MALDI-TOF质谱源后衰变技术鉴定2D胶蛋白点

PMF方法由于具有高灵敏度、高通量和容易自动化等优点,在蛋白质组学鉴定中占有重要的地位。然而,许多样品(比如:小分子蛋白,混合物等)仅仅通过PMF方法不能明确鉴定。在这种情况下,在测定PMF的同一个样品上,选择一个酶解片段峰进行PSD测序,并把这些序列信息输入MS-Tag软件进行搜索,结合PMF方法,表观分子量等电点等参数,能够对胶上的点进行明确的鉴定。本文先用PSD方法对胶上的三个标准蛋白进行鉴定,都得到了非常准确的结果,同时鉴定了胶上的几个未知点。

V_2O_5气敏光学薄膜的制备及其光学性能研究

本文介绍了用溶胶凝胶法制备纯Ｖ２Ｏ５二维光学薄膜的方法，并研究了它在氨气氛中的气敏透射光谱，发现对低浓度非常敏感且敏感区可扩展到整个可见光波段。这是一种有实用价值的气敏光纤传感材料。

小麦叶绿素缺失突变体Mt6172及其野生型叶片蛋白质组学双向差异凝胶电泳分析

以空间环境诱变获得的小麦叶绿素缺失突变体Mt6172的白化苗及其野生型邯6172的叶片为材料,进行双向差异凝胶电泳(2D-DIGE)蛋白质组学分析。在1645个蛋白点中,发现100个差异1.5倍以上的蛋白点,对在分析胶中得到的85个点进行质谱鉴定,最终鉴定出29种差异蛋白的62个差异点,其中50个表达下调,12个表达上调,可分为10个功能群。表达下调的蛋白主要定位于叶绿体中,包括光系统I、光系统II、NAD(P)H脱氢酶复合体和ATP合酶的部分亚基,以及参与卡尔文-本森循环、糖代谢和应激反应的蛋白。非叶绿体蛋白中的大部分表达上调,主要参与抗氧化反应、转录激活和蛋白质折叠等途径。初步推断,光合作用主要蛋白复合体的缺失、叶绿体抗氧化能力的下降和叶绿体RNA转录后编辑途径受阻等可能是Mt6172白化致死的重要原因。

植物细胞壁物质在DMSO-d_(6)/HMPA-d_(18)中的溶液态2D HSQC NMR分析

细胞壁物质凝胶是细胞壁物质直接在核磁共振管中与氘代溶剂生成的产物,无须分离成分就可以获得细胞壁良好分辨的2D 13C-1H相关核磁共振谱(2D HSQC NMR).为此选用氘代二甲基亚砜(DMSO-d6)、氘代二甲基亚砜/氘代吡啶(DMSO-d6/pyridine-d5)和氘代二甲基亚砜/氘代六甲基磷酰三胺(DMSO-d6/HMPA-d18)这3种溶剂溶解白杨(被子植物)细胞壁,DMSO-d6/HMPA-d18下得到的图谱信号最丰富,且很容易获得羟基苯基相关信号,所以DMSO-d6/HMPA-d18提高了图谱的分辨率和强度.将DMSO-d6/HMPA-d18应用于松树(裸子植物)的二维核磁结构表征中,图谱显示了高分辨率的多糖相关性和木质素结构.该法适用于植物的细胞壁物质检测,因此这种DMSO-d6/HMPA-d18下的2D HSQC NMR研究是一种更快速,绿色的植物细胞壁结构的评估方法.

