多重荧光RT-PCR同时检测GⅠ型和GⅡ型诺如病毒方法的建立

目的建立可同时检测GⅠ型和GⅡ型诺如病毒的双重荧光RT-PCR快速检测方法,并应用于临床标本的检测。方法使用针对GI型和GⅡ型诺如病毒各亚型代表株保守序列设计的特异性引物和TaqMan探针,通过调整引物、探针浓度优化最佳反应条件,建立一步法荧光RT-PCR快速检测反应体系。对该方法的灵敏度、特异性、稳定性进行评估,并对临床粪便标本进行检测,与已有的单重荧光RT-PCR方法进行比较。结果实验结果表明,该检测方法特异性强,对GⅠ型、GⅡ型诺如病毒、轮状病毒、肠道腺病毒、甲型肝炎病毒进行检测,均无交叉反应;对GⅠ型和GⅡ型诺如病毒核酸的最低检出限分别可达1pg/mL和10pg/mL,并且重复性好;对101份临床标本分别用已有的单重荧光RT-PCR和本文建立的多重荧光RT-PCR进行检测,结果显示本文建立的多重荧光RT-PCR方法对GⅠ型诺如病毒的检测能力优于前者。结论本研究建立的多重荧光RT-PCR方法能同时对GⅠ型和GⅡ型诺如病毒进行快速检测,并且灵敏度高,特异性好,可用于感染性腹泻暴发中诺如病毒的快速检测。

BVDV与BRV二温式多重PCR检测方法的建立

根据牛病毒性腹泻病毒(BVDV)和牛轮状病毒(BRV)的保守基因设计了两对特异引物,并将三温式PCR扩增程序简化为2个温度梯度,建立了用于同时检测BVDV和BRV的二温式多重PCR方法,扩增长度分别为244和385 bp。特异性试验和敏感性试验结果表明,该方法只对BVDV和BRV模板进行扩增,而对其他对照病毒的检测均为阴性;检测灵敏度高,最低能检测到BVDV和RBV各1 pg病毒RNA。建立的BVDV和BRV二温式多重PCR方法,是一种快速、特异、敏感的检测方法。

BHV-1、BRSV、BPIV-3和BVDV四重荧光PCR检测方法的建立与应用

为建立检测牛疱疹病毒(BHV-1)、牛呼吸道合胞体病毒(BRSV)、牛副流感病毒3型(BPIV-3)和牛病毒性腹泻病毒(BVDV)单一或混合感染的荧光PCR检测方法,根据BHV-1gB基因、BRSVF基因、BPIV-3 M基因和BVDV 5’UTR基因保守区序列分别设计特异性引物和TaqMan荧光探针,经条件优化,成功建立了BHV-1、BRSV、BPIV-3和BVDV的四重荧光PCR检测方法。该方法对牛布鲁氏菌、猪瘟病毒、小反刍兽疫病毒、羊多杀性巴氏杆菌无特异性扩增;对BHV-1、BPIV-3和BVDV的最低检测量均为8.268 copies/μL,对BRSV的最低检测量为82.680 copies/μL;该方法重复性好,CV值为1%~2%。应用本方法检测采自湖南省内某屠宰场的865份样品,结果BHV-1、BRSV、BPIV-3和BVDV等4种病原均有检出,其阳性率分别为0.58%,0.81%,0.23%和0.81%。本研究建立的多重荧光PCR检测方法可同时对BHV-1、BRSV、BPIV-3和BVDV进行检测,为这4种病原的快速诊断和鉴别提供了技术支撑。

