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用18S rRNA序列探讨8种绿藻分子系统发育 被引量:7
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作者 张耀东 沈颂东 +1 位作者 林阿朋 张劲 《大连水产学院学报》 CSCD 北大核心 2009年第1期76-78,共3页
测定了宽礁膜Monostroma latissimum、浒苔Enteromorpha prolifera、孔石莼Ulva pertusa的18S rRNA基因序列,并与肠浒苔E.intestinalis、穿孔石莼U.fenesrtata、石莼U.lactuca、礁膜M.nitidum和格氏礁膜Monostroma grevillei5种已知的... 测定了宽礁膜Monostroma latissimum、浒苔Enteromorpha prolifera、孔石莼Ulva pertusa的18S rRNA基因序列,并与肠浒苔E.intestinalis、穿孔石莼U.fenesrtata、石莼U.lactuca、礁膜M.nitidum和格氏礁膜Monostroma grevillei5种已知的大型海洋绿藻的同一基因序列合并进行比较,分析了核苷酸序列差异和碱基替换特点,并构建系统发生树。结果表明:浒苔与肠浒苔之间的Kimura双参数距离大于浒苔与石莼属3个物种之间的Kimura双参数距离;用UPGMA法和MP法构建的系统树基本一致,在构建的系统发生树中,浒苔与石莼属物种聚为一类,表现出与石莼属物种更近的亲缘关系。 展开更多
关键词 石莼属 浒苔属 礁膜属 18S RRNA 序列变异 系统发育
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一株高产纤维素酶菌的筛选与鉴定 被引量:28
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作者 刘海波 王义强 +2 位作者 陈介南 张伟涛 韩笑 《生物学杂志》 CAS CSCD 2008年第3期16-20,12,共6页
利用刚果红脱色从森林腐木中筛选到一株高产纤维素酶菌,结合18S rRNA基因序列分析和菌株形态特性分析,确定该菌株为爪哇正青霉(Eupenicillium javanicum)。通过研究粗酶提取时不同离心时间和离心转速对酶活的影响,确定采用3000r/min,15... 利用刚果红脱色从森林腐木中筛选到一株高产纤维素酶菌,结合18S rRNA基因序列分析和菌株形态特性分析,确定该菌株为爪哇正青霉(Eupenicillium javanicum)。通过研究粗酶提取时不同离心时间和离心转速对酶活的影响,确定采用3000r/min,15min离心条件下获得的粗酶测定CMC酶活,采用4000r/min,10min的离心条件下获得的粗酶测定FPA酶活和β-葡萄糖苷酶活。酶学性质初步研究显示,纤维素酶反应的最适pH值以5.0为宜;CMC酶最适酶解温度和酶解时间为60℃,15min;FPA和β-葡萄糖苷酶最适酶解温度和酶解时间均为50℃,20min。 展开更多
关键词 刚果红 纤维素酶 爪哇正青霉 18s RRNA
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四川省汶川县两种牛梨形虫的分离鉴定 被引量:5
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作者 刘爱红 罗建勋 +12 位作者 殷宏 关贵全 马米玲 党志胜 刘志杰 高金亮 任巧云 李有全 刘军龙 史耀旭 樊瑞泉 王凡 白启 《中国兽医科学》 CAS CSCD 北大核心 2006年第12期972-975,共4页
自四川省汶川县黄牛体表采集长角血蜱的饥饿或半饱血成虫,带回实验室感染除脾牛。血液涂片检查发现,感染后第10 d,病牛血液中出现一种大型巴贝虫,感染后第24 d,出现一种小杆形的泰勒虫。形态学观察和18 S rRNA基因测序和进化关系分析证... 自四川省汶川县黄牛体表采集长角血蜱的饥饿或半饱血成虫,带回实验室感染除脾牛。血液涂片检查发现,感染后第10 d,病牛血液中出现一种大型巴贝虫,感染后第24 d,出现一种小杆形的泰勒虫。形态学观察和18 S rRNA基因测序和进化关系分析证明,它们分别为卵形巴贝虫与瑟氏泰勒虫。 展开更多
