卵巢浆液性囊腺癌中CAPN3的表达、预后及免疫浸润分析

目的 研究CAPN3在卵巢浆液性囊腺癌中的表达水平,明确其与卵巢浆液性囊腺癌预后及免疫浸润的关系。方法 通过GEPIA2、TIMER、TISIDB、Kaplan-Meier曲线分析CAPN3在卵巢浆液性囊腺癌中的表达谱、免疫浸润和预后价值。接着,利用STRING数据库构建了涉及CAPN3的蛋白质相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络,GEPIA数据库分析了10个基因与CAPN3的相关性。结果 CAPN3在卵巢浆液性囊腺癌患者中呈低表达,随着卵巢浆液性囊腺癌的恶化,CAPN3的表达量降低。CAPN3表达水平与卵巢浆液性囊腺癌中大多数免疫标志物呈显著相关,包括CD16、STAT5A、STAT3、LAG-3等。此外,CAPN3还与4种免疫抑制剂(BTLA、CD274、CSF1R和LGALS9)和7种免疫刺激剂(CD276、CXCL12、HHLA2、IL-6、TMEM173、TNFSF13和ULBP1)显著相关。高表达CAPN3mRNA水平在卵巢浆液性囊腺癌患者中显示出较好的总生存期,但在无进展生存期表现不明显。调控网络的分析表明,TTN与CAPN3相关性最为显著。结论 CAPN3基因可能是预测卵巢浆液性囊腺癌的发生、发展及预后的肿瘤标志物。

中国西门塔尔牛CAPN1基因SNPs及其与经济性状关联分析

本研究旨在分析CAPN1基因部分SNPs与中国西门塔尔牛经济性状的关联性。试验选取同龄、同场的135头中国西门塔尔牛为材料,利用PCR-RFLP方法检测CAPN1 316和CAPN1 4751 2个SNPs位点的多态性,并进行方差分析。结果发现,CAPN1 316SNP位点与大理石花纹显著相关(P<0.05),杂合子AB基因型个体的大理石纹评分显著高于AA和BB基因型个体(P<0.05);CAPN1 4751位点与大理石花纹和剪切力显著相关(P<0.05),大理石花纹性状中杂合子AB基因型个体评分显著高于AA基因型个体,剪切力性状中BB基因型个体显著高于AA基因型个体。结果表明,CAPN1 316和CAPN1 4751位点适合用于中国西门塔尔牛眼肌、肌肉大理石花纹的分子标记选择。

鸭骨骼肌早期发育过程中钙蛋白酶3(CAPN3)基因的表达及其与肌纤维性状的关联

本研究选择生长速度不同的高邮鸭和金定鸭为试验材料,对不同品种鸭胚胎期和出雏早期肌肉中钙蛋白酶3(calpain3,CAPN3)基因的表达及其与肌纤维性状的关联性进行了研究。采用实时荧光定量PCR方法研究鸭13、17、21、25、27胚龄和出雏后7日龄胸肌和腿肌中CAPN3基因表达的发育性变化。结果发现,CAPN3mRNA在2个品种鸭早期肌肉发育中具有相似的表达模式,并表现出显著的时间特异性,而品种和性别效应并不显著。在胸肌中,呈现先下降后上升的趋势,25胚龄前表达量均较低,21胚龄最低,出雏前(27胚龄)至7日龄表达量显著上升。在腿肌中,呈现"波浪形"表达模式,在21胚龄表达量最高。腿肌CAPN3基因表达与肌纤维类型、直径、面积和密度之间呈现不同程度的线性相关,部分指标在金定鸭中达到了显著水平。初步推测,CAPN3基因与肌纤维类型和肌纤维的生长发育密切相关。

钙蛋白酶3(CAPN3)基因多态性与牛胴体性状的关联分析

为了探讨钙蛋白酶3(Calpain3,CAPN3)基因作为影响牛肉质性状候选基因的可能性,寻找与牛肉质性状相关的分子标记,对CAPN3基因的5′端区域进行SNPs检测,分析不同基因型在不同品种或者组合群体间的分布规律。利用测序和PCR-RFLP的方法进行SNPs检测和基因型分析,计算等位基因频率、各位点多态信息含量。结果发现,2546位处发生点突变C→T。各位点的3种基因型与牛生产性状的最小二乘分析结果表明,AB与BB基因型个体在胴体质量指标上存在显著差异(P<0.05)。初步推断CAPN3基因可能是影响牛肉质性状潜在的主效基因或与主效基因连锁,并且这个位点具有成为分子标记的潜在可能。

