四株饲用芽孢杆菌的分离鉴定及其16S-rRNA的序列分析

芽孢杆菌是一类抗性强耐高温的细菌,部分芽孢杆菌有益生作用,在动物肠道内能有效抑制病原菌,促进肠道有益菌的繁殖,维持动物肠道内的微生态平衡。本试验从引进的饲料样品中分离出4株杆菌,分别命名为YB-1、YB-2、YB-3和YB-4,通过表型鉴定及16S-rRNA测序鉴定,YB-1为苏云金芽孢杆菌、YB-2、YB-4为枯草芽孢杆菌、YB-3为蜡样芽胞杆菌。16S-rRNA序列同源分析结果表明:YB-2、YB-4与枯草芽孢杆菌亚种的同源性分别为99.91%和100%;YB-1与苏云金芽孢杆菌亚种的同源性为99.17%,YB-3与蜡样芽胞杆菌亚种的同源性为100%,从样品中分离出两株枯草芽孢杆菌,一株苏云金芽孢杆菌和一株蜡样芽胞杆菌。

猪源奇异变形杆菌分离与鉴定及16S rRNA基因序列同源性分析

为了解奇异变形杆菌在猪群中感染情况,2016年9-12月从河南省规模化猪场采集病料,进行奇异变形杆菌的分离、鉴定及药敏试验;将分离菌株16SrRNA基因序列与GenBlank中其他不同来源且同源性匹配较高的奇异变形杆菌菌株构建系统发育树。结果表明:从河南省规模化猪场18起病例中,共分离3株奇异变形杆菌,分别命名为Ly、Ymh和Hbqx;与其他12株奇异变形杆菌的同源性分别为99.1%~99.4%、99.4%~99.8%和99.4%~99.9%,Ly、Ymh和HbqX间同源性为99.3%~99.4%。其中,Ly与KF051776(中国深圳株)、KC456539(中国云南株)同源性最高,为99.4%;Ymh与HQ259932(中国河北株)同源性最高,为99.8%;Hbqx与KC456539(中国云南株)同源性最高,为99.9%。3株奇异变形杆菌对青霉素、氨苄西林、卡那霉素、阿莫西林、多西环素、恩诺沙星、多粘菌素、氯霉素、萘啶酸和磺胺异恶唑均耐药,对其他药物耐药性不同。

子宫内膜样癌患者的阴道菌群特征及其功能预测

目的 分析子宫内膜样癌患者阴道菌群特点,预测其可能参与的子宫内膜样癌发生、发展的功能通路。方法 选择2017年9月—2020年12月就诊于上海市浦东医院妇产科的35例诊断为子宫内膜样癌(内膜样癌组,16例)或增殖期子宫内膜(对照组,19例)的患者。以无菌棉签取患者阴道后穹隆部的分泌物,对样本进行16S核糖体RNA(16S-rRNA)的V3至V4高变区高通量测序以鉴定菌群,并行阴道微生物α多样性、β多样性分析,以及微生物的功能预测分析。比较两组患者的阴道微生物α多样性分析结果(Shannon指数、Simpson指数、Chao指数、ACE指数、Coverage指数)、群落组成情况、β多样性分析结果[非度量多维尺度(NMDS)分析结果],以及微生物的功能预测分析结果(差异富集的功能通路)。结果 两组间Shannon指数、Simpson指数、Chao指数、ACE指数和Coverage指数的差异均无统计学意义(P值均>0.05)。内膜样癌组加德纳菌属相对丰度(3.32%)显著低于对照组(15.39%,P=0.03)。NMDS分析结果显示,内膜样癌组与对照组样本分布比较接近,重合度高,组间β多样性的差异无统计学意义(P=0.32),且Stress=0.19,故此分析可靠。PICRUSt 1.1.0软件功能预测分析结果显示,内膜样癌组次生代谢物生物合成运输与分解代谢、细胞运动的功能丰度值分别为190 899.88±11 187.84、136 818.06±11 248.72,均显著高于对照组的115 730.86±3 542.88、47 544.90±2 647.83(P值均<0.01)。结论 阴道菌群为子宫内膜样癌无创筛查提供了可能,功能预测为子宫内膜样癌发生和发展机制的研究提供了新的参考。

