物螺原体及美洲的南美白对虾螺原体.

16SrRNA基因与16S-23SrRNA转录单元内间隔区序列分析及其在节旋藻和螺旋藻分类鉴定中的应用

测定了节旋藻属 3个品系和螺旋藻属 1个品系的全长 1 6SrRNA基因和 1 6S 2 3SrRNA转录单元内间隔区序列 (ITS) ,分析了已知的节旋藻、螺旋藻和相关品系的相应序列的同源性 ,构建了系统发生树 ,并评价了这两段DNA序列在节旋藻、螺旋藻种属分类和种质鉴定中的意义。结果表明 :( 1 ) 1 6SrRNA基因序列和ITS序列均可用于节旋藻属和螺旋藻属的属间分类 ,以两序列为基础的系统学分析结果一致 ;( 2 )ITS序列变异程度高于 1 6SrDNA序列 ,适用于节旋藻和螺旋藻属内品系或种质鉴定 ;( 3)节旋藻属可明确界定 ,1 6SrRNA基因序列相似性大于 98% ,ITS序列相似性大于 88% ;( 4 )螺旋藻属某些品系间 1 6SrDNA序列和ITS序列相似性较低 ,与不同属间的序列相似性程度为同一水平。

中国布鲁氏菌16s-23s rRNA间隔区多态性研究

目的利用16 s-23 s rRNA间隔区(ITS)的多态性,对中国布鲁氏菌种间或种内生物型进行鉴别,评价ITS作为基因标识物的意义,寻找适合布鲁氏菌分型研究的基因标识物。方法应用聚合酶链反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)分析技术,对中国120株布鲁氏菌的ITS进行分析和筛选,测序结果与Genbank中的布鲁氏菌ITS序列进行比较分析。结果对16 s-23 s rRNA间隔区的SSCP结果分析,得到4种不同的带型(ⅠI、I、Ⅲ、Ⅳ),测序序列有3个位点的差异,达到99.87%的一致性。结论中国布鲁氏菌的ITS序列高度保守,具有一定探讨其作为布鲁氏菌属种内分型的基因标识的价值。

分支杆菌临床分离株的16S-23S rRNA基因转录间隔区的序列分析

目的 建立鉴定分支杆菌分离株的 16S - 2 3SrDNA转录间隔区 (internaltranscribedspacer ,ITS)序列分析的方法 ,用该方法对临床分离株进行鉴定。方法 对从重庆某医院分离的 2 9株分支杆菌菌株分别进行了PCR扩增 ,得到它们的16S - 2 3SrDNAITS片段 ,并测定所得到片段的DNA序列。用DNA分析软件将所获得的序列与GenBank的分支杆菌序列相比较 ,计算种间相似性 ,并用序列构建分支杆菌菌株的系统发育树 ,对分离株进行鉴定。结果 在ITS序列分析中 ,有 10株的序列分别与结核分支杆菌复合群 (Mycobacteriumtuberculosiscomplex ,MTC)、戈登分支杆菌 ,脓肿分支杆菌的序列完全一致。依据完全一致的序列可以准确鉴定这些临床分离株为相应的种 ;4株 16SrDNA序列分析不能准确鉴定的分离株中其中 3株(M 4、M 5、M 12 )鉴定为戈登分支杆菌 ,1株 (M 2 3)鉴定为脓肿分支杆菌。部分分离株的的ITS序列在GenBank序列检索中无完全一致的匹配序列 ,这些不同的序列之间的相似程度为 2 7.1%～ 99.2 %。用临床分离株的ITS序列与其最相似的已知分支杆菌的ITS序列构建的系统发育树 ,菌株分群与 16SrDNA序列构建的系统发育树的分群基本一致。结论 分支杆菌的16S - 2 3SrDNAITS序列比 16SrDNA序列有更大的多样性 。

