云南高峰黄牛BoLA-DRB3基因外显子2的PCR-RFLP多态性分析

通过PCR扩增获得云南高峰黄牛BoLA-DRB3基因第2外显子284bp的特异性条带,用核酸限制内切酶HaeⅢ,RsaⅠ,BstYⅠ和TaqⅠ对其进行消化分析。其中HaeⅢ酶切位点存在9种基因型,由A,B,D,E和F 5种复等位基因控制;RsaⅠ酶切位点存在46种基因型,由A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,P,L,M,N,U,V,W和Y 18种复等位基因控制;BstYⅠ酶切位点存在10种基因型,由A,B、C,D和E 5种复等位基因控制;TaqⅠ酶切位点只出现了一种基因型。分析发现云南高峰黄牛DRB3基因第2外显子的61,70,94,104,124,150,154,163,173,182,202和217位的碱基表现出了多态性。经x2检验表明,BstYⅠ和TaqⅠ酶切位点已经达到了Hardy-Weinberg平衡状态,而HaeⅢ和RsaⅠ两个酶切位点未达到Hardy-Weinberg平衡状态。

北京荷斯坦母牛BoLA-DRB3基因外显子2的克隆与序列分析

采用PCR技术扩增出北京荷斯坦母牛BoLA-DRB3基因的外显子2的267 bp大小的片段,将该片段克隆到pGEM-T Easy质粒中,重组质粒用PCR和酶切分析进行阳性克隆鉴定,然后测定核苷酸序列,并推导其氨基酸序列.北京荷斯坦牛、蒙古牛、人类、瑞典红白花牛、蒙古绵羊、西班牙山羊之间DRB3基因外显子2的核苷酸序列同源性为80.9%～95.5%,氨基酸序列同源性为75.3%～91.0%.

中国荷斯坦牛BOLA-DRB3外显子2的PCR-SSCP多态性分析

通过PCR-SSCP法对中国荷斯坦牛BoLA-DRB3基因的外显子2进行多态性分析。在223个个体中共获得10种等位基因,其中D等位基因频率最高为0.2287,A等位基因频率最低为0.0135;等位基因型18种,其中FG基因型频率最高,为0.1256,其次为HH,基因型频率为0.1121;ML基因型频率最低,为0.0045。另外分析发现,在不同家系中,DRB3基因外显子2等位基因具有特异性,等位基因的类型和频率存在比较明显的差异。差异显著性分析表明,D等位基因对305d产奶量和305d乳蛋白量有明显的负效应,ME基因型个体305d乳脂量显著低于其他个体。结果表明中国荷斯坦牛的BoLA-DRB3外显子2具有丰富的多态性,并具有家系分布的特异性。

荷斯坦奶牛BoLA-DRB3基因PCR-RFLP多态性分析

分别采用HaeⅢ和BstYI内切酶,以PCR-RFLP方法检测了新疆地区引进的澳大利亚荷斯坦奶牛BoLA-DRB3基因的多态性。结果显示:在HaeⅢ酶切分析中检测到6种基因型,3个等位基因,其中基因型AB频率最高,等位基因A为优势基因;在BstYI酶切分析中共检测到3种基因型,2个等位基因,其中基因型AA频率最高,等位基因A为优势基因。经χ2适合性检验,BoLA-DRB3基因的HaeⅢ酶切位点的碱基突变偏离Hardy-Weinberg(P<0.01)平衡状态,而BstYI酶切位点碱基突变达到Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。

部分中国黄牛BoLA-DRB3基因序列分析

通过DNA测序,分别对4个中国黄牛地方品种的MHC-Ⅱ类基因DRB3外显子2的多态性进行分析。通过序列比对,共检测到DRB3*exon2等位基因259种,其中新等位基因131个。等位基因的分布具有品种特异性。各等位基因之间存在大量多态位点,统计分析表明:发生非同义替换的多态位点均主要分布在抗原结合位点对应的编码序列中,共有17个变异位点的氨基酸组成在品种间具有显著差异,其中7个位点差异显著(P<0.05);10个位点差异极显著(P<0.01)。在变异位点中,有8个位点为抗原结合位点。

