柔嫩艾美球虫地克珠利和马杜拉霉素抗药株与敏感株孢子化卵囊18 S rDNA基因的差异

为探讨抗球虫药物地克珠利和马杜拉霉素对柔嫩艾美球虫18 S rDNA的影响,分别对人工诱导的柔嫩艾美球虫地克珠利抗药株(ETAD)、马杜拉霉素抗药株(ETAM)和药物敏感株 (ETDS)孢子化卵囊的18 S rDNA基因进行了克隆测序,并通过生物信息软件进行对比差异分析。结果显示,ETAM株有3个碱基发生突变(T170突变为C,T646突变为C,G694突变为C); ETAD株有1个碱基发生突变(T646突变为C)。经进一步分析比较,发现ETAM株18 S rRNA 的二级结构与ETDS株的差异很大,而ETAD株18 S rRNA的二级结构则与ETDS株的完全相同。这些碱基的突变有可能是导致E．tenella产生抗药性的原因之一。

18SrDNA序列分析鉴定棕囊藻香港株P_2为球形棕囊藻

有毒赤潮原因种棕囊藻(Phaeocystis sp.)生活史复杂,且形体微小,缺乏明确可靠的分类标准。1997、1999年中国东南沿海发生两次棕囊藻赤潮,但目前种的鉴定仍存在混乱。本文测定了香港海域一株棕囊藻赤潮原因种P_2的18S rDNA部分核苷酸序列,序列长度为650 bp,并对其进行了分子鉴定,结果表明其为球形棕囊藻(P.globosa)。

鹿角菜18S rDNA序列分析及其系统发生分析

通过制备鹿角菜DNA,PCR扩增得到鹿角菜18S rDNA序列.测序拼接后全长1733bp,碱基A、T、C、G含量分别为25.45%、26.72%、26.72%、21.12%,序列已提交GeneBank登录号为GQ433994.该序列与NCBI数据库中其他褐藻18S rDNA序列比对后,得到可变碱基位点184个,简约信息位点161个,单碱基变化位点23个.转换碱基值Si为44,颠换碱基值Sv为30,转换颠换比值R约为1.5.NJ法构建的系统发生树显示18S rDNA在褐藻门中具有保守性,可用于辅助传统分类.PLACE数据库预测发现在鹿角菜18S rD-NA保守区有多个与水分胁迫、光诱导、Ca2+信号传导等相关转录元件,这表明18S rDNA可能参与细胞重要调控途径.

牛源环孢子虫18S rDNA部分序列的扩增与克隆分析

将采自广东省的牛源环孢子虫样品经套式PCR扩增,获得了18SrDNA基因中大小为296bp的目的片段,对该序列进行了克隆和测序,比较了该虫株与其他原虫的亲缘关系。结果显示,该虫序列与已报道的广州牛源环孢子虫虫株完全一致,与其他艾美耳球虫的亲缘关系较近,在广东首次发现的牛源环孢子虫属于艾美耳科环孢子虫属的一新种。表明18SrDNA基因在环孢子虫进化和分类鉴定研究上是一种有效的分子标记。

鸭粪中环孢子虫18S rDNA部分基因和ITS-1基因的克隆与分析

应用PCR技术对在鸭粪中发现的疑似环孢子虫的18 S rDNA部分基因和ITS-1+基因进行了扩增,将扩增出的片段纯化后连接至pMD-18T载体上,选取阳性克隆进行序列测定,并利用NCBI在线BLAST程序和MEGA 4软件对测序结果进行了同源性比较和系统发育树构建。结果显示,测得的18 SrDNA序列与环孢子虫的相似性最高(98%),且在系统树中位于同一分支上;测得的ITS-1序列高度特异,在GenBank中未发现同源性序列,可以确定其为环孢子虫的一个新种,暂命名为鸭源环孢子虫。

产紫杉醇内生真菌Z58的分离和鉴定

本研究从曼地亚红豆杉(Taxus x media)树皮内表皮分离得到一株产紫杉醇的内生真菌Z58,通过高效液相色谱法、质谱法和核磁共振波谱法对其紫杉醇提取物进行了分析.结果表明,内生真菌Z58的紫杉醇提取物具有和紫杉醇标准品相近的色谱特征峰,其保留时间为10.2 min;也与紫杉醇标准品具有相同的质谱特征峰((M+Na)+=876)和1H-NMR谱带.并通过形态学特征分析和18S rDNA序列分析,将内生真菌Z58初步鉴定为肉座菌属(Hypocrea sp.)真菌.肉座菌Z58的紫杉醇产量约为2.5～3.0μg/g(紫杉醇/菌丝干重),是一株具有潜在应用价值的产紫杉醇内生真菌.