基于16S-23S rRNA ITS AFLP对米酒发酵过程中原核微生物的演替分析

利用16S-23S rRNA ITS AFLP指纹图谱技术监控四川传统米酒发酵过程中原核微生物的演替,并结合米酒发酵过程中理化因子的动态变化对其演替过程进行了分析。研究结果表明,米酒发酵过程中,随着酒曲的接入,米酒醅中原核微生物伴随米酒理化因子的动态变化而发生群落演替。在适应期和发酵期,米酒醅中的原核微生物群落分别聚成群I和群II,二者相关系数为0.49。群II中,在相关系数0.638水平上又分为IIA和IIB两个分支。分支IIA又进一步分为IIA1和IIA2两簇,相关系数为0.73。簇IIA2中主要发生的是发酵旺盛期微生物的演替;簇IIA1中I,IA1-1和IIA1-2亚簇分别表示发酵前期、发酵后期米酒醅中的原核微生物群落演替,二者聚集于相关系数0.80。其中I,IA1-2中,发酵52 h和55 h的米酒醅中原核微生物群落几乎相似,二者群落相关系数为1.0。

16S-23S rRNA ITS-AFLP指纹图谱分析在白酒窖泥原核微生物多样性分析中的应用

利用非培养的分子生物学方法对位于多粮原料生产的窖壁和窖底的新窖和老窖窖泥中原核微生物的16S-23S rRNA ITS进行AFLP(amplified fragment length polymorphism)分析,利用NTSYSpc 2.10e软件构建聚类图,分析其关系。结果表明,来自不同窖池的不同部位的原核微生物在16S-23S rRNA ITS水平上呈现出差异,其中老窖窖底和新窖窖底的原核微生物多样性存在着明显差异,其相关系数为0.47;而老窖窖壁和新窖窖壁的原核微生物多样性却差异不大,其相关系数为1.00。

常见分枝杆菌种内不同株之间16S rRNA基因和16S-23S rRNA ITS序列分析结果的比较

目的针对常见分枝杆菌不同株对其基因序列进行分析,比较分析结果。方法利用16S rRNA Gene和16S-23S rRNAITS(转录间隔区序列)分析法分别对97株共7种DSMZ/ATCC引进的常见分枝杆菌进行种内不同株之间基因差异性分析,对比两种分型结果的异同。结果 16S rRNA基因可将13株草分枝杆菌分为3个型别,18株偶发分枝杆菌分为6个型别,17株耻垢分枝杆菌分为4个型别,8株戈登分枝杆菌分为3个型别,9株龟分枝杆菌龟亚种分为3个型别,15株堪萨斯分枝杆菌分为2个型别,17株产鼻疽分枝杆菌分为1个型别;而16S-23S rRNA ITS可依次将上述分枝杆菌分为3个、15个、7个、3个、4个、3个、5个型别。结论 16S rRNA Gene分析和16S-23S rRNA ITS分析均是分枝杆菌基因型分析的可靠方法,此外,16S-23SrRNA ITS的种内多态性高于16S rRNA Gene。

16S rRNA、23S rRNA及16S～23S rRNA基因在细菌分离与鉴定中的应用

在细菌的进化过程中,rRNA结构既具保守性又具高变性。保守性反映生物物种的亲缘关系,高变性则揭示生物物种的特征核酸序列,rRNA是属种鉴定的分子基础。因此,可以利用保守区设计通用引物扩增细菌的相应靶序列,再利用可变区的差异鉴别菌种。文章就16S rRNA、23S rRNA和16S～23S rRNA基因在细菌分离与鉴定中的应用做以下综述。

16S-23S rRNA间区基因RFLP用于病原菌区分

[目的]探讨16S-23SrRNA间区基因RFLP用于临床常见病原菌区分的可能性。[方法]183株临床分离来的细菌经荧光PCR扩增后进行不完全限制性酶切,产物进行毛细管电泳。[结果]所有细菌的酶切产物经毛细管电泳后,不同细菌产生不同的RFLP谱图,互相之间能够明显区分。[结论]该方法可以将临床常见病原菌准确区分到种的程度,极有应用价值。

关节液中细菌16srRNA与23s rRNA诊断膝关节置换术后感染的价值

目的探讨利用关节液中细菌16s rRNA与23s rRNA诊断全膝关节置换术后感染的效率及两种基因诊断方法的差异。方法对33例无菌性松动及19例假体周围感染行人工膝关节翻修的患者,通过RT-PCR检测关节液中细菌16s rRNA、23s rRNA保守基因片段诊断假体周围感染。比较两种诊断策略的敏感性、特异性、阳性预测值、阴性预测值及准确性。结果以国外关于假体周围感染诊断方法的文献判定假体周围感染,利用16s rRNA进行诊断的敏感性78.8%,特异性93.9%,阳性预测值88.2%,阴性预测值为88.6%,准确性为88.5%;而采用23s rRNA扩增方法诊断的敏感性、特异性、阳性预测值、阴性预测值及准确性分别为68.4%、78.8%、65.0%、81.2%和75.0%。两种基因诊断的各指标比较差异均无统计学意义(P>0.05)。结论通过检测关节液中细菌16s rRNA或23s rRNA诊断人工膝关节置换术后感染,具有较高的诊断效率,且两者差异无统计学意义。