钙蛋白酶Ⅰ(CAPN1)基因多态性与鸡肉嫩度和屠体性状的相关研究

为了探讨CAPN1基因作为影响鸡肌肉嫩度候选基因的可能性,寻找与鸡嫩度性状相关的分子标记,对钙蛋白酶Ⅰ(CAPN1)基因的CDS区进行SNPs检测,分析不同基因型在5个优质肉鸡纯品系和3个配套系间分布规律。利用测序和单链构象多态(SSCP)的方法进行SNPs检测和基因型的分析,计算等位基因频率、各位点多态信息含量。结果发现2546位(位点A)处发生点突变由C→T和3535位(位点B)处发生点突变由G→A。各位点的3种基因型与肉鸡生产性状的最小二乘分析结果表明,各位点的各种基因型个体在肌纤维密度和部分屠体性状指标存在显著差异(P<0.05)。初步推断CAPN1基因可能是影响鸡嫩度性状潜在的主效基因或与主效基因连锁,并且这些位点具有成为分子标记的潜在可能。

中国人CAPN10基因单核苷酸多态性的分布及其在北方汉族2型糖尿病人群中的关联分析

目的检测始发现于墨西哥裔美国人群中的2型糖尿病易感基因CAPN10的单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism,SNP)在中国人群中的分布,并探讨其与中国北方汉族人群2型糖尿病的关联关系。方法对27份取自中国不同民族人群DNA标本进行测序,以确定CAPN10基因中的SNP位点分布;选择其中5个位点,用单碱基延伸(single-baseextension,SBE)法对156例北方汉族正常人和173例2型糖尿病患者DNA标本进行SNP分型及病例-对照关联分析;对文献报道的易感基因CAPN10中的3个阳性位点进行单体型分析,并对其中1个位点在68个2型糖尿病家系(377例)中进行传递不平衡检验(transmission-disequilibriumtest,TDT)和同胞传递不平衡检验(sibtransmission-disequilibriumtest,STDT)。结果在所检测的8936bp长度范围内共检出40个SNP,平均约223bp出现1个SNP,各多态性在基因中呈不均匀分布;中国人CAPN10的SNP与文献报道的墨西哥裔美国人群中该基因多态性存在较大的差异;所选择的5个SNP位点等位基因频率分布在正常人群和2型糖尿病患者间的差异无统计学意义(P>0.05);上述3个阳性位点单体型频率在两组人群间差异无统计学意义(P>0.05);TDT和STDT均无统计学意义(P>0.05)。结论CAPN10基因SNP具有民族差异;

应用nested和touch down PCR技术分离牦牛CAPN1大亚基基因EST

钙激活中性蛋白酶1(CAPN1)基因是影响肉嫩度的侯选基因。根据GeneBank中已公布的CAPN1基因cDNA序列设计同源PCR引物,通过RT,nested和touch-downPCR技术从牦牛肌肉组织总RNA中分离目的序列,与pGEM-T-easy载体连接后转化DH5α感受态菌株,通过PCR扩增、限制性酶切和测序分析鉴定阳性克隆。分离到的基因片段为牦牛CAPN1大亚基的部分编码序列,在GeneBank中的注册号为AY197555,与奶牛、人、食蟹猴、小鼠、绵羊以及大鼠相应序列的同源性分别为98%,89%,89%,83%,96%和81%,在不同物种之间具有较强的保守性。CAPN1基因EST的分离为进一步研究牦牛CAPN1基因奠定了基础。此研究表明,在总RNA质量不理想的情况下,同时采用这2种技术可以较大限度地获取目的序列。

CAPN1和CAST基因在牦牛不同组织中的表达差异研究

为检测钙蛋白酶基因(CAPN1)和钙蛋白酶抑制基因(CAST)在牦牛心、肝、脾、肺、肾、胃、眼肌、腹肌等不同组织中的表达水平,采用实时荧光定量PCR技术分析这2个基因的表达规律。结果显示,CAPN1和CAST基因在牦牛的8种组织中均有表达,但在不同组织的表达量存在差异。CAPN1基因在眼肌中的表达量最高,其次为腹肌,在肌肉中的表达量显著高于内脏组织,内脏组织中,在肝脏的表达量最高,其次为肾脏,胃中的表达量最低;CAST基因在胃中的表达量最高,其次为眼肌、腹肌,在肾脏中的表达量最低。