关键词 巴贝虫 泰勒虫 形态学 18 S RRNA基因
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隐孢子虫LAMP检测方法的建立及其在牦牛中的应用 被引量:6
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作者 王丹 任玫 +4 位作者 吴飞 常建军 李璐瑶 康明 林青 《动物医学进展》 北大核心 2018年第10期13-17,共5页
为了探索和建立隐孢子虫LAMP检测方法,以便能快速、简便检测牦牛隐孢子虫的感染情况,基于GenBank中牦牛源隐孢子虫18SrRNA基因序列,设计1组LAMP引物,优化并建立LAMP反应体系。对所建立的LAMP方法进行特异性、重复性、敏感性试验,并用该... 为了探索和建立隐孢子虫LAMP检测方法,以便能快速、简便检测牦牛隐孢子虫的感染情况,基于GenBank中牦牛源隐孢子虫18SrRNA基因序列,设计1组LAMP引物,优化并建立LAMP反应体系。对所建立的LAMP方法进行特异性、重复性、敏感性试验,并用该方法对牦牛的临床样本进行检测。结果显示,建立的LAMP方法特异性、重复性良好,其敏感性是套式PCR的8倍。LAMP方法与套式PCR临床检出率对比,符合率100%。表明成功建立了隐孢子虫的LAMP检测方法,该方法特异性和灵敏性良好,可以应用于牦牛粪便临床样本的检测。 展开更多
关键词 牦牛 隐孢子虫 环介导等温扩增 18S RRNA基因
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新疆某医院粪便样品中隐孢子虫种类的鉴定 被引量:1
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作者 张冰 张元洲 +1 位作者 左晓静 王潇 《动物医学进展》 北大核心 2017年第8期53-56,共4页
为了解新疆某医院粪便样本中人源性隐孢子虫种系基因型,将收集来的腹泻病人粪便样本采用乙酸乙酯-改良抗酸染色法进行卵囊鉴定,同时提取隐孢子虫感染阳性样本的核酸,设计特异性引物扩增隐孢子虫的18 S rRNA基因和HSP70基因,依据所获得... 为了解新疆某医院粪便样本中人源性隐孢子虫种系基因型,将收集来的腹泻病人粪便样本采用乙酸乙酯-改良抗酸染色法进行卵囊鉴定,同时提取隐孢子虫感染阳性样本的核酸,设计特异性引物扩增隐孢子虫的18 S rRNA基因和HSP70基因,依据所获得的目的基因序列构建系统发生分析。结果表明,新疆地区人粪便中隐孢子虫的阳性率为16.5%,高于全国平均水平。系统进化分析显示,其分子生物学特征主要为微小隐孢子虫(C.parvum)和人隐孢子虫(C.hominis)。说明新疆地区人源性隐孢子虫种系主要为C.parvum及C.hominis,具备人兽共患传播的可能性。 展开更多
关键词 人源性隐孢子虫 18 S RRNA基因 HSP70基因 种系发育
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青海省海晏县犬粪样中贾第鞭毛虫的检测
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作者 王光华 蔡其刚 +6 位作者 王戈平 陆艳 李秀萍 叶成玉 牛小迎 马利青 Panagiotis Karanis 《动物医学进展》 CSCD 北大核心 2013年第9期29-32,共4页
从青海省海晏县采集10只牧羊犬粪样用于贾第鞭毛虫检测。所有样品经饱和盐水浓缩法和蔗糖密度梯度离心等方法处理后采用光学显微镜、免疫荧光试验(IF)和套式PCR方法进行检测。结果显示,其中1个样品为阳性(10%),PCR扩增片段长度为274bp,... 从青海省海晏县采集10只牧羊犬粪样用于贾第鞭毛虫检测。所有样品经饱和盐水浓缩法和蔗糖密度梯度离心等方法处理后采用光学显微镜、免疫荧光试验(IF)和套式PCR方法进行检测。结果显示,其中1个样品为阳性(10%),PCR扩增片段长度为274bp,命名为QHGC201101株。测序结果与肠贾第鞭毛虫3VR株(HQ616609)核糖体小亚基RNA的同源性为100%,表明分离的虫种为肠贾第鞭毛虫,属于人兽共患型病原。 展开更多
关键词 贾第鞭毛虫 18 S RRNA 套式PCR
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南非蜱虫套式PCR鉴定方法的建立