温敏核不育水稻花药蛋白质组初步分析

采用固相pH梯度 SDS聚丙烯酰胺双向凝胶电泳对温敏核不育水稻 96 4 2S可育与不育条件下减数分裂期花药总蛋白进行了分离 ,通过银染显色 ,获得了分辨率和重复性较好的双向电泳图谱 .PDQuest 2DE图像分析软件可识别约 10 0 0个蛋白质点 .蛋白质点在 2D胶上的重复性为 :沿等电聚焦方向偏差为 1 4 5± 0 2 3mm(n =8) ,沿SDS PAGE方向偏差为 :1 15± 0 17mm(n =8) .对两种育性不同样品的 2D胶上部分共有的蛋白质点 ,采用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱 (matrixassistedlaserdesorption ionizationtimeofflightmassspctrometry ,MALDI TOF MS)进行了肽质谱指纹图分析 .通过采用PeptIdent软件对SWISS PROT数据库的查询 ,有 5 0个蛋白质点在数据库得到归属鉴定 .对育性不同的2种样品 2D较上明显差异的蛋白质点进行了分析鉴定 .在不育变化为可育的过程中 ,明显表达上调的蛋白质点包括几丁质酶 ,酸性磷酸酶 ,胞浆激酶 ,谷蛋白前体 ,以及ESTSC72 61蛋白 ,明显下调的蛋白质包括β expansin前体 ,谷氨酸氨甲酰转移酶和

日本血吸虫雌雄成虫可溶性蛋白组分的双向电泳分析

目的 分析日本血吸虫雌雄成虫可溶性蛋白组分。方法 双向电泳法。结果 用双向电泳分析雌雄虫体多肽斑点分别有 310个和 2 90个 ,匹配的蛋白点为 5 1个。日本血吸虫雌雄成虫可溶性蛋白中存在一些共同多肽斑点 ,但不同的多肽斑点较多。结论 日本血吸虫雌雄成虫可溶性蛋白组分存在较大差异 ,值得进一步研究。

光温敏核不育水稻幼穗育性转换期蛋白质组的初步分析

为找寻光温敏核不育水稻幼穗与育性调控有关的蛋白质,采用固相pH梯度-SDS聚丙烯酰胺双向凝胶电泳对光温敏核不育水稻(培矮64S)育性转换期幼穗总蛋白进行了分离,获取凝胶图像并进行重复性分析,通过微量测序-Edman降解方法和原位酶解及MALDI-TOF质谱的方法鉴定了60个蛋白质点。结果表明:本方法可得取分辨率和重复性较好的凝胶图谱。蛋白质点在2D胶上的重复性为:沿等电聚焦方向偏差为1.49±0.22 mm,沿SDS-PAGE方向偏差为1.24±0.18 mm。37个蛋白质点得到了准确的鉴定结果,其中16个是差异蛋白质点。在不育变化为可育的过程中,明显表达上调的蛋白质点包括几丁质酶,丙酮酸脱氢酶等;明显下调的蛋白质包括超氧化物歧化酶,硝酸还原酶脱辅基酶蛋白等;金属硫蛋白RicMT只在可育中存在。

稠油油藏高温凝胶改善蒸汽驱开发效果可视化实验

针对稠油油藏蒸汽驱汽窜现象严重的问题,为了研究高温凝胶改善稠油注蒸汽开发的效果,利用二维可视化物理模拟设备,通过图像采集系统对比了注入高温凝胶前、后的图像,并全程跟踪了蒸汽驱开发稠油时汽窜产生的过程以及注高温凝胶后蒸汽驱油层的波及情况,据此研究了利用高温凝胶改善蒸汽驱开发效果的微观机理。实验结果表明:稠油蒸汽驱过程中,由于压力梯度的差异,注采井间容易形成窜流通道;蒸汽在油层中产生明显的指进现象,从而降低蒸汽的波及范围,窜流通道两侧存有大量的剩余油;凝胶溶液首先进入窜流通道,并占据颗粒间的大孔隙,成胶之后对高渗通道有良好的封堵作用;后续注入的蒸汽绕过主流通道,能够进一步驱出剩余油。驱油结果表明:注入凝胶之后的最终波及效率能够达到70.44%,最终驱油效率达到60.45%,分别比单纯蒸汽驱提高了22.35%和15.17%。

虎纹捕鸟蛛粗毒双向凝胶电泳分析及部分蛋白质点的N端序列测定

采用固相 p H梯度等电点聚焦 - SDS双向聚丙烯酰胺凝胶电泳对虎纹捕鸟蛛粗毒进行了分析 ,通过考马斯亮蓝与银染法显色 ,电脑软件识别出约 30 0个蛋白质点 .约有 35个含量较高的蛋白质点分布在分子量 1 0 k D以下区域 ,通过印迹法将凝胶上蛋白质点转移到 PVDF膜上以后 ,对上述分子量 1 0 k D以下的组分进行了 N端序列测定 ,鉴定到了虎纹捕鸟蛛毒素 HWTX- ,HWTX- ,HWTX- 和 SHL- 1在凝胶上的位置 ,同时发现了 5种新的肽类毒素组分 .