CAPN3基因在草原红牛不同组织中的表达差异

钙激活中性蛋白酶(CAPN3)参与哺乳动物体内多种重要的生理生化过程,但是有关它的确切生理功能和作用机制研究较少。本研究采用实时荧光定量PCR技术检测CAPN3基因在草原红牛多种组织中的表达水平差异情况。试验结果表明,CAPN3基因在所检测草原红牛的心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、十二指肠、瘤胃和背最长肌8种组织中均有表达,且在不同组织中的表达水平有所不同。草原红牛脾脏中的CAPN3基因表达量显著高于其他组织,十二指肠和瘤胃中的CAPN3基因表达量显著高于心脏、肝脏、肺脏、肾脏和背最长肌。本试验为肉牛肉质性状的改良提供了分子遗传学依据,并为深入研究草原红牛体内CAPN3基因的生物学作用及作用机制奠定了基础。

野猪CAPN10基因两个剪接变异体的克隆、序列分析和表达

为了进一步研究CAPN10在肌肉生长和肉质中的作用,本研究采用RT-PCR和RACE相结合的方法克隆野猪CAPN10 cDNA并进行序列分析,采用相对定量RT-PCR和竞争性RT-PCR方法研究该基因的表达情况。获得了野猪CAPN10的2个剪接变异体,二者前604个氨基酸完全相同,在多肽链相同位置处都存在着钙蛋白酶家族的特征性结构域和催化活性中心;相对定量RT-PCR分析表明,CAPN10普遍表达于所检测的野猪12种组织内,在6、9、12月龄的肌肉组织中大白猪的表达量显著高于同一发育时期的野家杂交猪(P<0.05);竞争性RT-PCR分析表明,2个变异体都表达于所检测的野猪9种组织内。结果表明CAPN10的表达量与肌肉的嫩度可能具有一定的相关性。

猪CAPN1基因部分外显子及3′UTR区的SNPs检测

以野猪、民猪和大白猪为研究对象,根据网上公布的序列设计了7对引物,采用测序、PCR-SSCP和PCR-RFLP方法对CAPN1基因的部分外显子和3′UTR区进行了单核苷酸多态性检测和基因型分析,探讨CAPN1基因多态性与瘦肉率和嫩度的关系。研究发现11个SNPs,其中5个位于外显子,4个位于内含子,2个位于3′UTR区,外显子中的突变有一处是错义突变,导致了蛋白质多肽链第260位氨基酸发生了M/V的替代。群体遗传学分析表明,在所检测的各多态位点上,野猪、民猪、大白猪3个品种间不同基因型的分布都存在着极显著的差异(P<0.01),而野猪和民猪之间各基因型的分布差异不显著(P>0.05),民猪和大白猪之间各基因型的分布存在着极显著的差异(P<0.01)。结合品种特性分析表明,P4、P6引物和3′UTR区HinfⅠ位点所检测的不同基因型和瘦肉率具有一定的相关性。

延边黄牛CAPN3基因多态性与氨基酸含量关系研究

[目的]对延边黄牛CAPN3基因多态性与氨基酸含量关系进行研究。[方法]应用PCR-SSCP检测了96头延边黄牛CAPN3基因多态性,并采用SPSS软件对各基因型的氨基酸含量进行差异显著性分析。[结果]CAPN3基因发生G55556A突变,差异显著性分析结果显示,该位点不同基因型之间的脂肪酸和氨基酸含量存在差异,其中AA基因型油酸含量显著低于GG基因型(P<0.05)。不同基因型个体天冬氨酸、谷氨酸、丝氨酸、组氨酸、苏氨酸、精氨酸、丙氨酸、络氨酸、缬氨酸、苯丙氨酸、异亮氨酸、亮氨酸和脯氨酸含量上存在显著性差异,且均表现为AA基因型氨基酸含量显著高于GG基因型。[结论]CAPN3基因与延边黄牛氨基酸含量显著相关。

