AP-PCR基因指纹用于变形链球菌传播株与非传播株的筛选

目的 应用AP_PCR基因指纹筛选变形链球菌 (mutansstreptococci,MS)的传播株 (transmittedstrains)与非传播株 (nontransmittedstrains) ,探讨影响MS传播的因素。方法 选取 2 0对口腔中已定居有MS的儿童 (3～ 4岁 )与他们的母亲 ,取牙面菌斑样本涂于轻唾—杆菌肽培养基。每人随机挑取 4 5株分离株 ,提取染色体DNA ,AP_PCR基因指纹检测。结果 ①从 2 0 0个分离株中共分辨出 4 5个不同的基因型 ,其中 10位 (5 0 % )母亲和 15位 (75 % )儿童分别带有 1种类型 ,另 5位 (2 5 % )儿童带 2种类型 ,另 10位 (5 0 % )母亲带有 2种或 2种以上类型 (2位母亲带有 5种型 ) ,表明人群口腔中定居的MS存在基因多态性 ;②比较母亲与其子女MS基因型的相似性发现 ,2 0对母子中16对 (80 % )有相似基因型出现 ,提示MS在此人群中的高传播现象 ;③对有传播现象的 16位母亲的S.mutans进行传播株与非传播株的筛选发现 ,10 (5 0 % )位母亲口腔中传播株与非传播株共存 ,表明并非所有基因型的S .mutans都能传播。结论 ①AP_PCR基因指纹能清晰地分辨出S.mutans的传播株和非传播株 ;②在S .mutans的母婴传播过程中某一型菌株的优先传播是普遍存在的 。

红莲型细胞质雄性不育水稻线粒体DNA的AP-PCR分析

为了研究红莲型细胞质雄性不育与线粒体基因组的关系 ,以水稻红莲型粤泰细胞质雄性不育系 A和保持系 B及杂种一代 F1 为材料 ,应用 AP- PCR分析 ,用 10个单引物对其线粒体 DNA进行扩增。实验结果表明 ,不同的引物在 3种材料间均有不同程度的差异 ,为红莲型细胞质雄性不育分子机理的研究提供了线索 ;此外 ,在引物 6 F1的扩增图谱中找到一条在 YTA和 F1 中特异的带 TAF6 F 2 ,Sounthern分析 TAF6 F2 不育胞质的特异性 ,可能与红莲型水稻细胞质雄性不育性状的形成有关。

马尔尼菲青霉AP-PCR基因指纹分析

目的 :观察马尔尼菲青霉基因特征及与致病的相关性。方法 :采用 AP- PCR技术 ,以 P2 35′- AGTCAGCCAC- 3′,P1 0 55′-AGTCGTCCEE- 3′,P12 0 5′- GGGAGACATC- 3′为单引物对 12株竹鼠分离的马尔尼菲青霉及 3株临床分离菌株进行 DNA指纹分析。结果 :1菌株 DNA指纹图谱呈多态性 ,主要带型相同 ;2引物 P2 3扩增竹鼠分离菌株与临床分离菌株 DNA带型有较大差异。结论 :马尔尼菲青霉基因差异可能与致病力相关。

银染RNA AP-PCR差示法克隆人胃癌转移相关基因

目的:以改进的银染RNAAP-PCR法分析原发性及转移性胃癌标本,鉴定和克隆胃癌转移相关基因。方法:以原发及转移灶胃癌标本总RNA为研究对象,首先以T12MN“锚定”引物进行逆转录合成cDNA第一链,再以10核苷酸任意引物进行PCR扩增,5%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分离扩增产物后银染显示并回收差异条带,经RNA点杂交验证、克隆测序后进入GenBank数据库检验同源性。结果:经银染RNAAP-PCR法分析,获得系列差异表达片段。对其中MGA1(662bp)和PGA1(589bp)两个片段进行验证和测序,结果显示,MGA1与胃癌转移相关,并与编码人巨噬细胞集落刺激因子受体(macrophagecolony-stimulatingfactorreceptor,CSF-1R)的原癌基因c-fms100%同源;而PGA1则属胃癌转移抑制基因,与编码肿瘤转移抑制基因KAI-1完全同源。结论:银染RNAAP-PCR法适用于分析和克隆差异表达基因,具有快速、直观、假阳性率低等优点;提示CSF-1R及KAI-1与胃癌转移表型相关,为进一步研究CSF-1R功能提供了新的线索。