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作者 王素华 闫宝龙 +3 位作者 吴绍强 帅江冰 张晓峰 吕继洲 《动物医学进展》 北大核心 2018年第2期14-18,共5页
为探讨来自南非不同蜱种的系统进化关系,建立南非截获蜱虫的套式PCR鉴定方法。根据GenBank中蜱虫的18SrRNA基因序列,设计2对特异性引物,通过优化条件建立蜱虫套式PCR鉴定方法。从南非进口生牛皮上截获寄生蜱,经过形态学初步鉴定后,应用... 为探讨来自南非不同蜱种的系统进化关系,建立南非截获蜱虫的套式PCR鉴定方法。根据GenBank中蜱虫的18SrRNA基因序列,设计2对特异性引物,通过优化条件建立蜱虫套式PCR鉴定方法。从南非进口生牛皮上截获寄生蜱,经过形态学初步鉴定后,应用所建立的套式PCR扩增获得10种南非蜱虫(T1-T10)的18S rRNA基因序列,测序后与NCBI中已公布的蜱虫18S rRNA基因序列进行同源性分析。应用MEGA5.0软件进行系统进化分析发现,T1、T2、T3、T4、T7、T8是花蜱属的亚种,T5和T6分别是牛蜱属的不同种或亚种;T9和T10是扇头蜱属的不同种或亚种。说明建立的套式PCR检测方法能够在传统形态学分类的基础上,准确鉴定不同形态的蜱种。 展开更多
关键词 18SrRNA基因 套式PCR 鉴定 系统进化
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我国南方地区羊泰勒虫病的流行病学调查 被引量:27
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作者 袁延庆 李有全 +5 位作者 刘志杰 杨吉飞 陈泽 关贵全 罗建勋 殷宏 《中国兽医科学》 CAS CSCD 北大核心 2013年第6期551-556,共6页
为研究我国南方四省羊泰勒虫病的流行情况,分别采用血涂片镜检和PCR方法对采自我国广西壮族自治区、贵州省、广东省和重庆市部分地区的180份羊血液样品进行检测,并对部分阳性样品进行测序分析。PCR结果显示,在贵州省、广东省和重庆市的... 为研究我国南方四省羊泰勒虫病的流行情况,分别采用血涂片镜检和PCR方法对采自我国广西壮族自治区、贵州省、广东省和重庆市部分地区的180份羊血液样品进行检测,并对部分阳性样品进行测序分析。PCR结果显示,在贵州省、广东省和重庆市的样品中均有羊泰勒虫感染,其中吕氏泰勒虫阳性率分别为46.8%(29/62)、90.9%(30/33)和12.7%(7/55),绵羊泰勒虫和尤氏泰勒虫均为阴性;在广西壮族自治区样品中没有检测到羊泰勒虫感染。系统发育树分析表明,检测到的泰勒虫与我国流行的吕氏泰勒虫亲缘关系最近(部分虫株之间同源性高达100%),与水牛泰勒虫、瑟氏泰勒虫和东方泰勒虫亲缘关系较近,与羊巴贝斯虫和牛巴贝斯虫亲缘关系较远。为进一步了解我国羊泰勒虫病的流行现状及优势虫株的分布提供了重要的参考依据。 展开更多
关键词 羊泰勒虫病 流行病学调查 聚合酶链反应 18S RRNA 系统发育树
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显齿蛇葡萄实时荧光定量PCR内参基因的筛选与验证 被引量:19
9
作者 许明 伊恒杰 +3 位作者 赵帅 张玉文 杨志坚 郑金贵 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2017年第6期1192-1198,共7页
目的筛选适用于显齿蛇葡萄Ampelopsis grossedentata实时荧光定量PCR(real-time fluorescence quantitative PCR,qRT-PCR)的内参基因。方法设计简并引物,采用RT-PCR从显齿蛇葡萄中克隆6个候选内参基因片段,包括肌动蛋白基因(Actin)、3-... 目的筛选适用于显齿蛇葡萄Ampelopsis grossedentata实时荧光定量PCR(real-time fluorescence quantitative PCR,qRT-PCR)的内参基因。方法设计简并引物,采用RT-PCR从显齿蛇葡萄中克隆6个候选内参基因片段,包括肌动蛋白基因(Actin)、3-磷酸甘油醛脱氢酶基因(GAPDH)、18 S核糖体rRNA基因(18 S-rRNA)、α-微管蛋白基因(α-Tubulin)、β-微管蛋白基因(β-Tubulin)和多聚泛素酶基因(UBQ)。