研究使用ZDOCK算法进行HsRAD51蛋白与多肽BRC4分子对接的准确性.采用Accelrys Discovery Studio 3.5软件计算平台,使用基于快速傅立叶转换的ZDOCK分子对接程序进行蛋白HsRAD51与乳腺易感基因BRCA2的重复基元BRC4的分子对接,然后使用RDOC...研究使用ZDOCK算法进行HsRAD51蛋白与多肽BRC4分子对接的准确性.采用Accelrys Discovery Studio 3.5软件计算平台,使用基于快速傅立叶转换的ZDOCK分子对接程序进行蛋白HsRAD51与乳腺易感基因BRCA2的重复基元BRC4的分子对接,然后使用RDOCK程序进行结果优化,最后将通过分子对接得到的几个蛋白-多肽复合物的三级结构与文献报道的通过X射线测得的蛋白HsRAD51与BRC4复合物的准确结构进行叠合比较,结果发现其中一些结构的叠合效果较好,碳链骨架叠合的RMSD最小的为0.034 4nm.推测使用ZDOCK分子对接程序来进行HsRAD51蛋白与多肽的对接,具有较高的准确性.该结果为今后研究HsRAD51蛋白与BRCA2其他重复基元的分子对接以及相互作用提供了重要依据.展开更多
文摘研究使用ZDOCK算法进行HsRAD51蛋白与多肽BRC4分子对接的准确性.采用Accelrys Discovery Studio 3.5软件计算平台,使用基于快速傅立叶转换的ZDOCK分子对接程序进行蛋白HsRAD51与乳腺易感基因BRCA2的重复基元BRC4的分子对接,然后使用RDOCK程序进行结果优化,最后将通过分子对接得到的几个蛋白-多肽复合物的三级结构与文献报道的通过X射线测得的蛋白HsRAD51与BRC4复合物的准确结构进行叠合比较,结果发现其中一些结构的叠合效果较好,碳链骨架叠合的RMSD最小的为0.034 4nm.推测使用ZDOCK分子对接程序来进行HsRAD51蛋白与多肽的对接,具有较高的准确性.该结果为今后研究HsRAD51蛋白与BRCA2其他重复基元的分子对接以及相互作用提供了重要依据.