旨在对梅花鹿(Cervus nippon)致敏鹿茸干细胞与休眠鹿茸干细胞表达蛋白进行差异筛选、鉴定及生物信息分析,为深入探讨鹿茸独特的再生分子调节机制奠定基础。本研究采用双向荧光差异凝胶电泳(Two-dimensional fluorescence difference in...旨在对梅花鹿(Cervus nippon)致敏鹿茸干细胞与休眠鹿茸干细胞表达蛋白进行差异筛选、鉴定及生物信息分析,为深入探讨鹿茸独特的再生分子调节机制奠定基础。本研究采用双向荧光差异凝胶电泳(Two-dimensional fluorescence difference in gel electrophoresis,2D-DIGE)分离蛋白样品;利用DeCyder 7.2分析软件对2D-DIGE图像进行统计学分析寻找差异表达蛋白;利用MALDI-TOF-MS(Matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight tandem mass spectrometry)鉴定差异蛋白,通过Mascot软件搜索NCBInr数据库寻找匹配的蛋白;采用PANTHER(Protein Analysis Through Evolutionary Relationships)软件对差异蛋白进行聚类分析,REACTOME数据库分析差异蛋白所参与的信号通路。结果得到了致敏鹿茸干细胞与休眠鹿茸干细胞2D-DIGE图谱,致敏鹿茸干细胞与休眠鹿茸干细胞蛋白丰度相比较,比值≥1.1倍以及比值≤-1.1倍(P<0.05)的差异蛋白点有159个,其中110个上调表达,49个下调表达,EDA(Extended data analysis)分析得到了多个Marker蛋白,质谱鉴定了84个差异蛋白质点,48个为阳性结果,共来自27种蛋白质。并对已鉴定蛋白进行了GO分析以及信号通路富集分析。致敏鹿茸干细胞与休眠鹿茸干细胞蛋白差异明显,质谱鉴定获得了来自多种可能与鹿茸再生相关的差异蛋白。由此可知,鹿茸再生是鹿茸干细胞从休眠到致敏的转化过程,需要多种蛋白分子以及信号通路的综合调控。展开更多
蛋白质组技术是植物基因功能鉴定和分析的强有力工具。经典的双向电泳技术是蛋白质组研究的核心技术,但差异蛋白质组分析使其具有更大的挑战性,因此在蛋白质水平的基因表达的定量分析研究需要更高灵敏度和更宽动力线性范围的技术。双向...蛋白质组技术是植物基因功能鉴定和分析的强有力工具。经典的双向电泳技术是蛋白质组研究的核心技术,但差异蛋白质组分析使其具有更大的挑战性,因此在蛋白质水平的基因表达的定量分析研究需要更高灵敏度和更宽动力线性范围的技术。双向差异凝胶电泳(two dimension difference gel electrophoresis,2D-DIGE)是一种新出现的荧光标记的定量蛋白质组学技术,比经典的2-DE具有更高的动力学范围和灵敏性。该方法通过引入内标使得多个样品在一块胶上分离,进而减少了实验条件不一致引起的误差。2D-DIGE结合质谱、生物信息学及高可信度的统计分析使得成功地定量、鉴定植物蛋白质成为可能。本文综述了2D-DIGE蛋白质组学的基本原理,实验方法,2D-DIGE蛋白质组的优缺点和可能解决的方法,以及该技术体系在植物研究中的应用。展开更多
随着科学技术的迅猛发展,现代生物学技术已经发展到后基因组时代,蛋白质组学是在整体水平上研究细胞内蛋白质组成及其活动规律的新兴学科。二维差异凝胶电泳(Two dimension difference gel electrophoresis,2D-DIGE)技术是在双向凝胶电...随着科学技术的迅猛发展,现代生物学技术已经发展到后基因组时代,蛋白质组学是在整体水平上研究细胞内蛋白质组成及其活动规律的新兴学科。二维差异凝胶电泳(Two dimension difference gel electrophoresis,2D-DIGE)技术是在双向凝胶电泳(Two-dimensional electrophoresis,2-DE)基础上发展起来的一种新兴的荧光标记的定量蛋白质组学技术,是分析和鉴定基因功能的强有力工具,比经典的2-DE技术具有更高的动力学范围和灵敏性。该文就2D-DIGE技术的发展以及在昆虫研究上的应用前景进行了展望。展开更多