应用qRT-PCR技术检测这6个候选内参基因在显齿蛇葡萄不同组织器官中(茎尖、嫩叶、成熟叶、老叶、茎和根)的表达情况。借助Ge Norm、Norm Finder和Best Keeper 3种统计学软件综合评价6个内参基因的表达稳定性。通过苯丙氨酸解氨酶基因(Ag PAL)的表达分析对筛选出的内参基因进行稳定性验证。结果 18 S-rRNA、GAPDH和Actin的表达稳定性较好,适合作为显齿蛇葡萄不同组织基因表达研究的内参基因,以这3个基因为内参基因分析Ag PAL基因的相对表达量,结果发现它们在各组织器官中的表达变化趋势基本一致。结论确定显齿蛇葡萄qRT-PCR分析的合适内参基因,为后续相关基因表达研究奠定基础。 展开更多
关键词 显齿蛇葡萄 实时定量PCR 内参基因 看家基因 肌动蛋白基因 3-磷酸甘油醛脱氢酶基因 18 S核糖体rRNA基因 α-微管蛋白基因 β-微管蛋白基因 多聚泛素酶基因
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3种DNA分子标记法联合鉴别草珊瑚及其混伪品 被引量:3
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作者 罗育 黄春喜 +3 位作者 吴耀生 蔡丹昭 郭宏伟 朱丹 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期733-740,共8页
目的采用18 S rRNA基因、ITS2序列、SCAR标记等3种DNA分子标记法鉴别草珊瑚,为其分子鉴定提供依据。方法通过PCR扩增、克隆测序后获得草珊瑚18 S rRNA基因序列,并进行Blast比对;通过PCR扩增、测序并注释后获得草珊瑚ITS2序列,从GenBank... 目的采用18 S rRNA基因、ITS2序列、SCAR标记等3种DNA分子标记法鉴别草珊瑚,为其分子鉴定提供依据。方法通过PCR扩增、克隆测序后获得草珊瑚18 S rRNA基因序列,并进行Blast比对;通过PCR扩增、测序并注释后获得草珊瑚ITS2序列,从GenBank上收集混伪品和其他植物的ITS2序列,使用MEGA5.5软件,计算种内种间遗传距离,构建系统聚类树;通过RAPD法获得草珊瑚SCAR分子标记,克隆测序后,设计特异性引物扩增草珊瑚及其混伪品。结果获得的草珊瑚18 S rRNA基因长度为1820 bp,Blast比对显示草珊瑚与金粟兰科同源性最高,同源性为99%,证明其为草珊瑚的18 S rRNA基因。获得的草珊瑚ITS2序列长度为500 bp,草珊瑚与其混伪品之间的遗传距离为0.190~0.219,混伪品之间的遗传距离为0~0.074,聚类分析显示草珊瑚聚为一支,混伪品聚为一支,与其他植物距离较远。获得草珊瑚的SCAR分子标记,用特异性引物扩增出现草珊瑚特异性产物,混伪品未出现特异性产物。结论3种分子标记法联合可更有效地鉴别草珊瑚及其混伪品,从而建立一套新的鉴别草珊瑚与混伪品的方法,为其鉴别提供新的思路。 展开更多
关键词 草珊瑚 混伪品 18 S RRNA基因 ITS2序列 SCAR标记 鉴别
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犬源韦氏巴贝斯虫的分子鉴定和系统发育研究 被引量:3
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作者 李高强 张浩吉 +5 位作者 张更利 蒲文珺 周庆国 丁巧玲 李金平 李国清 《中国兽医科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期245-249,共5页
无菌采集疑似巴贝斯虫感染血样,进行全血基因组DNA的抽提,用保守引物5-22F和1661R进行巴贝斯虫18SrRNA基因的PCR扩增,扩增产物经克隆、测序后,获得大小为1 677bp的核苷酸序列。序列比对和系统发育分析发现,该序列与韦氏巴贝斯虫(AB08337... 无菌采集疑似巴贝斯虫感染血样,进行全血基因组DNA的抽提,用保守引物5-22F和1661R进行巴贝斯虫18SrRNA基因的PCR扩增,扩增产物经克隆、测序后,获得大小为1 677bp的核苷酸序列。序列比对和系统发育分析发现,该序列与韦氏巴贝斯虫(AB083374)18SrRNA基因的相似性达100%,而与犬巴贝斯虫(AY072926)、罗氏巴贝斯虫(L19079)和吉氏巴贝斯虫(AF271081)18SrRNA基因的相似性分别为98.0%,95.2%和93.4%。从分子水平证实了韦氏巴贝斯虫在广东宠物犬的存在,同时也对巴贝斯虫的分类进行了讨论。 展开更多
