我国分离的盖塔病毒衣壳蛋白基因和3′非翻译区分子特征研究

对我国海南省和河北省分离到的3株盖塔病毒（GETV）（M1、HB0215-3和HB0234）进行衣壳蛋白基因和3′UTR区序列测定,并分析比较该病毒的分子生物学遗传特征。首先应用逆转录聚合酶链反应扩增出病毒衣壳蛋白基因和3′UTR片段,纯化后连接到载体中进行测序,然后用Clastal X和DNASTAR软件对测定的核苷酸和推测的氨基酸序列进行比较分析,用MEGA软件绘制系统发生树。3株病毒衣壳蛋白基因分别由801、804和804个核苷酸组成,分别编码267、268和268个氨基酸,3株病毒之间核苷酸和氨基酸序列同源性为97.6%-100%和97.8%-100%,与其他GETV分离株核苷酸同源性在95.4%-99.6%之间。3株病毒3′UTR分别由411、401和401个核苷酸组成,发现中国株存在10个（45-54位）核苷酸缺失和2个（64位、148位）特有的核苷酸位点。进化分析表明盖塔病毒之间的进化关系与分离年代相关,中国境内流行的盖塔病毒是相对独立的一个类群。

4株SARS冠状病毒中国分离株3′非编码区的序列测定及分析

分别对 4株SARS冠状病毒中国株基因组 3′非编码区序列进行测定和分析 ,然后应用Blast、DNAstarGeneQuest等软件对中国株的这段序列与其它SARS和非SARS冠状病毒的序列进行比较 .结果显示 ,所测 4株SARS冠状病毒中国分离株的 3′非编码区长度均为 339nt,与其它已测序SARS冠状病毒的相应序列完全一致 .SARS冠状病毒的非编码区含有冠状病毒保守的“伪结”结构 .在距末端 138nt处还存在 1个长约 32nt的Ⅱ型茎 环结构的序列 ,该序列在其它已知人冠状病毒中并不存在 ,而与禽传染性支气管炎病毒和星状病毒中的对应序列高度同源 .

甘蔗花叶病毒3’末端基因的克隆及外壳蛋白序列分析比较

选取我国SCMV优势株系A株系的分离物SCMV CA为材料 ,经过病毒和病毒RNA的提纯 ,反转录获得病毒cDNA ,并克隆到载体 pUC19的SmaI位点上 ,筛选得到多个重组质粒。选取其中一个克隆SCMV CA5 4进行测序 ,得到一个全长为 12 96bp的核苷酸序列。这段序列由一个长为 10 44bp的开放阅读框架 (ORF)和一个长 2 79bp的 3’末端非编码区序列 ( 3’ UTR)及 poly(A)尾巴组成。这个ORF包括病毒完整的外壳蛋白 (CP)及部分核内含体蛋白b(NIb)基因序列。将所得序列同已知SCMV亚组中各株系分离物的核苷酸和氨基酸进行同源性比较 ,结果表明该序列与其它株系分离物CP核苷酸序列的同源性介于 6 3.7%～ 77.6 %之间 ,氨基酸的同源性介于 6 4%～ 89%之间。根据马铃薯Y病毒属的序列同源性划分标准 ,SCMV CA与其它株系或分离物的同源性关系均介于种与株系划分标准之间。

猪蛋白编码基因3’UTR中IRPRE1元件的鉴定及其基因特征分析

为鉴定猪全基因组范围内蛋白编码基因3’UTR(3’-untranslated region)中反向重复PRE1(inverted repeated PRE1,IRPRE1)元件,对猪全基因组的22342个蛋白编码基因的3’UTR序列进行重复序列元件的生物信息学分析。结果表明:猪蛋白编码基因的3’UTR序列中短散在重复序列与简单重复序列在重复序列的类别中所占比例较高,分别为27.58%与31.08%;在SINE/t RNA的重复元件中,Pre0_SS和PRE1x元件所占的比例较高,分别为41.83%和37.51%;共有1 094个候选蛋白编码基因的3’UTR中含有IRPRE1元件;GO分析发现这些候选基因主要参与m RNA经由剪接体的剪接、细胞分裂、RNA通过酯交换反应发生的剪接、T细胞激活、RNA剪接、T细胞受体信号通路、对糖苷反应、甘油三酯稳态、外源性凋亡信号通路的正调节及胆固醇合成等生物过程;KEGG pathway分析发现这些候选基因参与了缬草碱、亮氨酸和异亮氨酸降解途径、TNF信号通路、T细胞受体信号通路、RIG-I样受体信号通路、吞噬体、剪接体、胆汁分泌、甲状腺激素合成和凋亡;对3个蛋白编码基因的3’UTR中的IRPRE1元件进行鉴定发现,其在多个组织中广泛表达。