目的:探讨双向差异凝胶电泳(two dimension difference gel electrophoresis,2D-DIGE)的实验方法,分析比较其优缺点,概述其在微生物研究中的应用。方法:以两株不同血清型的副溶血性弧菌为样本,通过2D-DIGE实验,得到两组蛋白质荧光染色...目的:探讨双向差异凝胶电泳(two dimension difference gel electrophoresis,2D-DIGE)的实验方法,分析比较其优缺点,概述其在微生物研究中的应用。方法:以两株不同血清型的副溶血性弧菌为样本,通过2D-DIGE实验,得到两组蛋白质荧光染色分布图,与银染的效果比较。结果:直观的看到两株细菌的蛋白质差异,且可分析样品丰度变化。结论:该方法有一定的局限性,但却是研究蛋白质组丰度变化的强有力工具。展开更多
【目的】对水稻草状矮化病毒(Rice grassy stunt virus,RGSV)侵染寄主水稻后其叶片的差异表达蛋白进行筛选、鉴定和生物信息学分析,为进一步研究RGSV和寄主水稻互作的分子机制提供线索。【方法】采用双向荧光差异凝胶电泳(Two-dimension...【目的】对水稻草状矮化病毒(Rice grassy stunt virus,RGSV)侵染寄主水稻后其叶片的差异表达蛋白进行筛选、鉴定和生物信息学分析,为进一步研究RGSV和寄主水稻互作的分子机制提供线索。【方法】采用双向荧光差异凝胶电泳(Two-dimensional fluorescence difference in gel electrophoresis,2D-DIGE)和Image Master 2D platinum 7.0分析软件寻找差异表达蛋白,MALDI-TOF-MS(Matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight tandem mass spectrometry)鉴定差异蛋白,利用BioTools软件搜索NCBI数据库,寻找匹配的相关蛋白质和功能查询。采用GOminer软件对差异蛋白进行GO(Gene ontology)聚类分析,KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)数据库分析差异蛋白所参与的生物通路。【结果】建立了RGSV侵染与未侵染水稻的叶片双向荧光差异凝胶电泳图谱,RGSV病株与健株相比,差异倍数大于1.5的差异蛋白质点有173个,其中表达丰度升高的点有72个,表达丰度下降的点有101个,质谱鉴定了44个差异蛋白质点,25个获得成功鉴定,分属于24种蛋白质,包括RGSV的2种蛋白20.6K非结构蛋白和P5蛋白,水稻中的蛋白推定的核酮糖-1,5-二磷酸羧化酶/加氧酶大亚基、景天庚酮糖-1,7-二磷酸酶前体、推定的酪氨酸磷酸酶、HAD超家族水解酶-亚族IA蛋白变体3蛋白、水稻核酮糖-1,5-二磷酸羧化酶/加氧酶小亚基结合2-羧基阿拉伯糖醇-1,5-二磷酸复合体、类似C1结构域蛋白以及其他一些功能未知蛋白和假定蛋白。对已鉴定蛋白的生物信息分析显示,差异蛋白涉及氮素固定、氮循环代谢过程、含氮化合物代谢过程、单一生物体代谢过程、代谢过程和生物过程等6个生物学过程,在生物功能上分属7类,包括分子功能、酸胺连接酶活性、酰胺连接酶活性、催化活性、谷氨酸氨连接酶、连接酶活性和形成C-N键的连接酶活性,在细胞组件上,差异蛋白分布于不同的细胞位置,涉及细胞组分、细胞器、细胞、膜结合细胞器、囊(泡)、细胞部分、膜结合囊(泡)、胞内、胞内部分、胞内细胞器、细胞质、胞内膜结合细胞器、细胞质部分、质体、细胞质囊(泡)和细胞质膜结合囊(泡)。KEGG通路分析显示,差异蛋白参与了代谢途径、光合生物固碳反应、碳代谢、乙醛酸和二羧酸代谢、丙氨酸、天门冬氨酸和谷氨酸代谢、氨基酸生物合成、丙酮酸盐代谢、精氨酸和脯氨酸代谢、谷胱甘肽代谢和氮代谢途径等10个KEGG代谢通路。【结论】RGSV侵染诱导了水稻差异蛋白质表达,获得了一些与RGSV侵染水稻相关的蛋白质分子,差异蛋白涉及到多个功能类别。其中与氮有关的生物学过程和光合作用过程变化较为明显。展开更多
