我国中东部地区紫穗槐、紫荆、紫藤根瘤菌的数值分类及16SrDNA PCR-RFLP研究

从分离自我国中东部地区紫穗槐、紫荆和紫藤 3种宿主根瘤菌中 ,选取 5 9个菌株和 2 9个参比菌株 ,对它们进行了 135个表型性状测定的数值分类分析和 16SrDNAPCR RFLP研究。试验结果表明 ,数值分类聚类在82 %相似性水平上、16SrDNAPCR RFLP聚类在 92 %相似性水平上均聚为 7个群 ,各宿主根瘤菌基本上按参比菌株各属归群。其中绝大多数紫穗槐根瘤菌归属于中慢生根瘤菌属 ,而且在种水平上表现出一定程度的地理环境多样性 ;紫荆根瘤菌基本上属于慢生根瘤菌属 ,在分群方面未表现出明显的地区差异 ;而紫藤根瘤菌则基本上归属于快生菌。其中来自江、浙地区的紫藤根瘤菌与来自其它地区的紫藤根瘤菌存在着明显的地理环境差异 ,并且紫藤根瘤菌较其它 2种宿主根瘤菌表现出较强的抗逆能力 ,如能够耐某些高浓度 (30 0 μg·ml-1)的抗生素 ,可在高盐环境 (3%NaCl)和强碱环境 (pH 11.0 )下生长。这将为我国进行荒山造林、扩种豆科树种提供有意义菌种。另外 ,数值分类结果亦表明 ,以紫穗槐根瘤菌为代表的群 2、以紫荆根瘤菌为代表的群 5和以紫藤根瘤菌为代表的群 7在种水平上均独立成群 。

六种常见细菌16S rDNA基因的PCR-RFLP指纹图谱检测方法的建立

为建立针对肺炎克雷伯氏菌、产色葡萄球菌、莫拉菌、睾丸酮丛毛单胞菌、炭疽芽胞杆菌和布氏杆菌的快速检测鉴定方法,提取上述6种菌的基因组DNA,然后以提取的DNA为模板,用16SrDNA的通用引物27f和1492r进行PCR扩增。用17种内切酶,即AvaⅠ、BgⅡ、BamHⅠ、DraⅠ、EcoRⅠ、EcoRⅡ、HindⅢ、Hinf、HpaⅠ、PstⅠ、SmaⅠ、TaqⅠ、XbaⅠ、XmaⅠ、AluⅠ、XhoⅠ和PvuⅠ,分别对6种菌的16S rDNA基因的扩增产物进行酶切。酶切产物经琼脂糖凝胶电泳分析。结果显示,每种菌形成了特异的16S rDNA RFLP指纹图谱。结果表明,建立的方法能够对6种细菌进行准确的鉴定,适用于口岸动物皮毛中6种细菌的快速鉴定。

四川白三叶根瘤菌遗传多样性及系统发育研究

为阐明四川部分地区野生白三叶根瘤菌的遗传多样性及系统发育地位,对分离自四川雅安、康定、泸定、西昌、成都和乐山6个地区白三叶根瘤的69株菌进行系统研究。采用16SrDNA限制性片段长度多态性分析(restriction fragment length polymorphism,RFLP)和16SrDNA基因、持家基因(recA、atpD、glnII)、结瘤基因(nodC)、固氮基因(nifH)系统发育分析的方法进行了研究。结果表明,16SrDNA PCR-RFLP中所有供试菌株产生了4种酶切图谱类型,表现出较为丰富的遗传多样性。持家基因与16SrDNA基因系统发育分析结果基本一致,9株代表菌株主要分布在α-变形菌纲(Alpha-Proteobacteria)的根瘤菌属(Rhizobium),并与豌豆根瘤菌三叶草生物型(R.leguminosarumbv.trifolii)ATCC 14480T的亲缘关系较近。PCR可扩增出nodC和nifH基因片段,但从属于土壤杆菌属(Agrobacterium)的菌株LS1105中则扩增不出这两个基因。所有供试菌株被鉴定到了种的水平,证实了68株为白三叶根瘤菌,并通过不同采样地点菌株之间的比较,发现白三叶与根瘤菌的共生关系因地理分布不同而具有多样性,对于丰富白三叶根瘤菌资源及其开发利用具有重要意义。

塔吉克斯坦哈特隆州土壤可培养细菌多样性分析

采用纯培养、结合核糖体DNA扩增片段限制性酶切分析(16S r DNA PCR-RFLP)、RepPCR及16S r DNA序列测定和系统发育分析方法研究塔吉克斯坦哈特隆州土壤可培养细菌群落结构和种群多样性。从哈特隆州的农田、天然草地、林地及荒漠土壤中分离获得110个菌株,分布在厚壁菌门(Firmicutes)(80.9%)、变形杆菌门(Proteobacteria)(17.2%)和放线菌门(Actinobacteria)(1.85%)三个类群中,归属于芽孢杆菌(Bacillus)、寡养单胞菌(Stenotrophomonas)、短杆菌(Brevibacterium)、节杆菌(Arthrobacter)、棍状杆菌(Clavibacter)、短波单胞菌(Brevundimonas)、贪食菌(Variovorax)、假单胞杆菌(Pseudomonas)、芽孢八叠球菌(Sporosarcina)、赖氨酸芽孢杆菌(Lysinibacillus)、无色杆菌属(Achromobacter)和Rheinheimera共12个属中。其中Bacillus(71.8%)为该地区土壤可培养细菌绝对优势种群,Pseudomonas(10.9%)为次优势种群。对优势种群Bacillus的Rep-PCR基因组指纹图分析表明,63株分离物有17种不同的多态性指纹图谱,具有较为丰富的多样性特征。不同样地土壤中可培养细菌的种群分布、结构组成及多样性存在明显差异,与土壤环境密切相关。Shannon多样性指数、Simpson优势度和Pielou均匀度指数与土壤有机质、全氮、碱解氮及含水量呈显著正相关(p<0.05)。土壤速效钾含量也是显著影响细菌Shannon多样性、Simpson优势度的重要因素。研究不仅为后期功能菌株的筛选提供了基础,也为塔国不同土地利用方式下土壤环境评价提供了依据。