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改良2-^(△△CT)法分析RNASET2基因在卵巢癌卡铂耐药中的表达 被引量:1
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作者 唐兆前 李力 +3 位作者 张伟 王琪 蒋胜 唐步坚 《肿瘤预防与治疗》 2009年第3期242-245,349,共5页
目的:建立改良的相对定量2^(-△△CT)法并应用其分析RNASET2基因在卵巢癌卡铂耐药细胞系中的差异表达。方法:分别提取卵巢癌卡铂耐药SKOV3细胞系与其亲本SKOV3细胞系的总RNA,将等量的mRNA逆转录为cDNA,应用实时荧光定量PCR(real-time RT... 目的:建立改良的相对定量2^(-△△CT)法并应用其分析RNASET2基因在卵巢癌卡铂耐药细胞系中的差异表达。方法:分别提取卵巢癌卡铂耐药SKOV3细胞系与其亲本SKOV3细胞系的总RNA,将等量的mRNA逆转录为cDNA,应用实时荧光定量PCR(real-time RT-PCR)技术检测核糖核酸酶T2(RNASET2)基因在卵巢癌卡铂耐药中的差异表达,参照2^(-△△CT)公式的推导步骤,对其改良演化出一个新的公式即改良2^(-△△CT)公式。以绝对定量法为对照,应用该公式分析real-time RT-PCR技术检测结果并比较两种方法的差异。结果:改良2^(-△△CT)公式与绝对定量法分析实验结果差异无统计学意义(P>0.05)。卵巢癌卡铂耐药SKOV3细胞系RNASET2基因的表达相对于卵巢癌非耐药SKOV3细胞系的表达降低。结论:改良2^(-△△CT)公式分析real-time RT-PCR反应数据是一种简便可行的相对定量方法,RNASET2表达下调与卵巢癌卡铂耐药相关。 展开更多
关键词 卵巢癌 耐药 REAL-TIME PCR RNASET2 2^-△△ct
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亚洲韧皮杆菌在单株脐橙病树的分布情况 被引量:4
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作者 卢占军 赵培娅 +4 位作者 刘映雪 丁鹏 苏华楠 易龙 钟八莲 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第9期1512-1516,共5页
【目的】研究亚洲韧皮杆菌(CLas)在纽荷尔脐橙病树的分布情况,为柑橘黄龙病(HLB)的防控提供参考依据。【方法】以1~3个枝条表现斑驳黄化叶片症状的纽荷尔脐橙病树为研究对象,对主干发出的5个主枝(A、B、C为斑驳黄化枝条,D、E为无症状枝... 【目的】研究亚洲韧皮杆菌(CLas)在纽荷尔脐橙病树的分布情况,为柑橘黄龙病(HLB)的防控提供参考依据。【方法】以1~3个枝条表现斑驳黄化叶片症状的纽荷尔脐橙病树为研究对象,对主干发出的5个主枝(A、B、C为斑驳黄化枝条,D、E为无症状枝条)的叶片分别取样,运用PCR和实时荧光定量PCR(qPCR)分别检测,用2^(-ΔΔCr)法分析树体各部分黄龙病菌含量。对于果树上表现典型HLB病果但叶片无症状的结果枝,分别检测典型病果和相应叶片的感病情况。【结果】PCR对A、B、C、D、E的阳性检出率分别为88.57%、61.11%、54.17%、6.67%和0,qPCR对A、B、C的阳性检出率均为100.00%,对D、E的阳性检出率分别为40.00%和13.33%;2^(-ΔΔCr)法分析发现,斑驳黄化叶片中病原菌含量更高,病果的阳性检出率高于相应的无症状叶片样品。【结论】CLas在表现典型斑驳黄化症状的叶片和果实中的含量及阳性检出率均较高,病原菌在病树中分布不均匀。在进行HLB检测时,应选取典型或疑似症状样品,并运用qPCR进行检测,一旦发现树体局部发病,应当整株销毁。 展开更多
关键词 柑橘黄龙病 亚洲韧皮杆菌 实时荧光定量PCR 2^-△△ct
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不同引物及数据分析方法对定量PCR结果的影响 被引量:16
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作者 刘正霞 徐阳 +3 位作者 徐进梅 杨明夏 马磊 朱昌亮 《南京医科大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2009年第8期1112-1117,共6页
目的:研究不同引物及数据分析方法对实时荧光定量PCR SYBR Green染料法检测基因表达差异结果分析的影响。方法:通过Primer Express 2.0软件对目的基因CCND1、C-JUN分别设计4对不同引物进行SYBR Green染料法定量PCR扩增,并分别使用2-△... 目的:研究不同引物及数据分析方法对实时荧光定量PCR SYBR Green染料法检测基因表达差异结果分析的影响。方法:通过Primer Express 2.0软件对目的基因CCND1、C-JUN分别设计4对不同引物进行SYBR Green染料法定量PCR扩增,并分别使用2-△△CT法、Pfaffl法及相对标准曲线法计算肺癌紫杉醇敏感细胞株及耐药细胞株间目的基因的表达差异,分析不同引物和数据计算方法对实验结果的影响。结果:统计学分析表明,引物的扩增效率对定量PCR结果分析有显著影响,不同引物特异性扩增得到的样本间表达倍数有显著差异(P<0.05)。3种计算方法中,Pfaffl法与相对标准曲线法无统计学差异(P>0.05),而2-△△CT法与其他2种方法均有显著差异(P<0.05)。结论:引物的选择对于定量PCR结果有显著影响;Pfaffl法是更准确,更合理的相对定量计算方法。 展开更多