目的:筛选心肌缺血相关的蛋白质,以期发现心肌缺血特征性的差异蛋白质或蛋白质群。方法:对模型动物小型猪施行冠脉Ameroid环缩术,通过对模型动物的动态观察,综合评价,并参照WHO冠心病心绞痛诊断标准,明确术后28天符合心肌缺血诊断。术...目的:筛选心肌缺血相关的蛋白质,以期发现心肌缺血特征性的差异蛋白质或蛋白质群。方法:对模型动物小型猪施行冠脉Ameroid环缩术,通过对模型动物的动态观察,综合评价,并参照WHO冠心病心绞痛诊断标准,明确术后28天符合心肌缺血诊断。术后28天,动物前腔静脉取血,血样处理后进行荧光差异蛋白电泳(2D-DIGE),对差异蛋白点进行MALDI-TOF/TOF分析,获取蛋白样品的肽质量指纹图。结果:共筛选出31个差异表达蛋白质点,其中17个蛋白质点在4周模型组中下调,14个蛋白点上调。对其中15个蛋白点采用质谱技术成功鉴定。白蛋白、血红素蛋白、烟酸受体在4周模型组中低表达,CH4 and secrete domain of Swine IgM、mutated immunoglobulin heavy chain、肌球蛋白、磷脂酶C、白细胞抗原相关酪蛋白磷酸酶相关蛋白、磷酸核糖焦磷酸相关蛋白-1、Ig gamma 4 chain constant region在4周模型组中高表达。结论:初步发现碱性磷酸酶、肌球蛋白、白细胞抗原相关酪蛋白磷酸酶相关蛋白、磷酸核糖焦磷酸合成酶相关蛋白1、血红素蛋白、烟酸受体可能与心肌缺血发生发展相关。展开更多
文摘旨在对梅花鹿(Cervus nippon)致敏鹿茸干细胞与休眠鹿茸干细胞表达蛋白进行差异筛选、鉴定及生物信息分析,为深入探讨鹿茸独特的再生分子调节机制奠定基础。本研究采用双向荧光差异凝胶电泳(Two-dimensional fluorescence difference in gel electrophoresis,2D-DIGE)分离蛋白样品;利用DeCyder 7.2分析软件对2D-DIGE图像进行统计学分析寻找差异表达蛋白;利用MALDI-TOF-MS(Matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight tandem mass spectrometry)鉴定差异蛋白,通过Mascot软件搜索NCBInr数据库寻找匹配的蛋白;采用PANTHER(Protein Analysis Through Evolutionary Relationships)软件对差异蛋白进行聚类分析,REACTOME数据库分析差异蛋白所参与的信号通路。结果得到了致敏鹿茸干细胞与休眠鹿茸干细胞2D-DIGE图谱,致敏鹿茸干细胞与休眠鹿茸干细胞蛋白丰度相比较,比值≥1.1倍以及比值≤-1.1倍(P<0.05)的差异蛋白点有159个,其中110个上调表达,49个下调表达,EDA(Extended data analysis)分析得到了多个Marker蛋白,质谱鉴定了84个差异蛋白质点,48个为阳性结果,共来自27种蛋白质。并对已鉴定蛋白进行了GO分析以及信号通路富集分析。致敏鹿茸干细胞与休眠鹿茸干细胞蛋白差异明显,质谱鉴定获得了来自多种可能与鹿茸再生相关的差异蛋白。由此可知,鹿茸再生是鹿茸干细胞从休眠到致敏的转化过程,需要多种蛋白分子以及信号通路的综合调控。
文摘蛋白质组技术是植物基因功能鉴定和分析的强有力工具。经典的双向电泳技术是蛋白质组研究的核心技术,但差异蛋白质组分析使其具有更大的挑战性,因此在蛋白质水平的基因表达的定量分析研究需要更高灵敏度和更宽动力线性范围的技术。双向差异凝胶电泳(two dimension difference gel electrophoresis,2D-DIGE)是一种新出现的荧光标记的定量蛋白质组学技术,比经典的2-DE具有更高的动力学范围和灵敏性。该方法通过引入内标使得多个样品在一块胶上分离,进而减少了实验条件不一致引起的误差。2D-DIGE结合质谱、生物信息学及高可信度的统计分析使得成功地定量、鉴定植物蛋白质成为可能。本文综述了2D-DIGE蛋白质组学的基本原理,实验方法,2D-DIGE蛋白质组的优缺点和可能解决的方法,以及该技术体系在植物研究中的应用。
文摘目的:探讨双向差异凝胶电泳(two dimension difference gel electrophoresis,2D-DIGE)的实验方法,分析比较其优缺点,概述其在微生物研究中的应用。方法:以两株不同血清型的副溶血性弧菌为样本,通过2D-DIGE实验,得到两组蛋白质荧光染色分布图,与银染的效果比较。结果:直观的看到两株细菌的蛋白质差异,且可分析样品丰度变化。结论:该方法有一定的局限性,但却是研究蛋白质组丰度变化的强有力工具。