德昌水牛Bola-DRB3基因第二外显子的PCR-RFLP多态性研究

本研究应用PCR-RFLP方法,对德昌水牛MHCⅡ类基因座位的Bola-DRB3基因第2外显子进行了遗传多态性研究。结果表明:HaeIII酶切出现7种基因型,即AA、AB、AD、BC、AC、BF和BB,共有A、B、C、D、F 5个复等位基因控制;AA型的频率最高,为优势基因型,A基因为优势基因。RsaI酶切结果出现3种基因型,即GH、GG、HH,共有G、H 2个基因控制;GG的频率最高,为优势基因型,G基因为优势基因。这表明德昌水牛在Bola-DRB3基因第2外显子上具有丰富的多态性。在RsaI酶切位点上,德昌水牛未达到Hardy-Weiberg平衡状态,显示在群体中有选择、基因突变、近交、遗传漂变等因素的一定影响,这是对保种极为不利的,应引起畜牧工作者的关注。在德昌水牛遗传资源的开发利用和保存中,作者认为应严格划定杂交改良和保种区的范围;在杂交改良区内可以进行选育、品种间杂交,充分利用杂种优势,提高其生产性能;而在保种区或群中不进行杂交,同时减少选育;使德昌水牛遗传资源的有效保存和充分利用有机的结合起来。

中国荷斯坦牛BoLA-DRB3基因的mRNA表达研究

为揭示牛MHC-DRB3上游调控区多态对其表达调控作用,利用PCR-SSCP和DNA序列测定技术分析并建立BoLA-DRB3*exon2和BoLA-DRB3 URR之间的连锁关系。结合不同近端调控区与转录因子结合模式预测结果,选择3种不同上游调控序列的连锁组合,应用实时定量RT-PCR技术对牛MHC-DRB3基因mRNA相对表达量进行了验证分析。结果表明,上游调控区基因型为H17H17的BoLA-DRB3基因mRNA相对表达量显著高于(P<0.01)基因型H1H1及H5H6。初步证明上游调控区中的多态会引起结构基因表达量的变化。

荷斯坦奶牛BoLA-DRB3基因多态性与乳房炎相关性分析

本研究采用Hae Ⅲ和BstYⅠ内切酶,以PCR-RFLP方法分别检测了新疆地区引进的澳大利亚荷斯坦奶牛BoLA-DRB3基因的多态性及其与乳房炎的相关性。结果共检测到9种基因型5种等位基因,其中基因型HaeⅢAB和BstYⅠAA为优势基因型,等位基因HaeⅢA和BstYⅠA为优势基因;在高于健康牛的分布频率中,基因型Hae Ⅲ AB和BstYⅠAB,基因Hae ⅢB和BstYⅠA基因频率在感染牛中分布频率最高;在高于感染牛的分布频率中,基因型Hae Ⅲ AA和BstYⅠAA,基因Hae Ⅲ A和BstYⅠA在健康牛中分布频率最高。经χ2适合性检验,Hae Ⅲ酶切位点的碱基突变偏离平衡状态(P<0.01),而BstYⅠ酶切位点碱基突变达到平衡状态(P>0.05);Hae Ⅲ酶切基因型和基因频率在感染牛和健康牛中分布差异均极显著(P<0.01);BstYⅠ酶切基因型和基因频率在感染牛和健康牛中的分布差异均不显著(P>0.05)。

大额牛Bola-DRB3基因第2外显子的PCR-RFLP多态性分析

本文应用PCR-RFLP方法研究了大额牛MHCⅡ类基因座位的Bola-DRB3基因第2外显子的遗传多态性。结果表明:HaeⅢ酶切出现3种基因型,即NN、OO、NO,由N和Q两个等位基因控制;NO为优势基因型,O为优势基因。RsaI酶切也出现3种基因型,即PP、PQ、QQ,由P和Q两个等位基因控制;QQ为优势基因型,Q为优势基因,说明大额牛在有些基因位点上,特别是在Bola基因系统中还是具有较为丰富的遗传多态性;经X^2适合性检验表明两位点均符合Hardy-Weinberg平衡,这对保种是有利的。作者认为目前大额牛的保种应以传统保种方法为主,在泸水县、福贡县等地引种,异地纯繁成功的基础上,国家给予重点扶持,建立保种场和核心群进行重点保种;同时,应积极探索冻精、冻胚以及分子标记辅助保种和基因库保种等方法,加大生物技术保种的研究和应用力度;在必要的条件下建立大额牛冻精、冻胚的“基因库”,开展细胞工程、胚胎工程方面的研究,并探讨细胞核移植作为大额牛遗传资源保存的可行性和现实性。