浓香型白酒酒醅真菌群落结构及其变化规律

利用PCR-DGGE技术研究了浓香型白酒酒醅真菌群落结构及其发酵过程中的变化规律,结果发现,所有酒醅样品均出现9～19条较清晰的条带,其中第2、5、8、9、14、17号条带在所有样品中均有检出,且优势度较高;所有样品生物多样性指数都在1.68～2.61之间。发酵前期,多样性指数呈先下降后上升的趋势,发酵至第21～49天基本保持平稳,第56天时,多样性指数到达最低值,第63天回升之后多样性指数持续下降,发酵至第84天时略有回升;不同发酵时期酒醅真菌DGGE图谱相似性指数较低,表明不同发酵时间酒醅样品真菌群落间差异较大。

产紫杉醇内生真菌O60B1的分离及鉴定

从曼地亚红豆杉(Taxus x media)树皮内表皮中分离得到1株产紫杉醇的内生真菌O60B1,并通过高效液相色谱法(HPLC)和质谱法(MS)分析其发酵产物,其紫杉醇产量为2.5～3.0μg/g(紫杉醇/菌丝干重),并通过形态学特征和18 S rDNA序列分析,将其初步鉴定为毛霉属(Mucor sp.)真菌。

3个海域沙筛贝遗传差异的DNA分子标记研究

本文运用RAPD(random amplified polymorphic DNA)技术,对3个海域的沙筛贝进行了地理遗传差异分析.结果表明福建东山湾与厦门马銮湾沙筛贝的遗传距离为0.276 4,深圳湾与马銮湾沙筛贝的为0.306 7,深圳湾与东山湾沙筛贝的为0.330 5.这说明马銮湾与东山湾的沙筛贝种群遗传距离较近,而东山湾与深圳湾的沙筛贝种群遗传距离较大.对厦门马銮湾沙筛贝的18S rDNA进行了测序,在基因库上查得同科另外3个种的18S rDNA序列,构建了分子系统发育树,发现沙筛贝与Mytilopsisleucophaeata同源性比较高.

饶氏藻系统位置的研究

用18S rDNA基因序列分析饶氏藻属(Jaoa)与相关藻类的亲缘关系。结果表明:饶氏藻18S rDNA的长度为1632 bp,GC%为50.6%,泡状饶氏藻18S rDNA的长度为1639 bp,GC%为50.3%。用最大简约法与饶氏藻上一级分类单元(目)构建的系统树表明有4个大的分支。两种饶氏藻与石莼目的 Ulva curvata、U.rigida、Enteromorpha intestinalis和Monostroma grevillei构成很强的支持分支(分支B),它们之间的核苷酸趋异性最低仅0.041,而与胶毛藻目的 Chaetophora incrassata的趋异性则很显著,达0.112,因此,饶氏藻应属于石莼目的一个类群,且饶氏藻和泡状饶氏藻构成一单系起源的分支,这两个物种的趋异性仅0.002,显示出它们具有非常紧密的亲缘关系,很可能是1种1变种而不是2种。

基于核糖体DNA联合序列的天牛总科高阶元分子系统学研究

【目的】利用核糖体DNA联合序列探讨天牛总科高阶元分子系统发育。【方法】本研究采用分子标记技术,分析测定了63种天牛核糖体28S rDNA D2和D3区以及18S rDNA V4和V7区的DNA序列,并采用邻接法、最大似然法和贝叶斯推论法分别构建了天牛总科2科6亚科63种的分子进化系统。【结果】序列联合比对分析,最终得到1 404 bp的联合数据组,其中可变位点446个(32.0%),保守位点958(68.0%),转换/颠换的平均值(R值)为1.73。28S rDNA和18S rDNA以及联合序列的饱和度分析显示碱基突变未达到饱和,说明这些序列适合于分子进化树的构建。利用不同系统发育重建方法得到进化树具有相似拓扑结构,结果支持沟胫天牛亚科、花天牛亚科和天牛亚科为单系群,这与形态学分类结果相似;狭胸天牛独立成为亚科得到了支持。【结论】利用28S rDNA D2和D3区以及18S rDNA V4和V7区联合序列成功构建出了天牛总科高阶元的系统发育树。研究表明联合序列分析是探讨天牛高阶元分类的有效的方法。

