人食管鳞癌中CCNYL1启动子区甲基化研究

目的筛选在食管鳞状细胞癌(ESCC)发病过程中异常甲基化基因,为治疗提供潜在靶点。方法采用简化的、具有代表性的DNA甲基化测序(RRBS)及基因表达谱芯片分析7例ESCC患者癌组织及其癌旁DNA甲基化水平和m RNA表达水平。将甲基化差异基因及表达差异基因用DAVID工具进行功能富集分析,筛出甲基化与表达负相关基因。对候选基因进行硫化测序PCR(BSP)验证获得DMR序列,采用QUMA分析软件对17对癌和癌旁甲基化差异测序结果进行分析,并对其DMR单个Cp G位点的甲基化水平进行统计学分析。最后采用实时定量PCR(RT-PCR)检测候选基因表达水平。结果 RRBS测序得到癌和癌旁差异甲基化区基因共5268个,其中689个差异甲基化区位于Promoter及CDS上。这些富集得到15条显著信号通路,包括Notch信号通路、Wnt信号通路及黏着斑信号通路等肿瘤中常见信号通路。结合7例ESCC组织表达谱芯片,筛选出启动子区高甲基化且表达降低基因Cyclin Y-like 1(CCNYL1),在17对ESCC组织中用BSP验证,CCNYL1基因DMR处Cp G位点13、Cp G位点16、Cp G位点17、Cp G位点18和Cp G位点19呈现高甲基化。此外,在10对冰冻ESCC组织中进行RT-PCR检测,结果与RRBS测序和表达谱芯片一致,在ESCC中CCNYL1基因启动子区甲基化水平整体高于癌旁组织,并且表达水平低于癌旁组织。结论 CCNYL1基因甲基化水平可能作为ESCC生物标志物。