人和动物SON基因3’非编码区的PCR测序分析

目的 研究人和猕猴、阿拉伯狒狒、猪、牛、羊、马、驴、骡、狗、猫、兔、大白鼠、小白鼠、豚鼠等14种哺乳类动物SON基因3’非编码区(3’UTR)的种属特异性碱基序列差异。方法 对人和上述14种哺乳类的SON基因3’非编码区中的部分种属特异性区域进行PCR测序分析。结果 人有2条扩增片段和14种哺乳类动物各有1条扩增片段的碱基序列;人无关个体和同一种属不同个体动物DNA扩增片段的碱基序列相同,人、猕猴、阿拉伯狒狒、猪、牛、羊、马、驴、骡、狗、猫、兔、大白鼠、小白鼠、豚鼠DNA的SON基因3’UTR扩增片段之间存在碱基序列差异。结论 SON基因3’UTR是一个具有良好种属特异性的遗传标记,采用SON基因3’UTR扩增测序技术可以对人和上述14种哺乳类动物进行准确的种属鉴定。

高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒弱毒疫苗株作为外源基因表达活病毒载体的研究

利用反向遗传操作技术,猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)也可以被用作外源基因表达的活载体。前期研究将猪瘟病毒E2蛋白的编码基因插入了高致病性PRRSV弱毒疫苗株HuN4-F112的非结构蛋白和结构蛋白编码间区,所拯救的重组病毒rPRRSV-E2能够在体外和体内高效表达E2蛋白。能够为猪瘟和HP-PRRS的感染提供100%的免疫保护。本研究利用rPRRSV-E2的全长感染性克隆平台,在PRRSV基因组ORF7和3'非翻译区之间插入了转录调控序列6(TRS6)和绿色荧光蛋白的编码基因,构建并拯救了重组病毒rPRRSV-E2-EGFP,该病毒感染MARC-145细胞后,可以同时表达猪瘟E2蛋白和EGFP。外源序列在载体中能够保持遗传稳定。本研究为开发PRRSV作为病毒活载体疫苗提供了一个新的外源基因插入位点和构建策略,对今后多价疫苗的研发有重要意义。

谷胱甘肽过氧化物酶的硒代半胱氨酸插入元件

真核生物将硒代半胱氨酸插入蛋白质必需硒代半胱氨酸插入元件（ＳＥＣＩＳ）的参与，后者位于硒蛋白ｍＲＮＡ的３′非翻译区．采用ＲＮＡ折叠程序对１５个谷胱甘肽过氧化物酶基因进行计算机处理发现，其可能的ＳＥＣＩＳ中都具有３段保守碱基ＡＵＧＡ－Ａ（Ｇ）ＡＡ－ＧＡ．根据Ａ（Ｇ）ＡＡ位于顶环或者顶环上游５′臂的突环上。

Identification of selenocyst-eine insertion sequence(SECIS) element in eukaryotic selenoproteins by RNA Draw program

The computer program RNA Draw was used to identify the secondary structures in the 3’untranslated regions (3’UTRs) of the mRNAs from 46 eukaryotic seleno-proteins among 7 species. The program found one or two possible SECIS elements in these selenoproteins. The SECIS element consists of a stem-loop or hairpin structure with three conserved sequences of AUGA-(A)AA-GA. SECIS element was not found by the RNA Draw program in randomly selected non-selenoproteins. The results showed that SECIS element is the unique character of the genes ofeukaryotic selenoproteins. Thus it is possible to use RNA Draw to search the SECIS elements in gene bank for potential new selenoproteins.