一株耐锌菌株的分离鉴定及其生长特性研究

从造纸厂排污口的土壤中分离对锌具有较强耐受性的菌株HXZ-1。菌株HXZ-1能够在含锌离子浓度为50 mg/L的液体培养基中生长良好,能耐受锌离子的最高浓度为1000 mg/L。结合其生理生化特征和16S rRNA基因系统发育分析,将该菌株鉴定为原小单孢菌属(Promicromonospora sp.HXZ-1)。菌株HXZ-1最适培养条件为:锌离子浓度为50 mg/L、葡萄糖为碳源、蛋白胨为氮源。当锌离子浓度为50 mg/L时,菌株HXZ-1对锌吸附率最大,为29.1%;当锌离子浓度为500 mg/L时,培养时间为10 h时,菌株HXZ-1吸附率最大,为18.8%。菌株HXZ-1是一株对锌有较强抗性和吸附性的细菌,为重金属污染的微生物修复提供参考。

武定鸡肠黏膜乳酸菌的分离鉴定及应用

为进一步挖掘益生菌资源,从武定鸡黏膜分离鸡源乳酸菌,共分离到20株乳酸菌,分别命名为LacC1~LacC20。根据培养特性、革兰氏染色、生理生化特性和16s-rRNA方法等鉴定为7个种。并通过乳酸菌益生特性试验筛选出3株优良菌株,进行雏鸡饲喂试验。结果表明在雏鸡的饮水中添加乳酸菌,可以明显增加武定鸡的日增重、法氏囊和脾脏等免疫器官的重量和鸡群肠道中乳酸菌含量,提高鸡免疫器官指数和外周淋巴细胞指数SI,降低料肉比和死亡率。

皮肤龟分枝杆菌感染的分子生物学鉴定

目的用分子生物学方法鉴定龟分枝杆菌皮肤感染临床分离株。方法从1女性老年糖尿病患者右小腿化脓性感染灶,取创面分泌物沙堡琼脂培养基28℃培养4d,连续两次培养出光滑、湿润、不产色白色菌落。菌落涂片革兰染色为阳性杆菌,抗酸染色阳性。多次真菌镜检、培养阴性。皮损组织病理:皮下组织慢性化脓性感染,大量炎性细胞浸润,局部小脓肿形成;抗酸染色弱阳性杆菌,过碘酸雪夫(PAS)染色阴性。根据该菌株生长特征、生化反应,初步考虑为龟分枝杆菌,使用16SrRNA、rpoB、hsp65等分子生物学方法鉴定。结果 16S-rRNA引物测序结果于GenBank中做Blast比对,与龟分枝杆菌(Mycobacterium chelonae)AB548610.1同源性达100%,rpoB引物和hsp65引物测序结果做Blast比对与龟分枝杆菌同源性均为99%。结论该分离菌株为龟分枝杆菌。

不同陈化期烤烟叶表细菌的多样性及发育分析

为了全面了解陈化烟叶细菌多样性,以进一步挖掘其中的有益微生物,利用16S rRNA克隆文库测序分析技术,鉴定和比较了曲靖烟区陈化时间分别为24、36、48个月的烤烟烟叶上的细菌多样性。结果在陈化24、36、48个月的烟叶上分别鉴定得到55、60、23个细菌的操作分类单元(OTU),其中肠杆菌科、假单胞菌科和黄杆菌科的细菌占优势。在不同陈化阶段,菌群的多样性和优势菌有所不同,烟叶上细菌的多样性在陈化后期逐渐减低。研究结果展示了烟叶陈化期间细菌的菌群结构和动态变化,发现了一些能够减少烟叶有害物质的细菌,是烟叶上的有益细菌筛选的重要参考。