鼠疫耶尔森氏菌16S-23SrRNA基因间区的酶切位点分析

目的 :了解鼠疫耶尔森氏菌 16S - 2 3SrRNA基因间区的酶切位点分布情况。方法 :PCR扩增及限制性内切酶分析。结果 :对EV菌及不同来源的 10 3株鼠疫耶尔森氏菌 16S - 2 3SrRNA基因间区进行了扩增 ,选用限制性内切酶TaqⅠ及MspⅠ对扩增产物进行酶切分析 ,结果发现所用鼠疫耶尔森氏菌该间区扩增产物及酶切图谱一致 ;选用TaqⅠ +MspⅠ ,HinfⅠ +MspⅠ对EV菌 16S - 2 3SrRNA基因间区扩增产物进行了双酶切分析 ,作出了TaqⅠ ,MspⅠ ,HinfⅠ在EV菌该间区的酶切位点图。结论 :鼠疫耶尔森氏菌 16S - 2 3SrRNA基因间区相当保守 ;

小儿常见感染菌16S-23S rRNA基因区间的分子生物学研究

目的 探讨聚合酶链反应 (PCR)加限制性内切酶片段长度多态性 (RFLP)分析在细菌rDNA区间检测中的应用。方法 以 16S 2 3SrRNA基因区间为靶序列 ,设计引物 ,选择合适的内切酶 ,采用PCR法加RFLP法检测标准菌株及临床菌株的rDNA区间。结果 2 6株不同的标准菌株经PCR扩增后 ,分别出现一条带 ,两条带 ,三条带及多条带的不同DNA图谱 ,敏感性试验可检出 2 .5CFU的细菌 ,与人类基因组DNA、真菌及病毒无交叉反应。其中 14种菌经一步PCR扩增即可区分。另 12种菌除肺炎克雷伯氏菌与坚韧肠球菌经HinfI或AluI酶切后仍不能区分外 ,其余经其中一内切酶酶切后均能区分。 32例血培养阳性标本均扩增出与相应标准菌株相一致的图谱。结论 16S 2 3SrRNA区间基因PCR扩增加RFLP技术检测细菌rDNA区间 ,具有特异、敏感、快速、准确的特点 ,为细菌感染的病原诊断提供新的科学依据。

界膜组织细菌16S rRNA和23S rRNA对假体周围感染的诊意义

目的对界膜组织中细菌16S rRNA、23S rRNA进行PCR检测,分析比较两者单独以为及联合应用于假体周围感染诊断的效率。方法应用诊断标准对本机构67例髋关节翻修患者是否患有假体周围感染(PJI)作出诊断;用PCR技术检测各界膜组织中细菌16S rRNA和23S rRNA基因片段的表达,同样对PJI作出诊断。分别将16S rRNA、23S rRNA、16S rRNA/23S rRNA(即16S rRNA或23S rRNA检测一项为阳性结果即可)以及16S rRNA+23S rRNA 4种策略的诊断结果与诊断标准的结果比较,分析4种策略的敏感性、特异性、阳性及阴性预测值、准确性的差异。结果应用16S rRNA/23S rRNA诊断的敏感性和阴性预测值均高于16S rRNA+23S rRNA(95.7%vs 52.2%,P<0.01;97.6%vs 79.6%,P=0.01)。4种诊断策略的特异性、阳性预测值以及准确性无显著性差异,单独应用16S rRNA或23S rRNA的诊断效率相当。结论单独应用16S rRNA或23S rRNA进行诊断的效率明显差异,16S rRNA/23S rRNA较16S rRNA+23S rRNA更为敏感,且阴性结果可信度更高。

