鸡传染性支气管炎病毒HN株5a 5b及N基因的遗传变异分析

从河南省某鸡场中疑似鸡传染性支气管炎(IB)的雏鸡病料中分离到1 株鸡传染性支气管炎病毒(IBV),暂命名为HN,鉴定为IBV。从接种HN毒株的鸡胚尿囊液中提取单股RNA后应用反转录聚合酶链反应(RT PCR)技术扩增得到包含IBV HN株5a、5b蛋白及N蛋白基因的约1 600 bp片段;将克隆测序的5a、5b及N基因分别与GenBank中11 株国内外参考毒株相应基因进行序列比较与遗传变异分析,发现IBV HN株变异独特,明显不同于国内外参考毒株。

鸡传染性支气管炎病毒国内分离D971株5a、5b及核蛋白基因的分子特征

本研究参照已发表的鸡传染性支气管炎病毒 (Infectiousbronchitisvirus ,IBV)基因序列 ,设计合成了一对引物 ,经反转录_聚合酶链式反应 (ReverseTranscription_PolymeraseChainReaction ,RT_PCR)技术扩增得到了IBV国内分离株D971的 5a、5b与核蛋白 (Nucleocapsid ,N)基因 ,片段长约 1.7kb ,并将该基因进行了克隆和序列测定。与国内外部分已发表毒株比较表明 :D9715a基因与Beau、CU_T2、D14 6 6、DE0 72及SD/97/0 2毒株的 5a基因核苷酸序列同源性在 85 .9%～ 93.9%之间 ,氨基酸序列同源性为 78.5 %～ 93.8% ;D9715b基因与上述毒株的 5b基因核苷酸序列同源性在 91.6 %～ 96 .8%之间 ,氨基酸序列同源性为 87.8%～ 93.9% ,比 5a基因保守 ;N基因与Beau、CU_T2、Ark99、M4 1、H5 2、VicS、SD/97/0 2、X、HB、DB及ZJ971毒株的核苷酸序列同源性为 87.0 %～ 91.5 % ,氨基酸序列同源性为 89.7%～ 93.6 %。对文献报道的N基因三个保守位置同源性比较发现 ,D971N基因第 198～ 2 6 4位核苷酸及其推导的氨基酸与上述 11株毒株的相应区域同源性分别为 86 .6 %～ 92 .5 %和 90 .5 %～ 10 0 % ;第 5 4 3～ 70 2位核苷酸及其对应的氨基酸序列同源性分别为 79.4 %～ 90 .6 %和 83.3%～ 96 .3% ;第 993～ 112

丙型肝炎病毒ns5b基因的克隆、表达及鉴定

目的 :构建HCVns5b基因的重组原核表达质粒 ,并获得NS5B蛋白的高效表达 ,为制备抗NS5B抗体及以其为靶位的抗HCV感染研究创造条件 .方法 :利用PCR技术扩增HCVns5b基因 ,XhoⅠ和KpnⅠ双酶切后连接到经同样酶切的原核表达载体pRSETA上 ,转化大肠杆菌JM 10 9菌株 ,获得阳性重组质粒pRSETA ns5b ,阳性质粒转化BL2 1(DE3) ,IPTG诱导表达 ,表达产物经SDS PAGE和WesternBlot电泳进行鉴定 ,并以薄层扫描分析对其定量 .结果 :成功构建了HCVNS5B蛋白表达载体 pRSETA ns5b,经诱导明显表达出6His NS5B融合蛋白 ,表达产物主要以包涵体形式存在 ,表达量占菌体蛋白 2 5 % ,Western Blot结果显示表达蛋白保持活性 .结论 :HCVNS5B蛋白在体外得到了有效表达 .

Discrepancy of Classical Swine Fever Virus in Different Tissues by One-Step RT-PCR and Nested RT-PCR

Reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) was used for the detection of classical swine fever virus (CSFV) in blood and tissue samples of field cases and experimentally inoculated pigs. The distribution of CSFV in different organ samples showed some discrepancies in infected pigs. Four weaner pigs were inoculated with C-strain vaccine virus, then samples of spleen, tonsil, lung, mesenteric lymph node, kidney and brain were collected after slaughter and tested for E2 and NS5B genes using one-step RT-PCR and nested RT-PCR. Using the same method, 12 field cases were simultaneously studied. A discrepancy of CSFV in different samples was found upon detecting the target gene. The most reliable diagnostic organs were spleen and tonsil, and the nested RT-PCR assay provided a highly sensitive and specific method with comparable performance to the one-step RT-PCR assay.

小麦GzCIPK7-5B基因的生物信息学及表达分析

CIPK是植物钙感受器钙调磷酸酶B类似蛋白特定靶向的一类丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶,在钙离子信号转运中起到重要作用。为探究GzCIPK7-5B基因在小麦中的功能,利用RT-PCR方法从小麦品种贵紫麦1号中克隆得到GzCIPK7-5B基因,进行生物信息学分析。用RT-PCR检测GzCIPK7-5B基因在贵紫麦1号不同组织(根、茎、叶、籽粒)中的表达情况。运用qRT-PCR检测GzCIPK7-5B在籽粒3个时期(花后10、25、35d)的表达水平。结果表明,GzCIPK7-5B基因的开放阅读框为1296bp,编码431个氨基酸,蛋白含有丝氨酸―苏氨酸蛋白激酶家族保守结构域,具有CIPKs家族基因的特征。其编码的蛋白含有29个磷酸化位点,无跨膜结构,是一种无信号肽的不稳定亲水性核蛋白。GzCIPK7-5B基因与野生二粒小麦的TdCIPK7-5B序列相似度最高,蛋白序列同源性为100%,在根、茎、叶和籽粒中均有表达,在贵紫麦1号籽粒花青素合成3个重要时期(花后10、25、35d),花后25和35d的表达水平显著高于花后10d。

小麦CPP基因家族鉴定和TaCPP20-5B克隆分析

为了研究小麦TaCPP20-5B基因在小麦生长发育过程中的作用,对小麦中CPP(Cysteine-richpolycomb-like protein)家族基因进行了全基因组鉴定和生物信息学分析,并对该家族中的TaCPP20-5B基因进行了克隆、蛋白质理化性质和二级结构、基因表达量检测和亚细胞定位分析。结果表明,在小麦基因组中共鉴定出CPP家族成员26个,系统发育进化树共有A、B、C和D 4个亚族。小麦CPP家族基因在其他组织中表达量明显高于叶片,旱热胁迫后TaCPP13和TaCPP20表达量显著提升;TaCPP20-5B基因编码区全长为1083 bp,共编码360个氨基酸,蛋白质分子量为40.02 kD,不稳定系数为52.71,脂肪系数为57.69,总平均亲水性指数为-0.716,等电点为8。蛋白质二级结构分析表明,α-螺旋、β-折叠、无规则卷曲和直链延伸分别占比20.83%、3.61%、61.94%和13.61%。TaCPP20-5B在小麦叶片中表达量最低,在根和茎中表达量相近,是叶片的2.6~2.7倍。亚细胞定位发现TaCPP20-5B定位于细胞核中。本研究结果可为进一步研究TaCPP20-5B基因在小麦中的功能提供参考依据。