PAGE银染法显示变形链球菌AP-PCR指纹图的可行性研究

目的 :探讨PAGE银染法显示变形链球菌的AP PCR指纹图的可行性。方法 :将 2 0 0个临床分离株的AP PCR扩增产物分别进行PAGE银染和琼脂糖凝胶电泳EB染色 ,比较 2种图象的清晰度和对基因型的分辨能力 ,计算结果一致性的Kappa值。 结果 :结果一致性的Kappa值为 1,表明PAGE银染和琼脂糖凝胶电泳EB染色一样可显示变形链球菌的AP PCR指纹。而且PAGE由于可显示多个细小的条带 ,较琼脂糖凝胶电泳EB染色有更高的清晰度 ,可更为清晰地显示出变形链球菌的AP PCR指纹图。结论 :PAGE银染法可以显示变形链球菌的AP PCR指纹图。

应用AP-PCR法分析去甲二氢愈创木酸对胶质瘤细胞基因组甲基化状态的影响

背景与目的 :应用甲基化敏感性AP_PCR法探讨去甲二氢愈创木酸(NDGA)诱导人恶性胶质瘤细胞系SHG -44细胞分化过程中基因组甲基化状态改变。材料与方法 :用甲基化敏感性AP_PCR方法检测SHG -44细胞基因组甲基化状态。结果 :经NDGA处理后 ,胶质瘤细胞基因组甲基化水平增高。 结论

蓖麻种质资源多样性AP-PCR与RMAPD分析

为了研究国内主要商业蓖麻品种的种质资源多样性，采用AP—PCR与RMAPD分子标记方法，对来自国内不同地区的31份蓖麻品种进行分析。AP—PCR分子标记的研究结果表明，9条引物扩增的条带为5—12条，共计82条带，平均每条引物扩增出9．1条带，扩增的多态性条带为2。10条，多态率为40％．90．91％，共计53条带，平均每条引物扩增出5．89条多态性带。在9条引物中，引物S3扩增出多态性条带最高，多态率达90．91％。蓖麻种质资源的RMAPD分析结果表明，84对引物扩增的条带为5～12条，共计85条带，平均每对引物扩增出8．5条带，扩增的多态性条带为3。10条，共计56条带，平均每条引物扩增出5．6条多态性带。在84对引物中，引物A3＋B4扩增出的条带最多，多态性最高，多态率达83．3％。对AP—PCR与RMAPD分子标记的数据进行联合聚类分析表明，在遗传系数为0．56处，31份蓖麻种质被分成3大类群。2种分子标记之间的相关系数不显著（R=0．0093）。

AP-PCR技术在克雷伯氏菌DNA多态性分析中的应用

以一条含１０个碱基的随机引物对３０株克雷伯氏菌的ＤＮＡ进行ＰＣＲ扩增，得到不同的指纹图谱，表明该技术可应用于细菌检测和流行病学调查。

AP-PCR和set1、set2两基因PCR用于志贺菌基因多态性研究

目的与方法 : 应用随机引物 PCR(简称 AP- PCR或 PAPD)和 set1、set2两基因 PCR方法分析了 71株F2 a志贺菌的基因多态性。 结果 :两种引物的 AP- PCR中 ,引物 12将 71株 F2 a志贺菌分为两种不同的基因型 ,引物 17和 set1、set2两基因 PCR将所有菌株分为四种不同的基因型 ,两种方法结合则可分为七种不同的基因型 ;其中 6 5株 F2 a志贺菌基因型相同 ,其余 6株各为独立的型别。本研究表明 AP- PCR和 set1、set2两基因 PCR为志贺菌基因多态性分析的有效手段 ,二者结合则更为完善 ;研究结果还表明 ,在我国南北不同地区不同时间分离到的无论是暴发株还是散发株 ,均具有相同的优势克隆。 结论 :上述菌株是引起国内菌痢散发和暴发的主要基因型 。