野猪CAPN7基因的克隆、表达和变异分析

钙蛋白酶是细胞质中主要的蛋白水解酶,在肌肉生长、蛋白转化及嫩化过程中发挥复杂的作用。该研究利用RT-PCR、生物信息学方法克隆野猪(Sus scrofa ussuricus)CAPN7cDNA并进行序列分析,利用相对定量RT-PCR方法研究其组织表达情况和利用PCR-SSCP方法对其进行变异分析。结果表明,野猪CAPN7基因编码区全长2442bp,预期编码813个氨基酸残基,多肽链中存在着calpain家族的催化结构域和催化活性中心;野猪CAPN7不同程度地表达于所检测的12种组织中,在6、9月龄野家杂交猪肌肉组织中的相对表达量高于同一时期的大白猪肌肉组织;所检测到的3种基因型在野猪、民猪和杜洛克中的分布存在着极显著差异。该研究为进一步揭示calpain7的功能提供了分子生物学基础。

鸡肉嫩度候选基因CAPN1多态性的检测研究

建立基于聚合酶链反应-连接酶检测反应的基因多态性并行检测系统,探讨鸡肉嫩度候选基因钙蛋白酶I(CAPN1)基因的多态性,并分析其在优良地方鸡种-清远麻鸡和快大型隐性白羽鸡中的分布差异。用PCR-LDR方法检测CAPN1 2546、CAPN1 3535和CAPN19950的基因型作单倍型分析,进行各组间基因型分布和等位基因频率x2检验。结果CAPN12546位点未检测到多态,其他两个位点的结果同直接测序分型结果一致,其基因型分布在不同品种中均存在差异,并且在CAPN1 3535位点上达到显著水平,两个位点的单倍型分布在不同品种间也存在较大差异。

猪CAPN2基因的生物信息学分析

CAPN2基因对肌原纤维蛋白的降解起重要作用,在肉熟化过程中可能参与肉的嫩化过程。本研究通过生物信息学方法,对猪CAPN2基因进行了电子克隆,获得了3 150 bp的cDNA全长序列,含有一个编码700个氨基酸的完整开放阅读框架。通过序列同源比对发现,该基因的核苷酸和氨基酸水平与人、大鼠及小鼠都具有较高的同源性。在序列多重比较的基础上,分别进行了基因与蛋白质的系统发育树分析,结果表明,该基因与其编码蛋白的聚类结果具有一致性。此外,蛋白质性质与功能的生物信息学分析显示,该基因编码的蛋白是一种等电点为4.87的水溶性稳定蛋白,定位于细胞质,属于非分泌性蛋白,具有跨膜螺旋结构以及钙蛋白酶类催化基序结构。

雪龙黑牛GH、CAPN1和CAST基因多态性及其与经济性状的相关性研究

本研究以大连雪龙产业集团的F2代商品雪龙黑牛为试验动物,利用PCR-RFLP技术研究生长激素(GH)、钙激活蛋白酶(CAPN1)、钙蛋白酶抑制蛋白(CAST)基因的遗传多态性,并用最小二乘法拟合线性模型对各标记基因型与肉牛经济性状进行关联分析。结果显示,GH-P3、CAPN1 316和CAST-UoG SNPs位点属于中度多态。GH-P3位点与三角牛腩厚极显著相关(P<0.01),与上脑盖重、脂色等级显著相关(P<0.05),其中AA基因型个体三角牛腩厚分别比AB和BB基因型个体厚0.42、0.60cm,上脑盖重分别比AB和BB基因型个体重0.52、0.78kg,脂色等级分别比AB和BB基因型个体高0.95、1.16;CAST-UoG位点与三角牛腩厚和脂肪厚显著相关(P<0.05),其中AA基因型个体三角牛腩厚分别比AB和BB基因型个体厚0.32、0.30cm,脂肪厚分别比AB和BB基因型个体厚0.80、0.47cm;CAPN1 316位点与所研究的经济性状无明显的相关性(P>0.05)。因此,在雪龙黑牛选育过程中可以把AA基因型作为标记基因型进行品种选育。