生态毒理基因组学和生态毒理蛋白质组学研究进展

将基因组学和蛋白质组学知识整合到生态毒理学中形成了生态毒理基因组学和生态毒理蛋白质组学。通过生态毒理基因组学和生态毒理蛋白质组学的研究能够在基因组和蛋白质组水平更深入理解毒物的作用机制,寻找更敏感、有效的生物标记物,形成潜在的强有力的生态风险评价工具。介绍了生态毒理基因组学和生态毒理蛋白质组学的研究进展,以及DNA芯片技术和2D-凝胶电泳技术在持久性有毒污染物的生态毒理学研究中的应用。

二维凝胶体系中碳酸钙分形结构的形成与机理研究

本文研究了二维琼脂凝胶圆盘体系中碳酸钙分形结构的形成过程,发现随着反应时间的增加,碳酸钙的形态经过了细小颗粒-枝晶结构-分形结构的转变过程,该分形结构实际上是由纳微米级碳酸钙晶粒聚集而成的。增加琼脂和反应物的浓度,碳酸钙微晶的形貌和尺寸发生了变化,呈现立方体与球形,由其构成的分形结构的尺寸也随着改变,但碳酸钙的晶型均为方解石型,无明显变化。二维凝胶体系中碳酸钙分形结构的形成主要与琼脂极性基团提供成核位点、多糖的网络结构、沉淀剂离子扩散受限有关。

利用蛋白质组学技术筛选辐射致癌相关蛋白质

背景与目的:辐射致癌的机制目前尚不明确。本研究通过建立辐射致癌的细胞模型,应用蛋白质组学技术观察辐射癌变细胞和正常细胞间的差异蛋白表达谱,以期获得辐射致癌相关蛋白。方法:选取永生化的人支气管上皮细胞株(BEAS-2B),利用γ射线照射诱导癌变,建立辐射致癌的细胞模型。利用二维凝胶电泳技术,筛选癌变细胞和正常细胞间的差异表达蛋白点并进行质谱鉴定分析。通过Western blot技术对其中4个蛋白:ENO1、PrxI、Dyrk2和GPX1在辐射致癌不同阶段的表达情况进行分析。结果:在辐射癌变细胞和正常细胞间共得到可信差异表达蛋白点59个。其中14个仅在癌变细胞中表达,15个仅在正常细胞中表达,23个在癌变细胞中表达降低,7个在癌变细胞中表达升高。通过质谱分析,共有26个蛋白点得到鉴定,主要包括一些参与细胞代谢、增殖、分化的酶类、信号调控蛋白、DNA结合蛋白以及一些细胞结构蛋白和少数功能不明的蛋白及肽段。其中ENO1和PrxⅠ随辐射癌变的进展而升高,Dyrk2和GPX1随辐射癌变的进展而降低。结论:应用二维电泳技术可获得辐射致癌差异表达蛋白谱,筛选和鉴定出与辐射致癌相关的差异表达蛋白,并可检测部分差异蛋白在辐射致癌不同阶段的表达情况。

