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亚口鱼科鱼类核DNA 18S-ITS1-5.8S序列比较分析 被引量:8
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作者 孙玉华 谢从新 刘思阳 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第3期367-370,共4页
关键词 亚口鱼科 中国胭脂鱼 18s-its1-5.8s
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基于18S-ITS1-5.8S序列的吉富罗非鱼群体遗传多样性分析 被引量:1
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作者 袁吉贵 李爵乾 +2 位作者 刘丽 陈增祥 张艳苹 《广东海洋大学学报》 CAS 2017年第6期7-10,共4页
运用PCR技术扩增吉富罗非鱼选育群体第20和21世代18S-ITS1-5.8S序列,分析二序列的遗传变异。结果表明,18S-ITS1-5.8S序列中,18S、内转录间隔区(ITS)1和5.8S序列分别为156、483~540、64 bp,主要变异位点位于ITS1中;基于ITS1序列的第20代... 运用PCR技术扩增吉富罗非鱼选育群体第20和21世代18S-ITS1-5.8S序列,分析二序列的遗传变异。结果表明,18S-ITS1-5.8S序列中,18S、内转录间隔区(ITS)1和5.8S序列分别为156、483~540、64 bp,主要变异位点位于ITS1中;基于ITS1序列的第20代吉富罗非鱼(17尾)群体内遗传距离为0.001,保守位点530个,变异位点10个,单倍型4个,单倍型多样性为0.331±0.143,核苷酸多样性为0.002,平均核苷酸差异为1.279;基于ITS1的第21代吉富罗非鱼(42尾)群体内遗传距离为0.015,6个个体存在严重碱基缺失现象,保守位点492个,变异位点49个,单倍型12个,单倍型多样性为0.638±0.083,核苷酸多样性为0.014,平均核苷酸差异为6.945。ITS序列在该两吉富罗非鱼群体中变异较小,基于ITS1序列分析的两代群体遗传多样性水平较低。 展开更多
关键词 吉富罗非鱼 遗传多样性 18s-its1-5.8s序列
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On four closely related hypotrichous ciliates(Protozoa,Ciliophora,Spirotrichea):molecular characters,interspecific relationships and phylogeny defined with multigene sequence information
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作者 GAO Feng YI Zhenzhen +2 位作者 CHEN Zigui AL-RASHEID Khaled A S SONG Weibo 《Acta Oceanologica Sinica》 SCIE CAS CSCD 2010年第5期90-96,共7页
In order to clarify the phylogeny and relationships of the most confused hypotrichous ciliates,Holosticha-complex,four closely related holostichids(five populations),Holosticha bradburyae,H.diademata,Anteholosticha ... In order to clarify the phylogeny and relationships of the most confused hypotrichous ciliates,Holosticha-complex,four closely related holostichids(five populations),Holosticha bradburyae,H.diademata,Anteholosticha sp.,and A.manca,were compared and analyzed using ITS2 secondary structures,ITS1-5.8S-ITS2 region and SSrRNA gene sequences.The ITS1-5.8S-ITS2 region sequences of these four species were first sequenced,and they shared sequence identities ranging from 68.0% to 90.1%,while two populations of Anteholosticha sp.differed in three nucleotides(sequence identity 99.8%).There were several minor differences among ITS2 secondary structures of these species,while two populations of Anteholosticha sp.had the identical secondary structure.Phylogenetic trees inferred from the ITS1-5.8S-ITS2 region sequences of stichotrichs using multiple algorithms(Neighbor-Joining,Maximum Parsimony and Bayesian) revealed similar topologies.The results show that:(1) Holosticha bradburyae and H.diademata firmly clustered together with strong bootstrap supports,forming a sister clade with Anteholosticha sp.,(2) Anteholosticha appeared to be a paraphyletic assemblage,in which the morphotype A.manca was more closely related to Diaxonella trimarginata than to its congener Anteholosticha sp.Phylogenetic analyses based on the SSrRNA gene and the combined sequences of SSrRNA gene and ITS1-5.8S-ITS2 region revealed the similar relationships between Holosticha and Anteholosticha,nevertheless their positions within the subclass Stichotrichia differed from each other inferred from different genes. 展开更多
关键词 PHYLOGENY gene sequencing marine ciliates ssRRNA ITs1-5.8s-its2
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两株盐生海芦笋内生真菌的分离与鉴定 被引量:4
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作者 赵育卉 王晓敏 +3 位作者 王惠 彭洁 刘天行 辛志宏 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2013年第15期148-153,共6页
对分离自江苏盐城大丰港盐碱地野生海芦笋的两株嗜盐内生真菌进行分离鉴定,提取基因组DNA后分别对18S rDNA和rDNA ITS1-5.8S-ITS4区域进行PCR扩增,基因测序并进行同源性分析,构建进化树并进行系统发育分析,结合形态学观察,将该两株菌分... 对分离自江苏盐城大丰港盐碱地野生海芦笋的两株嗜盐内生真菌进行分离鉴定,提取基因组DNA后分别对18S rDNA和rDNA ITS1-5.8S-ITS4区域进行PCR扩增,基因测序并进行同源性分析,构建进化树并进行系统发育分析,结合形态学观察,将该两株菌分别鉴定为维管束茎点霉(Phoma tracheiphila)与镰刀菌属(Fusarium sp.)。 展开更多
关键词 嗜盐真菌 形态学 18s RDNA序列 RDNA ITs1-5 8s-its4序列 系统发育分析
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