应用AP-PCR技术检测香菇栽培菌株的遗传差异

利用3个随机引物对21个香菇栽培菌株进行PCR扩增。结果表明，3个引物共产生45条DNA谱带，其中分子量最小的为0．18kb，最大的为1．16kb，聚类分析表明，21个香菇菌株的相似系数为0．64～1．00，其中大部分菌株遗传差异较小而相似程度较高。

运用AP-PCR对中国慈姑属内亲缘关系的研究

用ＡＰ－ＰＣＲ技术测定了中国慈姑属植物基因组ＤＮＡ的多态性，以其为分子性状用ＵＰＧＭＡ方法聚类，结果表明：中国慈姑属植物可分为３大类，包括７种３变种或变型（未包括浮叶慈姑）。本文的结果与基于形态和核型分析的结果一致。

杂交水稻及其“三系”线粒体DNA的AP-PCR指纹图谱

为了研究水稻（Ｏｒｙｚａ ｓａｔｉｖａ Ｌ．）细胞质雄性不育（ＣＭＳ）与线粒体基因组的关系，应用ＡＰ－ＰＣＲ 分析，用７ 个任意单引物对６ 种水稻品系线粒体ＤＮＡ 进行了扩增。水稻线粒体ＤＮＡ 的ＡＰ－ＰＣＲ 产物可分为三种类型：（１）所有供试品系均能扩增的片段，它们代表了线粒体ＤＮＡ 在进化上的保守性序列。有４ 个引物检测到这类片段。（２）２ 个以上水稻品系共同出现而在全部供试材料间存在差异的扩增片段，这类片段是检测水稻线粒体ＤＮＡ多态性的主要来源。（３）一种细胞质类型所特有的扩增片段，从引物Ｒ２ 和Ｖ５ 的扩增产物中发现了这类片段，它们可能与ＣＭＳ有关联。另外，ＷＡ型不育系珍汕９７Ａ 与其杂种之间在６ 个引物的扩增图谱上均存在不同程度的差异。

布鲁氏菌AP-PCR最优反应体系的建立

目的建立布鲁氏菌的随机扩增DNA多态性的优化反应体系,用于布鲁氏菌分子流行病学研究。方法利用几种随机引物及其组合(P1、P2、P3、P4、P5、OPLO4、P3/5、P4/5)进行随机引物PCR的反应(AP-PCR,又称RAPD),及重复片断引物ERIC1R/ERIC2的随机扩增多态性;另外针对优选引物P5和OPLO4,分别对Mg2+浓度、dNTPs浓度、模板DNA浓度、引物的浓度及扩增过程中的退火温度等影响反应结果的因素,进行了一系列优化组合方案的试验及系统分析。结果引物P5、OPLO4和引物组合P4/5可以得到布鲁氏菌的高分辨率的分型带谱,并建立相应的优化反应体系。结论在严格的优化反应条件下,建立简单、快捷、灵敏度高的RAPD方法,用于布鲁氏菌的DNA多态性研究,为布鲁氏菌分子流行病学的深入研究提供资料。