荷斯坦牛BoLA-DRB_3基因多态性及其与乳房炎抗性关系分析

以PCR-RFLP方法检测了BoLA-DRB3基因在荷斯坦奶牛中的多态性,并统计分析了产犊年季和BoLA-DRB3基因分别被RsaⅠ和HaeⅢ酶切后的不同基因型对SCS及其它产乳性状的影响。结果表明:RsaⅠAD型的SCS显著高于RsaⅠEG型(P<0.05)。另外,年季和BoLA-DRB3被RsaⅠ酶切后的不同基因型对蛋白率和乳脂率的影响均达到了显著水平(P<0.05)。HaeⅢAB型个体的蛋白率显著高于HaeⅢAA型(P<0.05)。

三江黄牛Bola-DRB_3基因第二外显子的PCR-RFLP多态性研究

用PCR-RFLP方法,对三江黄牛和黑白花奶牛的MHCⅡ类基因座位Bola-DRB3基因第2外显子的遗传样性进行了研究.结果表明:①三江黄牛HaeIII酶切出现3种基因型,即SS、RS、RR,由S和R两个基因控制,RR为优势基因型,R为优势基因;RsaI酶切出现4种基因型,即XX、XM、LM、MM,由X、M和L三个复等位基因控制,LM为优势基因型,M为优势基因;两种内切酶在三江黄牛Bola-DRB3基因的第二个外显子上有150、202、65、180等酶切位点,且4个位点的碱基存在多态性,表现为多碱基突变;经χ2适合性检验,HaeIII和RsaI酶切位点的χ2值分别为7.0802、14.1358,差异显著(p<0.05),说明三江黄牛Bola-DRB3基因第2外显子的4个酶切位点的碱基突变未达到Hardy-Weinberg平衡状态,存在选择、基因突变、近交、遗传漂变等因素的影响.②黑白花奶牛HaeIII酶切出现4种基因型,即JJ、KI、IJ、KJ,由J、K和I三个复等位基因控制,JJ为优势基因型,J为优势基因;RsaI酶切出现3种基因型,即LL、MM、LM,由L和M两个基因控制,LM为优势基因型,M为优势基因;HaeIII和RsaI两种内切酶在黑白花奶牛中也有多个酶切位点,在150、48、65、202位上有碱基多态性,表现为多碱基突变;经χ2适合性检验,RsaI酶切位点的χ2值为3.456,差异不显著(p>0.05),处于Hardy-Weinberg平衡状态;HaeIII酶切位点的χ2值为18.4211,差异显著(p<0.05),未达到Hardy-Weinberg平衡状态.③用两种酶在三江黄牛中共检测到7种基因型,且与黑白花奶牛在酶切位点上具有较多的差异,说明三江黄牛具有丰富的遗传多样性;这一结果与张成忠、赖松家等从血液蛋白、染色体、mtDNA等水平上的研究结果一致,也同三江黄牛的育成历史和所处生态条件一致.综上所述,三江黄牛具有丰富的遗传多样性,今后应加强对三江黄牛遗传多态性以及起源、演化和分类的研究,为这一畜种资源的进一步开发利用和保护提供理论基础.

牛抗病基因BoL A-DRB3的新等位基因的发现

BoLA-DRB3基因是主要组织相容性复合物(Major Histocompatibility Complex,MHC)基因家族中的Ⅱ类基因,它是该基因家族中最主要的功能基因,所编码的MHC抗原与免疫应答、抗病性密切相关。其第2外显子是编码抗原的主要功能区。本试验以地方良种鲁西牛、秦川牛、晋南牛和南阳牛为研究对象,采用PCR-RFLP方法对DRB3基因307bp的扩增产物进行多态性分析,结果表明DRB3基因第2外显子的第154位C→A,从而产生新的等位基因。经χ2适合性检验,鲁西牛在MHC-DRB3基因第2外显子的MspⅠ酶切位点未达到Hardy-Wein-berg平衡状态(P<0.05)。