产生伴胞晶体的芽胞杆菌CTC菌株的16S-23SrRNA间隔区分析

根据能形成伴胞晶体的特征,芽胞杆菌CTC菌株被鉴定为苏云金芽胞杆菌幕虫亚种。但该菌株明显不同于典型的苏云金芽胞杆菌,因为其伴胞晶体蛋白并不是由杀虫晶体蛋白基因编码,而是编码细胞表面S 层蛋白基因的产物,且伴胞晶体蛋白没有检测到对昆虫的毒性。本研究基于对CTC菌株及参照菌的16S-23SrRNA间隔区、编码S 层蛋白的基因进行扩增并测序,从系统发育水平检测到CTC菌株明显与苏云金芽胞杆菌幕虫亚种典型菌株T02存在差异,表明芽胞杆菌CTC菌株更接近蜡状芽胞杆菌。

中华绒螯蟹颤抖病螺原体分布及16 S-23 S rRNA基因间隔区序列的分析

为了探究中华绒螯蟹颤抖病螺原体(Spiroplasma eriocheiris)在江苏省的分布,以2003年至2009年从江苏省养殖池塘收集的发病中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)为研究对象,利用螺原体体外培养、光电镜检测和16 S-23 S rRNA基因间隔区序列比较等方法进行了系统分析。结果表明,S.eriocheiris是一种广泛分布于江苏省养殖中华绒螯蟹体内的病原微生物,它们不仅在7月底8月初的高温季节引起中华绒螯蟹发病和暴发性死亡,还能在3月和11月等低温季节引起部分中华绒螯蟹的发病和死亡,其严重危害中国江苏省中华绒螯蟹养殖业的健康发展。

肺炎克雷伯氏菌强毒株的分离鉴定及16-23SrRNAITS序列分析

为确诊疑似仔猪肺炎克雷伯氏菌（K．pneumonia）感染，并研究其病原的致病性、耐药性、16—23S rRNA ITS系统进化特征，本研究从云南因肺炎、腹泻而大量死亡的仔猪中分离到1株革兰氏阴性短粗杆菌，命名为KP14013，对其进行生化鉴定、16SrRNA鉴定，研究其对小白鼠和仔猪的致病性，并对其16—23S rRNA ITS基因进行测序和遗传进化分析。结果显示，KP14013分离株生化特征与肺炎克雷伯氏菌相符，其16SrRNA与GenBank中23株肺炎克雷伯氏菌代表株之间的同源性均为99％，将KP14013鉴定为肺炎克雷伯氏菌。KPl4013对小白鼠半数致死量（LD50）为3×10^1.8CFU，腹腔注射3×10^8CFU可使仔猪100％致死。16—23S rRNA ITS系统进化关系结果表明，KPl4013与GenBank中收录的15株肺炎克雷伯氏菌形成进化树的一个分支，属于同一个亚群，它们之间的核苷酸同源性为98．4％～99．2％。本研究证实了肺炎克雷伯氏菌是该起仔猪腹泻大量死亡的病原；KP14013分离株为毒力极强菌株，具有多重耐药性，其16-23S rRNA ITS与GenBank中收录的肺炎克雷伯氏菌代表株之间核苷酸存在差异，可用于肺炎克雷伯氏菌菌株间的鉴别。

16S rRNA、16S-23S rRNA基因测序分析检测主要血流感染病原菌比较

目的比较细菌16S rRNA、16S-23S rRNA 基因测序分析在血流感染病原菌检测中的作用。方法提取临床上血流感染常见的金黄色葡萄菌、表皮葡萄球菌、大肠埃希菌、粪肠球菌、肺炎链球菌、铜绿假单胞菌、阴沟肠杆菌、鲍曼不动杆菌、洛菲不动杆菌、肺炎克雷伯杆菌、化脓性链球菌、奇异变形杆菌、潘尼变形杆菌、屎肠球菌、粘质沙雷菌、宋内志贺菌、产气肠杆菌、小肠结肠炎耶尔森菌、腐生葡萄球菌基因组 DNA,运用 16S rRNA、16S-23S rRNA 基因进行 PCR 扩增。扩增产物经测序后在美国国家生物技术中心(NCBI)上进行比对分析,确定菌种。结果在所分析的 19 种临床血流感染常见细菌中,16S rRNA 基因测序分析可将除粘质沙雷菌外的细菌鉴定到种的水平,但无法完全区分近缘种属;16S-23SrRNA 成功鉴定 17 种细菌,除大肠埃希菌、宋内志贺菌外所有细菌均成功鉴定到单一种的水平。结论 16S-23S rRNA 基因可作为血流感染细菌检测较好的分子靶标。