马尾松胚乳DNA高效提取及SSR-PCR体系优化

以马尾松胚乳为试验材料,用CTAB-SDS法提取单粒胚乳DNA,对其浓度和纯度进行检测。结果表明:运用CTAB-SDS法提取的马尾松胚乳DNA浓度高、纯度好,琼脂糖凝胶电泳条带清晰,点样孔干净。此外,还对影响PCR结果的Mg2+、dNTP、模板DNA、引物浓度、TaqDNA聚合酶5个因素进行了正交设计试验,建立了适合马尾松SSR-PCR的反应体系:即在10μL反应体系中,Mg2+浓度为2.80 mmol/L,dNTP浓度为0.35 mmol/L,引物浓度为0.075μmol/L,模板DNA浓度为20 ng/10μL,TaqDNA聚合酶浓度为0.50 U/10μL。

第三代测序细菌基因组DNA提取方法的比较

为筛选有效提取细菌菌株总DNA的方法,分别采用SDS法、CTAB-SDS法、试剂盒法和改良试剂盒法对苏云金芽胞杆菌、粘细菌和放线菌进行总DNA的提取、电泳检测、NanoDrop 2000测定、PCR扩增.对放线菌和苏云金芽胞杆菌,用改良试剂盒法所提取的总DNA纯度较高,电泳条带清晰,DNA主带位于23 kb,单位体积菌液所提取到的总DNA较SDS法和CTAB-SDS法高,能满足下游的PCR扩增等分子操作.对待测样品所做的质检报告也证实样品合格,可用于后续建库、测序.而粘细菌提取到的总DNA由于它们的OD260/230在2.0以下,没有达到第三代测序样品的要求.改良试剂盒法所提取到的总DNA大多数可以满足第三代测序技术样品制备的要求.

2种提取野生蕈菌DNA方法的比较及其应用

采用CTAB法和SDS-CTAB法分别提取真菌DNA,通过分析比较DNA产量和PCR扩增效果,以筛选优势提取方法应用于野生蕈菌分子鉴定。结果表明,2种方法都能提取获得目的 DNA,并可直接用于PCR扩增分析,但SDS-CTAB法提取的总DNA产量高、质量好,操作方法简便,故作为优势DNA提取方法分析鉴定了16个供试野生蕈菌,其序列提交NCBI获得了基因登录号,进行了分子系统鉴定。