整合型酿酒酵母菌株强化发酵和特性比较

为了提高木糖异构酶基因在重组酿酒酵母体内的稳定性,并比较不同真菌来源的木糖异构酶在木糖或者葡萄糖-木糖培养基的发酵利用特性,分别构建来自Piromyces sp.E2和Orpinomyces sp.的木糖异构酶基因的整合表达载体,利用同源重组将其整合进入呼吸缺陷型菌株的18S rDNA非转录区,结果测得Orpinomyces的木糖异构酶酶活活力为0.72 U/mg,比Piromyces的木糖异构酶酶活高2.8倍。在木糖培养基中发酵获得乙醇的得率分别为0.40 g/g和0.48 g/g。且整合入Orpinomyces的木糖异构酶基因菌株能获得最高酶活和乙醇得率。

晚熟桃采后褐腐病致病菌的分离鉴定及拮抗菌对其防治效果的研究

为了明确晚熟桃采后褐腐病的主要致病菌以及拮抗菌对其防治效果,以晚熟桃品种"映霜红"为试材,采用传统的形态学方法和18S-r DNA分子生物学方法对褐腐病病原菌进行分离鉴定,同时,进一步选用四种拮抗菌对晚熟桃褐腐病进行预防处理,研究其对晚熟桃褐腐病的生物防治效果。结果表明,从晚熟桃上分离的褐腐病病原菌属于真菌界子囊菌门(Ascomycota),柔膜菌目(Helotiales),核盘菌科(Sclerotiniaceae),核盘菌属(Sclerotinia),该病菌有伤接种发病率为100%。四种芽孢杆菌B001、B1、HB-2、B579对褐腐病病斑扩展均具有较好抑制效果,其中,B001、B579提前1 d和2 d预防效果显著好于0 d预防效果(p<0.05);B1、HB-2提前1 d预防处理显著好于其他两组(p<0.05)。四种拮抗菌还能够抑制晚熟桃贮藏过程中的VC、可溶性固形物、可滴定酸含量降低和硬度下降。芽孢杆菌在晚熟桃采后褐腐病的生物防治中具有较好的应用潜力。

产脂肪酶酵母的筛选及其18S rDNA序列分析

从新疆石河子地区10分土样中,利用罗丹明B为指示剂,筛选到了90株有脂肪酶活性的酵母菌.滴定法测量野生菌株酶活,每毫升培养液酶活为1.1-6.6 U,其中B9,C1,E7,F12等有成为生物催化剂的潜力.扩增了其中脂肪酶活性较高的9株的18S rDNA,测序后BLAST比对,并进行系统进化树分析,表明所得菌株分别与Candida,Rhodotorula,Trichosporon等属亲缘关系接近.进行部分生理生化试验,除H4,H8外,其它菌株结果与18S rDNA分析结论吻合.

猴源环孢子虫的分离与分子鉴定

采用饱和蔗糖漂浮法、改良抗酸染色法和孢子化试验首次从广东某猴场的猴粪中分离到疑似环孢子虫卵囊。为了对其进行分子鉴定,采用巢式PCR和普通PCR方法,针对环孢子虫属18SrDNA和ITS基因设计了3对引物,扩增其目的片段,并进行了序列分析。结果显示,卵囊大小为7.5～10μm,经改良抗酸染色的卵囊染色程度不一,孢子化卵囊内含2个孢子囊,每个孢子囊内含有2个子孢子。通过PCR扩增,获得的18SrDNA目的片段长712bp,测序结果表明该猴源环孢子虫18SrDNA基因与Cyclosporacolobi、狒狒环孢子虫、人环孢子虫的相似率较高,在进化树上位于同一分支。获得的ITS-1+片段长760bp,其中ITS-1序列高度特异,在GenBank中未见同源性序列。结果表明,从猴粪中分离的疑似环孢子虫卵囊应属于环孢子虫。

蛇足石杉内生真菌抗乙酰胆碱酯酶活性筛选及分类鉴定

目的:从蛇足石杉Huperzia serrata(Thunb.ex Murray)Trevis.内生真菌中筛选具有抗乙酰胆碱酯酶活性的菌株。方法:利用乙酰胆碱酯酶水解α-萘乙酯的产物和固蓝B盐发生显色反应的原理,用薄层色谱-生物自显影法对59株蛇足石杉内生真菌发酵产物进行抗乙酰胆碱酯酶活性筛选,并通过18s rDNA和5.8s rDNA序列分析结合形态学特征对目标菌株进行分类鉴定。结果:蛇足石杉内生真菌LQ2F01在抗乙酰胆碱脂酶活性筛选中呈现阳性颜色反应,18s rDNA和5.8s rDNA序列分析并结合形态学分类表明该菌株属枝顶孢霉属Acremonium。结论:蛇足石杉内生真菌LQ2F01表现出和宿主植物相同的抗乙酰胆碱脂酶活性,在天然药物开发以及内生真菌与宿主植物关系的研究中具有重要意义。