基因Ⅰ型和Ⅱ型牛病毒性腹泻病毒双重TaqMan荧光定量PCR的建立及应用

为对基因Ⅰ型和Ⅱ型牛病毒性腹泻病毒(BVDV)进行鉴别检测,本研究根据GenBank中已登录的基因Ⅰ型和Ⅱ型BVDV 5'非编码区(5'-UTR)的参考序列,设计了一对BVDV Ⅰ型和Ⅱ型通用引物和2条鉴别探针,建立了Ⅰ型和Ⅱ型BVDV双重TaqMan荧光定量PCR检测方法,并利用该检测方法进行临床样品检测。特异性试验结果显示,除Ⅰ型和Ⅱ型BVDV外,该方法对猪瘟、牛传染性鼻气管炎、口蹄疫病毒等均无扩增曲线。敏感性试验结果显示,该方法对Ⅰ型BVDV检测下限为10拷贝/μL,Ⅱ型BVDV检测下限为100拷贝/μL,敏感性高。重复性试验结果显示,该方法组内和组间变异系数均小于1%。临床样品检测结果显示,Ⅰ型和Ⅱ型BVDV双重TaqMan荧光定量PCR检测方法可鉴别Ⅰ型和Ⅱ型BVDV,检测结果与OIE认可的BVDV普通PCR扩增产物测序结果一致。本研究所建立的Ⅰ型和Ⅱ型BVDV双重TaqMan荧光定量PCR具有快速、准确、可鉴别等优点,可用于Ⅰ型和Ⅱ型BVDV的快速鉴别检测。

牛副流感3型病毒、牛传染性鼻气管炎病毒、牛病毒性腹泻病毒和牛支原体多重PCR检测方法的建立

为建立检测牛副流感3型病毒(BPIV3)、牛传染性鼻气管炎病毒(IBRV)、牛病毒性腹泻病毒(BVDV)和牛支原体(M.bovis)的多重PCR检测方法,本研究根据GenBank中登录的BPIV3的HN基因、IBRV的g C基因、BVDV的5'UTR和M.bovis的oppD/F基因序列设计特异性引物,通过优化反应条件建立了一种可以同时检测以上4种病原的多重PCR方法。结果显示,该方法对牛呼吸道合胞体病毒、小反刍兽疫病毒、牛布鲁氏菌、羊布鲁氏菌、牛源多杀巴氏杆菌A型和B型无特异性扩增,对BPIV3和BVDV的cDNA最低检测量分别为100 pg和1 ng,对IBRV和M.bovis的DNA最低检测量分别为10 pg和100 pg,具有较高的特异性和灵敏性。对临床33份鼻拭子样品和12份牛肺样品的检测结果与已发表文献中PCR方法的检测结果一致。本研究建立的多重PCR检测方法可同时对BPIV3、IBRV、BVDV和M.bovis进行检测,为这4种病原的诊断和检测提供了一种实用、便捷的方法。

牛病毒性腹泻病毒基因分型双重RT-PCR方法的建立

根据GenBank已发表的牛病毒性腹泻病毒(BVDV)基因Ⅰ型和Ⅱ型5’端非编码区(5’-UTR)保守序列,设计两对针对基因Ⅰ型和Ⅱ型的特异性引物,经反应条件的优化,建立了在同一反应体系中同时检测BVDV基因Ⅰ型和Ⅱ型的RT-PCR方法。该方法对两个基因型的病毒检测灵敏度均为2TCID50,只比单重PCR的灵敏度低了10倍。且具有较好的特异性和可重复性。经临床应用验证,该方法可用来对两个基因型的BVDV进行同步分型检测。

PRV、PCV-2、PPV多重PCR检测方法的建立及其应用

根据GenBank上已发表的猪伪狂犬病病毒(PRV)、猪Ⅱ型圆环病毒(PCV-2)、猪细小病毒(PPV)核苷酸序列,设计并合成能分别特异性扩增PRV、PCV-2、PPV的引物。经条件优化,建立了同时检测PRV、PCV-2、PPV的多重PCR方法,所扩增特异性产物片段大小分别为217bp、394bp、748bp。该方法不仅特异性强、敏感性高,还克服了对上述病原分别进行检测所带来的诸多弊端,为猪伪狂犬病、猪Ⅱ型圆环病、猪细小病的临床诊断和流行病学调查等研究提供了新手段。

ETEC肠毒素基因多重PCR检测方法的建立

肠毒素性大肠杆菌的致病性与其具有粘附性的菌毛和产肠毒素的能力密切相关。由于菌毛的血清型多而复杂 ,肠毒素只有不耐热肠毒素 (LT)和耐热肠毒素 (ST)两种 ,因此成为研究的对象。用三对扩增产物分别为 1 1 0bp、2 37bp、368bp的引物建立了检测LT和STⅠ、STⅡ毒素基因的多重PCR方法。扩增产物分别用HindⅢ、HincⅡ、Sau3AⅠ限制性内切酶酶切 ,均得与预期一致的 2个片段。对各个参考株的检测结果为 1 0 0 %符合。结果表明该多重PCR方法具有很好的特异性和敏感性。