关键词 韦氏巴贝斯虫 18 S RRNA基因 系统进化分析
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羊源巴贝斯虫未定种甘肃敦煌株的发现 被引量:1
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作者 马米玲 关贵全 +10 位作者 苟惠天 杨吉飞 万玉林 李有全 刘爱红 任巧云 陈泽 王朝文 刘志杰 罗建勋 殷宏 《中国兽医科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第9期881-885,共5页
采用动物接种法将采自甘肃敦煌的15只绵羊血液混合后感染1只除脾绵羊,感染后逐日做血涂片检查。结果显示,在感染后第10天的血片上出现了1种大型巴贝斯虫。虫体形态以双梨子形、单梨子形、圆形及卵圆形为主。在感染后第12天,感染羊体温升... 采用动物接种法将采自甘肃敦煌的15只绵羊血液混合后感染1只除脾绵羊,感染后逐日做血涂片检查。结果显示,在感染后第10天的血片上出现了1种大型巴贝斯虫。虫体形态以双梨子形、单梨子形、圆形及卵圆形为主。在感染后第12天,感染羊体温升至41.1℃。染虫率达到0.125%,之后逐渐下降。无菌采集该羊血液,提取全血基因组,用梨形虫通用引物进行PCR扩增全长18SrRNA基因,得到长约1 700bp的片段,将其克隆并测序(登录号:HQ730762),与GenBank中的其他巴贝斯虫的序列进行比较,发现其与新疆巴贝斯虫未定种的同源性最高,达到99.8%。本研究发现甘肃敦煌又是一个新疆羊巴贝斯虫未定种的疫源地。 展开更多
关键词 绵羊血液 巴贝斯虫 染虫率 18S RRNA 聚合酶链反应
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灰毡毛忍冬内参基因筛选和Mads-box家族基因AGL15的时空表达分析 被引量:14
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作者 蔡嘉洛 朱贻霖 +7 位作者 谢舒平 陈林 欧阳琳 刘峰 张亚丽 刘湘丹 童巧珍 易刚强 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2016年第15期2727-2733,共7页
目的筛选灰毡毛忍冬Lonicera macranthoides基因表达分析的内参基因,研究其Mads-box基因家族AGL15基因(Lm AGL15)的时空表达特性。方法克隆灰毡毛忍冬内参基因18 S r RNA、Ubiquilin、Actin和Efl-β的基因片段,评价了4个基因在不同部位... 目的筛选灰毡毛忍冬Lonicera macranthoides基因表达分析的内参基因,研究其Mads-box基因家族AGL15基因(Lm AGL15)的时空表达特性。方法克隆灰毡毛忍冬内参基因18 S r RNA、Ubiquilin、Actin和Efl-β的基因片段,评价了4个基因在不同部位叶、茎和花蕾,以及4个基因在灰毡毛忍冬生长不同时期的稳定性,筛选内参基因,分析Lm AGL15基因的时空表达特性。结果 18 S r RNA表达最稳定,适宜作为内参基因,叶片、茎的Lm AGL15基因相对表达量较低,花蕾相对表达量较高。花蕾不同发育时期,Lm AGL15的相对表达量呈现逐渐降低的变化,20 d后Lm AGL15的相对表达量最低,然后依次是花蕾初期(15 d)、青绿色花蕾期(10 d)、绿白色花蕾期(5 d)。结论 18 S r RNA是适宜的内参基因。叶片、茎和花蕾中,Lm AGL15的相对表达量差异明显。花蕾发育不同时期,Lm AGL15的相对表达量呈逐渐降低的变化,与花蕾开放变化规律相似。 展开更多
关键词 灰毡毛忍冬 内参基因 蕾期延长 时空表达特性 18 S r RNA UBIQUILIN ACTIN Efl-β AGL15
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