甘薯茎腐病是由达旦提狄克氏菌Dickeya dadantii Samson et al.引起的细菌性甘薯病害,属于我国新发生病害,其蔓延迅速、防治困难,严重影响甘薯的品质和产量,已成为我国南方甘薯产区主要病害之一。文章对该病症状、病原菌分类、致病机制...甘薯茎腐病是由达旦提狄克氏菌Dickeya dadantii Samson et al.引起的细菌性甘薯病害,属于我国新发生病害,其蔓延迅速、防治困难,严重影响甘薯的品质和产量,已成为我国南方甘薯产区主要病害之一。文章对该病症状、病原菌分类、致病机制、全基因组测序概况和防治措施等方面的研究进展进行了综述,并指出了今后的研究方向。展开更多
为分析设施栽培多年生韭菜根际土壤微生物群落结构和多样性,探寻韭菜根腐病感病程度与根际土壤微生物群落之间的关系,以辽宁省设施连作韭菜根际土壤为研究对象,应用Illumina MiSeq高通量测序技术,对病情指数不同地块的土壤进行16S r RN...为分析设施栽培多年生韭菜根际土壤微生物群落结构和多样性,探寻韭菜根腐病感病程度与根际土壤微生物群落之间的关系,以辽宁省设施连作韭菜根际土壤为研究对象,应用Illumina MiSeq高通量测序技术,对病情指数不同地块的土壤进行16S r RNA基因V3-V4变异区序列扩增子进行分析,研究多年生韭菜感染根腐病后根际土壤细菌群落组成、结构及多样性变化。结果发现:从3组病情指数不同(H组:健康;Rl组:DI≤20的轻度发病组;Rh组:DI>20重度发病组)的18个根际土壤共获得1029093条有效序列,6104个OTU,经分类注释为39门,134个纲,336个目,573个科,1119个属,2353个种。α多样性指数表明,随着病情的加重韭菜根际土壤细菌群落的Shannon、Chao1、ACE指数呈现先增加后稍减少的趋势,即HRh>Rl。β多样性分组差异分析表明,感病根际土壤(Rl&Rh)与健康根际土壤(H)细菌群落结构、丰度均存在一定差异,韭菜感染根腐病后,变形菌门、绿弯菌门、酸杆菌门、拟杆菌门相对丰度有所提高,而放线菌门和芽单孢菌门丰度减少。采用菌群差异LEfSe分析发现在属级以下水平Bacillus asahii和Bellilinea在感病韭菜根际中相对丰度显著降低(P<0.05,Wilcoxon秩和检验),而Bryobacter则在重度发病组(Rh)明显富集。db-RDA相关性分析表明,韭菜根际土壤细菌群落与根腐病病情指数DI明显相关,即随着感病程度加重细菌群落结构和多样性逐渐演替。综上分析发现,韭菜多年生宿根感染根腐病后,根际土壤中富集部分微生物类群,根际土壤细菌群落多样性发生改变,打破原有的群落平衡,细菌核心微生物类群由健康向亚健康发生演替,且与病害发生程度密切相关。展开更多
为了解不同地区甘薯茎腐病菌Dickeya dadantii种群遗传多样性水平及致病力差异,采用重复序列PCR基因指纹(repetitive element palindromic PCR,REP-PCR)技术和薯片接种方法,对采自广东省、广西壮族自治区和重庆市的6个市区县的59株菌株...为了解不同地区甘薯茎腐病菌Dickeya dadantii种群遗传多样性水平及致病力差异,采用重复序列PCR基因指纹(repetitive element palindromic PCR,REP-PCR)技术和薯片接种方法,对采自广东省、广西壮族自治区和重庆市的6个市区县的59株菌株进行分析。结果表明,5对引物对59株菌株扩增出41个清晰的条带,其中36个为多态性条带,每对引物的扩增条带数在4~10之间,平均为7.2。在物种水平上,有效等位基因数、Nei’s基因多样性指数和Shannon信息指数分别为1.4768、0.2801和0.4186,其中湛江种群多样性最高,南宁种群多样性最低;当遗传相似系数为0.79时,59株菌株可被划分为5个类群,类群划分与菌株来源地间有一定的相关性。此外,不同地区病菌种群间存在明显的致病力差异,其中合浦种群与湛江种群致病力最强,万州种群致病力较弱。表明甘薯茎腐病菌种群具有丰富的遗传多样性,不同地区的病菌种群存在明显的遗传多样性与致病力差异。展开更多
