盐碱土硅酸盐细菌遗传多样性的RAPD和BOXAIR-PCR分析

利用RAPD分析和BOXAIR-PCR技术对分离自我国天津、河北、山东、黑龙江三江平原等地盐碱土的43株硅酸盐细菌及3株参比菌株进行了遗传多样性研究。结果表明,供试盐碱土硅酸盐细菌间存在较大的遗传多样性,对6个单引物和2个双引物进行的RAPD扩增,供试引物分别产生了1～13条谱带,聚类分析在82%的相似水平上将供试菌株聚为13个群;在75%的相似水平处,BOXAIRPCR将供试菌株聚为12个遗传群。两种分子标记技术均较好地揭示了盐碱土硅酸盐细菌的遗传多样性特征。

新疆棉花根际土壤铁载体产生菌的遗传多样性及系统发育研究

【目的】了解中国新疆地区铁载体产生菌的遗传多样性和系统发育,为筛选高效铁载体产生菌提供依据。【方法】采用BOXAIR-PCR、16S rRNA PCR-RFLP和16SrDNA全序列分析方法对分离自新疆地区棉花根际土壤的铁载体产生菌的遗传多样性进行分析。【结果】在BOXAIR-PCR分析中,68株供试菌分为11个遗传群;在16SrRNAPCR-RFLP分析中,68株供试菌分10个遗传群;代表菌株的16SrDNA全序列分析表明,供试菌分属于假单胞菌属(Pseudomonas)、肠杆菌属(Enterobacter)、不动细菌属(Acinetobacter)、芽孢杆菌属(Bacillus)、产碱杆菌属(Alcaligenes)、短状杆菌属(Brachybacterium)和泛菌属(Pantoea)。其中,假单胞菌属(Pseudomonas)为优势属。【结论】分离自新疆地区棉花根际土壤铁载体菌存在极大的遗传多样性。

金沙江干热河谷区胡枝子(Lespedeza Michx)根瘤菌多样性及其系统发育

研究利用数值分类、BOXAIR-PCR指纹图谱、16SrDNA PCR-RFLP、16S rDNA和GSⅡ序列分析等方法,研究了分离自金沙江干热河谷区的86株胡枝子根瘤菌的多样性和系统发育,结果表明金沙江干热河谷区胡枝子根瘤菌蕴涵丰富的生物多样性。通过数值分类,供试未知菌株表现出极大的表型性状多样性,能耐高温(60℃)和低pH(4.0),在低温(10℃)或者高pH(9.0)条件下生长很差,耐盐性也很差。供试未知菌株的16S rDNA用HaeⅢ、MspⅠ、HinfⅠ和TaqⅠ酶切后具有16种遗传图谱类型,其中10株供试未知菌的16S rDNA遗传图谱类型不同于所选用的已知参比菌株。BOXAIR-PCR的分群结果分散,很多在16S rDNA PCR-RFLP中具有相同遗传类型的菌株也表现较大差异,表明了供试菌株在基因组水平上差异很大。序列分析结果表明,6株代表菌株分布于Rhizobium、Sinorhizobium、Mesorhizobium、Bradyrhizobium4个属,16S rDNA序列与GSⅡ序列分别构建的系统发育树在属水平上基本一致,但16S rDNA序列的同源性比GSⅡ高,6株代表菌株间16S rDNA序列的同源性在87.5%～99.5%之间,GSⅡ序列的同源性在79.4%～89.8%之间;而代表菌株与亲缘关系最近的参比菌株间的16S rDNA序列的同源性为99.9%～100%,GSⅡ的同源性为88.9%～99.6%。

宁夏黄土高原马铃薯连作栽培对土壤可培养细菌遗传多样性的影响

采用平板培养、BOXAIR-PCR和16SrDNA RFLP技术对宁夏黄土高原马铃薯连作栽培土壤可培养细菌遗传多样性进行研究。结果表明,4个连作年限2个生育期8份土样共分离到91株细菌菌株,BOXAIRPCR分析发现,91株细菌菌株的遗传相似系数为0.531～0.939,相同连作年限不同生育期根际土细菌菌群分布不同,不同连作年限同一生育期根际土细菌菌群的分布也不同,随着连作年限增加,可培养细菌遗传多样性呈现下降趋势;结合16SrDNA的序列分析,从91株菌株中筛选出的41个代表菌株可分为23个物种,分属于细菌域的12个属,其中,芽孢杆菌属（Bacillus）占同一连作年限菌株数的53.6%。连作导致土壤细菌菌群结构发生变化,出现各自特有的菌属。系统发育分析表明,23个细菌物种分布于6个系统发育群。

