AllGlo探针Real-time RT-PCR检测发热伴血小板减少综合征病毒

目的建立基于AllGlo探针Real—time RT—PCR技术检测发热伴血小板减少综合征病毒（SFTSV）的方法。方法根据SFTSV基因组S片段的相对保守序列设计引物和AllGlo探针，建立和优化Real—time RT—PCR反应体系，对其敏感性、特异性和稳定性进行评价，并检测临床疑似SFTSV病例标本，与普通RT—PCR法、病毒分离法和抗体检测法进行比较。结果 所建立AllGlo探针Real—time RT—PCR法检测SFTSV核酸，标准曲线方程为Y=3．38x＋46．03（Y为ct值，z为核酸拷贝数log值），r2〉O．998，扩增效率为97．6％，Ct值变异系数（CV）均〈1．2％，检测限为1．00×10^3copy／mL。与汉坦病毒、H1N1、H3N2、登革病毒1～4型均无交叉。检测362份疑似病例标本，SFTSV核酸阳性检出率11．9％，高于普通RT-PCR法、病毒分离法和抗体检测法（P值均d0．05）。结论建立的AllGlo探针Real—time RT-PCR法，操作简单、快速，灵敏性、特异性较高，可用于SFTSV核酸检测。

基于AllGlo探针的双重实时荧光定量PCR法检测高危型人乳头瘤病毒HPV16/18

目的建立基于AllGlo探针的双重实时荧光定量PCR检测高危型人乳头瘤病毒HPV16/18的方法。方法针对HPV16/18病毒基因组保守序列,设计引物和AllGlo探针,建立双重荧光定量PCR检测方法,评价其敏感性、特异性和稳定性,并与传统HC2方法比较。结果成功建立了双重实时荧光定量PCR检测HPV16/18的方法,检测限均为10copies/μL,敏感性和特异性均为100%。应用该方法检测160份宫颈肿瘤患者样本,与传统HC2法结果一致性为100%。结论该研究建立的快速、准确、可同时检测HPV16/18的双重实时荧光定量PCR法,具有较高的敏感性、特异性和稳定性,操作简单,可用于HPV16/18的临床筛查和诊断。

Allglo探针与TaqMan探针荧光定量RT-PCR检测猴免疫缺陷病毒的比较

目的比较Allglo探针和TaqMan探针荧光定量RT-PCR检测SIV的灵敏度下限和重复性。方法把SIV标准品进行梯度稀释成6个浓度,每个浓度同时提取12个标本进行批内差异分析,每个标本提取12次进行批间差异分析之后进行逆转录并用TaqMan探针和Allglo探针进行定量PCR检测。批内差异分析者每个标本同时进行逆转录和上机检测,批间差异分析者分12次进行逆转录和检测,对这两种探针的PCR结果利用ABI7300定量PCR仪所携带的软件和相关的统计学方法进行分析。结果 TaqMan探针和Allglo探针法检测SIV标准品的灵敏度下限均为50 copies/m L。重复性结果显示:批内结果差异分析显示Allglo探针法最大变异系数为0.63%,最小变异系数为0.33%,TaqMan探针法最大变异系数为1.33%,最小变异系数为0.2%;批间结果差异分析显示Allglo探针法最大变异系数为1.77%,最小变异系数为0.95%,TaqMan探针法最大变异系数为1.86%,最小变异系数为1.03%。结论在荧光定量RT-PCR法检测猴免疫缺陷病毒中,Allglo探针法可能优于TaqMan探针法。

应用AllGlo探针检测对虾白斑综合征病毒研究

用AllGlo探针检测对虾白斑综合征病毒,阳性反应呈典型的S曲线,说明本检测探针和引物设计合理。经灵敏度测定,当样品DNA浓度低至100拷贝/μL时,仍可以有效扩增,但在103/μL之上时结果最佳。同时,经过与传统探针检测对比试验得出:用Taqman标记的探针检测相同量的样品时,AllGlo MAR标记的探针(FAM通道)CT值与FAM标记的探针的CT值没有明显区别,但是MAR标记的探针的荧光信号强度要比FAM标记的探针约高40%,更适合于对虾白斑综合征病毒的检测。

AllGlo探针4重荧光定量PCR技术同时检测4种疱疹病毒

目的探讨多重荧光定量PCR技术的优化条件，建立基于AIIGlo探针技术荧光定量法检测4种疱疹病毒新方法。方法分别采用单重和多重定性PCR扩增临床常见4种疱疹病毒[单纯疱疹病毒1型（HSV-1）、HSV-2、Epstein—Barr病毒（EBV）、巨细胞病毒（CMV）]井测序鉴定，然后分别采用AllGlo探针和TaqMan探针的单重和多重定量PCR技术对4种疱疹病毒进行单种和多种病毒同时定性定量检测。结果TaqMan探针和AllGlo探针单种疱疹病毒检测阳性率和特异性均为100％，AllGlo探针单重定量PCR检测比4重探针单种定量PCR的检测Ct值高1～3，AllGlo探针4重定量PCR可以同时检测4种疱疹病毒，相同样品AllGlo探针4重定量PCR检测与单探针单重定量PCR分别检测的结果符合率100％。结论AllGlo探针荧光定量PCR技术的通量、灵敏度和特异性均高于TaqMan探针。应用前景广阔。

Allglo探针与Taqman探针双重荧光RT-PCR法检测GI型和GII型诺如病毒的比较和应用

目的对Allglo探针和Taqman探针检测GI型和GII型诺如病毒的双重荧光RT-PCR方法进行比较,并应用于临床标本的检测。方法设计针对GI型和GII型诺如病毒的Allglo探针和Taqman探针,优化最佳反应条件,建立一步法荧光RT-PCR快速检测反应体系。对这两种方法的特异性、灵敏度进行比较评估,对56份临床粪便标本进行检测,并统计结果。结果这两种方法特异性强;最低检测限均为102copies/μL以下;但是Allglo探针在同一浓度下比Taqman探针CT值更低,扩增效率更高。对56份临床粪便标本进行检测,两种方法结果一致。结论 Allglo探针双重荧光RT-PCR方法较之Taqman探针检测GI型和GII型诺如病毒扩增效率更高,两者均可用于感染性腹泻暴发中诺如病毒的快速筛查。

GⅠ和GⅡ型诺如病毒双重荧光RT-PCR法检测

目的建立应用Allglo探针同时检测GⅠ和GⅡ型诺如病毒的双重荧光反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)方法。方法设计针对GⅠ和GⅡ型诺如病毒开放阅读框架ORF1及ORF2为目的基因的引物和Allglo探针,优化最佳反应条件,建立一步法荧光RT-PCR快速检测反应体系;对该方法的特异性、抗干扰性、灵敏度进行评估,对96份临床粪便标本进行检测、测序分析。结果该方法特异性强,与轮状病毒、扎如病毒、星状病毒、腺病毒同时检测无交叉反应;同一体系下GⅠ或GⅡ型诺如病毒相互之间没有干扰;最低检测限均为10 copies/μL;对96份临床粪便标本进行检测,结果与单重荧光RT-PCR方法符合率100%,且测序结果显示目标序列正确。结论本研究建立的Allglo探针法检测GⅠ和GⅡ型诺如病毒技术特异性好,灵敏度高,可用于感染性腹泻暴发中诺如病毒的快速筛查。