关键词 实时荧光定量PCR 2^-△△ct Pfaffl法 相对标准曲线法 扩增效率
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实时定量PCR分析PtDr101基因hpRNA干扰下的表达 被引量:1
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作者 杜娟 郑会全 +1 位作者 张志毅 张德强 《现代仪器》 CAS 2011年第6期13-16,共4页
PtDr101基因从三倍体毛白杨(Popu1us tomentosa× P. bolleana)×P.tomentosa]中克隆获得,能够编码NBS-LRR型蛋白,受到水杨酸和甲基茉莉酸诱导表达,是一种广谱的抗病基因。本研究利用实时定量PCR技术分析转PtDr101基因hpRNA干... PtDr101基因从三倍体毛白杨(Popu1us tomentosa× P. bolleana)×P.tomentosa]中克隆获得,能够编码NBS-LRR型蛋白,受到水杨酸和甲基茉莉酸诱导表达,是一种广谱的抗病基因。本研究利用实时定量PCR技术分析转PtDr101基因hpRNA干扰载体的表达模式,分析发现4个表达模式显著差异的转基因株系,为进一步功能鉴定提供材料。本研究表明实时定量PCR能够高灵敏度、精确地检测hpRNA干扰情况下的基因表达量。 展开更多
关键词 实时定量PCR 发卡式RNA干扰 2^-δδct
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冠突曲霉莽草酸形成相关基因表达量及酶活检测 被引量:1
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作者 陈霞 葛永怡 +3 位作者 张小丹 陈磊 刘缘园 吴娟 《农业工程》 2021年第9期124-131,共8页
通过对冠突曲霉Aspergillus cristatus 5个生长阶段的3-脱氧-阿拉伯庚酮糖酸-7-磷酸合成酶(aroF)、奎尼酸脱氢酶(quiB)、脱氢奎宁酸脱水酶(aroD)酶活及其对应基因表达量进行检测,推测莽草酸、奎宁酸途径在该菌不同生长阶段中的运行情况... 通过对冠突曲霉Aspergillus cristatus 5个生长阶段的3-脱氧-阿拉伯庚酮糖酸-7-磷酸合成酶(aroF)、奎尼酸脱氢酶(quiB)、脱氢奎宁酸脱水酶(aroD)酶活及其对应基因表达量进行检测,推测莽草酸、奎宁酸途径在该菌不同生长阶段中的运行情况。分别采用硫代巴比妥法、NAD^(+)法、免疫酶联法测定冠突曲霉5个生长阶段中aroF、quiB、aroD的酶活性,并利用qRT-PCR及相对定量2^(-ΔΔCt)法分析对应基因的表达量。结果显示:在冠突曲霉的有性生长阶段,随着菌体闭囊壳的形成,aroF、quiB、aroD的酶活均出现升高的趋势,分别由(62.08±0.43)U/L升至(68.60±0.19)U/L,(5.37±0.58)U/L升至(19.56±0.67)U/L,(33.76±0.03)U/L升至(34.30±0.10)U/L,随着子囊和子囊孢子的形成,aroF和aroD的酶活呈现下降(P>0.05)的趋势,但quiB的酶活仍呈现上升(P<0.05)的趋势;无性生长阶段,随着菌体的生长及分生孢子的形成,aroF、quiB、aroD的酶活均显著(P<0.05)下降,分别由(64.37±0.53)U/L降至(60.65±0.33)U/L,(36.74±1.42)U/L降至(18.87±0.75)U/L,(31.42±0.70)U/L降至(26.59±3.13)U/L。在整个有性生长阶段,随着菌体的生长,aroF和quiB基因相对表达量呈显著(P<0.05)上升的趋势,至子囊和子囊孢子形成阶段,分别升高了114.53倍、95.48倍,但aroD出现下降(P<0.05)的趋势,下降了99.34%;在无性阶段,随着分生孢子的形成,aroF、quiB、aroD对应基因的相对表达量均也呈下降(P<0.05)趋势,分别下降了54.46%、52.83%、98.03%。相关性分析可得,quiB(R^(2)=0.91)的表达量与对应酶活的相关性较强,aroF(R^(2)=0.43)与aroD(R^(2)=0.06)的表达量和酶活之间相关性较弱;aroF与aroD在冠突曲霉不同时期的酶活变化表现出较强的协同性,但在对应基因表达量的变化上aroF与quiB表现出较强的协同性。该研究揭示了莽草酸、奎宁酸途径关键酶酶活及其对应基因在冠突曲霉不同生长阶段的活性差异及表达规律。 展开更多
关键词 冠突曲霉 莽草酸途径 酶活 实时荧光定量PCR 2^(-δδct)法
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More attention should be paid on the interpretation of gene expression data 被引量:1
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作者 Eric Verna 《World Journal of Gastroenterology》 SCIE CAS CSCD 2012年第24期3181-3182,共2页