子宫内膜异位症患者阴道菌群特征性研究与功能预测

目的:探讨内异症患者阴道内特征性细菌群落,找出相关细菌种类,通过功能预测探索细菌与内异症患者交联的相关功能通路。方法:纳入受试者58例,每例患者分别于宫颈口和阴道后穹窿取样,最终诊断根据其手术记录和病理结果分类,其中内异症患者32例(55.17%),对照组患者26例(44.83%)。对采样标本进行PCR扩增,其中1例后穹窿标本扩增失败,共115例样本。使用一代Illumina测序对于细菌16s核糖体RNA(16s-rRNA)的高变区V3V4片段测序,原始数据经拼接、过滤后进行可视化操作并且挖掘细菌组学相关数据,使用KEGG作为参考数据库进行功能预测。结果:内异症患者与对照组的α多样性无显著差异,PCoA距离矩阵分析也并未见显著差异。内异症患者中,阴道奇异菌(Atopobium Vaginalis)和Howardella Ureilytica显著增多,短双歧杆菌(Bifidobaterium Breve)和阴道加德纳菌(Gardnerella Vaginalis)显著减少。功能预测方面,磷酸转移酶系统、乳果糖与甘露糖代谢、氨基糖与核苷酸糖代谢这三种功能在内异症患者中显著增加,而半胱氨酸与甲硫氨酸代谢、泛素体系在内异症患者中显著降低。结论:阴道炎相关细菌可能与内异症的发生发展有关,细菌差异的研究可能成为内异症无创诊治的新思路,功能预测为内异症发生发展机制的研究方向提供了参考借鉴。

并发不孕的子宫内膜异位症患者阴道菌群的微生物组学研究

目的:探讨子宫内膜异位症(EMs)患者人群中是否合并不孕患者的微生物组学差异,并找出相关的差异细菌和微生物学标识。方法:选取2018年4月2019年9月于中国医学科学院北京协和医院妇产科手术诊断为EMs的患者66例,按是否合并不孕分为不孕组(n=17)和对照组(n=49),通过对于阴道后穹窿分泌物细菌16S核糖体RNA(16S-rRNA)测序结合生物信息学分析,使用细菌群落多样性算法(alpha多样性、beta多样性)、主坐标分析(PCoA)距离矩阵算法(Bray-Curtis和Unifrac矩阵)、生物学标识算法(LeFSe)找出含量有差异的细菌物种。结果:2组患者的细菌群落在alpha多样性中未见显著差异,在beta多样性中可观察到不孕组的乳酸杆菌含量略有减少。有3种细菌属表现出了显著的统计学差异,分别是普氏菌属(Prevotella)、巨型球菌属(Megasphere)和小类杆菌属(Dialister),其在不孕组患者中明显升高。PCoA矩阵分析未表现出显著的差异。变形菌门(Proteobacteria)和γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)可能是潜在的生物学标识物。结论:在EMs患者中,是否合并不孕与下生殖道细菌群落差异有关,细菌丰度的变化可能用来评估宿主的免疫水平与EMs不孕患者症状差异,为今后EMs不孕的机制研究和微生物诊断学发展奠定了理论学基础。

云南德宏地区一例虎纹蛙气单胞菌的分离鉴定

目的:确诊虎纹蛙的致病菌。方法:采用平板分离法从死亡虎纹蛙肝脏中分离出1株细菌,通过表型、16s-r RNA的PCR扩增、测序鉴定。结果:分离菌的测序结果为气单胞菌,16s r RNA序列同源性分析结果表明分离菌与气单胞菌的同源性为99%。结论:虎纹蛙所患细菌病为胃肠炎,细菌病原为气单胞菌。

云南猪源乳酸杆菌的分离鉴定

为了进一步挖掘猪源益生菌资源,从屠宰场采集猪小肠样品共分离到15株猪源乳酸菌,分别命名为LP1～LP15。根据培养特性、革兰染色、生理生化特性等鉴定为6个种。16S-rRNA同源性分析表明,LP1～LP8为约氏乳杆菌,与约氏乳杆菌同源性分别为98.1%,98.1%,97.9%,97.5%,98.6%,99.6%,98.7%和97.5%;LP9-LP11为罗伊氏乳杆菌,与罗伊氏乳杆菌同源性分别为98.2%,98.7%和98.0%;LP12-15分别为嗜酸乳杆菌、鼠乳杆菌、敏捷乳杆菌和嗜淀粉乳杆菌,其中LP12与嗜酸乳杆菌同源性为97.4%,LP13与鼠乳杆菌的同源性为97.8%,LP14与敏捷乳杆菌的同源性为98.1%,LP15与嗜淀粉乳杆菌的同源性为100%。