我国新分离盖塔病毒的部分基因组分子特征研究

目的 通过分子生物学方法研究我国山东省2008年分离的盖塔病毒（DY0824）基因组分子生物学特征.方法 应用逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）扩增出结构区基因和3＇ UTR片段,连接到载体中进行序列测定,然后用Clustal X1.83和MegaAlign软件对测定的核苷酸和推测的氨基酸序列进行比较分析,用Mega4软件绘制系统发生树.结果 DY0824病毒株衣壳蛋白由804个核苷酸组成,编码268个氨基酸,与国内外其他分离株的核苷酸同源性为95.4%～99.9%,氨基酸同源性为97.4%～100%.E2蛋白全长1266个核苷酸,编码422个氨基酸,与其他株的核苷酸同源性为94.8%～99.5%,氨基酸同源性为97.6%～100%.该病毒3＇ UTR由401个核苷酸组成,存在3个重复序列.结论 山东省新分离盖塔病毒衣壳蛋白和E蛋白基国与该病毒原型分离株相比分别存在7个和10个氨基酸差异位点,病毒3＇UTR区域存在多个核苷酸差异位点.

四川省首株盖塔病毒SC1210的鉴定

目的 对四川省从蚊虫分离到的病毒SC1210进行鉴定并分析其基因组特征.方法 利用披膜病毒科甲病毒属特异性引物进行RT-PCR鉴定,并采用二代测序平台Ion Torrent PGM进行基因组全序列测定,然后利用Mega Align软件对测定的核苷酸和推测的氨基酸序列进行比较分析,利用Mega 6软件绘制系统发生树.结果 SC1210为盖塔病毒（Getah virus,GETV）,该株病毒基因组全长11 690nt,与国内外其他分离株的核苷酸同源性为99.2％-99.7％,氨基酸同源性为96.5％-99.4％.衣壳蛋白全长为804nt,编码268个氨基酸,与其他株的核苷酸同源性为94.9％-99.2％,氨基酸同源性97％-99.6％.E2基因全长1 266 nt,编码422个氨基酸,与其他株的核苷酸同源性为94.6％-99.6,氨基酸同源性为97.1％-99.5％.3＇UTR全长402 nt,具有GETV病毒独特的3个完整的重复序列元件和19 nt的保守序列.结论 四川省分离到的首株GETV SC1210与云南分离株YN0540亲缘关系较近,而与马来西亚原始株MM2021亲缘关系较远.

β2肾上腺素能受体基因多态性和支气管哮喘关系的最新研究进展

过去有关β2肾上腺素能受体基因（ADRB2）多态性的研究重点集中在编码区的多态性，这些多态性可能与哮喘的发生、表型及治疗反应相关，但是研究结果不完全一致。近年来大量研究发现，不仅仅是编码区，5’和3’非翻译区的多态性同样能改变β2肾上腺素能受体（β2AR）的功能并影响着哮喘的治疗反应等，应同时对β2—AR基因中所有的变异即完整的单倍型进行识别和分析。现综述近来对ADRB2基因编码区、5’和3＇非翻译区多态性的研究新进展，特别是3’非翻译区poly-C重复序列的长度的变异可能对哮喘患者的肺功能和对0：AR激动剂的治疗反应具有重要作用。

可变多聚腺苷酸化与肿瘤

可变多聚腺苷酸化(alternative polyadenylation, APA)是真核细胞mRNA成熟过程中针对前体mRNA 3′端的一种加工修饰方式,是重要的转录后调控机制。APA通过调控3′非翻译区(3′UTR)长度而影响mRNA稳定性、翻译效率和定位。内含子多聚腺苷酸化(intronic polyadenylation, IPA)通过形成丢失重要结构域的截短型蛋白实现对靶基因的调控,参与形成肿瘤新抗原。APA具有肿瘤特异性,有可能用于肿瘤分子分型和靶向治疗。现对APA的形成过程和分类、高通量发现APA的测序和分析技术进展,以及APA对肿瘤发生发展的影响进行综述。