采用定量蛋白质组学技术筛选小鼠肝癌淋巴道转移相关蛋白

淋巴道转移是上皮来源恶性肿瘤转移的早期阶段,其发生机制不清,一直是肿瘤学研究面临的难题,为寻找淋巴道转移相关蛋白,以一对来源于同一亲本细胞,且淋巴道转移潜能显著不同的小鼠肝癌腹水型细胞株为研究对象,其中Hca-F为高淋巴道转移力细胞株,Hca-P为低淋巴道转移力细胞株,采用定量蛋白质组学技术——荧光差异双向凝胶电泳,建立了高低淋巴道转移力小鼠肝癌细胞荧光差异蛋白表达图谱,高通量筛选与肿瘤淋巴道转移相关的蛋白质.经DeCyde软件分析,共得到163个有统计学差异的蛋白质点,选择2倍以上的差异性蛋白质点23个,经质谱鉴定得到17个蛋白质,在Hca-F中高表达的蛋白质有7个:转羟乙醛酶、波形蛋白、肌酸激酶(脑)、膜联蛋白7、膜联蛋白5、烯酰辅酶A水合酶1(过氧化物酶体)、核内异质核糖核蛋白A2/B1异构体1.而在Hca-F中低表达的蛋白质有10个:真核翻译延长因子2、Ero1样蛋白、乙醛脱氢酶2(线粒体)、苹果酸盐脱氢酶2(NAD)、β-内酰胺酶2、谷胱甘肽S转移酶"1、泛素C末端水解酶同工酶L3、内质网蛋白29(前体)、溶血磷脂酶1、微管不稳定蛋白.这些差异性蛋白质的功能涉及到代谢、蛋白质分泌、蛋白质结合、核苷酸结合,钙离子结合、凋亡和调节生长等过程.对这些蛋白质功能的进一步验证,将有助于解析肿瘤淋巴道转移的分子机制.

小鼠胚泡植入不同时期子宫内膜组织细胞蛋白质组研究

利用固相pH梯度双向凝胶电泳(2D-PAGE)分别分离妊娠第3天(3 d)、第5天(5 d)、第7天(7 d)小鼠子宫内膜的总蛋白质;考马斯亮蓝染色、PDQuest 2DE软件分析获得3个不同孕期的蛋白质表达谱;图像分析以5 d的图谱为参考,3 d、7 d与其匹配率分别为68%、61%.在等电点PI 3-10、分子量14.4 KDa-116.0 KDa范围内分离得3 d、5 d、7 d小鼠子宫内膜蛋白点大约分别为713个、736个、673个.选取差异蛋白质点进行MEDLI-TOF质谱分析,查询数据库,获取有意义的蛋白点,分别为载脂蛋白A-I、膜联蛋白A1、谷光甘肽转移酶、丝氨酸蛋白酶抑制剂、烯醇化酶.研究结果表明,在胚泡植入窗口期(5 d),小鼠子宫内膜合成蛋白质的种类和数量明显增加,以适应胚泡植入.子宫内膜表达的蛋白质在调控子宫基质降解和子宫内膜的局部免疫反应方面中扮演着重要角色.

双向荧光差异凝胶电泳技术在心脏病蛋白质组学研究中的应用

目的:应用双向荧光差异凝胶电泳技术筛选与致心律失常性右心室心肌病引起的与心力衰竭密切相关的蛋白质标志物。方法:从本院的心脏病组织库中挑选6例病理诊断明确和各方面资料比较齐全的致心律失常性右心室心肌病引起心力衰竭的左心室心肌标本(来源于心脏移植的受体),以年龄、性别和种族等因素相匹配的因非心脏病死亡的6例正常心脏的左心室心肌作为本实验的对照,进行比较蛋白质组学研究,筛选在致心律失常性右心室心肌病引起的心力衰竭中差异表达的蛋白质,即蛋白质标志物,并应用免疫组织化学和免疫印迹杂交方法检验差异蛋白质的可靠性。结果:经二次重复实验共筛选出5个差异表达的蛋白质,其中有3个在致心律失常性右心室心肌病引起的心力衰竭中表达升高,而另有2个表达降低。经生物信息学分析,这5个差异蛋白质主要为心肌细胞的骨架蛋白或参与能量代谢和应急保护反应的蛋白质。其中的一个差异表达蛋白质——细胞骨架蛋白 Desmin 经免疫组织化学和免疫印迹杂交方法得到了进一步验证。结论:本研究应用双向荧光差异凝胶电泳技术筛选获得5个与致心律失常性右心室心肌病引起的心力衰竭密切相关的蛋白质标志物,这些标志物可能与心力衰竭发生的分子机制相关,并可能用于疾病的分层、判断预后及指导个性化治疗。

辣椒CMS型雄性不育系与保持系花期叶片蛋白质组分析

采用双向凝胶电泳和计算机辅助分析方法,比较辣椒细胞质雄性不育系W9A与保持系W9B花期叶片蛋白质组,发现不育系与保持系花期叶片存在蛋白质(多肽)的差异,可能与细胞质雄性不育的形成有关。