新疆有毒火欣麻内生菌的分离及AP-PCR与ERIC-PCR分析

目的分离火欣麻的内生菌,探讨ERIC-PCR引物在植物内生细菌分型中的优化及其与AP-PCR的结合在植物内生菌分型中的应用价值。方法通过改进的碾碎法对火欣麻的内生菌进行分离,依据形态学与生理生化特性同时对比AP-PCR和ERIC-PCR图谱,对所分离菌进行分类鉴定。结果所筛选的12株内生细菌,2株为奈氏菌属,1株为葡萄球菌属,1株为链球菌属,3株为芽胞杆菌属,2株为短杆菌属,3株为肠杆菌属。优化引物后的ERIC-PCR条带稳定、丰富、清晰。结论ERIC-PCR与AP-PCR结合使用分型效果明显增强。

采用单引物AP-PCR技术对胃癌相关基因片段的分离分析

目的 分离与胃癌发生相关的基因片段并予以鉴定。方法 运用单引物AP -PCR技术 ,对 2 0例配对的胃癌组织和非癌胃组织的基因DNA进行扩增 ,分离出差异片段 ,进行克隆 ,测序和杂交鉴定。结果 分离出三条差异片段 ,其中一条片段 ( 8ndf)基因文库内无同源序列存在 ,斑点杂交显示该片段存在于非癌组织中而癌组织中缺如。结论 单引物AP -PCR技术对于分离差异基因行之有效 ;

利用AP-PCR对柔嫩艾美球虫不同地理株及其杂交株多态性的研究

用随机引物PCR(AP-PCR)技术对鸡柔嫩艾美球虫(Eimeria tenella)黑龙江株(H)、山东株(S)及黑龙江株与山东株的杂交株(F1)进行了研究,同时对2个不同地理株的子代株与亲代株和F1株的亲缘关系进行了分析.结果,鸡柔嫩艾美球虫不同地理株之间以及同一地理株的亲代与子代之间存在DNA多态性;并且不同地理株间的种内变异程度较大(Si=0.6423～0.6370);同一地理株亲代与子代之间的亲缘关系也稍有改变,但其变异程度不大(Si=0.9830～0.9811).对F1株的AP-PCR分析发现,F1株与H株、S株的相似值分别为0.6929、0.6825,介于H株与S株相似值和传代株间的相似值之间.结果表明,F1株既具有两亲本株的遗传性状,又发生了变异.

应用AP-PCR技术绘制肺炎克雷伯菌多态性图谱

以一条含１０ｂｐ的随机引物对４５株肺炎克雷伯菌的ＤＮＡ进行ＡＰ－ＰＣＲ扩增，得到不同的图谱，通过菌株间相 似系数计算，绘制出表达菌株亲缘关系的系统树，表明该技术可应用于细菌检测和流行病学调查。

Isolation and Characterization of Gastric Carcinomaassociated DNA Fragments by U^ng Optimized AP-PCR

The molecular mechanism of Gastric cancer (GC) is gaining ground rapidly. Cytological study has identified the multiple changes of gene, to isolate GC associated genes, optimized arbitrarily primed polymerase chain reaction (AP-PCR) is used in present study matching GC tissues and non-cancerous gastric tissues. The present study includes three parts: the first step is acquirement of the differential bands. The DNA is isolated from matched GC tissues and non-cancerous gastric tissues. DNA fingerprinting generated by using optimized APPCR. The second step is identification of the DNA. The DNA extracted from the differential bands are amplified and identified by dot blot hybridization,

变形链球菌(血清型C)临床分离株AP-PCR基因分型

目的 探讨变形链球菌 (血清型C)菌珠基因型与龋发生的关系。方法 用Chelex法提取细菌染色体DNA ,经多次实验自行确立AP PCR最佳反应条件 ,并对 2 78株来自不同龋敏感个体的临床分离株进行AP PCR基因型分析。结果 2 78株变链菌临床分离株共区分出 10 5种基因型 ,无龋个体 84 2 1%携带 1种基因型 ,而高龋患者 95 %携带 2种或 2种以上基因型。结论 变链菌菌株间存在明显的遗传多态性 。