Molecular profiling of gene expression is important for determining signatures in cancer progression and diagnosis.For this purpose,polymerase chain reactionbased techniques are preferentially used as a feasible and s... Molecular profiling of gene expression is important for determining signatures in cancer progression and diagnosis.For this purpose,polymerase chain reactionbased techniques are preferentially used as a feasible and sensitive approach.Nevertheless,when relative quantitative analyses are performed on gene expression,the interpretation of mathematical equations must be carefully done.This letter to the editor is focused on recently published gene expression data in World Journal of Gastroenterology by Ozmen et al demonstrating increased levels of LYVE-1,VEGFR-3 and CD44 genes in gastric cancer samples compared to nonneoplastic gastric tissues.However,there are major concerns about misinterpretation of the gene expression data obtained with the 2-ΔΔCt relative quantitative method.In the study,2-ΔΔCt values calculated for many samples were smaller than 1(2-ΔΔCt < 1) which indicate decreased levels of LYVE-1,VEGFR-3 and CD44 gene expression in the gastric cancer tissues.This unfortunate mistake is an important example showing how a simple error in the interpretation of relative-quantitative gene expression data may result in misleading scientific conclusions.In this letter,a brief explanation of the 2-ΔΔCt method is given.In addition,the importance of technical quality and interpretation in gene expression studies is discussed. 展开更多
关键词 Gene expression 2^-△△¤ method Real-timepolymerase chain reaction
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计算机断层扫描在“双成像法”测量束流二维相空间中的应用 被引量:1
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作者 谷安佳 赵夔 +3 位作者 丁原涛 张保澄 全胜文 陈佳洱 《高能物理与核物理》 CSCD 北大核心 2003年第5期455-459,共5页
文中分析了利用计算机断层扫描 (CT)测量束流二维相空间的物理原理 ,并从数学上证明了现有方法 (CT +四极铁磁场扫描 )存在Radon变换角度空档 ,需要假设某一束流模型进行插值 ,图像重建的精度不高甚至失真 ;而结合Cerenkov辐射“双成像... 文中分析了利用计算机断层扫描 (CT)测量束流二维相空间的物理原理 ,并从数学上证明了现有方法 (CT +四极铁磁场扫描 )存在Radon变换角度空档 ,需要假设某一束流模型进行插值 ,图像重建的精度不高甚至失真 ;而结合Cerenkov辐射“双成像法” ,可以同时得到束流横向剖面和散角分布的Radon投影 ,从而将Radon变换角的范围扩展到完整的 0—π .文中以一个不对称的束流二维相空间分布为例 ,给出了计算机模拟实验结果 。 展开更多
关键词 计算机断层扫描 ct 束流二维相空间 测量 物理原理 RADON变换 束流模型 图像重建 Cerenkov辐射“双成像法”
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