大腹圆蛛毒素的双向电泳分析

提取大腹圆蛛毒素 ,进行双向凝胶电泳 (TwoDimensionGelElectrophoresis ,2 -DGE) ,经银染法显色及电脑软件分析 ,结果表明 :大腹圆蛛的毒素至少有 80种成份 。

基于荧光差异二维电泳技术的临床尿液蛋白质组学研究方法探讨

目的探讨尿液蛋白质组学研究中样本留取、尿样储存、蛋白浓缩、荧光标记以及二维电泳过程中的关键问题和具体方法,以期为临床开展相关研究奠定方法学基础。方法选取尿蛋白<0.15g/24h的糖尿病和高血压男性患者,床边留取新鲜尿液。尿液混合后根据是否添加蛋白酶抑制剂、长期保存温度、蛋白除盐方法和一向固相PH梯度等电聚焦胶条的不同,分为7组,所有样本都进行了双向电泳分析比较,部分标本进行了荧光差异电泳分析。结果从双向电泳结果可以明显看出加入蛋白酶抑制剂、-80℃冰箱保存、反复超滤离心所得到的尿液蛋白点数最多;胶条以11cm,PH4-7和PH3-1024cm的非线性胶条比较合适尿液二维电泳分析。通过不同Cydye荧光染料标记后,尿液荧光差异二维电泳(2D-DIGE)分析可以得到重复性好、便于临床和实验室开展的结果。结论基于2D-DIGE的临床尿液蛋白质组学研究方法具有可行性,采取合适的方法可以得到良好的研究结果。

盆腔器官脱垂发病机制的比较蛋白组学研究

目的应用双向荧光差异凝胶电泳和质谱技术,筛选并鉴定盆腔器官脱垂(POP)患者与正常对照之间的差异表达蛋白,探讨POP发生的分子机制。方法在绝经状态、年龄、体重指数、产次等因素匹配的前提下,选取5例行子宫全切和盆底重建的POP患者与5例无POP行子宫全切患者的主骶韧带复合体标本。提取组织总蛋白,普通双向电泳分离,银染显色鉴定蛋白质抽提质量和在胶图上的分布情况。荧光染料分别标记POP组、对照组以及内标,进行双向电泳得到双向荧光差异凝胶图谱。对胶图进行匹配和差异分析,筛选出两组之间丰度差异≥1.5,P<0.05的差异表达蛋白质点。将差异蛋白质点胶内酶解后进行质谱分析和数据库搜索,鉴定差异表达的蛋白质点。结果提取的组织蛋白经定量和普通双向电泳检测,平均可获得(1 224±22)个蛋白质点。获得5张双向荧光差异凝胶电泳胶图,每张胶图上共约(1 111±54)个蛋白质点,经过比较分析筛选出33个差异表达蛋白质点,均在POP组下调,最大下调比例为8.5倍。质谱成功鉴定出半凝乳素-1、亲环素A、丝切蛋白等蛋白,均在POP组下调。结论在POP患者中半凝乳素-1和亲环素A发生降调节提示,POP的发生可能与神经损伤相关。

荧光差异双向凝胶电泳法筛选大鼠脑缺血相关蛋白

目的鉴定局灶性脑缺血相关蛋白并筛选早期神经保护蛋白。方法应用先进的差异蛋白质组学荧光差异双向凝胶电泳(2D DIGE)技术,比较大鼠大脑中动脉闭塞(MCAO)6h病灶侧大脑皮层和正常大鼠相应部位蛋白质变化;采用DeCyder-DIA软件、单因素方差分析ANO- VA,选择两组间蛋白表达量差异具有统计学意义(P<0.05)且AR>1.4的蛋白点;基质辅助激光解析/电离-飞行时间(MALDI-TOF)质谱鉴定差异蛋白。结果脑缺血6h组与正常对照组比较13个蛋白点符合统计学要求;经质谱分析仅鉴定出一个缺血组明显减少的蛋白点为α-微管蛋白。结论作为结构蛋白之一的α-微管蛋白在脑缺血早期即发生明显变化,是缺血性脑血管病早期相关蛋白。