石油污染土壤可培养放线菌遗传多样性分析

采集天津大港油田石油污染土壤样品,经分离、纯化得到18株不同的放线菌,对其进行BOXAIR-PCR和16S rDNA序列聚类分析。结果表明,链霉菌属为该地区石油污染土壤可培养放线菌的主要类群之一。BOXAIR-PCR的聚类结果表明在37%的水平上,所有菌株分为8个遗传类型,与16S rDNA鉴定结果具有一致性,同时BOXAIR-PCR分析可以对16S rDNA序列聚类分析结果大量高度相似的菌株进行区分,因此BOXAIR-PCR分析技术可在一定程度上辅助16S rDNA物种鉴定分型。

应用rep-PCR微生物源方法追踪夏秋季桂五水库粪便污染来源

目的:应用重复序列聚合酶链反应(rep-PCR)微生物源追踪方法,追踪夏秋季江苏桂五水库的粪便污染来源追踪。方法:采集已知来源的人和动物粪便标本以及夏秋两季水样标本,分离并确认指示菌大肠杆菌,以BOXA1R为引物进行PCR扩增;用Bionumerics4.0软件对rep-PCR基因指纹图进行判别分析和多元方差分析并计算各源种类的正确归类率。结果:10、5、3和2分类法平均正确归类率分别为68.13%、74.76%、82.36%和86.03%。判别分析和多元方差分析结果显示rep-PCR基因指纹图能将已知源不同来源指示菌区分开。水样中主要粪便污染来源为人、鸡和牛。结论:建立的rep-PCR微生物源追踪方法能较好地区分水体中指示菌的不同来源,水体标本监测显示桂五水库粪便污染来源种类多,其中人、鸡和牛相对较多,提示应对桂五水库地区加强人、家禽和家畜动物粪便的无害化管理。

泸州老窖不同窖龄窖泥中己酸菌遗传多样性及系统发育

【目的】研究泸州老窖窖泥中己酸菌的遗传多样性和系统发育地位,筛选优良高产己酸菌株,为提高新窖酒品质提供优质菌株资源。【方法】采用BOXAIR-PCR、16SrDNA PCR-RFLP和代表菌株16SrDNA序列分析技术等对不同窖龄窖泥中乙酸菌的多样性进行分析。【结果】从不同窖龄窖泥样品中分离获得了43株产己酸细菌;BOXAIR-PCR分析结果表明,在82.2%的相似性水平处,供试菌株形成了8个BOX遗传群;16SrDNA PCR-RFLP将43株供试菌株分为8个遗传群;代表菌株16SrDNA序列系统发育分析表明,供试菌株分布于3个系统发育分支。【结论】泸州老窖窖泥中己酸菌具有丰富的遗传多样性,这些菌株主要分布于梭菌属(Clostridium)、芽孢杆菌属(Bacillus)和假单胞菌属(Pseudomonas),其中芽孢杆菌属(Bacillus)为优势属。

四川攀西干热河谷区根瘤菌的多样性研究

采用数值分类、BOXAIR-PCR和16S rDNA PCR-RFLP方法,对分离自四川攀西干热河谷区11种豆科植物上的43株根瘤菌的表型和遗传多样性进行了研究.数值分类结果表明,攀西地区根瘤菌具有极大的表型性状多样性,在80%相似性水平上绝大多数供试菌株单独成群,能耐60℃(10min处理)的高温,在低温(10℃)或者低pH(4.0)条件下生长很差.与数值分类结果相比较,BOXAIR-PCR的分群结果更分散,说明供试菌株在遗传性状上也具有多样性.在数值分群基础上,选取15个代表菌株进行16S rDNA PCR-RFLP分析.结果表明,供试的15株代表菌株遗传差异明显,仅CCBAU61224与Rhizobium leguminosarum USDA2370T,CCBAU61303与Agrobacterium tumerfacienseIAM13129T具有相同的遗传图谱类型.数值分类和16S rDNA PCR-RFLP分析具有较好的一致性,BOXAIR-PCR适合于对根瘤菌种内菌株间的遗传多样性研究.

几种经济作物根际拮抗细菌的多样性

采用抗菌谱测定以及BOXAIR-PCR、生理生化特征和16S rDNA序列分析等方法对分离自10种作物根际的55株拮抗细菌的多样性及主要拮抗菌类群进行了分析.结果表明:根际拮抗细菌的拮抗作用具有丰富的多样性;BOXAIR-PCR分析中供试菌在72.1%相似性水平上可以聚为7个群,85.0%相似性水平上聚为25个群;所有供试根际拮抗菌分别属于芽孢杆菌属(Bacillus)芽孢杆菌属(Paenibacillus)、短芽孢杆菌属(Brevibacillus)、假单胞菌属(Pseudomonas)和产碱菌属(Alcaligenes).作物根际拮抗菌具有丰富的遗传多样性和拮抗性能多样性.