文摘【目的】对水稻草状矮化病毒(Rice grassy stunt virus,RGSV)侵染寄主水稻后其叶片的差异表达蛋白进行筛选、鉴定和生物信息学分析,为进一步研究RGSV和寄主水稻互作的分子机制提供线索。【方法】采用双向荧光差异凝胶电泳(Two-dimensional fluorescence difference in gel electrophoresis,2D-DIGE)和Image Master 2D platinum 7.0分析软件寻找差异表达蛋白,MALDI-TOF-MS(Matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight tandem mass spectrometry)鉴定差异蛋白,利用BioTools软件搜索NCBI数据库,寻找匹配的相关蛋白质和功能查询。采用GOminer软件对差异蛋白进行GO(Gene ontology)聚类分析,KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)数据库分析差异蛋白所参与的生物通路。【结果】建立了RGSV侵染与未侵染水稻的叶片双向荧光差异凝胶电泳图谱,RGSV病株与健株相比,差异倍数大于1.5的差异蛋白质点有173个,其中表达丰度升高的点有72个,表达丰度下降的点有101个,质谱鉴定了44个差异蛋白质点,25个获得成功鉴定,分属于24种蛋白质,包括RGSV的2种蛋白20.6K非结构蛋白和P5蛋白,水稻中的蛋白推定的核酮糖-1,5-二磷酸羧化酶/加氧酶大亚基、景天庚酮糖-1,7-二磷酸酶前体、推定的酪氨酸磷酸酶、HAD超家族水解酶-亚族IA蛋白变体3蛋白、水稻核酮糖-1,5-二磷酸羧化酶/加氧酶小亚基结合2-羧基阿拉伯糖醇-1,5-二磷酸复合体、类似C1结构域蛋白以及其他一些功能未知蛋白和假定蛋白。对已鉴定蛋白的生物信息分析显示,差异蛋白涉及氮素固定、氮循环代谢过程、含氮化合物代谢过程、单一生物体代谢过程、代谢过程和生物过程等6个生物学过程,在生物功能上分属7类,包括分子功能、酸胺连接酶活性、酰胺连接酶活性、催化活性、谷氨酸氨连接酶、连接酶活性和形成C-N键的连接酶活性,在细胞组件上,差异蛋白分布于不同的细胞位置,涉及细胞组分、细胞器、细胞、膜结合细胞器、囊(泡)、细胞部分、膜结合囊(泡)、胞内、胞内部分、胞内细胞器、细胞质、胞内膜结合细胞器、细胞质部分、质体、细胞质囊(泡)和细胞质膜结合囊(泡)。KEGG通路分析显示,差异蛋白参与了代谢途径、光合生物固碳反应、碳代谢、乙醛酸和二羧酸代谢、丙氨酸、天门冬氨酸和谷氨酸代谢、氨基酸生物合成、丙酮酸盐代谢、精氨酸和脯氨酸代谢、谷胱甘肽代谢和氮代谢途径等10个KEGG代谢通路。【结论】RGSV侵染诱导了水稻差异蛋白质表达,获得了一些与RGSV侵染水稻相关的蛋白质分子,差异蛋白涉及到多个功能类别。其中与氮有关的生物学过程和光合作用过程变化较为明显。
文摘目的:筛选心肌缺血相关的蛋白质,以期发现心肌缺血特征性的差异蛋白质或蛋白质群。方法:对模型动物小型猪施行冠脉Ameroid环缩术,通过对模型动物的动态观察,综合评价,并参照WHO冠心病心绞痛诊断标准,明确术后28天符合心肌缺血诊断。术后28天,动物前腔静脉取血,血样处理后进行荧光差异蛋白电泳(2D-DIGE),对差异蛋白点进行MALDI-TOF/TOF分析,获取蛋白样品的肽质量指纹图。结果:共筛选出31个差异表达蛋白质点,其中17个蛋白质点在4周模型组中下调,14个蛋白点上调。对其中15个蛋白点采用质谱技术成功鉴定。白蛋白、血红素蛋白、烟酸受体在4周模型组中低表达,CH4 and secrete domain of Swine IgM、mutated immunoglobulin heavy chain、肌球蛋白、磷脂酶C、白细胞抗原相关酪蛋白磷酸酶相关蛋白、磷酸核糖焦磷酸相关蛋白-1、Ig gamma 4 chain constant region在4周模型组中高表达。结论:初步发现碱性磷酸酶、肌球蛋白、白细胞抗原相关酪蛋白磷酸酶相关蛋白、磷酸核糖焦磷酸合成酶相关蛋白1、血红素蛋白、烟酸受体可能与心肌缺血发生发展相关。
