目的:通过microRNA-mRNA相结合探讨直肠癌潜在的关键差异基因和预后标志物。方法:从基因表达汇编公共数据库(GEO)获取microRNA芯片数据,分析获得差异表达microRNAs(DE-miRNAs)及其靶基因。对差异基因进行GO(gene ontology)功能注释和KEG...目的:通过microRNA-mRNA相结合探讨直肠癌潜在的关键差异基因和预后标志物。方法:从基因表达汇编公共数据库(GEO)获取microRNA芯片数据,分析获得差异表达microRNAs(DE-miRNAs)及其靶基因。对差异基因进行GO(gene ontology)功能注释和KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路富集分析,建立差异基因的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,鉴定出关键差异基因,再进一步评估关键差异基因的表达水平和预后作用。结果:总共预测了25个上调和14个下调的DE-miRNAs,对DE-miRNAs的靶基因综合分析后获得了共64个差异基因。共鉴定出10个关键差异基因,GEPIA数据库显示有6个关键差异基因在直肠癌中的表达水平显著高于正常直肠黏膜。经PrognoScan数据库验证,细胞周期蛋白cyclin D1(CCND1)的高表达与结直肠癌较差的预后相关,表达水平和预后的联合分析证明了CCND1的致癌作用。结论:CCND1可能与直肠癌的预后有重要联系,可作为直肠癌预后、药物治疗潜在的新靶点,为后续研究提供新的思路和方向。展开更多
目的探讨肢端黑色素瘤中CCND1基因拷贝数增加与第11号染色体拷贝数之间的关系,及其与临床病理特征的联系。方法收集2018年1月至2021年8月于北京大学第三医院病理科经手术切除后诊断明确的肢端黑色素瘤标本33例。采用荧光原位杂交(fluore...目的探讨肢端黑色素瘤中CCND1基因拷贝数增加与第11号染色体拷贝数之间的关系,及其与临床病理特征的联系。方法收集2018年1月至2021年8月于北京大学第三医院病理科经手术切除后诊断明确的肢端黑色素瘤标本33例。采用荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization,FISH)技术检测肿瘤中CCND1基因和第11号染色体着丝粒拷贝数,分析两者拷贝数变化的关系,并分析CCND1拷贝数异常与患者临床病理特征的相关性。结果33例肢端黑色素瘤患者中男性15例,女性18例,年龄范围22~86岁。63.6%(21/33)的肢端黑色素瘤患者有CCND1基因拷贝数增加,其中同时伴第11号染色体多体者占21.2%(7/33)。27.3%(9/33)的病例CCND1基因拷贝数呈低拷贝增加,其中4例(4/33,12.1%)同时伴有第11号染色体多体;36.4%(12/33)的病例CCND1基因拷贝数呈高拷贝增加,其中3例(3/33,9.1%)同时伴有第11号染色体多体。CCND1低拷贝增加组中未见CCND1/CEP11比值≥2.00者;高拷贝增加组中CCND1/CEP11比值≥2.00者共11例(11/12)。CCND1基因拷贝数增加与患者年龄、性别、组织学类型、Breslow厚度、溃疡和Clark分级无相关性(P>0.05)。结论CCND1基因拷贝数增加是肢端黑色素瘤的重要分子改变,部分CCND1拷贝数增加的肢端黑色素瘤患者可同时存在第11号染色体多体,这部分患者CCND1拷贝数增加可能是第11号染色体多体的伴随表现。展开更多
文摘目的:探讨细胞周期蛋白D1(cyclin D1)的编码基因CCND1 miR-340介导的逆转结直肠癌细胞对5-氟尿嘧啶(5-Fu)耐药的机制。方法:采用瞬时转染技术将结直肠癌细胞HCT116、SW480株分别转染si-CCND1和miR340-mimic。应用MTT法检测转染后的结直肠癌细胞对5-Fu敏感性的变化,应用双荧光素酶试验验证CCND1对miR340参与的影响结直肠癌细胞对5-Fu敏感性的影响。结果:瞬时转染si CCND1和过表达miR-340后,结直肠癌HCT116和SW480细胞的IC50值均显著低于对照组(10,10 vs 20μmol/L和20,20 vs 40μmol/L,均P<0.05)。共转染CCND1 3'UTR野生质粒和miR-340 inhibitor的结直肠癌HCT116和SW48细胞荧光素酶的活性显著高于共转染空载体和mimic细胞(P<0.01)。结论:CCND1作为不良因子通过抑制miR340的表达进而发挥增加结直肠癌细胞对5-Fu耐药的作用。
文摘目的:通过microRNA-mRNA相结合探讨直肠癌潜在的关键差异基因和预后标志物。方法:从基因表达汇编公共数据库(GEO)获取microRNA芯片数据,分析获得差异表达microRNAs(DE-miRNAs)及其靶基因。对差异基因进行GO(gene ontology)功能注释和KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路富集分析,建立差异基因的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,鉴定出关键差异基因,再进一步评估关键差异基因的表达水平和预后作用。结果:总共预测了25个上调和14个下调的DE-miRNAs,对DE-miRNAs的靶基因综合分析后获得了共64个差异基因。共鉴定出10个关键差异基因,GEPIA数据库显示有6个关键差异基因在直肠癌中的表达水平显著高于正常直肠黏膜。经PrognoScan数据库验证,细胞周期蛋白cyclin D1(CCND1)的高表达与结直肠癌较差的预后相关,表达水平和预后的联合分析证明了CCND1的致癌作用。结论:CCND1可能与直肠癌的预后有重要联系,可作为直肠癌预后、药物治疗潜在的新靶点,为后续研究提供新的思路和方向。
文摘目的探讨肢端黑色素瘤中CCND1基因拷贝数增加与第11号染色体拷贝数之间的关系,及其与临床病理特征的联系。方法收集2018年1月至2021年8月于北京大学第三医院病理科经手术切除后诊断明确的肢端黑色素瘤标本33例。采用荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization,FISH)技术检测肿瘤中CCND1基因和第11号染色体着丝粒拷贝数,分析两者拷贝数变化的关系,并分析CCND1拷贝数异常与患者临床病理特征的相关性。结果33例肢端黑色素瘤患者中男性15例,女性18例,年龄范围22~86岁。63.6%(21/33)的肢端黑色素瘤患者有CCND1基因拷贝数增加,其中同时伴第11号染色体多体者占21.2%(7/33)。27.3%(9/33)的病例CCND1基因拷贝数呈低拷贝增加,其中4例(4/33,12.1%)同时伴有第11号染色体多体;36.4%(12/33)的病例CCND1基因拷贝数呈高拷贝增加,其中3例(3/33,9.1%)同时伴有第11号染色体多体。CCND1低拷贝增加组中未见CCND1/CEP11比值≥2.00者;高拷贝增加组中CCND1/CEP11比值≥2.00者共11例(11/12)。CCND1基因拷贝数增加与患者年龄、性别、组织学类型、Breslow厚度、溃疡和Clark分级无相关性(P>0.05)。结论CCND1基因拷贝数增加是肢端黑色素瘤的重要分子改变,部分CCND1拷贝数增加的肢端黑色素瘤患者可同时存在第11号染色体多体,这部分患者CCND1拷贝数增加可能是第11号染色体多体的伴随表现。