Actinonin与肽脱甲酰基酶作用模式的分子动力学模拟研究

目的研究actinonin与脱甲酰基酶的相互作用模式,阐述基于actinonin进行特异性人肽脱甲酰基酶(Hs PDF)抑制剂设计思路。方法使用分子动力学模拟和MM/GBSA自由能计算等方法来研究各种肽脱甲酰基酶(PDF)与actinonin的相互作用模式,定量描述PDF关键残基与actinonin的结合自由能。结果在与actinonin结合方面,Hs PDF作为PDF1A的代表,与PDF1B和PDF2比较,存在3个明显差异:与Hs PDF的motif 1相互作用较强,与motif 2较弱,而与PDF1B和PDF2的motif 1相互作用较弱,而与motif 2相互作用较强;与Hs PDF的Leu131和Met145相互作用较强,而这些相互作用在PDF1B和PDF2是不存在的;与Hs PDF的Trp207存在很强的结合自由能,而与PDF1B和PDF2在相同位置的残基相互作用较弱。结论利用分子动力学模拟的方法,研究actinonin与PDF的相互作用模式,阐述Hs PDF与其他类型PDF在活性位点的差异,为基于actinonin的特异性Hs PDF抑制剂的设计提出了思路。

人肽脱甲酰基酶基因pdf与肿瘤细胞生长的相关性

目的:研究人肽脱甲酰基酶(HsPDF)基因pdf在不同肿瘤细胞系中的表达情况并探讨该基因与肿瘤细胞生长的相关性。方法:体外培养肿瘤细胞,采用半定量RT-PCR方法检测不同肿瘤细胞系中pdfmRNA的水平;用HsPDF抑制剂Actinonin处理细胞并通过细胞形态学、MTT法、RT-PCR及凝胶电泳等技术检测pdf基因与肿瘤细胞生长的相关性。结果:RT-PCR结果表明,该基因在13种不同来源的人肿瘤细胞系和正常组织中的表达具有显著差异。其中,在Hela、MDA-MB-231、K562等肿瘤细胞系中高表达,而在人正常肺组织中低表达(P<0.001)。体外试验显示,Actinonin可显著地抑制肿瘤细胞的生长,使细胞中pdf基因表达量相应的下降,且呈明显的浓度依赖性;同时,光镜观察结果显示Actinonin对肿瘤细胞有诱导凋亡的作用。结论:pdf是一种广泛分布于不同组织的基因,它与肿瘤细胞的生长增殖间存在着显著的相关性。

以大肠埃希氏菌肽脱甲酰基酶为靶点的高通量筛选模型的建立(英文)

本文用 PCR法从大肠埃希氏菌 K-12中克隆出肽脱甲酰基酶 (peptide deformylase,PDF)基因 ,通过测序确证与文献报道的 pdf基因序列完全一致。将 p df连接到原核蛋白表达载体 p ET-3 0 -a(+ )上 ,并转化到大肠埃希氏菌 BL 2 1(DE3 )菌株中 ,IPTG诱导表达。过量表达的 PDF酶用 Q Sepharose HP离子交换柱和 Superdex 75纯化得到高纯度 Ni-PDF。应用荧光测试仪Polar Fluostar检测 PDF对底物 For-Met-Ala-Ser的水解活性 ,PDF酶的已知抑制剂放线酰胺素 (actinonin)为阳性对照 ,通过优化酶反应条件 ,建立了以

Meprinα对TGF-β1诱导的成纤维细胞胶原合成的调节作用

目的观察Meprinα对转化生长因子(TGF)-β1介导的成纤维细胞胶原合成和肌成纤维细胞分化的调节作用。方法原代培养肺成纤维细胞,采用TGF-β1诱导,并予以重组Meprinα及放线酰胺素(Actinonin)预处理。免疫细胞化学染色检测α-平滑肌肌动蛋白(α-SMA)的表达,免疫印迹法检测Meprinα、I型胶原、α-SMA的表达。结果 TGF-β1能够促进肺成纤维增殖和迁移能力,显著上调I型胶原、α-SMA的表达,同时降低Meprinα的表达(P<0.05)。免疫印迹结果显示,予以Meprinα预处理能够显著抑制TGF-β1介导的I型胶原、α-SMA表达的上调(P<0.05);予以Actinonin预处理,则能够显著促进TGF-β1介导的I型胶原、α-SMA表达的上调(P<0.05)。结论 Meprinα具有抑制TGF-β1介导的肺成纤维细胞胶原合成和肌成纤维细胞分化的作用。