多重PCR方法用于检测猪圆环病毒2型、猪细小病毒、猪伪狂犬病病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒诊断方法的建立

本文建立了一种能够同时检测猪圆环病毒2型(PCV2)、猪细小病毒(PPV)、猪伪狂犬病病毒(PRV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的多重PCR方法(mPCR)。借助于Oligo6.0引物设计软件,设计了4对引物分别用于扩增PCV2ORF2基因353bp片段、PPVNS-1基因271bp片段、PRRSVMN基因美洲型434bp片段、PRVgB基因194bp片段。通过人为混合以上4种病毒进行特异性及敏感性试验,结果表明,该方法具有很好的特异性和敏感性。对猪瘟病毒、大肠杆菌和双蒸水的PCR扩增结果均为阴性;该mPCR方法对PPV的最低检测量为8.64×10-3μg,PRV的最低检测量为2.36×10-3μg,PRRSV的最低检测量为3.68×10-3μg,PCV2的最低检测量为2.90×10-4μg。该方法的建立对临床上PCV2、PPV、PRV、PRRSV的鉴别诊断以及以上这4种病毒的流行病学调查具有十分重要的意义。

水中肠道食源性病毒的多重RT-PCR检测法

目的建立能同时检测水环境中肠道病毒(Enterovirus,EVs)、诺如病毒GⅡ(Norovorus,Nov GⅡ)、轮状病毒(Rotavirus,RVs)、腺病毒(Adenovirus,AdVs)的多重RT-PCR检测方法。方法根据GenBank收录的肠道食源性病毒核酸序列,利用软件DNAMAN设计肠道病毒通用引物以及Nov GⅡ、RVs、AdVs的特异性引物;将这4对引物置于同一体系中进行多重RT-PCR,利用各种肠道食源性病毒的核酸模板检测其特异性并通过不同滴度[100～107pfu(copies)/ml]病毒测试其灵敏度;利用加标实验验证该方法的准确性;通过对5份河水或某水厂出水大体积水样(50 L)进行病毒富集与检测,以确定该方法的实用性,同时,采用传统细胞培养法验证其结果。结果该方法对目的病毒均获得了理想的电泳条带,而对其他病毒无非特异扩增;对EVs、AdVs的最低检出滴度均为10 pfu/ml,Nov GⅡ-4为10 copies/ml,对RVs的最低检出滴度为102pfu/ml;加标实验检测结果准确率为100%;对5份河水或某水厂出水大体积水样进行病毒富集与检测,对以上各种病毒均有检出且与细胞培养结果一致。结论该方法不仅特异性强、灵敏度高、简便快捷,而且准确率高,实际应用性强,适用于水中肠道食源性病毒的快速检测。

猪四种病毒性腹泻病原多重PCR检测方法的建立及应用

分别以猪流行性腹泻病毒(PEDV)M基因、猪轮状病毒(Po RV)VP6基因、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)N基因、猪源牛病毒性腹泻病毒(BVDV)Npro基因为靶基因,参照Gen Bank上登录的基因序列,利用DNAStar和Oligo7软件设计了4对引物。采用PCR分别扩增各病毒基因,并克隆至p MD18-T载体,获得4个阳性重组质粒。以重组质粒为模板,进行多重PCR方法的优化。特异性试验检测可分别扩增出相应的病毒基因片段;敏感性试验结果显示,检测PEDV、TGEV、Po RV及BVDV质粒的最低拷贝数分别为730copies/L、547 copies/L、6.47×103copies/L、705 copies/L。应用该方法对猪场44份猪腹泻样品进行检测,结果检出15份PEDV样品,3份TGEV样品,2份BVDV样品,其中PEDV与TGEV混合感染样品2份,TGEV与BVDV混合感染样品1份。随机抽取其中2份PEDV阳性样品进行病毒分离,病毒经细胞传3代以上PCR检测均为阳性,对PCR产物测序证实为PEDV。结果表明,本研究建立的多重PCR方法具有快速、简便、特异性强、敏感度高的特点,能够对PEDV、Po RV、TGEV和BVDV单个或混合感染的临床样品进行快速鉴别诊断。