文摘甘薯茎腐病是由达旦提狄克氏菌Dickeya dadantii Samson et al.引起的细菌性甘薯病害,属于我国新发生病害,其蔓延迅速、防治困难,严重影响甘薯的品质和产量,已成为我国南方甘薯产区主要病害之一。文章对该病症状、病原菌分类、致病机制、全基因组测序概况和防治措施等方面的研究进展进行了综述,并指出了今后的研究方向。
文摘为分析设施栽培多年生韭菜根际土壤微生物群落结构和多样性,探寻韭菜根腐病感病程度与根际土壤微生物群落之间的关系,以辽宁省设施连作韭菜根际土壤为研究对象,应用Illumina MiSeq高通量测序技术,对病情指数不同地块的土壤进行16S r RNA基因V3-V4变异区序列扩增子进行分析,研究多年生韭菜感染根腐病后根际土壤细菌群落组成、结构及多样性变化。结果发现:从3组病情指数不同(H组:健康;Rl组:DI≤20的轻度发病组;Rh组:DI>20重度发病组)的18个根际土壤共获得1029093条有效序列,6104个OTU,经分类注释为39门,134个纲,336个目,573个科,1119个属,2353个种。α多样性指数表明,随着病情的加重韭菜根际土壤细菌群落的Shannon、Chao1、ACE指数呈现先增加后稍减少的趋势,即HRh>Rl。β多样性分组差异分析表明,感病根际土壤(Rl&Rh)与健康根际土壤(H)细菌群落结构、丰度均存在一定差异,韭菜感染根腐病后,变形菌门、绿弯菌门、酸杆菌门、拟杆菌门相对丰度有所提高,而放线菌门和芽单孢菌门丰度减少。采用菌群差异LEfSe分析发现在属级以下水平Bacillus asahii和Bellilinea在感病韭菜根际中相对丰度显著降低(P<0.05,Wilcoxon秩和检验),而Bryobacter则在重度发病组(Rh)明显富集。db-RDA相关性分析表明,韭菜根际土壤细菌群落与根腐病病情指数DI明显相关,即随着感病程度加重细菌群落结构和多样性逐渐演替。综上分析发现,韭菜多年生宿根感染根腐病后,根际土壤中富集部分微生物类群,根际土壤细菌群落多样性发生改变,打破原有的群落平衡,细菌核心微生物类群由健康向亚健康发生演替,且与病害发生程度密切相关。
文摘为了解不同地区甘薯茎腐病菌Dickeya dadantii种群遗传多样性水平及致病力差异,采用重复序列PCR基因指纹(repetitive element palindromic PCR,REP-PCR)技术和薯片接种方法,对采自广东省、广西壮族自治区和重庆市的6个市区县的59株菌株进行分析。结果表明,5对引物对59株菌株扩增出41个清晰的条带,其中36个为多态性条带,每对引物的扩增条带数在4~10之间,平均为7.2。在物种水平上,有效等位基因数、Nei’s基因多样性指数和Shannon信息指数分别为1.4768、0.2801和0.4186,其中湛江种群多样性最高,南宁种群多样性最低;当遗传相似系数为0.79时,59株菌株可被划分为5个类群,类群划分与菌株来源地间有一定的相关性。此外,不同地区病菌种群间存在明显的致病力差异,其中合浦种群与湛江种群致病力最强,万州种群致病力较弱。表明甘薯茎腐病菌种群具有丰富的遗传多样性,不同地区的病菌种群存在明显的遗传多样性与致病力差异。