鸡CAPN1基因3′-UTR多态性及其与肉质性状的关联分析

试验利用PCR-SSCP技术对寿光鸡CAPN1基因3′-UTR的多态性进行了检测,并进一步分析了其与肉质性状的相关性。结果显示,在寿光鸡群体中检测到AA、AB 2种基因型,基因型频率分别为0.43、0.57,AB为优势基因型;A、B等位基因频率分别为0.715、0.285,A为优势等位基因;群体中未检测到BB基因型个体。经χ2检验,群体处于Hardy-Weinberg非平衡状态(P<0.05)。CAPN1基因3′-UTR的多态性对胸肌pHu、腿肌pHu、肌内脂肪含量和胸肌剪切力有显著性影响(P<0.05);对腿肌剪切力、失水率、胸肌蒸煮损失和腿肌蒸煮损失无显著性影响(P>0.05)。

2型糖尿病遗传易感性与CAPN-10基因多态性的相关性研究

目的探讨2型糖尿病(T2DM)遗传易感性与CAPN-10基因多态性的关系。方法采用限制性片段长度多态性聚合酶链反应(PCR-RFLP)技术对100例T2DM患者(病例组)和100例健康者(对照组)CAPN-10基因SNP19(rs3842570)、SNP43(rs3792267)和SNP63(rs5030952)多态性位点进行基因分型。结果病例组CAPN-10基因43位点的GG基因型频率和G等位基因频率显著高于对照组,差异有统计学意义(P<0.05);19位点和63位点的基因型频率、等位基因频率在病例组与对照组分布差异均无统计学意义(P>0.05)。结论 CAPN-10基因SNP43(rs3842570)位点与T2DM的发生有相关性,而SNP19(rs3842570)和SNP63(rs5030952)位点则与T2DM的发生无相关性。

皖东牛CAPN1、CAST基因多态性与肉质性状相关性

选用135头体重(493±33)kg,年龄相近皖东育肥牛,颈静脉采血,利用DNA直接测序法测定CAPN1、CAST基因多态性;试验结束屠宰试验育肥牛,取肉样分析皖东牛肉质性状,分析肉质性状与基因多态性相关性。结果表明,皖东牛CAPN1基因存在AA型和BB型2种基因型,4个单核苷酸多态性位点(SNPs),其中内含子8的C429G和G437A位置各1个突变位点,内含子9的C572T位置1个突变位点,外显子9的G458C位置1个突变位点;CAPN1基因中度多态且极显著偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.01)。皖东牛CAST基因有CT基因型和CC基因型,5个SNPs位点,其中内含子8的A220G、A223G和G239A位置各1个突变位点,外显子9的C369T和G375A位置各1个突变位点;CAST基因中度多态并处于Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。BB基因型皖东牛肌肉剪切力肉质性状显著高于AA基因型(P<0.05),CT基因型皖东牛肌肉剪切力肉质性状显著高于CC基因型(P<0.05),基因型对其他肉质性状影响差异不显著(P>0.05)。CAPN1和CAST基因多态位点与肌肉嫩度密切相关,可作为皖东牛肉质性状提升候选基因。

散养黄羽肉鸡CAPN1、H-FABP基因表达的发育性变化及其肌内脂肪含量的研究

为探讨在散养条件下黄羽肉鸡CAPN1、H-FABP基因与其生长发育和肌内脂肪(IMF)含量的关系,试验以130羽3周龄体重接近,健康商品代黄羽肉鸡母鸡为试验材料,随机分为笼养组(对照组)和散养组(试验组),采集在不同周龄(3、4、6、8、10、13 w)的胸肌、腿肌和腹脂组织样品共360份,采用实时荧光定量PCR法对不同生长阶段组织中CAPN1和H-FABP基因mRNA表达量进行检测,同时采用索氏抽提法测定胸肌和腿肌的IMF含量。结果表明:黄羽肉鸡的CAPN1、H-FABP基因在胸肌、腿肌和腹脂中均有不同程度的表达。随着周龄的增加,散养肉鸡CAPN1基因表达的整体变化趋势为增加—减少—增加—减少,且3～6 w其在胸肌和腹脂中的表达量均表现为笼养显著高于散养(P<0.05)。H-FABP基因的整体表达趋势随着周龄的增加而降低,在胸肌和腿肌中变化趋势相同,且均表现为散养显著高于笼养(P<0.05),在腹脂中表现为笼养高于散养(P>0.05)。与散养鸡相比,笼养鸡生长速度较快,腹脂率、IMF含量较高。本试验结果可为散养黄羽肉鸡CAPN1和H-FABP基因分子选育提供一定参考。